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我国血吸虫病防治机构能力建设现状调查

中国血吸虫病防治杂志 2024年第1期36卷 67-73页

作者：何君逸李仕祯邓王平曹淳力李石柱许静中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、科技部国家级热带病国际联合研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院

目的了解我国血吸虫病流行省(直辖市、自治区)血吸虫病防治机构能力建设现状。方法2023年5-6月,通过专家研讨及现场访谈、实地走访等方式了解各类血吸虫病防治机构职责任务和建设要求,设计血吸虫病防治能力维持和巩固专题调查问卷。采... 详细信息

目的了解我国血吸虫病流行省(直辖市、自治区)血吸虫病防治机构能力建设现状。方法2023年5-6月,通过专家研讨及现场访谈、实地走访等方式了解各类血吸虫病防治机构职责任务和建设要求,设计血吸虫病防治能力维持和巩固专题调查问卷。采用问卷星APP对我国承担血吸虫病防治和监测任务的县级、市级及省级卫生机构开展线上问卷调查,分析我国血吸虫病防治机构分布、血吸虫病防治任务承担机构、部门和员工数量及血吸虫病防治科研转化情况;以通过中国合格评定国家认可委员会(China National Accreditation Service for Conformity Assessment,CNAS)认可为实验室有能力开展相应检测工作,分析血吸虫病防治机构检测能力水平。结果累计收到我国12个血吸虫病流行省(直辖市、自治区)的486家血吸虫病防治机构的有效问卷,其中2.5%(12/486)为省级机构、15.8%(77/486)为市级机构、81.7%(397/486)为县级机构;77.4%(376/486)为疾病预防控制中心或公共卫生中心,21.0%(102/486)为血吸虫病、地方病或寄生虫病防治专业机构,1.6%(8/486)为医院、卫生院或其他。486家血吸虫病防治机构共有在职员工37713人,其中血吸虫病防治相关员工5675人。省、市、县级机构血吸虫病防治相关员工数占机构在职总人数的比例分别为5.9%(231/3897)、5.5%(566/10134)和20.6%(4878/23682)。累计有专职血吸虫病防治员工3826名,其中年龄≤40、41~50岁及>50岁员工比例分别为30.5%(1166/3826)、34.6%(1324/3826)和34.9%(1336/3826);血吸虫病防治工作年限>25年专职员工占41.0%(1571/3826);初、中级职称分别占35.5%(1358/3826)和33.7%(1290/3826),18.6%(712/3826)的血吸虫病防治专职员工不具有专业技术职称。血吸虫病防治机构最核心的3项血吸虫病防治工作任务分别为钉螺控制(26.3%,374/1420)、疫情监测与管理(25.4%,361/1420)及健康教育(18.8%,267/1420)。各级血吸虫病防治机构具备的血吸虫病检测技术中,改良加藤厚涂片法、尼龙绢袋集卵孵化法及间接红细胞凝集试验(indirect hemagglutination test,IHA)占比较高。具备酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)、胶体染料试纸条法(dipstick dye immunoassay,DDIA)、金标免疫渗滤试验(dot immunogold filtration assay,DIGFA)、环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)等检测技术能力或实验条件的实验室比例均<50%。2018—2022年,我国血吸虫病防治机构累计承担血吸虫病防治科研项目211项,总经费1859.6万元;累计发表论文619篇;参与制定血吸虫病防治相关标准13项;申请相关专利113项,获批101项;成果转化4项。结论我国血吸虫病防治机构中,独立血吸虫病防治专业机构比例较低、实验室检测能力有待提高、员工年龄结构较老化且职称构成偏低。应加大血吸虫病防治投入和工作力度,加强血吸虫病防治机构能力建设和人才培养,为高质量开展血吸虫病消除工作提供有力支撑。

