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基于剪接因子SRSF9在头颈部鳞状细胞癌中的表达及临床意义的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第2期50卷 379-391页

作者：刘玉婷喻莹黎桂珍史沁雪李彬彬广东医科大学基础医学院病理生理学教研室广东东莞523808 广东医科大学第二临床医学院广东东莞523808

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30... 详细信息

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库、基因表达交互分析(GEPIA)数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系;利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况;应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源(TIMER)数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路;基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件,并对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:TCGA数据库、GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高(P<0.01);CPTAC数据库分析,与正常组织比较,HNSCC组织中SRSF9蛋白表达水平明显升高(P<0.001)。TCGA数据库分析,SRSF9 mRNA表达与HNSCC患者病理分级(P=0.004)和HPV感染(P=0.031)有关联。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA高表达均与患者总生存期(OS)较差相关[风险比(HR)=1.40,P=0.019;HR=1.55,P=0.003]。cBioPortal数据库分析,HNSCC中SRSF9基因拷贝数变异(CNV)占26.85%,其CNV与SRSF9 mRNA表达水平呈正相关关系(r=0.44,P<0.001)。ESTIMATE算法分析,SRSF9 mRNA高表达组基质评分和免疫评分均较SRSF9 mRNA低表达组低(P<0.001),肿瘤纯度则高于SRSF9 mRNA低表达组(P<0.001)。TIMER数据库分析,SRSF9 mRNA表达水平与CD4+T淋巴细胞浸润呈正相关关系(r=0.186,P<0.001),而与B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和树突状细胞浸润呈负相关关系(r=-0.269,P<0.001;r=-0.353,P<0.001;r=-0.304,P<0.001)。SRSF9共表达基因富集分析,核糖体、剪接体和代谢通路等相关基因上调,而黏着斑、细胞因子和细胞黏附分子等相关基因下调。SRSF9相关可变剪接靶基因主要涉及脂类代谢、胰高血糖素和紧密连接等通路。结论:SRSF9在HNSCC中呈高表达,且与患者预后不良和肿瘤微环境免疫细胞浸润相关,可成为HNSCC诊断、预后评估和治疗的潜在分子靶标。

关键词：头颈部鳞状细胞癌富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9 可变剪接肿瘤免疫生物信息学

丙酸钠缓解鼠柠檬酸杆菌诱导的小鼠结肠炎效果优于混合短链脂肪酸

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中国药科大学学报 2024年

作者：李莹莹王柳怡王思瑾杨一文辛菲李俐纪巧荣徐州医科大学滕州市中心人民医院徐州医科大学基础医学院病理生理学教研室徐州医科大学基础医学院临床与实验病理学实验室

对比探究丙酸钠与混合短链脂肪酸对鼠柠檬酸杆菌（Citrobacter rodentium， C.r.）感染引起的结肠炎的干预效果及作用机制。小鼠灌胃C.r.诱导结肠炎模型，通过C.r.生长监测、组织病理学分析、qPCR分析、肠道通透性检测、流式细胞术等研... 详细信息

对比探究丙酸钠与混合短链脂肪酸对鼠柠檬酸杆菌（Citrobacter rodentium， C.r.）感染引起的结肠炎的干预效果及作用机制。小鼠灌胃C.r.诱导结肠炎模型，通过C.r.生长监测、组织病理学分析、qPCR分析、肠道通透性检测、流式细胞术等研究丙酸钠和混合短链脂肪酸对小鼠肠道感染的不同影响。结果显示，丙酸钠较混合短链脂肪酸更能有效抑制C.r.的生长。动物实验结果发现，丙酸钠较混合短链脂肪酸明显减少了小鼠感染后的体重下降及肠道细菌排出量。同时，丙酸钠较混合短链脂肪酸有效缓解了C.r.感染所致的结肠炎性浸润、上皮细胞结构破坏和杯状细胞数量减少等病理表现，且丙酸钠明显增加了抗菌肽白介素-17（interleukin-17， IL-17）、再生胰岛衍生蛋白3γ（regenerating islet derived protein 3 gamma， Reg3γ）水平。此外，丙酸钠降低肠道通透性表现优于混合短链脂肪酸，并明显诱导感染后T辅助细胞17（T helper cell 17， Th17）、调节性T细胞（regulatory T cell， Treg）分化。研究结果表明，丙酸钠较混合短链脂肪酸明显缓解C.r.感染诱导的结肠炎症反应，机制可能与其抑制C.r.生长并增强肠道抗感染功能有关。预期结果可为结肠炎提供更安全有益的治疗策略及科学依据。

