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淮南猪与大白猪背最长肌不同发育阶段的甲基化差异基因筛选

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中国畜牧杂志 2024年第3期60卷 112-117,126页

作者：陈俊峰王璟靳玮柴进张家庆任巧玲邢宝松河南省畜禽繁育及营养调控重点实验室河南省农业科学院畜牧研究所河南郑州450002 农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科技学院湖北武汉430070

试验旨在研究河南省地方品种淮南猪与引进品种大白猪背最长肌的甲基化,筛选影响背最长肌发育的候选基因。对淮南猪、大白猪胚胎期第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的肌肉组织开展全基因组甲基化测序,比对不同发育阶段的甲基化... 详细信息

试验旨在研究河南省地方品种淮南猪与引进品种大白猪背最长肌的甲基化,筛选影响背最长肌发育的候选基因。对淮南猪、大白猪胚胎期第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的肌肉组织开展全基因组甲基化测序,比对不同发育阶段的甲基化差异。结果显示,在胚胎期第78天有2个信号通路CpG甲基化出现极显著差异,分别是黏着斑(ssc04510:Focal Adhesion)信号通路(P=0.004)、Ras相关蛋白1信号通路(ssc04015:Rap1)(P=0.014);胚胎期第58天细胞外基质受体相互作用(ssc04512:ECM-Receptor Interaction)等信号通路也存在CpG甲基化差异,但未达到显著性水平(P=0.088);筛选了黏着斑信号通路的Rap鸟嘌呤核苷酸交换因子1(Rap Guanine Nucleotide Exchange Factor 1,RAPGEF1)、层粘连蛋白γ3亚基(Laminin Subunit Gamma 3,LAMC3)、小鼠胸腺瘤病毒癌基因同源物3 (Murine Thymoma Viral Oncogene,Akt3)作为候选基因。综上,淮南猪与大白猪胚胎期第78天甲基化存在显著性差异,筛选到的3个候选基因分别通过诱导肌细胞的分化、调节肌细胞生长等生物学功能影响肌肉发育。

关键词：甲基化差异肌肉发育淮南猪大白猪

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在不同养殖背景下鳜mc1r组织表达差异和启动子转录调控分析

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水生生物学报 2024年第1期48卷 149-156页

作者：贾晓丹梁旭方何珊华中农业大学水产学院华中农业大学鳜鱼研究中心武汉430070 农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究鳜(Siniperca chuatsi)黑素皮质素1受体基因mc1r在不同养殖背景下的组织表达差异及转录调控机制,研究以在黑白养殖背景下产生的深、浅色体表鳜为研究对象,通过实时荧光定量PCR测定mc1r基因的组织表达差异;其次以鳜基因组DNA为模板... 详细信息

为探究鳜(Siniperca chuatsi)黑素皮质素1受体基因mc1r在不同养殖背景下的组织表达差异及转录调控机制,研究以在黑白养殖背景下产生的深、浅色体表鳜为研究对象,通过实时荧光定量PCR测定mc1r基因的组织表达差异;其次以鳜基因组DNA为模板,通过PCR扩增mc1r基因5′侧翼区不同长度的缺失片段并克隆至pGL3-Basic载体,之后将重组质粒转染到HEK 293T细胞,检测双荧光素酶的相对活性并预测其存在潜在的转录因子。结果显示,黑色背景养殖所产生的深色体表鳜与野生型更为相似;RT-qPCR检测显示深色体表鳜mc1r在背部皮肤和腹部皮肤表达量最高,而浅色体表鳜脑中表达量最高;双荧光素酶活性检测发现,构建的5个缺失片段启动子活性之间存在显著差异,且−159∽−+292启动子活性最高,推测其为mc1r核心启动子区域,并且通过在线软件预测出存在MITF、SP1等转录因子。研究克隆了鳜mc1r基因启动子区域并进行了转录活性分析,并且对潜在的转录因子进行了预测,为鱼类mc1r基因分子机制表达调控及表皮颜色可控性研究提供了理论依据。

关键词： mc1r 组织表达启动子活性转录因子鳜

基于SSR标记的皱皮木瓜遗传多样性分析及分子身份证构建

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南京林业大学学报(自然科学版) 2024年

作者：李慧侯立娜王天琪毕宁宁李圣波刘忠华北京林业大学林木遗传育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室国家林业局花卉育种与生物工程重点开放实验室北京林业大学生物科学与技术学院山东亚特生态技术有限公司