关键词：血吸虫病消除能力建设现状调查中国

云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及其分子特征

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 242-250页

作者：王雅雪简金花刘华秦源彭晓雪苏雅馨沈玉娟中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫健委寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心国家级热带病国际联合中心上海200025 杭州医学院浙江杭州310000 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的感染情况及其分子特征,为寄生虫病防治工作提供参考。方法2022年7—8月在云南省洱源县5个村庄采用简单随机抽样法抽取1岁以上的常住居民作为调查对象,采集调查对象新鲜粪样,收集其... 详细信息

目的了解云南省洱源县人群芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的感染情况及其分子特征,为寄生虫病防治工作提供参考。方法2022年7—8月在云南省洱源县5个村庄采用简单随机抽样法抽取1岁以上的常住居民作为调查对象,采集调查对象新鲜粪样,收集其社会人口学信息。提取粪样DNA,使用普通PCR和巢式PCR分别扩增芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的核糖体小亚基RNA(SSU rRNA)基因,分析人群感染情况。对阳性PCR扩增产物进行双向测序,在NCBI进行BLAST比对分析,鉴定虫种和基因亚型,采用MEGA 11.0软件以邻接法构建系统进化树。用SPSS 21.0软件进行统计学分析,感染率的比较采用χ2检验或Fisher确切概率法。结果共采集100份居民粪样。芽囊原虫感染率为14.0%(14/100)。其中,男性、女性芽囊原虫感染率分别为14.6%(6/41)和13.6%(8/59);60岁以上的居民和家庭人口数为6人及以上的感染率最高,分别为18.5%(5/27)、3/15;未接受过教育和小学文化者感染率较高,分别为2/11和17.0%(8/47);感染者均为农民。不同性别、年龄、家庭人口数、教育水平和职业等人群的芽囊原虫感染率差异均无统计学意义(χ2=0.023、2.730、2.235、1.404、1.668,均P>0.05)。卡耶塔环孢子虫感染率为2.0%(2/100),感染者均为女性农民。未查见芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫的混合感染。14份芽囊原虫阳性样本中扩增出ST1和ST3亚型序列各7条,其中7条ST1序列有25个核苷酸差异,5条与芽囊原虫(GenBank:ON932511、KU147348、MK801408、MW728079、OR754904)的序列一致性分别为100%,2条为新序列(GenBank:PP439288、PP439289),与芽囊原虫(GenBank:OP725964、KU147333)一致性为99.8%;7条ST3序列有1个核苷酸差异,与芽囊原虫(GenBank:KU147372、MK801366)的序列一致性分别为100%。扩增获得的2条卡耶塔环孢子虫序列相同,与卡耶塔环孢子虫(GenBank:KY770755)的序列一致性为100%。系统进化树显示,本研究中芽囊原虫分别与ST1和ST3亚型聚在一大分支上,卡耶塔环孢子与人源卡耶塔环孢子虫聚在同一分支上。结论云南省洱源县人群存在芽囊原虫和卡耶塔环孢子虫感染。芽囊原虫感染率较高,感染亚型为ST1和ST3亚型,ST1的遗传变异程度较高。

关键词：芽囊原虫卡耶塔环孢子虫感染分子特征洱源县

CRISPR/Cas系统在寄生虫基因编辑与核酸检测中的应用进展

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第3期36卷 314-320页

作者：闫书宁杨硕杨汉银辛怡徐斌胡薇卢艳郑彬中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、科技部国家级热带病国际联合研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)及其相关蛋白(CRISPR-associated protein,Cas)系统(CRISPR/Cas系统)为具有规律簇状短回文重复序列结构的适应性免疫系统,能干扰外源性核酸,保护原核生物免受外部侵害,是一种有效的基因编辑及核酸检测工具。CRISPR/Cas系统在病毒和细菌领域应用广泛,但在寄生虫病领域研究相对较少。本文分类探讨了CRISPR/Cas系统的作用机制,全面综述了其在寄生虫基因编辑与核酸检测中的应用,旨在为未来寄生虫病相关研究提供参考。

