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人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 128-133页

作者：王凤杰江明礼郭琪李晓芸孙宇朱汝南赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地... 详细信息

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞,提取总mRNA,通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因,对其进行GO分析、KEGG通路分析,同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照,筛选出1632个差异表达基因,其中807个基因表达上调,825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程,并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路,为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。

关键词：呼吸道合胞病毒地方株 ON1基因型转录组学分析差异表达基因

叶酸缺乏影响胚胎干细胞H3K9巴豆酰化和神经发育相关基因表达

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陆军军医大学学报 2024年第14期46卷 1666-1675页

作者：陈晨何学佳王珊首都儿科研究所生物化学与免疫学研究室北京100020 北京大学首都儿科研究所教学医院生物化学与免疫学研究室北京100020

目的采用染色质免疫共沉淀测序技术(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)分析叶酸正常小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESCs)与叶酸缺乏mESCs组蛋白H3K9巴豆酰化(H3K9cr)修饰的全基因图谱,以期探究叶酸缺乏条件下mESCs中H3K9cr全基因组状态变化以及受到调控的通路基因。方法mESCs分为叶酸正常组(FA=4 mg/L,FA4)和叶酸缺乏组(FA=0 mg/L,FA0),利用Western blot和免疫组织化学染色分别检测叶酸缺乏mESCs和神经管畸形(neural tube defects,NTDs)小鼠胚脑组织中H3K9cr蛋白表达水平;利用ChIP-seq技术对获得的特异性结合的DNA片段展开序列鉴定,对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析并可视化,分析叶酸缺乏条件下mESCs全基因组并对受调控基因进行验证。结果叶酸缺乏mESCs和NTDs小鼠胚脑组织中整体H3K9cr水平降低(P<0.05),叶酸缺乏mESCs中Bdnf、Pax6、App等神经发育相关基因下调(P<0.05),FA4与FA0两组差异富集基因的KEGG通路富集于轴突引导、神经活性配体-受体相互作用、谷氨酸能突触等与神经系统相关的通路。结论胚胎干细胞中叶酸缺乏通过H3K9cr修饰参与调控神经发育相关基因,提示组蛋白巴豆酰化修饰可能参与叶酸缺乏引起的神经发育类疾病。

关键词：叶酸缺乏组蛋白巴豆酰化 ChIP-seq 神经发育

呼吸道合胞病毒黏附糖蛋白基因新变异形式的发现及其感染患儿临床特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 120-127页

作者：江明礼王凤杰韩振志徐炎鹏孙宇朱汝南陈冬梅郭琪周禹彤赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的分析北京地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)流行特征,监测黏附糖蛋白(G)基因序列变异及感染患儿临床特征。方法收集2023年1月1日—2023年12月31日首都儿科研究所附属儿童医院急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,对经... 详细信息

目的分析北京地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)流行特征,监测黏附糖蛋白(G)基因序列变异及感染患儿临床特征。方法收集2023年1月1日—2023年12月31日首都儿科研究所附属儿童医院急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,对经呼吸道病原体多重核酸检测确定为RSV阳性的样本,进一步通过PCR方法扩增得到RSV G蛋白基因全长,测序后建立系统发育进化树确定RSV分型及G蛋白序列变异,通过电子病历系统获得临床资料,分析北京地区RSV感染患儿临床特征。结果共收集5489份急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,其中男3046例,女2443例,平均年龄4.36岁。核酸检测确定为RSV阳性的589例(10.7%,589/5489),其中男349例,女240例,平均年龄(2.51±2.78)岁,中位年龄0.48岁。2023年3月开始RSV呈现持续流行趋势,存在两个流行高峰,分别为5月(24.6%,122/496)和12月(18.2%,126/693)。2023年7月前以A亚型为优势亚型,8—10月为两个亚型博弈阶段,11月转变为B亚型。通过序列分析发现一种长度为954 bp的RSV B亚型新序列(RSV-B-BA9-954bp),在进化树中独立成一簇。存在新变异的RSV B亚型感染患儿收入重症监护病房(ICU)的比例(44.1%,15/34)高于未变异的RSV B亚型感染患儿(25.2%,31/123)(χ^(2)=4.600,P=0.032),但白细胞计数和C-反应蛋白低于未变异的RSV B亚型感染患儿(P北京地区儿童中RSV自3月份开始持续流行,出现两个流行高峰,优势流行亚型由A转换为B,监测到一种新的RSV B亚型G蛋白基因变异(RSV-B-BA9-954bp)。

