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北京市朝阳区2023-2024年SARS-CoV-2基因特征分析

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病毒学报 2024年

作者：韩桃利卢盼赵嘉欣刘宽宽刘玉洁樊茹路冉李欢欢任兴梅陈紫曼徐则超郑姗孔怡铭王梦楠王海滨赵剑虹张士尧田甜焦洋高艳齐啸许志远郝瑞祺孙灵利北京市朝阳区疾病预防控制中心

为了解北京市朝阳区新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）本土变异株基因型构成及关键基因特征，本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列... 详细信息

为了解北京市朝阳区新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）本土变异株基因型构成及关键基因特征，本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列，采用Pangolin v4.3在线分型平台和Nextclade v3.3.1在线分析工具，获取基因分型、氨基酸变异等信息，并通过TBtools-II v2.070绘制氨基酸变异热图。同时，利用VarEPS在线系统（https：//***/ncovn/lineage）评估氨基酸变异对本地区新冠病毒S蛋白编码基因的血管紧张素转化酶2(Angiotensin converting enzyme 2,ACE2)受体结合能力及稳定性、抗体亲和力和蛋白质功能的影响等进行分析。结果显示185例（质量评估≥mediocre）SARS-CoV-2序列均为奥密克戎变异株，按照Pangolin分型法可分为8个分支，JN.1(BA.2.***.1.1/B.1.1.529.2.***.1.1)及其亚分支占比最高（42.16%,78/185），与系统进化树显示结果一致。从2023年6月至8月以EG.5.1及其亚分支为主（40.00%～68.00%），再以HK.3及其亚分支为优势毒株（9月至11月，76.09%），继而转换为JN.1及其亚分支为绝对优势分支。EG.5.1和HK.3及其亚分支分别在20岁～39岁年龄组（52.94%）和20岁～49岁人群占比最高（62.50%），而JN.1及其亚分支在60岁～89岁年龄组占比较高（56.41%）。氨基酸变异分析显示，本研究SARS-CoV-2序列平均发生113个（95个～128个）核苷酸变异，其中由于非同义突变引起平均80个（65个～91个）氨基酸突变，其中S蛋白编码基因变异最为频繁（1.02%～1.36%）。进一步分析发现，相较EG.5.1和HK.3及其亚分支，JN.1及其亚分支在NTD等多个区域均发生氨基酸变异位点数量新增/减少。同时，JN.1及其分支增加的P1143L、L452R和N450D等氨基酸变异位点可能会降低S蛋白与中和抗体的结合稳定性和/或降低S蛋白与ACE2受体之间的结合稳定性。并且，本研究所有序列在NSP1、蛋白酶木瓜样蛋白酶（PLpro,NSP3）、3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶（3CLpro,NSP5）编码基因以及其他结构蛋白等关键编码基因亦发生突变。本研究结果提示JN.1及其亚分支关键位点氨基酸变异频繁，相较EG.5.1和HK.3及其亚分支可能具有更强的传播能力和免疫逃逸能力，应持续并继续加强新冠病毒病原学监测。

关键词：新型冠状病毒 Nanopore S蛋白 TBtools-II VarEPS

2013-2022年北京市朝阳区HIV确证实验结果分析

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中国人兽共患病学报 2024年第5期40卷 478-482页

作者：黄平孙灵利李崇李丽刘洁北京市朝阳区疾病预防控制中心北京100011

目的分析2013-2022年北京市朝阳区筛查结果为阳性的HIV(艾滋病)病毒确证实验结果,了解辖区内HIV检测工作情况。方法辖区内58家筛查实验室上送的13128份HIV筛查阳性样本,通过免疫印迹实验(Western blot,WB)进行确证实验,应用SPSS22.0对... 详细信息

