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从高通量测序数据中快速鉴定冠状病毒序列的循环神经网络模型

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军事医学 2020年第4期44卷 253-257页

作者：卢康胡朔枫武家琦刘璞冯超何振应晓敏军事科学院军事医学研究院军事认知与脑科学研究所北京100850

目的探究利用循环神经网络快速检测高通量测序数据中的冠状病毒核酸序列,为快速准确地鉴定新发和高变异株冠状病毒提供新的思路。方法从NCBI数据库中获得冠状病毒和人基因组数据,对收集到的序列进行数据预处理,构建冠状病毒感染者样品... 详细信息

目的探究利用循环神经网络快速检测高通量测序数据中的冠状病毒核酸序列,为快速准确地鉴定新发和高变异株冠状病毒提供新的思路。方法从NCBI数据库中获得冠状病毒和人基因组数据,对收集到的序列进行数据预处理,构建冠状病毒感染者样品高通量测序模拟数据集,将其划分为训练集、验证集和测试集,在训练集上训练循环神经网络,在验证集和测试集上测试效果,并收集新型冠状病毒2019-nCoV基因组数据作为独立测试集。结果该循环神经网络模型在测试集和独立测试集的性能上均优于传统生物信息学方法,计算速度也有较大提升。结论该循环神经网络模型能够灵敏、快速地从高通量测序数据中检测出冠状病毒序列,同时具有很好的泛化能力,可对新发和高变异株冠状病毒序列进行准确的检测,为新发和高变异株冠状病毒的鉴定提供了新思路。

关键词：循环神经网络冠状病毒病原体序列鉴定高通量测序 2019新型冠状病毒

抗新型冠状病毒分泌型IgA的构建及其经鼻给药的生物分布研究

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军事医学 2024年第7期48卷 501-508页

作者：黄平张冠英迟象阳孙韩聪房婷于长明陈薇军事科学院军事医学研究院北京100071

目的以实验室前期开发的1株IgG型抗新型冠状病毒中和抗体ZW2G10为模板,构建得到分泌型IgA(sIgA)并进行活性评价,明确sIgA经鼻给药后在ICR小鼠体内的生物分布。方法sIgA经表达、纯化和鉴定后,通过ELISA和假病毒中和实验评价其结合活性和... 详细信息

目的以实验室前期开发的1株IgG型抗新型冠状病毒中和抗体ZW2G10为模板,构建得到分泌型IgA(sIgA)并进行活性评价,明确sIgA经鼻给药后在ICR小鼠体内的生物分布。方法sIgA经表达、纯化和鉴定后,通过ELISA和假病毒中和实验评价其结合活性和中和活性。sIgA偶联Alexa Fluor 750荧光染料,对小鼠进行滴鼻,活体成像观察sIgA的体内生物分布;将小鼠解剖后,观察sIgA在各器官组织的分布状况。结果与IgG型抗体相比,sIgA保留了与SARS⁃CoV⁃2 S蛋白的结合能力,其中和能力得到增强。sIgA以1 mg/kg的单次剂量滴鼻后,可在小鼠肺部留存72 h以上;在其他器官组织中,仅鼻腔和胃肠道在滴鼻后8 h内检测到抗体存在,在心脏、肝脏、肾脏、脾脏、脑、膀胱和血液中均未检测到抗体存在。结论成功构建通用、高效的sIgA表达体系,明确了sIgA经鼻给药后可有效针对呼吸道和肺部,sIgA有望成为提供即时被动免疫保护的潜在药物。

关键词：新型冠状病毒分泌型IgA 抗体工程经鼻给药生物分布活体成像

基于体素模型的光子外照射大鼠器官剂量模拟计算

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辐射防护 2020年第6期40卷 522-526页

作者：张晓敏李大伟宁静谢向东军事科学院军事医学研究院北京100850

获得外照射条件下的大鼠器官剂量,对于放射医学剂量-效应关系研究具有重要意义。本文基于大鼠微型CT图像建立大鼠体素模型,并研究光子外照射情况下大鼠器官剂量。大鼠体素模型质量323.7 g,单个体素尺寸为0.16 mm×0.16 mm×2 mm,包含大... 详细信息