关键词：呼吸道合胞病毒 G蛋白新突变临床特征

2023年春季北京地区儿童急性呼吸道感染病原谱分析

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中华儿科杂志 2024年第2期62卷 159-164页

作者：孙宇朱汝南王芳陈冬梅郭琪周禹彤姚尧贾立平赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI... 详细信息

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI组及住院ARI组。流感样病例组进行流感病毒(Flu)及人偏肺病毒(HMPV)核酸检测;门诊ARI组进行Flu、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒、副流感病毒(PIV)核酸检测;住院ARI组进行Flu、RSV、HMPV、腺病毒、人博卡病毒(HBoV)、鼻病毒、PIV、冠状病毒、肺炎支原体(Mp)及衣原体核酸检测。结果流感样病例组320例患儿中男192例、女128例,就诊年龄4.7(3.6,6.9)岁,Flu A阳性117例(36.6%),其中甲型流感病毒H1N1亚型(H1N1)55例(47.0%),甲型流感病毒H3N2亚型(H3N2)62例(53.0%),第6~9周以H1N1为主(10.0%~50.0%),第10~16周以H3N2为主(15.0%~90.0%);HMPV阳性13例(4.1%),第15周检出率为5.0%(1/20),第20周达30.0%(6/20)。门诊ARI组7573例患儿中男4131例、女3442例,就诊年龄4.0(2.1,5.3)岁,阳性检出率RSV为32.9%(2491/7573),Flu A为12.1%(915/7573);第6~14周以Flu A为主(23.2%~74.7%),第15周开始以RSV为主,阳性检出率为24.8%(36/145)。住院ARI组1391例患儿中男804例、女587例,就诊年龄3.3(0.4,5.8)岁,阳性检出率鼻病毒为18.7%(260/1391)、RSV为12.4%(173/1391)、Flu A为10.2%(142/1391)[H1N1116例(81.7%)、H3N226例(18.3%)]及HMPV为3.1%(43/1391)。第7周开始检出H1N1[10%(6/60)],第11周达高峰[31.8%(21/66)],第8周开始检出H3N2[1.5%(1/68)]。住院ARI组Flu阳性患儿H1N1阳性检出率为81.7%(116/142)。第12周开始检出RSV,阳性检出率为1.3%(1/80),第19周达30.4%(35/115);第21周HMPV阳性检出率为12.1%(14/116)。结论北京地区2023年春季(2至5月)ARI患儿中首先出现Flu流行,前期以H1N1为主,后期以H3N2为主,RSV出现滞后流行,同时需密切关注HMPV。应加强对门诊监测,提前发出流行预警。

关键词：儿童急性呼吸道感染病原

PMA-ddPCR法检测活的非可培养状态高产乙醇肺炎克雷伯菌

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中华预防医学杂志 2024年第7期58卷 998-1003页

作者：赵硕窦晨镤张建袁静首都儿科研究所细菌学研究室北京100020 首都儿科研究所附属儿童医院神经外科北京100020

目的建立活的非可培养(VBNC)状态高产乙醇肺炎克雷伯菌的绝对定量方法。方法诱导高产乙醇肺炎克雷伯菌进入VBNC状态,评价乙醇产量。建立PMA-ddPCR方法通过单拷贝基因来计数高产乙醇肺炎克雷伯菌VBNC状态的活细胞基因拷贝数。进一步在VBN... 详细信息

