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新型冠状病毒E蛋白B细胞表位的预测及鉴定

中国人兽共患病学报 2024年第9期40卷 807-813页

作者：张鹏飞刘钧邹紫阳康喜龙宋丽焦新安孟闯潘志明扬州大学江苏省人兽共患病学重点实验室扬州225009 扬州大学江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心扬州225009 扬州大学农业农村部农产品质量安全生物性危害因子(动物源)控制重点实验室扬州225009

目的利用生物信息学方法预测SARS-CoV-2 E蛋白B细胞表位,并利用小鼠多抗血清、人新型冠状病毒阳性血清等进行验证,以明确SARS-CoV-2 E蛋白的优势B细胞表位。方法使用SOPMA、Expasy、SWISS-MODEL及IEDB数据库和BepiPred-2.0等软件预测SAR... 详细信息

目的利用生物信息学方法预测SARS-CoV-2 E蛋白B细胞表位,并利用小鼠多抗血清、人新型冠状病毒阳性血清等进行验证,以明确SARS-CoV-2 E蛋白的优势B细胞表位。方法使用SOPMA、Expasy、SWISS-MODEL及IEDB数据库和BepiPred-2.0等软件预测SARS-CoV-2 E蛋白的结构及B细胞表位;通过大肠杆菌系统表达并纯化GST标签重组表位蛋白片段,以Western blotting和间接ELISA方法检测表位蛋白与小鼠和人SARS-CoV-2 E蛋白阳性多抗血清的反应性,以初步鉴定SARS-CoV-2 E蛋白的B细胞表位。结果表位预测结果显示,E蛋白含有线性B细胞表位Ser6-Val14和Tyr57-Pro71,构象表位涉及的氨基酸序列为Glu8-Val14、Leu39-Tyr59、Ser60-Leu65;表达并纯化含有预测表位的E蛋白片段E1(Ser6-Val14表位)、E3(Tyr57-Pro71)以及阴性对照片段E2(不含表位序列),Western blotting和间接ELISA结果均显示抗E蛋白小鼠多抗和人新型冠状病毒阳性血清只与E1、E3蛋白片段呈阳性反应而与E2蛋白片段均为阴性反应,显示E蛋白线性B细胞表位预测正确。结论本研究成功预测并初步鉴定出SARS-CoV-2 E蛋白2个线性B细胞表位,为新型冠状病毒疫苗制备和免疫应答特性分析等提供参考。

关键词：新型冠状病毒 B细胞表位线性表位预测鉴定

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双断根嫁接对辣椒嫁接苗愈合及生长的影响

北方园艺 2021年第2期 10-16页

作者：蒋欣梅田雪陈映彤张雪吴凤芝于锡宏农业农村部东北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室东北农业大学园艺园林学院黑龙江哈尔滨150030

以"巨根"辣椒为砧木,"龙椒六号"辣椒为接穗,以砧木不断根常规嫁接和辣椒自根苗分别作为对照,研究双断根套管嫁接方法对辣椒嫁接苗愈合及苗期生长的影响,以期为辣椒种植提供参考依据。结果表明:双断根套管嫁接可有效预防辣椒嫁接苗的徒长... 详细信息

以"巨根"辣椒为砧木,"龙椒六号"辣椒为接穗,以砧木不断根常规嫁接和辣椒自根苗分别作为对照,研究双断根套管嫁接方法对辣椒嫁接苗愈合及苗期生长的影响,以期为辣椒种植提供参考依据。结果表明:双断根套管嫁接可有效预防辣椒嫁接苗的徒长,显著提高壮苗指数。辣椒双断根套管嫁接时,砧木与接穗结合部的伤口愈合与砧木根系再生同时进行。嫁接可以有效提高根系活力,采取双断根套管嫁接后根系活力的提升更显著,根系活力随着嫁接时间的延长呈现降低趋势,双断根套管嫁接始终显著高于常规嫁接苗。2种嫁接方法之间的输导组织运输能力差异不显著;与自根苗相比,2种嫁接方法的输导能力在结合部愈合前期显著降低,在结合部完全愈合、嫁接苗成活后(嫁接后20 d)输导能力显著提高,且双断根方法略高于常规嫁接。

关键词：嫁接双断根方法辣椒嫁接伤口愈合生长

马铃薯抗晚疫病基因R8、RB和抗病毒病基因Rx1、Ry_(adg)的多重PCR检测

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园艺学报 2021年第2期48卷 389-396页

作者：刘程王世尧史伟玲宋玉浩蒋锐赵勇莫世春吕典秋王季春刘勋西南大学农学与生物科技学院薯类生物学与遗传育种重庆市重点实验室重庆400715 重庆市巫溪县农业农村委员会重庆405899