关键词： CRISPR/Cas系统寄生虫病基因编辑核酸检测

1993—2022年恶性疟原虫RIFIN蛋白研究文献计量学分析

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第2期36卷 184-190页

作者：尹静娴孙芷珊赵翰卿周晓农 Kassegne Kokouvi 陈军虎上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院、上海交通大学全健康研究中心上海200025 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、科技部国家级热带病国际联合研究中心上海200025 海南热带病研究中心(国家热带病研究中心海南分中心) 海南海口571199

目的对1993—2022年恶性疟原虫重复散布蛋白家族(repetitive interspersed families of polypeptides,RIFIN)研究文献进行文献计量学分析,总结研究热点,为RIFIN蛋白后续研究提供参考。方法在Web of Science核心合集数据库中检索1993—... 详细信息

目的对1993—2022年恶性疟原虫重复散布蛋白家族(repetitive interspersed families of polypeptides,RIFIN)研究文献进行文献计量学分析,总结研究热点,为RIFIN蛋白后续研究提供参考。方法在Web of Science核心合集数据库中检索1993—2022年RIFIN蛋白研究相关论文,采用Cite Space 6.***.4.0软件分析1993—2022年各年发文量并构建国家、作者、机构合作网络图谱;提取文献的关键词绘制关键词共现、聚类、突现和时间线图谱,分析RIFIN蛋白研究热点。结果共纳入745篇英文文献进行文献计量学分析,1993—2022年年发文量为18~36篇。RIFIN蛋白研究领域活跃度居前3位的国家为美国、英国、法国,活跃度较高的机构是高校和研究机构,未发现活跃度特别高的作者。关键词共形成重复DNA序列、分子流行病学、抗原变异等3个聚类。关键词共现、突现和时间线分析结果显示,既往RIFIN蛋白研究主要集中在基因性质、功能等方面,涉及的关键词包括重复DNA序列、进化等;近年来研究热点转向基因多样性和免疫反应等方面,涉及的关键词包括基因多样性、抗原变异、结合等。结论 1993—2022年RIFIN蛋白研究相关论文逐年发文量相对稳定,本研究结果可望为RIFIN蛋白后续研究提供借鉴。

关键词：恶性疟原虫重复散布蛋白家族文献计量学分析 CiteSpace

上海市宠物犬和猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特性研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第1期42卷 63-68页

作者：秦源刘华王雅雪张璟苏雅馨曹建平沈玉娟中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解上海市宠物犬、猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特征,评估人兽共患传播风险。方法2021年11月—2022年6月,采集上海市某宠物医院犬和猫的新鲜粪样,提取粪样基因组DNA,巢式PCR扩增毕氏肠微孢子虫核糖体内转录间隔... 详细信息

目的了解上海市宠物犬、猫毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染情况及分子特征,评估人兽共患传播风险。方法2021年11月—2022年6月,采集上海市某宠物医院犬和猫的新鲜粪样,提取粪样基因组DNA,巢式PCR扩增毕氏肠微孢子虫核糖体内转录间隔区(ITS)和卡耶塔环孢子虫小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)序列,阳性产物经双向测序后在GenBank数据库中进行BLAST比对。使用MEGA 11.0软件基于邻接法构建系统进化树。结果本研究共采集145份粪样(犬粪样99份、猫粪样46份),毕氏肠微孢子虫总阳性率为4.1%(6/145),卡耶塔环孢子虫总阳性率为4.8%(7/145);犬的毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫阳性率分别为3.0%(3/99)和6.1%(6/99),猫的毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫阳性率分别为6.5%(3/46)和2.2%(1/46)。6条毕氏肠微孢子虫ITS序列与人源基因型A(GenBank登录号:MK982500)的序列一致性均为100%,归在组1;7条卡耶塔环孢子虫SSU rRNA序列与人源卡耶塔环孢子虫(GenBank登录号:KJ569533)的序列一致性均为100%。系统进化树分析结果显示,毕氏肠微孢子虫分离株与已报道的人源毕氏肠微孢子虫基因型A分离株归为同一分支,卡耶塔环孢子虫的分离株与已报道的人源卡耶塔环孢子虫分离株归为同一分支。结论上海市宠物犬、猫中存在毕氏肠微孢子虫和卡耶塔环孢子虫感染,均为人兽共感染型虫株。