目的建立活的非可培养(VBNC)状态高产乙醇肺炎克雷伯菌的绝对定量方法。方法诱导高产乙醇肺炎克雷伯菌进入VBNC状态,评价乙醇产量。建立PMA-ddPCR方法通过单拷贝基因来计数高产乙醇肺炎克雷伯菌VBNC状态的活细胞基因拷贝数。进一步在VBNC状态粪便模拟中,评价ddPCR对低浓度样品检测的灵敏度和适应性。结果对高产乙醇肺炎克雷伯菌梯度稀释液进行定量时ddPCR的检测下限是qPCR的10倍。在低温、低营养状态,高产乙醇肺炎克雷伯菌第45天进入VBNC状态,通过PMA-ddPCR对VBNC状态细胞进行定量结果为(5.46±0.05)log10 DNA 拷贝数/ml。VBNC状态的乙醇产量为临床样品中VBNC状态细胞的检测。

关键词：叠氮溴化丙锭-微液滴数字聚合酶链反应活的非可培养状态高产乙醇肺炎克雷伯菌

高通量测序技术构建新型冠状病毒感染儿童T细胞受体β链免疫组库

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第3期38卷 326-330页

作者：易小钰何峰冯淼肖宗慧姚海兰首都儿科研究所生化免疫研究室北京100020

目的构建新型冠状病毒感染儿童T细胞受体(T cell receptor,TCR)β链免疫组库,分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库差异。方法收集新冠病毒Delta变异株感染儿童和健康对照儿童全血样本各五份,RNA质检和文库构建后,进行高通量测序... 详细信息

目的构建新型冠状病毒感染儿童T细胞受体(T cell receptor,TCR)β链免疫组库,分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库差异。方法收集新冠病毒Delta变异株感染儿童和健康对照儿童全血样本各五份,RNA质检和文库构建后,进行高通量测序,分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库克隆扩增和多样性指数的差异,统计TCRβ的VJ基因的使用频率,采用非配对T检验统计方法分析。结果成功利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库,与健康儿童相比,新冠病毒感染儿童的TCR免疫组库多样性指数(9.78±1.23)显著低于健康儿童(13.40±2.12)(P免疫组库VJ基因使用频率初步比较发现,在新冠病毒感染儿童中,最常见的V基因和J基因分别是TRBV28和TRBJ2-1。结论利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库,并发现新冠病毒感染儿童特征性的TCRβ免疫组库,阐述新冠病毒感染的T细胞免疫组库特征,对其他病毒感染后快速TCRβ免疫组库的构建具有重要参考意义。

关键词： TCRβ免疫组库高通量测序新型冠状病毒儿童感染

人绒毛膜促性腺激素辅助治疗对隐睾大鼠生殖功能的影响

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中华小儿外科杂志 2024年第5期45卷 441-448页

作者：唐浩茴郝春生首都儿科研究所北京100020 首都儿科研究所附属儿童医院泌尿外科北京100020

目的探究人绒毛膜促性腺激素辅助治疗对单侧隐睾大鼠行睾丸固定术后患、健侧睾丸生殖功能的影响。方法使用氟他胺处理实验组孕鼠,诱导其子代雄鼠产生隐睾表型;同时使用玉米油处理对照组孕鼠。数字随机法选取15只21 d龄单侧隐睾雄鼠,分... 详细信息