获得外照射条件下的大鼠器官剂量,对于放射医学剂量-效应关系研究具有重要意义。本文基于大鼠微型CT图像建立大鼠体素模型,并研究光子外照射情况下大鼠器官剂量。大鼠体素模型质量323.7 g,单个体素尺寸为0.16 mm×0.16 mm×2 mm,包含大鼠大部分关键器官和组织。利用蒙特卡罗模拟程序MCNP计算获得了4种照射几何条件、21个单能(10 keV^10 MeV)平行光子束外照射情况下的器官剂量转换系数,最后对器官剂量随光子能量的变化进行了分析与讨论。

关键词：器官剂量体素模型蒙特卡罗模拟光子外照射

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类泛素化蛋白酶8对T细胞活化与分化的影响

军事医学 2023年第10期47卷 735-739,747页

作者：徐光磊靳远晗张耀林程道海张纪岩曹俊霞军事科学院军事医学研究院军事认知与脑科学研究所北京100850

目的探讨类泛素化蛋白酶8(SENP8)在T细胞活化和分化过程中的作用。方法C57BL/6背景的Senp8基因打靶小鼠(Senp8F/F小鼠,简称WT小鼠)与同背景的Cd4⁃Cre转基因小鼠交配,获得在T细胞中特异性缺失SENP8的小鼠(Senp8F/F;Cd4⁃Cre小鼠,简称KO小... 详细信息

目的探讨类泛素化蛋白酶8(SENP8)在T细胞活化和分化过程中的作用。方法C57BL/6背景的Senp8基因打靶小鼠(Senp8F/F小鼠,简称WT小鼠)与同背景的Cd4⁃Cre转基因小鼠交配,获得在T细胞中特异性缺失SENP8的小鼠(Senp8F/F;Cd4⁃Cre小鼠,简称KO小鼠),通过鼠尾基因组DNA PCR以及胸腺细胞免疫印迹实验进行基因型鉴定。流式细胞术分析SENP8缺失对稳态T细胞比例和数量的影响,并以李斯特菌尾静脉注射感染WT和KO小鼠,7 d后流式细胞术分析CD8^(+)T细胞活化、扩增、效应因子表达情况。结果PCR鉴定结果揭示,KO小鼠有Cd4⁃Cre基因和纯合的Loxp片段;免疫印迹结果显示,KO小鼠胸腺细胞中的SENP8蛋白表达下降;证明成功构建了T细胞中特异性敲除SENP8的小鼠模型。流式细胞术检测结果表明,CD4^(+)T细胞和CD8^(+)T细胞在稳态WT和KO小鼠脾脏中的比例和数量并无显著差异。李斯特菌感染7 d后,条件性缺失SENP8不影响CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞数量增加和活化标志分子CD44表达,也不影响CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞中干扰素γ(IFN⁃γ)和颗粒酶B(GzmB)的表达。结论T细胞中缺失SENP8分子不影响T细胞的活化、扩增及李斯特菌感染过程中T细胞的细胞毒作用。

关键词：神经前体细胞表达发育下调蛋白8 类泛素化蛋白酶8 T淋巴细胞淋巴细胞活化细胞分化单核细胞增生李斯特菌

RNF20影响RNA病毒感染后的巨噬细胞极化

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免疫学杂志 2024年第1期40卷 11-18页

作者：杨光曹俊霞张纪岩董洁军事科学院军事医学研究院军事认知与脑科学研究所北京100850

目的探究环指蛋白20(RNF20)在抗RNA病毒先天免疫中的作用。方法在293T人胚肾上皮细胞中过表达RNF20,运用双荧光素酶报告基因实验,检测仙台病毒(SeV)感染诱导的干扰素a4(Ifna4)基因启动子活化。构建Rnf20基因髓系条件性敲除小鼠模型(Rn... 详细信息

