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昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

2014—2021年云南省水产品病原生物监测结果分析

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中国食品卫生杂志 2024年第1期36卷 49-55页

作者：陈志辉汤晓召杨祖顺杨菁马妮范璐昆明市疾病预防控制中心云南昆明650028 云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的分析云南省水产品病原生物污染情况,为食源性疾病防控策略提供依据。方法2014—2021年,按年度对云南省16个州市水产品开展随机抽样监测,以统计学方法分析不同病原生物在水产品类型、地区、季节分布上的差异以及可能的污染途径。结果... 详细信息

目的分析云南省水产品病原生物污染情况,为食源性疾病防控策略提供依据。方法2014—2021年,按年度对云南省16个州市水产品开展随机抽样监测,以统计学方法分析不同病原生物在水产品类型、地区、季节分布上的差异以及可能的污染途径。结果在3540份生鲜、冷鲜、冷冻(糜制品)、即食4类水产样品中,检出9种致病菌、1种寄生虫,总检出率为10.8%(383/3540),致病菌中检出较多的为副溶血性弧菌(10.3%,139/1347)、单核细胞增生李斯特菌(4.2%,41/980)、沙门菌(3.3%,32/980);寄生虫中广州管圆线虫在中间宿主中感染较为普遍(9.0%,167/1861),其他病原生物检出率较低。病原生物在不同类型水产品中检出率差异有统计学意义(χ^(2)=34.077,P区分布、产地及采样场所存在有检出差异;副溶血性弧菌(χ^(2)=15.850,P=0.001)、溶藻弧菌(χ^(2)=8.400,P=0.029)检出率在季度分布上差异有统计学意义。结论云南省水产品病原生物污染较普遍,存在引发食源性疾病的风险。改变饮食习惯、改善水产品储运条件及加强病原生物监测是降低食源性疾病发病率的有效途径。

关键词：水产品病原生物云南省风险监测污染食源性致病菌寄生虫

2023年云南省首例猴痘确诊病例的流行病学调查与处置

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疾病监测 2024年

作者：韩晓宇罗春蕊王珏朱向晖刘春蓓张利那伏晓庆张美玲刘照生云南省疾病预防控制中心曲靖市疾病预防控制中心

目的　描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子，疱疹液等样本，应用实时荧光定量... 详细信息

目的　描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子，疱疹液等样本，应用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）对标本进行猴痘病毒核酸检测、基因测序等。结果病例于2023年6月16日在云南省外发生多次高风险暴露行为，6月22日出现生殖器部位瘙痒伴皮疹，乏力、肌痛。其咽拭子、肛拭子、尿道口分泌物、疱疹液均检出猴痘病毒核酸阳性，基因测序结果显示，病例感染的猴痘病毒属西非系B.1.3分支。病例的6名密切接触者中，1名检出猴痘病毒核酸阳性，为有同性性行为者。采集患者床单、被套，卫生间毛巾等6份环境标本，其中1份卧室床单标本为阳性。结论　综合流行病学调查和实验室结果，该猴痘确诊病例系国内本土感染引起，需密切关注猴痘疫情的发展趋势，加强健康教育，同时加强监测和预警系统的建设，做好猴痘疫情监测和防控准备工作。

关键词：猴痘病毒云南省首例防控措施

2007—2021年玉溪市江川区突发公共卫生事件流行病学特征分析

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职业与健康 2024年第10期40卷 1347-1351页

作者：念鹏英李志超刘映萍刘子贵陈红刘江伟玉溪市江川区疾病预防控制中心疾病控制科云南玉溪653100

目的了解2007—2021年玉溪市江川区突发公共卫生事件的流行病学特征,为制定和调整江川区防控措施提供参考依据。方法从“中国疾病预防控制信息系统”下的子系统“突发公共卫生事件管理信息系统”收集2007—2021年玉溪市江川区突发公共... 详细信息

目的了解2007—2021年玉溪市江川区突发公共卫生事件的流行病学特征,为制定和调整江川区防控措施提供参考依据。方法从“中国疾病预防控制信息系统”下的子系统“突发公共卫生事件管理信息系统”收集2007—2021年玉溪市江川区突发公共卫生事件数据,并对数据进行分析。结果2007—2021年玉溪市江川区共报告突发公共卫生事件47起,波及人数25163人,病例989例,死亡7例,罹患率为3.93%。事件级别以一般事件(74.47%)为主。事件类型以传染病事件(65.96%)为主,93.55%为病毒性突发公共卫生事件,报告居前三位的病种为手足口病(41.94%),水痘(19.36%)、甲型H1N1流感(9.68%)。事件主要在6—7月和10月高发,发生的主要场所为学校。突发事件不同场所间的罹患率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=568.26,P玉溪市江川区突发公共卫生事件的主要原因,小学和幼儿园是防控的重点场所。学校常见传染病防控是江川区今后公共卫生工作的重点,要加强重点传染病的常规监测和做好健康教育等综合防控措施。