在218份马铃薯材料中筛查晚疫病持久抗性基因RB和R8标记的基础上,进一步筛查了马铃薯X病毒(PVX)和马铃薯Y病毒(PVY)极端抗性基因Rx1和Ry_(adg)的标记。利用筛查出的含有Rx1和RB标记的‘德薯3号’和含有Ry_(adg)和R8标记的P182马铃薯资... 详细信息

在218份马铃薯材料中筛查晚疫病持久抗性基因RB和R8标记的基础上,进一步筛查了马铃薯X病毒(PVX)和马铃薯Y病毒(PVY)极端抗性基因Rx1和Ry_(adg)的标记。利用筛查出的含有Rx1和RB标记的‘德薯3号’和含有Ry_(adg)和R8标记的P182马铃薯资源材料混合DNA为模板,选择已报道的Rx1和Ry_(adg)的标记引物,并根据RB和R8序列设计特异引物,同时设计马铃薯GBSS基因特异引物为内参监控PCR反应体系有效扩增,对多重PCR延伸温度、引物组合浓度等进行优化,建立了同时检测4个抗病基因的多重PCR方法。应用该方法对选育品系样品进行筛查,鉴定到聚合上述4个抗性基因的材料4份。本研究中建立的多重PCR检测体系用于分子标记辅助选择,为马铃薯晚疫病和病毒病多抗基因聚合育种提供了简单、高效的技术方法并为多抗性基因聚合新品种选育创制新资源。

关键词：马铃薯晚疫病马铃薯Y病毒马铃薯X病毒多重PCR

葡萄GH5基因家族全基因组鉴定及生物信息学分析

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植物生理学报 2023年第5期59卷 909-922页

作者：黎霖聂鸿飞叶文秀赵旗峰纪薇山西农业大学园艺学院山西晋中030801 运城市县农业农村局山西运城044500 北京大学现代农业研究院潍坊市葡萄种质创新与利用重点实验室潍坊现代农业山东省实验室山东潍坊261000 山西农业大学果树研究所山西晋中030801

纤维素酶是一种能将纤维素分解成寡糖或单糖的蛋白质。在糖苷水解酶家族中,GH5基因家族是植物当中功能最多样化且数量最多的植物纤维素酶。本研究鉴定到分布在葡萄5条染色体上的18个GH5家族基因。进化树分析显示葡萄的GH5家族基因分为3... 详细信息

纤维素酶是一种能将纤维素分解成寡糖或单糖的蛋白质。在糖苷水解酶家族中,GH5基因家族是植物当中功能最多样化且数量最多的植物纤维素酶。本研究鉴定到分布在葡萄5条染色体上的18个GH5家族基因。进化树分析显示葡萄的GH5家族基因分为3个亚家族,同在一个进化分类的成员其基因结构相似。通过基因结构分析发现葡萄GH5家族成员含1~6个内含子,内含子与外显子数量差异较小。亚细胞定位分析发现葡萄GH5家族成员主要分布在细胞核。蛋白结构分析发现葡萄GH5家族成员以α-螺旋和无规则卷曲为主。顺式作用元件分析发现葡萄VvGH5基因上游启动子序列包含大量的激素响应元件,暗示这些基因家族成员在响应植物内源激素调控中有重要作用。本研究将为深入研究葡萄GH5家族成员的基因功能和分子育种工作提供理论基础。

关键词：葡萄 GH5基因家族生物信息学

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氯虫苯甲酰胺对甘蔗白蚁田间药效评估

广东农业科学 2021年第4期48卷 93-99页

作者：李德伟江凤兰农振益梁阗罗亚伟苏云武谭宏伟覃振强广西农业科学院甘蔗研究所/农业农村部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室/广西甘蔗遗传改良重点实验室广西南宁530007 崇左市桂中白蚁防治有限公司广西崇左532201 崇左市江州区农业农村局广西崇左532200 广西农业科学院广西南宁530007

【目的】研究氯虫苯甲酰胺对甘蔗白蚁的田间防治效果。【方法】于2018年和2019年采用拌肥料撒施法进行两种不同含量氯虫苯甲酰胺对甘蔗白蚁的田间防治试验。在收获前(11月)调查甘蔗白蚁为害株,收获时调查白蚁为害株、甘蔗有效茎数和测... 详细信息