目的分析2013-2022年北京市朝阳区筛查结果为阳性的HIV(艾滋病)病毒确证实验结果,了解辖区内HIV检测工作情况。方法辖区内58家筛查实验室上送的13128份HIV筛查阳性样本,通过免疫印迹实验(Western blot,WB)进行确证实验,应用SPSS22.0对实验结果进行统计学分析。结果2013-2022年本确证实验室检出HIV-1抗体阳性样本8417件,HIV-2阳性样本未检出,不确定样本1263份,阴性样本3448份。HIV-1抗体阳性中,男性占94.32%,性别差异有统计学意义;年龄在19~30岁组占48.65%;WB条带中全条带和次全带占96.92%,其中gp160检出率为99.94%,gp120检出率为99.67%。结论2013-2022年北京市朝阳区HIV-1抗体阳性以男性为主,年龄主要分布在19到30岁。不同年龄、性别、职业和送检人群的HIV-1抗体不确定的构成比差异不大。HIV-1抗体阳性样本的WB条带显示全条带和次全带占比最高。

关键词：朝阳区 HIV 确证实验条带

实时荧光PCR检测弯曲菌感染病例的粪便和肛拭子样本

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中国食品卫生杂志 2024年第4期36卷 389-393页

作者：邹林贾楠张萍甄博珺郭晓晨王芳冀国强闫爱霞康颖马红梅李颖北京市通州区疾病预防控制中心北京101100 北京市顺义区疾病预防控制中心北京101300

目的通过对3起弯曲菌暴发事件中粪便和肛拭子样本采用实时荧光PCR和培养法检测结果的比较,为实验室快速有效地应对此类事件奠定基础。方法收集3起弯曲菌感染暴发事件中病例的生物样本;使用过滤培养法进行弯曲菌培养检测,分别使用原始样... 详细信息

目的通过对3起弯曲菌暴发事件中粪便和肛拭子样本采用实时荧光PCR和培养法检测结果的比较,为实验室快速有效地应对此类事件奠定基础。方法收集3起弯曲菌感染暴发事件中病例的生物样本;使用过滤培养法进行弯曲菌培养检测,分别使用原始样本、增菌24 h和增菌48 h样本提取DNA进行弯曲菌实时荧光PCR检测;使用Kappa检验对实时荧光PCR检测结果和培养法结果进行一致性分析。结果原始样本、增菌24 h和增菌48 h实时荧光PCR检测灵敏度分别为90.91%、97.22%和100%,特异度分别为75.00%、84.00%和78.95%,与培养法结果一致性分析的Kappa值分别为0.643、0.813和0.785。结论实时荧光PCR检测与培养法结合使用是弯曲菌暴发事件处置的有效实验室检测方法。

关键词：弯曲菌荧光定量聚合酶链式反应培养法腹泻病例食源性致病菌

可变数目串联重复序列和全基因组测序在一起学校结核传播中的应用

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中国热带医学 2024年第8期24卷 1011-1015页

作者：张秀芝赵爱兰张爱洁马聪兴徐伟北京市朝阳区疾病预防控制中心北京100021

目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐... 详细信息

目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。

关键词：学校结核病全基因组测序可变数目串联重复序列

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北京市成年居民睡眠情况与高血压关系

中国公共卫生 2024年第2期40卷 186-193页

作者：沈丹洋马爱娟谢瑾董忠北京市疾病预防控制中心北京100013

目的了解2017年北京市成人睡眠情况与高血压的关系,为开展健康生活方式指导提供科学依据。方法利用2017年北京市成人慢性病与危险因素监测的数据。该监测采用多阶段分层抽样方法在全市范围内抽取13 240名调查对象。监测内容包括问卷... 详细信息