目的探究环指蛋白20(RNF20)在抗RNA病毒先天免疫中的作用。方法在293T人胚肾上皮细胞中过表达RNF20,运用双荧光素酶报告基因实验,检测仙台病毒(SeV)感染诱导的干扰素a4(Ifna4)基因启动子活化。构建Rnf20基因髓系条件性敲除小鼠模型(Rnf20F/F;Lyz2-Cre),运用流式细胞术检测Rnf20F/F;Lyz2-Cre和对照Rnf20F/F小鼠骨髓、脾脏和外周血髓系细胞亚群的比例;利用建立的小鼠模型培养骨髓源巨噬细胞(BMDMs),在SeV和水疱性口炎病毒(VSV)感染后,运用免疫印迹检测转录因子干扰素调节因子3(IRF3)和核因子-κB (NF-κB)p65亚基的磷酸化,通过ELISA检测细胞因子IFN-β、TNF-α、IL-6的表达,通过高通量转录组测序分析转录组的改变,并通过LPS和IL-4分别诱导巨噬细胞M1和M2极化,证实RNF20对于转录组的影响。结果 293T细胞中RNF20过表达不影响SeV感染诱导的Ifna4基因启动子活化。Rnf20F/F;Lyz2-Cre和Rnf20F/F小鼠髓系细胞发育无明显差异,在RNA病毒感染2组小鼠的BMDMs后,IRF3、NF-κB p65的磷酸化和IFN-β、TNF-α、IL-6的表达相似,但是一些与巨噬细胞极化相关的基因表达有显著差异。RNF20的缺失有抑制巨噬细胞M1型极化、促进巨噬细胞M2型极化的趋势。结论RNF20不影响RNA病毒感染诱导的IRF3和NF-κB通路活化,但可通过影响巨噬细胞极化而参与感染后炎症的消退。

关键词：环指蛋白20 骨髓源的巨噬细胞 RNA病毒极化

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小型猪在药物安全性评价中的价值和应用

中国新药杂志 2017年第24期26卷 2952-2959页

作者：赵世波李彩霞尹纪业山东潍坊市人民医院潍坊261000 军事科学院军事医学研究院北京100850

小型猪在解剖、生理、生化等方面与人具有很高的相似性,国外采用小型猪用于药物安全性评价的实验研究越来越多。但是,由于背景数据、操作和动物来源等原因,小型猪在药物安全性评价整体上使用比例偏低,国内也很少使用。随着药物研发的步... 详细信息

小型猪在解剖、生理、生化等方面与人具有很高的相似性,国外采用小型猪用于药物安全性评价的实验研究越来越多。但是,由于背景数据、操作和动物来源等原因,小型猪在药物安全性评价整体上使用比例偏低,国内也很少使用。随着药物研发的步伐加快,小型猪在疾病模型和人类毒性预测等方面的种属优势越来越明显,已初步显示出优于犬并代替犬进行安全性评价的趋势,未来小型猪极可能是最具有预测能力的实验动物之一。本文旨在阐明小型猪的种属比较优势,促进国内小型猪在早期药物筛和临床前安全性评价研究中的应用。

关键词：毒理学临床前安全性评价小型猪

基于适配体的生物传感器在双酚A检测中的应用

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分析化学 2021年第2期49卷 172-183页

作者：黄磊王欣刘厦高志贤上海理工大学医疗器械与食品学院军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所天津市环境与食品安全风险监控技术重点实验室

双酚A(BPA)的快速、准确检测对于对食品安全和公共卫生至关重要。基于适配体的生物传感器是一种集生物、化学、物理及纳米技术为一体的新型高效传感器,在BPA分析领域有巨大的应用潜力。本文在对BPA适配体简要分析的基础上,综述了基于适... 详细信息

双酚A(BPA)的快速、准确检测对于对食品安全和公共卫生至关重要。基于适配体的生物传感器是一种集生物、化学、物理及纳米技术为一体的新型高效传感器,在BPA分析领域有巨大的应用潜力。本文在对BPA适配体简要分析的基础上,综述了基于适配体的多种生物传感器的检测原理以及在BPA检测中的最新应用进展,并对其未来发展方向进行了展望。

关键词：双酚A 适配体纳米粒子生物传感器评述

结核分枝杆菌c-di-AMP磷酸二酯酶的重组腺病毒的构建及其诱导的体液免疫应答

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中国人兽共患病学报 2025年

作者：胡家豪宁唤唤董梦娟路延之代婷张从玥徐子晴王姝予周正言柏银兰空军军医大学基础医学院微生物与病原生物学教研室空军军医大学基础医学院学员队空军军医大学军事医学创新中心宁夏医科大学基础医学院生理学和神经生物学系延安大学生命科学学院