关键词：丙酸钠短链脂肪酸鼠柠檬酸杆菌结肠炎

敦煌芮草膏对Ⅱ度冻伤大鼠的治疗作用及抗炎作用机制

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中国中西医结合杂志 2024年第6期44卷 709-716页

作者：张莉尚芸王强杜籼芹李爽李亮亮高榕妮蔺兴遥甘肃中医药大学基础医学院兰州730000 敦煌医学与转化教育部重点实验室兰州730000

目的探究敦煌芮草膏对冻伤的治疗作用及机制。方法将96只SPF级SD大鼠用随机数字表法分为6组,每组16只。除空白组之外,剩余80只大鼠采用液氮冷冻法造模,分为5组,即模型(M)组,敦煌芮草膏低(DRP-L)、中(DRP-M)、高剂量(DRP-H)组,磺胺嘧... 详细信息

目的探究敦煌芮草膏对冻伤的治疗作用及机制。方法将96只SPF级SD大鼠用随机数字表法分为6组,每组16只。除空白组之外,剩余80只大鼠采用液氮冷冻法造模,分为5组,即模型(M)组,敦煌芮草膏低(DRP-L)、中(DRP-M)、高剂量(DRP-H)组,磺胺嘧啶银乳膏(SSC)组。除空白组外,其余组每日擦涂给药。于造模后第3、7天取材,每组8只。检测冻伤大鼠皮损大体情况、创口愈合率、肿胀率、病理检查;ELISA法检测大鼠血清中促炎因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、血管内皮生长因子(VEGF)表达;采用实时荧光定量PCR、Western Blot法检测局部创面组织中Toll样受体4(TLR4),髓样分化因子88(MyD88),核转录因子κB p65(NF-κB p65) mRNA及蛋白表达。结果与空白组比较,第3、7天,M组大鼠血清中IL-1β、IL-6、TNF-α的含量及VEGF表达量均明显升高(P<0.05),创面组织中TLR4、MyD88、NF-κB p65 mRNA及蛋白表达增高(P<0.05),M组大鼠炎症反应明显。与M组比较,在造模第3天,DRP-L组NF-κB mRNA水平及MyD88蛋白水平降低(P<0.05);DRP-M、DRP-H、SSC组TNF-α、IL-6含量及TLR4、MyD88 mRNA和蛋白水平(P<0.05,P<0.01)及NF-κB、p-NF-κB蛋白水平降低(P<0.05,P<0.01);且SSC组可IL-1β含量降低(P<0.05),VEGF水平升高(P<0.05),NF-κB mRNA水平降低(P<0.05)。造模第7天,DRP-L组可TNF-α、IL-6含量降低(P<0.05),VEGF水平升高(P<0.01),NF-κB mRNA表达水平降低(P<0.05),MyD88、p-NF-κB蛋白水平降低(P<0.01);DRP-M、H组TNF-α、IL-1β、IL-6水平(P<0.05,P<0.01),升高VEGF水平(P<0.01);降低TLR4、MyD88、NF-κB mRNA及蛋白水平降低(P<0.05,P<0.01);SSC组IL-1β降低(P<0.05),VEGF水平升高(P<0.01),NF-κB mRNA水平降低,MyD88、NF-κB、p-NF-κB蛋白水平降低(P<0.05,P<0.01)。结论敦煌芮草膏可能通过抑制TLR4/MyD88/NF-κB信号通路的激活,减少炎症因子的释放和表达,来发挥冻伤的治疗作用。

关键词：敦煌芮草膏冻伤药效机制中药

基于网络药理学及实验验证探讨敦煌医方小补肝汤抗运动性疲劳的作用机制

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中药药理与临床 2024年第6期40卷 25-32页

作者：芦文娟张禄璐梁永林霍敏峰张李香甘肃中医药大学基础医学院兰州730030 敦煌医学与转化教育部重点实验室兰州730030

目的:运用网络药理学及实验验证的方法探讨小补肝汤干预运动性疲劳的有效成分及可能作用机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索小补肝汤的活性成分;通过人类基因组数据库(Genecards)、药物数据库(Drugbank)、在线人类孟德尔遗... 详细信息