目的探究人绒毛膜促性腺激素辅助治疗对单侧隐睾大鼠行睾丸固定术后患、健侧睾丸生殖功能的影响。方法使用氟他胺处理实验组孕鼠,诱导其子代雄鼠产生隐睾表型;同时使用玉米油处理对照组孕鼠。数字随机法选取15只21 d龄单侧隐睾雄鼠,分为隐睾组、手术组和手术药物组;选取5只21 d龄健康雄鼠作为对照组。对照组和隐睾组行单侧假手术操作,手术组和手术药物组行单侧睾丸固定术。术后第3天和第10天,对照组、隐睾组和手术组皮下注射1 mL生理盐水,手术药物组皮下注射50 U(1 mL)人绒毛膜促性腺激素。于大鼠60 d龄时取右心房血液、双侧睾丸、附睾标本,双侧睾丸称重记录后分别计算睾丸/体重脏器系数;检测健、患侧附睾精子数量;检测双侧睾丸组织平均曲细精管直径和平均生精上皮细胞厚度;ELISA检测血清卵泡刺激素、促黄体生成素和睾酮浓度;TUNEL法检测生殖细胞凋亡率。结果手术药物组患侧睾丸重量较手术组明显增高[(0.63±0.13)g比(0.37±0.06)g,P0.05)。手术组、手术药物组血清卵泡刺激素、促黄体生成素和睾酮浓度差异无统计学意义(P>0.05)。四组大鼠的健侧睾丸重量、睾丸/体重脏器系数、曲细精管直径、生精细胞厚度、生殖细胞凋亡率、附睾精子数量差异均无统计学意义(P>0.05)。结论人绒毛膜促性腺激素辅助治疗在一定程度上可以改善氟他胺诱导的单侧隐睾大鼠行睾丸固定术后患侧睾丸的生殖功能,对健侧睾丸生殖功能影响较小。

关键词：隐睾人绒毛膜促性腺激素生殖功能氟他胺大鼠

致敬经典:回顾我国儿童中呼吸道合胞病毒感染的早期开拓性研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 90-92页

作者：钱渊首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是世界各地婴幼儿下呼吸道感染最重要的病原。我国儿童中RSV感染的研究始于20世纪70年代初。回顾这段历史,可以看到科研紧密结合儿科临床需求,严格按照经典的病毒病原学方法,得到了翔... 详细信息

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是世界各地婴幼儿下呼吸道感染最重要的病原。我国儿童中RSV感染的研究始于20世纪70年代初。回顾这段历史,可以看到科研紧密结合儿科临床需求,严格按照经典的病毒病原学方法,得到了翔实可靠的结果,为我国的RSV研究奠定了基础。

关键词：呼吸道合胞病毒回顾性研究

儿童肝脏未分化胚胎性肉瘤的影像表现及病理分析

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中国肿瘤临床 2024年第1期51卷 31-35页

作者：吴朔春孙雪峰杨梅仪晓立陶然邹继珍首都儿科研究所附属儿童医院放射科北京市100020 首都儿科研究所附属儿童医院病理科北京市100020

目的:分析儿童肝脏未分化胚胎性肉瘤(undifferentiated embryonal sarcoma of the liver,UESL)的超声、CT及MRI影像学表现,以提高对该病的认识水平。方法:回顾性收集2009年12月至2021年12月首都儿科研究所附属儿童医院经手术及病理证实... 详细信息

目的:分析儿童肝脏未分化胚胎性肉瘤(undifferentiated embryonal sarcoma of the liver,UESL)的超声、CT及MRI影像学表现,以提高对该病的认识水平。方法:回顾性收集2009年12月至2021年12月首都儿科研究所附属儿童医院经手术及病理证实的11例儿童UESL,分析所有患儿的超声、CT及MRI影像表现,总结其影像学特点。结果:病灶均为单发,肿块最大径11.5~19.8 cm。CT平扫显示所有病灶边缘较清楚、其内呈不均匀低密度,内可见厚薄不均的分隔;囊性密度区边缘或分隔周围可见少许片絮样软组织密度影。6例超声图像均提示实性占位,表现为混合回声的实性包块内可见大小不等的无回声区。3例MRI表现为边界清楚肿块影,T1WI呈不均匀混杂低信号,病灶内可见高信号区;T2WI呈混合高信号区和条状低信号区。9例病灶增强扫描动脉期均以边缘强化为主,8例可见迂曲增粗血管影;延迟期病灶呈持续不均匀强化,边缘持续强化,且从外围向中心充盈,强化范围增大,8例延迟期可见假包膜。结论:儿童UESL影像学表现有一定特征性,了解其影像特点并结合临床特征,有助于早期诊断。

关键词：未分化胚胎性肉瘤肝脏儿童诊断电子计算机断层扫描磁共振成像超声检查