关键词：毕氏肠微孢子虫卡耶塔环孢子虫宠物人兽共患病

基于文献计量学分析构建全球卫生人才培训评价指标体系

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第2期36卷 191-197页

作者：陶晓晴马雪娇费思伟段磊吕山武佳妮中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、国家级热带病国际联合研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海交通大学-爱丁堡大学全健康研究中心

目的了解当前全球卫生培训研究热点,构建全球卫生人才培训评价指标体系。方法在中国期刊全文数据库、万方数据库、Web of Science核心合集数据库中,检索2003—2022年公开发表的有关全球卫生培训评价的文献。采用Cite Space软件对检索... 详细信息

目的了解当前全球卫生培训研究热点,构建全球卫生人才培训评价指标体系。方法在中国期刊全文数据库、万方数据库、Web of Science核心合集数据库中,检索2003—2022年公开发表的有关全球卫生培训评价的文献。采用Cite Space软件对检索到的文献进行关键词共现和聚类分析。基于关键词聚类分析结果,以决策导向(context,input,process,product,CIPP)评价模型作为理论框架,构建全球卫生人才培训指标体系。结果共纳入692篇中文文献、1 264篇英文文献进行分析。经关键词共现和聚类分析,获得中、英文关键词聚类各10个,中文关键词聚类依次为层次分析法、卫生外交、人员结构、跨学科、教育考核、全球健康学科发展、培训需求、课程设置、质量评价、后勤保障,英文关键词聚类依次为循证实践、能力建设、全球卫生、生活质量、机器学习、领导力、撒哈拉沙漠以南非洲、健康平等、公共卫生安全、全球卫生外交。基于上述关键词聚类,以CIPP作为理论框架,构建了包括4个一级指标、15个二级指标、59个三级指标的全球卫生人才培训评价指标体系,其中一级指标包括背景评价、投入评价、过程评价、结果评价4个维度。结论成功构建了全球卫生人才培训评价指标体系,该体系可为未来全球卫生人才培训提供有效的评估工具和量化依据。

关键词：全球卫生人才培训评价指标文献计量学决策导向评价模式

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广州管圆线虫感染大鼠脑组织转录组分析

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 217-224,233页

作者：程东慧蒋天哥景一丹杨丽敏郭云海方圆李中秋张仪中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的了解广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组的表达水平。方法将32只SD大鼠随机分为对照组(12只)和感染组(20只),感染组每只大鼠经灌胃感染40条广州管圆线虫Ⅲ期幼虫,对照组灌胃等体积生理盐水。感染后1、7、14、21 d,对照组、感染组... 详细信息