目的:运用网络药理学及实验验证的方法探讨小补肝汤干预运动性疲劳的有效成分及可能作用机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索小补肝汤的活性成分;通过人类基因组数据库(Genecards)、药物数据库(Drugbank)、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、遗传药理学与药物基因组学数据库(PharmGkb),获取疾病的靶标基因;利用Venny2.1.0在线工具绘制药物与疾病靶点的韦恩图,获得交集靶点,将其导入STRING数据库,构建蛋白相互作用(PPI)网络图,通过Bioconductor等在线软件进行基因组数据的高通量分析,得到基因本体(GO)生物功能注释图和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路图,预测作用通路,并采用动物实验验证网络药理学预测结果。结果:通过筛选得到小补肝汤36种活性成分,药物-疾病共同靶点244个;通过构建药物-成分-靶点-疾病调控网络,筛选出豆甾醇(Stigmasterol)、海风藤酮(Kadsurenone)、β-谷固醇(Beta-sitosterol)、山蒟酮C(Hancinone C)及黄杉素(Taxifolin)等核心成分;通过蛋白互作网络的构建,筛选出AKT1、GNAQ及PTGS2等11个关键靶点;GO富集分析得出生物学过程BP 3675个,包括对药物的反应、对氧含量的反应、对缺氧的反应等;细胞组分379个,包括膜筏、膜微区、线粒体外膜等;分子功能624个,包括DNA-结合转录因子结合、泛素蛋白连接酶结合及G蛋白偶联胺受体活性等;KEGG富集分析得出涉及的信号通路主要有钙信号通路(GNAQ-PLCB2-IP3R1-CAM)、cAMP信号通路和甲状腺激素信号等通路。动物实验结果显示,与正常对照组比较,模型对照组负重游泳力竭时间显著减少,血清中乳酸(LD)、尿素氮(BUN)的含量显著升高,肝糖原与肌糖原的含量显著降低(P<0.01),骨骼肌组织病理可见骨骼肌细胞排列紊乱不均,有较多炎症细胞弥漫浸润,骨骼肌组织GNAQ、PLCB2、IP3RI、CAM蛋白表达显著上调(P<0.01);与模型对照组比较,各给药组小鼠负重游泳力竭时间显著增加(P<0.01),血清中LD、BUN的含量明显降低(P<0.05),肝糖原与肌糖原的含量明显升高(P<0.05),各给药组小鼠骨骼肌纤维排列有所改善,炎性细胞浸润明显减少,骨骼肌组织GNAQ、PLCB2、IP3RI、CAM蛋白表达明显下调(P<0.05)。结论:小补肝汤能下调运动性疲劳小鼠骨骼肌组织中GNAQ、PLCB2、IP3RI、CAM蛋白表达,从而调节胞内钙离子浓度,减轻因钙超载导致的细胞线粒体、肌浆网功能破坏而引起的疲劳。

关键词：小补肝汤网络药理学运动性疲劳鸟嘌呤核苷酸结合蛋白q肽钙离子

瑜伽对2型糖尿病患者血糖、血脂和人体测量指标干预效果的系统评价再评价

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中国循证医学杂志 2024年第7期24卷 819-826页

作者：王勇魏媛媛陈书德田晨张鸿基王一芸李琼葛龙兰州大学第一临床医学院兰州730000 兰州大学护理学院兰州730000 兰州大学第一医院干部保健科兰州730000 兰州大学第二临床医学院兰州730000 兰州大学公共卫生学院社会医学与卫生事业管理研究所兰州730000 兰州大学公共卫生学院循证社会科学研究中心兰州730000 兰州大学第一医院内分泌科兰州730000 甘肃省循证医学与临床转化重点实验室兰州730000

目的对瑜伽干预2型糖尿病有效性的系统评价/Meta分析进行再评价,以指导临床相关科学研究,为医务人员提供决策依据。方法计算机检索CNKI、WanFang Data、VIP、CBM、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science、JBI和CINAHL数据库... 详细信息

目的对瑜伽干预2型糖尿病有效性的系统评价/Meta分析进行再评价,以指导临床相关科学研究,为医务人员提供决策依据。方法计算机检索CNKI、WanFang Data、VIP、CBM、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science、JBI和CINAHL数据库,搜集瑜伽干预2型糖尿病的系统评价/Meta分析,检索时限均从建库至2023年11月6日。由2名研究者独立进行文献筛选、资料提取,采用AMSTAR对纳入研究评价方法学质量,采用GRADE分级标准评估证据确信度,并对结局指标进行统计分析。结果最终纳入14项系统评价/Meta分析。AMSTAR评价结果显示7项研究为高质量和7项研究为中质量。GRADE评价结果显示证据2项为高确信度,26项为中确信度,其余31项为低或极低确信度。研究结果显示:瑜伽能较好地降低空腹血糖(中等确信度)、糖化血红蛋白(中等确信度)和餐后血糖水平(中等确信度),且在高密度胆固醇(中等确信度)、低密度胆固醇(中等确信度)、甘油三脂(中等确信度)、总胆固醇(中等确信度)、收缩压和舒张压(中等确信度)、肌肉力量(高等确信度)、心肺健康(中等确信度)和体重水平(中等确信度)等方面也优于其他干预。结论现有证据表明瑜伽具有较好的血糖控制效果,且在血脂参数和人体测量指标方面也存在一定的疗效,但当前研究证据质量和确信度较低,今后的研究者应规范研究设计,为2型糖尿病的预后治疗提供更多高质量证据。