【目的】皱皮木瓜具有较高的观赏价值、食用价值、药用价值。我国是皱皮木瓜的起源分布中心。近年来，因缺乏品种间统一的分类标准，同名异种、同种异名和品种间来源及演化不清等问题频繁出现。【方法】以收集的168 份皱皮木瓜种质资源... 详细信息

【目的】皱皮木瓜具有较高的观赏价值、食用价值、药用价值。我国是皱皮木瓜的起源分布中心。近年来，因缺乏品种间统一的分类标准，同名异种、同种异名和品种间来源及演化不清等问题频繁出现。【方法】以收集的168 份皱皮木瓜种质资源为材料，利用SSR标记结合毛细管电泳法对木瓜遗传多样性和群体内遗传分化程度进行分析，根据观测等位基因数（ Na ）、Shannon’s信息指数（ I ）和多态性信息含量（ PIC ）的值筛选能区分全部种质的引物组合，并基于字符串编码构建DNA分子身份证。【结果】26 对引物在168 个皱皮木瓜品种中共扩增出304 个等位基因，平均每个位点扩增出11.577 个；期望杂合度( He)、I和PIC的平均值分别为0.748、1.731和0.607；根据聚类分析的结果可将该群体分为2 大类，进一步分为6 个类群；种群结构分析将供试材料分为2 个亚类；从26 对引物中筛选出11 对核心引物构建了168 份皱皮木瓜种质资源的条形码和二维码身份证。【结论】所选扩增位点的变异程度高、鉴别力度大，在进行遗传多样性分析、核心引物筛选、以及指纹图谱构建中可优先选用。该研究为皱皮木瓜的良种鉴定、遗传资源管理及种质资源数据库的构建等提供了参考。

关键词：皱皮木瓜遗传多样性 SSR 分子身份证

三种药用植物及其复合物对湘云鲫(3号)饲用效果的评定

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江苏农业学报 2024年第6期40卷 1045-1052页

作者：黄春红李婷李志敏杨福忠肖丕清陈正军湖南文理学院生命与环境科学学院/省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室鱼类健康养殖分中心/环洞庭湖水产健康养殖及加工湖南省重点实验室/水生动物重要疫病分子免疫技术湖南省重点实验室湖南常德415000 湖南湘云生物科技有限公司湖南常德415000

为明确药用植物的饲用价值,将湘云鲫(3号)幼鱼随机分成5组,分别投喂基础饲料(对照组)和分别添加了4%马齿苋、4%车前草、4%鱼腥草、4%复合物(马齿苋∶车前草∶鱼腥草=1∶1∶3,重量比)的饲料,养殖85 d。结果表明,与对照组相比,马齿苋和车... 详细信息

为明确药用植物的饲用价值,将湘云鲫(3号)幼鱼随机分成5组,分别投喂基础饲料(对照组)和分别添加了4%马齿苋、4%车前草、4%鱼腥草、4%复合物(马齿苋∶车前草∶鱼腥草=1∶1∶3,重量比)的饲料,养殖85 d。结果表明,与对照组相比,马齿苋和车前草均显著提高鱼体相对增重率和特定生长率(P0.05);马齿苋显著提高鱼体粗蛋白质含量和显著降低粗脂肪含量(P<0.05),车前草则显著降低粗蛋白质含量和显著增加粗脂肪含量(P<0.05);马齿苋、鱼腥草和复合物既显著降低肝脏丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)活性及丙二醛(MDA)、总胆固醇(TC)、总三酰甘油(TG)含量(P<0.05),又显著增强肝脏超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性(P<0.05),并改善肝组织结构;马齿苋明显改善中肠绒毛结构,鱼腥草则使中肠绒毛结构变差。综上所述,4%添加水平下,饲用价值最高的为马齿苋,其次是车前草和复合物,最次的为鱼腥草。

关键词：马齿苋车前草鱼腥草湘云鲫(3号)

棉花CMS-D2和CMS-D8不育系线粒体全基因组比较分析

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棉花学报 2024年第1期36卷 28-38页

作者：葛李爽冯娟娟张梦郭立平戚廷香张学贤李永旗唐会妮乔秀琴邢朝柱吴建勇中国农业科学院棉花研究所/棉花生物育种与综合利用全国重点实验室/农业农村部棉花生物学与遗传育种重点实验室河南安阳455000