【目的】研究氯虫苯甲酰胺对甘蔗白蚁的田间防治效果。【方法】于2018年和2019年采用拌肥料撒施法进行两种不同含量氯虫苯甲酰胺对甘蔗白蚁的田间防治试验。在收获前(11月)调查甘蔗白蚁为害株,收获时调查白蚁为害株、甘蔗有效茎数和测定产量,计算甘蔗白蚁防治效果与经济效益。【结果】在板麦村试验点5%氯虫苯甲酰胺7.5 kg/hm^(2)和4%氯虫苯甲酰胺7.5 kg/hm^(2)对甘蔗白蚁为害株率差异不显著,但显著低于对照药剂15%吡虫啉7.5 kg/hm^(2)的白蚁为害株率;而在渠凹村3种药剂处理白蚁为害株率差异不显著。总体而言,以5%氯虫苯甲酰胺7.5 kg/hm^(2)防治甘蔗白蚁效果较好,可将白蚁为害株率控制在3%以内,防治效果达80%以上;甘蔗产量比空白对照增加19.2~31.5 t/hm^(2),纯收入增加8784~15180元/hm^(2),增产增收明显。【结论】5%氯虫苯甲酰胺(桂中2号)7.5 kg/hm^(2)对甘蔗白蚁具有良好的防治效果,效益显著,可在甘蔗白蚁为害较严重的蔗区推广使用。

关键词：甘蔗白蚁杀虫剂氯虫苯甲酰胺防治效果效益分析

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牛肿瘤坏死因子α小鼠单克隆抗体的制备

细胞与分子免疫学杂志 2019年第3期35卷 271-276页

作者：谈悦徐正中朱兆成夏爱鸿孙林陈祥焦新安扬州大学农业农村部农产品质量安全生物性危害因子(动物源)控制重点实验室江苏扬州225009 扬州大学江苏省人兽共患病学重点实验室/江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心江苏扬州225009

目的制备抗牛肿瘤坏死因子α(BoTNF-α)的单克隆抗体(mAb)。方法以原核系统表达的带有组蛋白(His)标签的重组牛TNF-α蛋白(rHis-BoTNF-α)为免疫原,带有谷胱甘肽硫转移酶(GST)标签的重组牛TNF-α蛋白(rGST-BoTNF-α)为检测原,采用杂交... 详细信息

目的制备抗牛肿瘤坏死因子α(BoTNF-α)的单克隆抗体(mAb)。方法以原核系统表达的带有组蛋白(His)标签的重组牛TNF-α蛋白(rHis-BoTNF-α)为免疫原,带有谷胱甘肽硫转移酶(GST)标签的重组牛TNF-α蛋白(rGST-BoTNF-α)为检测原,采用杂交瘤细胞技术制备mAb。Western blot法检测mAb与rHis-BoTNF-α和rGST-BoTNF-α的反应性,间接ELISA检测mAb效价、特异性以及mAb与商品化重组BoTNF-α的反应性,流式细胞术分析mAb识别天然抗原的活性。结果成功筛选出7株稳定分泌抗rBoTNF-αmAb的杂交瘤细胞株。结果证明7株mAb均具有良好的反应性及特异性。流式细胞术分析显示mAb 4G4具有良好的识别天然抗原的活性。结论成功制备了抗BoTNF-α的mAb。

关键词：牛肿瘤坏死因子α( BoTNF-α) 原核表达单克隆抗体

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中国谷子名米品种遗传多样性与亲缘关系研究

作物学报 2022年第8期48卷 1914-1925页

作者：王蓉陈小红王倩刘少雄陆平刁现民刘敏轩王瑞云山西农业大学农学院山西太谷030801 中国农业科学院作物科学研究所北京100081 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室山西太原030031

中国是谷子的起源地,历史上的四大传统名米分别为沁州黄、桃花米、龙山小米和金谷米,由于其具有良好的商品与食用品质特征,曾被选为皇家贡米。为探究谷子四大名米的遗传多样性以及与同名品种间的亲缘关系,本研究利用46对SSR标记和22对S... 详细信息

中国是谷子的起源地,历史上的四大传统名米分别为沁州黄、桃花米、龙山小米和金谷米,由于其具有良好的商品与食用品质特征,曾被选为皇家贡米。为探究谷子四大名米的遗传多样性以及与同名品种间的亲缘关系,本研究利用46对SSR标记和22对SRAP标记分别对四大名米及其同名品种共l79份材料的遗传差异进行分析。SSR结果表明,材料间遗传距离为0.0435~0.6304,平均0.3267,PIC为0.2406,等位基因频率为0.7845,遗传多样性为0.2968;基于UPGMA将179份资源聚为10个群组,聚类与其来源有一定相关性;基于Structure和主成分分析均可将材料分为3个类群。SRAP结果表明材料间遗传距离为0.1818~0.9545,平均为0.6001,PIC为0.5257,等位基因频率为0.5718,遗传多样性为0.5688;基于UPGMA将179份材料分为14个类群;基于Structure和主成分分析均可将材料分为3个类群,类群间界限清楚,类群划分与其来源一致。

关键词：谷子传统名米沁州黄桃花米 SSR SRAP 遗传多样性

基于双同位素图谱评估肥料类型对滴灌白菜地N_(2)O来源的影响

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农业工程学报 2020年第23期36卷 109-116页