关键词：瑜伽 2型糖尿病系统评价再评价 AMSTAR GRADE

基于玻璃毛细管的大气环境MeV质子微束的产生与测量

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物理学报 2024年第10期73卷 143-152页

作者：万城亮潘俞舟朱丽萍李鹏飞张浩文赵卓彦袁华樊栩宏孙文胜杜战辉陈乾崔莹廖天发魏晓慧王天琦陈熙萌李公平 Reinhold Schuch 张红强兰州大学核科学与技术学院兰州730000 兰州大学基础医学院兰州730000 哈尔滨工程大学核科学与技术学院哈尔滨150001 南通大学理学院南通226019 惠州学院电子信息与电气工程学院惠州516067 哈尔滨工业大学空间环境与物质科学研究院哈尔滨150006 兰州大学稀有同位素前沿科学中心兰州730000 斯德哥尔摩大学物理系斯德哥尔摩S-10691

本文采用玻璃毛细管产生了大气环境中工作的2.5 MeV质子外束微束,并对束斑直径及能量分布随玻璃毛细管与束流方向之间角度(倾角)变化进行测量.测量结果表明,在玻璃毛细管轴向与束流方向一致时(倾角为0°),产生的微束中存在保持初始入射... 详细信息

本文采用玻璃毛细管产生了大气环境中工作的2.5 MeV质子外束微束,并对束斑直径及能量分布随玻璃毛细管与束流方向之间角度(倾角)变化进行测量.测量结果表明,在玻璃毛细管轴向与束流方向一致时(倾角为0°),产生的微束中存在保持初始入射能量的直接穿透部分以及散射部分,其中直接穿透的质子占比最大,束斑直径也最大.随着玻璃毛细管倾角的增大,当其大于几何张角时,束斑直径变小,产生的微束全部为能量减小的散射部分,直接穿透质子消失.我们对质子在玻璃毛细管内传输时的内壁散射过程进行了模拟计算及离子轨迹分析,发现大角度的散射部分决定了形成的外束微束斑外围轮廓,而束斑中心区域由不与毛细管内壁产生任何作用的直接穿透离子构成,其大小由玻璃毛细管出口直径以及几何容许张角决定.采用玻璃毛细管产生的外束微束具有产生简单廉价,微束区域定位简单的特点,有望在辐射生物学、医学、材料等领域得到广泛应用.

关键词：离子外束微束 MeV质子锥形玻璃毛细管

CRISPR/Cas系统在三阴性乳腺癌精准医疗中的应用

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生物化学与生物物理进展 2024年

作者：林惠玲欧阳雨欣唐宛莹胡密彭茂何平平欧阳新平湖南师范大学医学院生理学教研室南华大学衡阳医学院基础医学院生理学教研室神经科学研究所神经变性与认知障碍衡阳市重点实验室长沙优龙机器人有限公司湖南师范大学医学院护理系

三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）是一种特殊乳腺癌亚型，由于其耐药性、侵袭性高、转移能力强、易复发及预后差等临床特点，阻碍了TNBC有效的临床治疗手段的实施。伴随着CRISPR/Cas基因编辑系统的发展，它极大促... 详细信息

三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）是一种特殊乳腺癌亚型，由于其耐药性、侵袭性高、转移能力强、易复发及预后差等临床特点，阻碍了TNBC有效的临床治疗手段的实施。伴随着CRISPR/Cas基因编辑系统的发展，它极大促进了对基因组结构和功能的理解，为研究疾病的发生发展提供了简单又有前途的工具。本综述描述了新兴的CRISPR/Cas技术及其对TNBC的新见解，展示了其临床应用的未来前景，并提出CRISPR技术与其他技术相结合，如三维体外细胞培养系统、单细胞测序和人工智能等，可早期诊断和精确治疗TNBC患者，从而达到精准医疗的目的。