目的了解2017年北京市成人睡眠情况与高血压的关系,为开展健康生活方式指导提供科学依据。方法利用2017年北京市成人慢性病与危险因素监测的数据。该监测采用多阶段分层抽样方法在全市范围内抽取13 240名调查对象。监测内容包括问卷调查、体格测量、采集空腹静脉血进行相关生化指标测定。采用SPSS 20.0软件进行χ^(2)检验及多因素logistic回归分析。结果共纳入男性6 164人,占66.23%,女性7 076人,占33.77%。有睡眠问题的共5 740人,占46.31%,没有睡眠问题的共7 500人,占53.69%。睡眠时长<6、6~<7、7~<8、8~<9和≥9 h/d的分别有759人(6.14%)、2 019人(15.92%)、3 452人(28.02%)、5 185人(37.00%)和1 825人(12.92%)。调整混杂因素后的多因素logistic回归分析显示,与没有睡眠问题相比,有睡眠问题使高血压患病风险增加1.441(95%CI=1.244~1.670)倍。男性和女性中有睡眠问题分别使高血压患病风险增加1.458(95%CI=1.221~1.742)倍和1.343(95%CI=1.133~1.591)倍。18~44岁和≥45岁人群中,有睡眠问题分别使高血压患病风险增加1.435(95%CI=1.129~1.825)倍和1.410(95%CI=1.131~1.758)倍。全部调查人群中,与睡眠时间7~<8 h/d相比,睡眠时间≥9 h/d增加高血压患病风险(OR=1.204,95%CI=1.001~1.448);其中男性中睡眠时间≥9 h/d增加高血压患病风险(OR=1.359,95%CI=1.035~1.784);≥45岁人群中,睡眠时间≥9 h/d增加高血压患病风险(OR=1.355,95%CI=1.058~1.736)。结论有睡眠问题的成年人会增加高血压患病风险;睡眠时间过长尤其是男性和≥45岁人群,也会使高血压患病风险增加。

关键词：睡眠高血压成年人监测北京

北京市通州区一起聚集性发热疫情的病原学鉴定及柯萨奇病毒A4型基因特征分析

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病毒学报 2024年

作者：邹林甄博珺张萍张冲佟玲张建明郗璐王建国王芳高翔李仁清北京市通州区疾病预防控制中心北京市疾病预防控制中心

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究，为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测，并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Bl... 详细信息

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究，为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测，并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Blast型别鉴定，随后与筛选自不同国家和地区的CVA4的VP1序列的代表株进行系统发育树构建、核苷酸序列相似性及氨基酸变异位点等分析。结果显示通州区7例肠道病毒核酸阳性标本均为柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CVA4）。通过对从NCBI公共数据库筛选的来自全球的324条CVA4的全长VP1序列构建系统发育树，发现CVA4可分为A～F 6个基因型，F基因型分为F1和F2亚型。相似性分析表明，7株分离株与CVA4 F2亚型核苷酸相似性最高，中位数为0.936(0.927～0.945)，与F2亚型氨基酸相似性中位数为0.993(0.990～0.996)。因此北京市通州区此次聚集性发热疫情是由CVA4引起，属于F基因型F2亚型，提示未来工作应加强对CVA4的监测。

关键词：柯萨奇病毒A组4型 F基因型序列分析分子特征

2013—2023年北京市学校肺结核聚集性疫情苗头监测及追踪结果分析

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中国防痨杂志 2024年第6期46卷 672-677页

作者：赵鑫李亚敏陶荔莹张亚楠李艳圆许琰闫银锁高志东贺晓新北京市疾病预防控制中心结核病预防控制所北京100035 北京市疾病预防控制中心器材物资采供科北京100013 北京市疾病预防控制中心北京100035

目的:分析2013—2023年北京市学校肺结核聚集性疫情监测及追踪处置结果,为肺结核疫情处置和防控提供参考。方法:收集“传染病报告信息管理系统定时报表”中学校肺结核报告发病情况,汇总各区疾病预防控制机构/结核病防治机构报送的“北... 详细信息

目的:分析2013—2023年北京市学校肺结核聚集性疫情监测及追踪处置结果,为肺结核疫情处置和防控提供参考。方法:收集“传染病报告信息管理系统定时报表”中学校肺结核报告发病情况,汇总各区疾病预防控制机构/结核病防治机构报送的“北京市学校肺结核聚集性疫情苗头监测及调查处置月报表”,分析全市肺结核聚集性疫情监测效果,以及聚集性疫情苗头、聚集性疫情和突发公共卫生事件特征。结果:2013—2023年,北京市共报告学校肺结核患者4428例,共监测发现学校肺结核聚集性疫情苗头743起,学校肺结核报告发病数(4428例)与聚集性疫情苗头数(743例)呈高度正相关(Pearson相关性系数=0.699,P=0.017)。743起学校肺结核聚集性疫情苗头中,构成肺结核聚集性疫情139起,聚集性疫情占比为18.71%(139/743),其中6起定性为学校肺结核突发公共卫生事件。学校肺结核聚集性疫情中,患者数以2例为主,占51.80%(72/139),2月(2起)和8月(5起)为低峰期,聚集性疫情数量排名前三位的区是海淀区(69起)、昌平区(17起)和通州区(11起),普通高等学校(94起)为学校肺结核聚集性疫情发生的主要场所。结论:北京市开展学校肺结核聚集性疫情苗头监测,可及时进行肺结核聚集性疫情早期发现与处置,尤其应重视普通高等学校的肺结核聚集性疫情防控,防范聚集性疫情的发生和传播。