作者：林伟李昱佳王宇郑欠庄姗丁军军李玉中中国农业科学院都市农业研究所成都610213 中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所农业农村部设施农业节能与废弃物处理重点实验室北京100081 中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所环境稳定同位素实验室北京100081

N_(2)O是一种重要的温室气体,菜地高水高肥导致其排放量大。该研究通过解析滴灌条件下不同肥料处理对白菜地N_(2)O排放的影响,以阐明滴灌下不同肥料处理的N_(2)O来源,为菜地土壤N_(2)O减排提供理论依据。设置无机复合肥(NPK)、有机肥(M... 详细信息

N_(2)O是一种重要的温室气体,菜地高水高肥导致其排放量大。该研究通过解析滴灌条件下不同肥料处理对白菜地N_(2)O排放的影响,以阐明滴灌下不同肥料处理的N_(2)O来源,为菜地土壤N_(2)O减排提供理论依据。设置无机复合肥(NPK)、有机肥(M)、无机水溶肥(WS)和无肥(NF)4种常见肥料处理,采用滴灌方式灌溉,收集菜地土壤排放的N_(2)O,并利用稳定同位素技术分析N_(2)O的同位素特征值,通过15N在N_(2)O分子中的位置偏好值、N_(2)O和H2O之间的净同位素效应值搭建双同位素图谱,分析N_(2)O产生途径及其贡献。结果表明,对于NPK、M、WS和NF处理,N_(2)O排放通量分别为1074、146.5、116.2和112.9μg/(m^(2)·h);NPK、M、WS处理的氮肥利用效率分别为45.1%、22%、45.2%;NPK、M、WS和NF处理下N_(2)O主排期的硝化作用贡献分别约为38%、46%、54%和49%,N_(2)O主排期的N_(2)O还原程度分别约为14%、71%、46%和70%。可见,无机水溶肥处理显示了最高的氮素利用效率和较低的N_(2)O排放量,且其与无机复合肥处理的N_(2)O还原程度都相对较低不利于反硝化过程中的N_(2)O减排;有机肥处理则有最高的N_(2)O还原程度,是减少反硝化作用N_(2)O产生的主要途径。综合考虑,该研究推荐菜地施肥时采用有机肥作为底肥,管理过程中配合水肥一体化技术,达到促进N_(2)O还原以减少N_(2)O排放和提高肥料氮素利用效率的效果。

关键词：同位素肥料 N_(2)O 减排滴灌有机肥

从江及周边地区稻田鲤的遗传结构及系统发育关系

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水生生物学报 2022年第7期46卷 939-950页

作者：余科麻智芳安苗罗均黄胜梁志强邵俭潘秋芝任芳龙金梅贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025 贵州省黔南州农业科学研究院畜牧水产所都匀558000 贵州省从江县农业农村局从江557400 湖南省水产科学研究所长沙410153 贵州省锦屏县农业农村局锦屏556700

为探究贵州从江及邻近的榕江、黎平和锦屏以及广西三江、湖南的通道和靖州等地稻田鲤Cyprinus carpio Linnaeus的遗传结构及系统关系,研究基于mtDNA Cyt b基因测序技术对6个地理群体进行了分析。447尾稻田鲤中共界定出29种Cyt b基因序... 详细信息

为探究贵州从江及邻近的榕江、黎平和锦屏以及广西三江、湖南的通道和靖州等地稻田鲤Cyprinus carpio Linnaeus的遗传结构及系统关系,研究基于mtDNA Cyt b基因测序技术对6个地理群体进行了分析。447尾稻田鲤中共界定出29种Cyt b基因序列单倍型,结合NCBI中鲤同源序列的系统发育和序列比对分析表明,从江及邻近苗侗族地区稻田鲤是一个含欧亚2大谱系、3个鲤亚种和多个母系血统成分的混合群体,主体类群是华南鲤*** rubrofuscus,同时混有欧洲鲤*** carpio和远东鲤*** haematopterus,遭受国内外鲤养殖品种的遗传渗析。遗传多样性分析显示,欧洲鲤亚种群体为低H_(d)低π,遗传多样性贫乏,远东鲤和华南鲤2个亚种群体呈高H_(d)低π特点。华南鲤6个稻田群体除锦屏为低H_(d)低π外,其余都为高H_(d)低π,从江的H_(d)最高,黎平的π最高。遗传分化和分子方差(AMOVA)分析显示,谱系间和亚种间存在显著的遗传分化(P<0.001),锦屏和三江与其他群体存在中等-高度的分化等级,其余群体间分化较弱,群体间变异贡献率为16.69%,群体内为81.14%。综合分析表明,从江及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。研究丰富了该地区稻田鲤遗传背景资料,可为湘黔桂交界苗侗族地区稻田鲤的种质资源鉴定与保护提供理论依据。

关键词： Cyt b基因遗传结构系统发育关系从江及邻近地区稻田鲤