目的了解广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组的表达水平。方法将32只SD大鼠随机分为对照组(12只)和感染组(20只),感染组每只大鼠经灌胃感染40条广州管圆线虫Ⅲ期幼虫,对照组灌胃等体积生理盐水。感染后1、7、14、21 d,对照组、感染组分别随机解剖3、5只,取脑组织制备石蜡切片,苏木精-伊红(HE)染色后观察脑组织病理变化。TRIzol法提取感染后14 d大鼠脑组织RNA,逆转录为cDNA后测序。选取差异表达mRNA进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析,采用STRING数据库预测差异表达mRNA靶蛋白之间的蛋白质互作(PPI)关系。利用生物信息学方法构建差异表达基因的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。采用qPCR验证表达差异的lncRNA。结果HE染色结果显示,感染广州管圆线虫后14 d,感染组大鼠脑组织出现病理变化,脑海马区神经元胞浆固缩;感染后21 d,脑膜处可见寄生虫样组织。RNA测序结果显示,感染广州管圆线虫后14 d,大鼠脑组织中差异表达mRNA的数量为955个(890个上调、65个下调);差异表达lncRNA的数量为193个(122个上调、71个下调)。GO富集分析结果显示,差异表达mRNA主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程,细胞成分主要为质膜外侧的胞外空间、细胞表面等,分子功能主要为趋化因子活性、趋化因子受体结合等;KEGG代谢通路分析结果显示,差异表达mRNA主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子等信号通路。PPI分析结果显示,差异表达基因主要的靶点为趋化因子配体11、RT1-Da、丝氨酸家族E成员1等,均与免疫应答相关。ceRNA结果显示,显著富集的miRNA如mir-466b-3p、mir-1956、mir-207和mir-328a-5p等与免疫应答、细胞凋亡、血管生成等过程有关。qPCR结果显示,感染广州管圆线虫后,感染组大鼠H19的相对转录水平逐渐升高,在感染后21 d达到峰值,为15.074±3.366,高于对照组的1.000±0.113(t=13.190,P<0.05);RT1-CE6、LOC100910973和lncR-ncf1的相对转录水平在感染后14 d达到峰值,分别为9.702±1.408、6.683±1.299和7.733±0.717,均高于对照组的1.003±0.039、1.001±0.156和0.999±0.076(t=20.760、13.830、28.810,均P<0.01);AABR07030796.1的相对转录水平在感染后14 d开始上升,至感染后21 d达到峰值,分别为4.485±0.236和5.068±1.608,均高于对照组的1.000±0.159和1.001±0.256(t=7.049、8.229,均P<0.01)。感染广州管圆线虫后14 d,大鼠脑组织中H19、RT1-CE6、LOC100910973、lncR-ncf1和AABR07030796.1的qPCR结果和RNA测序结果均显示上调,表达趋势一致。结论广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组中获得955个差异表达mRNA和193个差异表达lncRNA,主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程。

关键词：广州管圆线虫长链非编码RNA 转录组学竞争性内源RNA

羧甲基纤维素/κ-卡拉胶/MIL-53复合气凝胶对水体中环丙沙星的吸附去除

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环境化学 2024年第7期43卷 2395-2408页

作者：李娜夏玮孙思宇王禹洋杨琥南京大学环境学院污染控制与资源化研究国家重点实验室南京210023 海南医学院热带医学院国家卫生健康委热带病防治重点实验室海口571199

环丙沙星(CIP)是一种常见氟喹诺酮类抗生素,已广泛应用于人类和动物抗感染类疾病的治疗和预防,但其大部分以原药或代谢产物的形式流入水体环境中,研究CIP的高效去除技术对保障生态环境和人类健康具有重要意义.本研究分别利用羧甲基纤维... 详细信息

环丙沙星(CIP)是一种常见氟喹诺酮类抗生素,已广泛应用于人类和动物抗感染类疾病的治疗和预防,但其大部分以原药或代谢产物的形式流入水体环境中,研究CIP的高效去除技术对保障生态环境和人类健康具有重要意义.本研究分别利用羧甲基纤维素(CMC)和CMC/κ-卡拉胶(κ-CG)气凝胶为载体,原位负载一种常见金属有机框架材料MIL-53,制备CMC/MIL-53和CMC/κ-CG/MIL-53复合气凝胶,并研究复合气凝胶对CIP的吸附效果和吸附机理.相比于CMC和CMC/κ-CG气凝胶,CMC/MIL-53和CMC/κ-CG/MIL-53复合气凝胶不仅吸附量得以提高,其耐碱性及抗盐性均得到有效改善,在pH 4.0—9.0范围内和高盐浓度下对CIP均保持较好的吸附效果.CMC/MIL-53和CMC/κ-CG/MIL-53复合气凝胶对CIP的吸附均为单分子层的化学吸附过程,在中性条件下的理论最大吸附量分别为1.105 mmol·g^(-1)和1.464 mmol·g^(-1).结合表观吸附性能结果和吸附前后的FTIR和XPS光谱特征分析得出,CMC/MIL-53和CMC/κ-CG/MIL-53复合气凝胶对CIP的高效吸附是氢键、静电吸附、π—π电子供体—受体相互作用和络合作用等多重作用的结果.在中性和碱性条件下,Fe^(3+)离子浸出量低于世界卫生组织规定的浓度阈值,较好地解决了原粉末状MIL-53在实际水体中易流失难回收的问题.相比于CMC/MIL-53,CMC/κ-CG/MIL-53复合气凝胶对水体中CIP具有更佳的吸附去除性能,有着更为优良的应用潜力.