关键词：结核,肺学生,公共卫生人群监测

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2015—2023年北京市门诊婴幼儿病毒性腹泻病原体检测结果分析

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中国微生态学杂志 2024年第10期 1202-1206+1211页

作者：张扬甄博珺郑燃燃张萍李朝辉郭晓晨张靖高志勇北京市通州区疾病预防控制中心北京市疾病预防控制中心

目的分析2015—2023年北京市5岁以下儿童病毒性腹泻的流行特征，了解病原谱的动态变化，为防控措施的制定提供参考。方法收集2015—2023年北京市通州区哨点医院门诊5岁以下腹泻患儿的粪便标本，采用实时荧光定量PCR检测样本中轮状病毒... 详细信息

目的分析2015—2023年北京市5岁以下儿童病毒性腹泻的流行特征，了解病原谱的动态变化，为防控措施的制定提供参考。方法收集2015—2023年北京市通州区哨点医院门诊5岁以下腹泻患儿的粪便标本，采用实时荧光定量PCR检测样本中轮状病毒（RV）、人杯状病毒（HuCV）、肠道腺病毒（EadV）和星状病毒（AstV）的核酸，并对结果采用SPSS 19.0软件分析。结果共收集到2 051份样本，病毒核酸阳性样本为641份，检出率为31.25%。不同月龄组患儿病毒核酸总检出率、单一病毒和多重病毒检出率差异均有统计学意义（χ2=175.608、157.768、12.124，均P北京市通州区2015—2023年5岁以下儿童病毒性腹泻由多种病毒引起，12～24月龄为感染高发月龄段，应当采取多样化的防控措施，减少腹泻的发生。

关键词：病毒性腹泻婴幼儿病原谱

中国内地首例本土感染猴痘病例流行病学和临床特征分析

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疾病监测 2024年第1期39卷 16-19页

作者：张鼎言李夫李利伟林杨张芳蕾黄晨铭张烨吴钶韩柏慧窦相峰孟玲玉齐啸北京市朝阳区疾病预防控制中心北京100021 北京市疾病预防控制中心北京100013 北京市垂杨柳医院北京100022 北京市西城区疾病预防控制中心北京100120

目的描述中国内地首例本土感染猴痘病例的流行病学特征及临床表现,为今后猴痘的防控工作提供科学支撑。方法对病例开展流行病学调查,了解其发病情况及高风险暴露史,确定其感染来源。根据方案对其密切接触者(密接)开展管理,追踪其发病情... 详细信息

目的描述中国内地首例本土感染猴痘病例的流行病学特征及临床表现,为今后猴痘的防控工作提供科学支撑。方法对病例开展流行病学调查,了解其发病情况及高风险暴露史,确定其感染来源。根据方案对其密切接触者(密接)开展管理,追踪其发病情况。通过实时荧光定量PCR法对采集的人员及环境样本进行检测。结果2023年5月26日,病例出现皮疹、淋巴结肿大,27日出现发热,31日经检测咽拭子、皮疹涂抹、血液样本猴痘病毒核酸阳性,6月1日前往定点医院隔离治疗,6月12日出院。病例发病前21 d内,因与1例入境猴痘感染者发生两次性接触导致感染。在该病例发病后,1例与其发生性关系的密接出现续发感染,其发病后到访的公共场所环境样本猴痘病毒核酸均为阴性,未发现其他接触者出现感染。结论此病例为我国内地首例猴痘本土感染确诊病例,感染来源为输入性猴痘病例,造成1例性接触密接感染。当前亟需提升猴痘的发现及诊断能力,及早针对男同性行为人群进行干预以降低感染风险,猴痘向一般人群扩散风险相对较低。

关键词：猴痘男同性行为者流行病学调查