关键词： CRISPR/Cas系统三阴性乳腺癌精准医疗

基于TLR4-Ig融合蛋白探究TLR4信号在溃疡性结肠炎中的关键作用

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海军军医大学学报 2024年第5期45卷 535-543页

作者：钱珂文王楚棋张淑怡李光耀邹宜覃郑欣亚艾泓如傅文燕雷长海胡适海军军医大学(第二军医大学)基础医学院生物医学工程教研室上海200433 新加坡国立大学药学系新加坡119077 海军军医大学(第二军医大学)基础医学院生物物理学教研室上海200433 上海交通大学医学院附属第九人民医院辅助生殖科上海200011

目的探究Toll样受体4(TLR4)信号与溃疡性结肠炎(UC)发生、发展的关系。方法收集UC患者结直肠活检组织样本(n=63),根据Matts组织病理学分级标准分为1~5级,利用免疫组织化学染色检测TLR4表达情况。利用FreeStyle 293表达系统制备TLR4-Ig... 详细信息

目的探究Toll样受体4(TLR4)信号与溃疡性结肠炎(UC)发生、发展的关系。方法收集UC患者结直肠活检组织样本(n=63),根据Matts组织病理学分级标准分为1~5级,利用免疫组织化学染色检测TLR4表达情况。利用FreeStyle 293表达系统制备TLR4-Ig融合蛋白。体外培养健康者来源的外周血单个核细胞(PBMC),在培养基中添加100μg/mL脂多糖诱导炎症模型,并加入100μg/mL TLR4-Ig阻断TLR4,检测粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子、干扰素γ、IL-1β、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-10和TNF-α的分泌水平。以葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导小鼠急性结肠炎模型,分别采用20 mg/kg TLR4-Ig、40 mg/kg TLR4-Ig、抗生素+40 mg/kg TLR4-Ig进行干预,取小鼠结肠组织测量结肠长度并进行组织病理学评估。结果UC患者结肠组织Matts分级越高TLR4高表达的样本比例越高(P<0.001)。TLR4-Ig融合蛋白能够以高亲和力结合TLR4配体,阻断TLR4信号介导的PBMC活化和炎症因子分泌。TLR4-Ig融合蛋白对TLR4信号的阻断加重了DSS诱导的小鼠急性结肠炎,而抗生素处理则对TLR4信号阻断造成的小鼠急性结肠炎加重有缓解作用。结论TLR4信号与肠道菌群的信号交流是UC发生早期的重要保护机制,TLR4信号的缺失不利于缓解急性炎症和修复肠黏膜。

关键词： Toll样受体4 溃疡性结肠炎抗体融合蛋白免疫组织化学葡聚糖硫酸钠

Trappc11诱导型基因敲除小鼠模型的构建及鉴定

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海军军医大学学报 2024年第9期45卷 1156-1161页

作者：王波波弓梦温晶 ALUS Xiaoli 李优磊延安大学医学院生理学教研室延安716000 阿尔伯特爱因斯坦医学院糖尿病研究中心纽约10461

目的建立转运蛋白颗粒复合物亚基11(Trappc11)诱导型基因敲除小鼠模型。方法和结果在Trappc11基因外显子3~5的两侧分别引入loxP位点,利用CRISPR/Cas9技术获得F0代C57BL/6J小鼠;将通过PCR扩增及测序鉴定阳性的F0代C57BL/6J小鼠与C57BL/6... 详细信息

目的建立转运蛋白颗粒复合物亚基11(Trappc11)诱导型基因敲除小鼠模型。方法和结果在Trappc11基因外显子3~5的两侧分别引入loxP位点,利用CRISPR/Cas9技术获得F0代C57BL/6J小鼠;将通过PCR扩增及测序鉴定阳性的F0代C57BL/6J小鼠与C57BL/6J野生型小鼠交配、繁殖,获得F1代Trappc11flox/+小鼠;再将Trappc11flox/+小鼠与UBC-CreERT2小鼠交配,经过2代繁殖,最终获得Trappc11诱导型全身性基因敲除小鼠模型。结论通过CRISPR/Cas9和Cre-loxP技术成功建立了Trappc11诱导型基因敲除小鼠模型,为揭示Trappc11在多器官系统疾病中的病理生理学作用提供了重要工具。

关键词：转运蛋白颗粒复合物亚基11 基因敲除小鼠 CRISPR/Cas9系统 Cre-loxP系统他莫昔芬