【目的】探究哈克尼西棉不育胞质(CMS-D2)和三裂棉不育胞质(CMS-D8)的不育系线粒体基因组之间的序列结构差异,为筛选鉴定不育相关基因奠定基础。【方法】根据D2A和D8A这2个不育系的线粒体基因组测序组装结果,使用Synteny and Rearrangem... 详细信息

【目的】探究哈克尼西棉不育胞质(CMS-D2)和三裂棉不育胞质(CMS-D8)的不育系线粒体基因组之间的序列结构差异,为筛选鉴定不育相关基因奠定基础。【方法】根据D2A和D8A这2个不育系的线粒体基因组测序组装结果,使用Synteny and Rearrangement Identifier(Sy RI)软件鉴定结构变异,用Plotsr可视化分析包含共线性及非共线性区域的重组变异位点。以D8A线粒体基因组注释结果为参考,用D2A线粒体基因组注释的开放阅读框(open reading frame,ORF)编码的氨基酸序列进行tblastn比对,筛选出D2A线粒体基因组中特有的ORF,并进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证、相对表达量分析和生物信息学分析。【结果】D2A和D8A这2个不育系线粒体基因组之间存在2个部分重叠且相邻的倒易位区域。在D2A中发现17个特异的ORF,PCR验证了D2A中存在的6个特异ORF(orf114e、orf121b-1、orf121b-2、orf138b-2、orf186a-2和orf317a-2)。3~4 mm花蕾中orf121b-1和orf121b-2的相对表达量较高。orf114e、orf186a-2和orf317a-2具有典型的跨膜结构域和嵌合基因结构,符合不育基因的部分特征。【结论】D2A和D8A线粒体基因组间存在2个相邻的倒易位区域。D2A中存在6个特异的ORF,其中orf114e、orf186a-2和orf317a-2可能与棉花CMS-D2孢子体败育有关。

关键词：棉花细胞质雄性不育线粒体基因组孢子体不育配子体不育开放阅读框

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饥饿对四川华鳊能量代谢与低氧耐受特征的影响

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西南大学学报（自然科学版） 2024年第1期46卷 87-95页

作者：蒲德永刘小红李孟来沈静庞旭西南大学淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室/水产科学重庆市重点实验室重庆400715 西南大学水产学院重庆400715

为了研究饥饿对四川华鳊(Sinibrama taeniaus)能量代谢和低氧耐受特征的影响,在25℃条件下分别测定经不同饥饿时间(0,3,7,14和28 d)实验鱼的静止代谢率(R_(MR))、运动后过量耗氧(E_(POC))和低氧耐受参数.结果表明:随饥饿时间的延长,四... 详细信息

为了研究饥饿对四川华鳊(Sinibrama taeniaus)能量代谢和低氧耐受特征的影响,在25℃条件下分别测定经不同饥饿时间(0,3,7,14和28 d)实验鱼的静止代谢率(R_(MR))、运动后过量耗氧(E_(POC))和低氧耐受参数.结果表明:随饥饿时间的延长,四川华鳊R_(MR)和最大代谢率(M_(MR))均下降,E_(POC)增加(p学意义;在各饥饿处理组中,R_(MR)与P_(crit)之间呈显著正相关(r=0.950,n=5,p=0.013),R_(MR)与L_(OE)之间具有正的趋势,但相关性无统计学意义,表明经饥饿后,四川华鳊低氧耐受能力有所增加.研究提示,饥饿后四川华鳊最大功率遭致削弱,将影响其他生理功能,但在低氧耐受能力方面具有一定的补偿作用,这可能是其应对资源匮乏的适应,是经长期自然选择的结果.

关键词：四川华鳊饥饿能量代谢低氧耐受

食用菌挥发性香味物质及分离鉴定技术研究进展

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微生物学通报 2024年第10期 3847-3858页

作者：张梦珂陈明杰余昌霞杨焕玲董沁查磊赵妍上海市农业科学院食用菌研究所国家食用菌工程技术研究中心农业农村部南方食用菌资源与利用重点开放实验室上海市农业遗传育种重点开放实验室上海海洋大学食品学院

食用菌营养丰富，风味独特，深受消费者喜爱。食用菌的风味主要由非挥发性的滋味物质和挥发性香味物质组成，其影响食用菌的品质和消费者的接受度。香味通过嗅觉系统感知，能够通过增加人们的愉悦感，刺激食欲的方式来促进消化吸收。本... 详细信息