目的构建表达结核分枝杆菌（Mtb）c-di-AMP磷酸二酯酶CnpB的重组腺病毒（rAd）并检测其诱导的体液免疫应答。方法经密码子优化的MtbCnpB编码基因克隆入质粒pcADV，获得的重组质粒pcADV-CnpB转染HEK293T细胞，并用Westernblot鉴定表达... 详细信息

目的构建表达结核分枝杆菌（Mtb）c-di-AMP磷酸二酯酶CnpB的重组腺病毒（rAd）并检测其诱导的体液免疫应答。方法经密码子优化的MtbCnpB编码基因克隆入质粒pcADV，获得的重组质粒pcADV-CnpB转染HEK293T细胞，并用Westernblot鉴定表达。重组pcADV-CnpB与骨架质粒共转染HEK293T细胞包装获得重组腺病毒rAd-CnpB，以HEK293T细胞扩增rAd-CnpB，Westernblot和免疫荧光检测rAd-CnpB表达目的蛋白。以rAd-CnpB滴鼻免疫小鼠，收集小鼠血清与肺泡灌洗液（BALF），ELISA检测抗原特异性抗体水平。结果酶切和测序鉴定表明重组质粒pcADV-CnpB构建成功，该质粒能够在真核细胞中表达。在HEK293T细胞内包装并获得rAd-CnpB，大量扩增并纯化获得滴度为5.53×1010PFU/mL的rAd-CnpB。rAd-CnpB可在HEK293T细胞中表达目的蛋白CnpB。rAd-CnpB滴鼻免疫小鼠，可诱导BALF中CnpB特异性IgG与分泌型IgA水平的增加，同时诱导血清中产生高水平的CnpB特异性IgG。结论成功构建表达Mtb c-di-AMP磷酸二酯酶CnpB的重组腺病毒rAd-CnpB，并且rAd-CnpB经黏膜免疫可诱导抗原特异性体液免疫与黏膜免疫应答，可用于结核病新疫苗策略的研究。

关键词：结核分枝杆菌重组腺病毒 c-di-AMP 磷酸二酯酶黏膜免疫

麦冬皂苷D干预内质网应激减轻麦冬皂苷D'所致心肌细胞损伤

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中国中药杂志 2019年第9期44卷 1876-1881页

作者：王佳王宁宁葛运炫谭洪玲马增春王宇光高月广东药科大学广东广州510006 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所北京100850

研究麦冬皂苷D对麦冬皂苷D'诱导大鼠心肌细胞凋亡的干预作用及可能机制,为麦冬皂苷类成分的毒效差异深入研究提供参考。CCK-8法检测麦冬皂苷D与麦冬皂苷D'共处理对细胞存活率的影响; Western blot法及RT-PCR法检测麦冬皂苷D及麦冬皂苷D... 详细信息

研究麦冬皂苷D对麦冬皂苷D'诱导大鼠心肌细胞凋亡的干预作用及可能机制,为麦冬皂苷类成分的毒效差异深入研究提供参考。CCK-8法检测麦冬皂苷D与麦冬皂苷D'共处理对细胞存活率的影响; Western blot法及RT-PCR法检测麦冬皂苷D及麦冬皂苷D'对内质网应激相关基因PERK,Bip,ATF-4,p-eIF2α及CHOP表达的影响;流式细胞仪检测细胞凋亡率;通过内质网形态特异性示踪探针检测麦冬皂苷D'造成的内质网形态改变及麦冬皂苷D的逆转效果,探究麦冬皂苷D保护心肌细胞损伤的可能作用机制。细胞实验结果显示,6μmol·L-1的麦冬皂苷D'可显著诱导内质网应激相关蛋白的表达,导致细胞内质网形态发生变化,促进细胞凋亡。不同浓度的麦冬皂苷D可在一定程度上逆转麦冬皂苷D'引起的心肌细胞损伤。结果表明,麦冬皂苷D可降低麦冬皂苷D'触发的内质网应激,进而对心肌细胞产生保护作用。

关键词：麦冬皂苷D 麦冬皂苷D’ 内质网应激 CYP2J3 细胞凋亡