关键词：气凝胶羧甲基纤维素 κ-卡拉胶 MIL-53 环丙沙星吸附性能吸附机制

基于单细胞转录组测序的细粒棘球蚴感染小鼠肝T细胞异质性分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第3期42卷 286-294页

作者：江楠苏雅馨蒋小凤沈玉娟曹建平中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际研究中心上海200025 上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院上海200025

目的从单细胞水平探究细粒棘球蚴感染小鼠不同时期肝组织微环境细胞中T细胞亚型组成及其转录谱特征。方法从课题组前期细粒棘球蚴感染后1个月(1只)、3个月(1只)和6个月(2只)的BALB/c小鼠和健康小鼠(1只,对照组)肝组织的单细胞转录组... 详细信息

目的从单细胞水平探究细粒棘球蚴感染小鼠不同时期肝组织微环境细胞中T细胞亚型组成及其转录谱特征。方法从课题组前期细粒棘球蚴感染后1个月(1只)、3个月(1只)和6个月(2只)的BALB/c小鼠和健康小鼠(1只,对照组)肝组织的单细胞转录组测序数据集(中国国家生物信息中心组学原始数据归档库:CRA008416)(https://***/gsa)中提取测序数据进行质控。采用统一流形逼近与投影(UMAP)算法对单细胞群聚类进行可视化作图,采用共享最近邻相似度(SNN)聚类算法分析最优细胞分群。采用SingleR软件包基于immgen参考数据集对细胞亚群进行细胞类型注释。使用Seurat软件包的FindMarkers函数分析不同时期感染小鼠和对照组小鼠的调节性T细胞(Treg)和CD8+T细胞的差异表达基因(DEG)。利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分别对DEG进行功能富集分析和通路富集分析。结果质控后获得37 760个细胞,人工优化后分为8种类型细胞。对T细胞重聚类后获得12个细胞群。注释后鉴定获得7种T细胞,包括CD4+初始T细胞、CD4+效应T细胞、Treg、CD8+初始T细胞、CD8+T细胞、增殖性T细胞、γδ T细胞。在细粒棘球蚴感染1个月后T细胞各亚群占比无明显变化,感染后3个月增殖性T细胞(11.91%,56/470)和Treg (13.40%,63/470)占比均高于对照组(3.51%, 38/1 082;4.34%, 47/1 082),感染后6个月CD8+T细胞占比(30.20%,1 145/3 791)高于对照组(15.43%, 167/1 082)。Treg在感染后3个月高表达肿瘤坏死因子-α诱导蛋白8(Tnfaip8)、Maf、伊卡洛斯家族锌指3 (Ikzf3)等维持Treg的基因;CD8+T细胞在感染后6个月高表达白细胞表面分化抗原40配体(Cd40lg)、类几丁质酶3 (Chil3)、分泌型磷蛋白1 (Spp1)等耗竭性基因。GO分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要富集于转化生长因子β受体复合物组装、正调节T细胞活化、环磷酸腺苷介导的信号传导等通路;感染后6个月CD8+T细胞的DEG主要富集调节血管内皮生长因子受体、色氨酸分解代谢过程、细胞外基质细胞信号等通路。KEGG分析结果显示,感染后3个月Treg的DEG主要参与原发性免疫缺陷和Ras信号传导途径等通路;感染后6个月CD8+T细胞DEG主要参与脂肪酸代谢、谷胱甘肽代谢、叶酸代谢等通路。结论细粒棘球蚴感染后3个月、6个月小鼠的肝组织T细胞亚型存在差异,感染后3个月Treg占比增加,感染后6个月CD8+T细胞占比增加,Treg、CD8+T细胞的DEG及其主要富集的通路存在差异。

关键词：细粒棘球绦虫单细胞转录组测序 T细胞免疫微环境