食用菌营养丰富，风味独特，深受消费者喜爱。食用菌的风味主要由非挥发性的滋味物质和挥发性香味物质组成，其影响食用菌的品质和消费者的接受度。香味通过嗅觉系统感知，能够通过增加人们的愉悦感，刺激食欲的方式来促进消化吸收。本文综合论述了食用菌中的挥发性香味物质组成，主要包括含硫化合物、八碳化合物和一些其他化合物。随后分别对水蒸气蒸馏法、同时蒸馏萃取法、超临界萃取、固相微萃取等分离萃取技术，以及气相色谱-质谱和气相色谱-离子迁移谱鉴定技术进行归纳总结，概述了这些技术的优缺点，为食用菌挥发性香味物质研究及更好地开发食用菌风味产品提供参考。

关键词：食用菌挥发性香味物质萃取分离鉴定

钱塘江唐家洲产卵场仔稚鱼的资源现状及其与环境因子的关系

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浙江农业学报 2024年

作者：鲁一平练青平郭爱环罗凯许巧情原居林长江大学动物科学技术学院浙江省淡水水产研究所农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室

为了解钱塘江下游唐家洲产卵场仔稚鱼的资源现状，2022年4—6月对唐家洲产卵场的仔稚鱼资源进行监测，分析仔稚鱼种类组成、生态类型、丰度时间变化和群落特征，解析仔稚鱼群落特征与主要环境因子的关系，以期为钱塘江鱼类资源的保护与... 详细信息

为了解钱塘江下游唐家洲产卵场仔稚鱼的资源现状，2022年4—6月对唐家洲产卵场的仔稚鱼资源进行监测，分析仔稚鱼种类组成、生态类型、丰度时间变化和群落特征，解析仔稚鱼群落特征与主要环境因子的关系，以期为钱塘江鱼类资源的保护与利用提供数据支撑。本次调查共采集到仔稚鱼1 191尾，经鉴定，隶属于2目2科17种，其中，优势种5种，常见种1种。调查期间，仔稚鱼的日丰度为0～0.255 3 m-3，日平均丰度为0.041 4 m-3，5月份仔稚鱼的平均丰度日最大。仔稚鱼物种大多为杂食性（占总物种数的82.4%），产黏性卵的居多（占总物种数的47.1%），多数营底层生活（占总物种数的52.9%）。冗余分析结果显示，仔稚鱼的数量与水温呈显著相关性（P<0.05），与流量和透明度无显著相关性。

关键词：钱塘江仔稚鱼产卵场环境因子

中华鳖趋化因子CXCL10的分子特征及其对细菌感染的响应

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水产学报 2024年第6期48卷 97-106页

作者：张爱茹黄秋雅吴彬钱国英张海琪徐洁皓浙江万里学院生物与环境学院浙江省淡水水产研究所农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省鱼类健康与营养重点实验室

为研究趋化因子基因cxcl10的表达特征及其对外源病原微生物的响应，实验以中华鳖为对象，利用生物信息学分析CXCL10蛋白的分子特征及系统进化，通过荧光定量PCR(qPCR)技术检测该基因在健康中华鳖各组织中的表达分布及其在革兰氏阳性菌... 详细信息

为研究趋化因子基因cxcl10的表达特征及其对外源病原微生物的响应，实验以中华鳖为对象，利用生物信息学分析CXCL10蛋白的分子特征及系统进化，通过荧光定量PCR(qPCR)技术检测该基因在健康中华鳖各组织中的表达分布及其在革兰氏阳性菌金黄色葡萄球菌和革兰氏阴性菌嗜水气单胞菌胁迫下mRNA的表达规律。结果显示，该蛋白分子质量为10.89 ku，等电点为9.62，存在信号肽和磷酸化位点，单链包含1个N端的loop区、1个α螺旋和3个反向平行β折叠；该基因在健康中华鳖的肝脏和心脏中表达量最高，在血细胞中表达量最低；两种细菌的刺激能促使中华鳖组织器官中cxcl10及炎症相关因子基因tnf-ɑ和il-1β mRNA表达量的显著上调。研究表明，cxcl10可能在中华鳖机体抗菌免疫过程中发挥重要作用。本实验可为中华鳖病害防治提供理论基础。

关键词：中华鳖 CXCL10 mRNA表达生物信息学