关键词：突发公共卫生事件流行特征传染病

2016-2022年云南省市售禽畜肉中弯曲菌污染状况调查分析

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疾病监测 2024年第3期39卷 349-354页

作者：汤晓召周泽坤杨祖顺杨菁马妮罗荣爱范璐云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 昆明市五华区疾病预防控制中心云南昆明650032

目的了解云南省市售禽畜肉中弯曲菌的污染状况,为食源性疾病的防控提供依据。方法对2016-2022年云南省16个地(州、市)市售禽畜肉进行随机采样和弯曲菌检测,根据肉类别、样品采集年份、地区、采样环节和季度,对样品中弯曲菌的污染状况... 详细信息

目的了解云南省市售禽畜肉中弯曲菌的污染状况,为食源性疾病的防控提供依据。方法对2016-2022年云南省16个地(州、市)市售禽畜肉进行随机采样和弯曲菌检测,根据肉类别、样品采集年份、地区、采样环节和季度,对样品中弯曲菌的污染状况进行分析。结果弯曲菌总检出率为9.21%(178/1 932),空肠和结肠弯曲菌检出率分别为5.75%(111/1 932)和3.47%(67/1 932)。禽肉中弯曲菌的检出率(11.42%,160/1401)高于畜肉(3.39%,18/531),两者差异有统计学意义(χ^(2)=31.521,P区采集的样本中弯曲菌检出率差异有统计学意义(P市场检出率较高。不同季度弯曲菌检出率差异有统计学意义(χ^(2)=8.029,P=0.045),第四季度检出率最高。结论云南省禽畜肉制品中弯曲菌存在一定程度污染。建议改善肉制品储运条件,加强对禽畜产品在流通环节的监管以及风险监测工作。

关键词：弯曲菌禽畜肉污染状况云南省

结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒诊断结核分枝杆菌耐药效果研究

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中国热带医学 2024年第3期24卷 271-275页

作者：茹浩浩杨星陈连勇陈涛闫双群许琳云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的评价结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒(GenoType MTBDRplus VER2.0,简称MTB‐DRplus 2.0)检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标,为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1—12月云南省3... 详细信息

目的评价结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒(GenoType MTBDRplus VER2.0,简称MTB‐DRplus 2.0)检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标,为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1—12月云南省32个县(市、区)级结核病定点治疗医院分离培养的阳性菌株,经MTBDRplus 2.0检出结核分枝杆菌880株,进行最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)法药敏试验检测。结果以MIC法为金标准,MTBDRplus 2.0检测异烟肼耐药的灵敏度为67.69%,特异度为98.40%,阳性预测值为77.19%,阴性预测值为97.45%,MTBDRplus 2.0和MIC法检测异烟肼耐药结果一致性中等,Kappa为0.701(P<0.001);检测利福平耐药的灵敏度为87.80%,特异度为99.40%,阳性预测值为87.80%,阴性预测值为99.40%,MTBDRplus 2.0和MIC法检测利福平耐药结果一致性较好,Kappa为0.872(P<0.001)。MTBDRplus 2.0结果显示对异烟肼耐药而MIC法结果为对异烟肼敏感的13株菌中,发生inhA(C15T)突变有11株(占84.62%),MTBDRplus 2.0结果显示对利福平耐药而MIC法结果为对利福平敏感5株菌中,发生rpoB其他突变有4株(80.00%)。结论MTBDRplus 2.0检测利福平耐药的灵敏度和特异度均较高,但检测异烟肼耐药的灵敏度略低,检测异烟肼耐药的灵敏度低可能是由于试剂盒检测异烟肼耐药的靶点覆盖不足。inhA基因突变与异烟肼耐药的相关性较差,rpoB基因其他突变与利福平耐药的相关性较差。

关键词：结核分枝杆菌结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒最低抑菌浓度法耐药

MTBDRplus 2.0诊断结核分枝杆菌耐药效果的评价研究

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中国热带医学 2024年

作者：茹浩浩杨星陈连勇陈涛闫双群许琳云南省疾病预防控制中心

目的评价GenoTypeMTBDRplusV2.0（结核分枝杆菌及耐药基因检测试剂盒PCR-线性杂交酶显色法，简称MTBDRplus2.0）试剂盒检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标，为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1... 详细信息

目的评价GenoTypeMTBDRplusV2.0（结核分枝杆菌及耐药基因检测试剂盒PCR-线性杂交酶显色法，简称MTBDRplus2.0）试剂盒检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标，为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1—12月云南省32个县（市、区）级结核病定点治疗医院分离培养的阳性菌株，经MTBDRplus2.0检出结核分枝杆菌880株，进行最低抑菌浓度（minimuminhibitoryconcentration，MIC）法药敏试验检测。结果以MIC法为金标准，MTBDRplus2.0检测异烟肼耐药的灵敏度为67.69%，特异度为98.40%，阳性预测值为75.44%，阴性预测值为97.45%，MTBDRplus2.0和MIC法检测异烟肼耐药结果一致性中等，Kappa值为0.701（P<0.001）；检测利福平耐药的灵敏度为87.80%，特异度为99.40%，阳性预测值为87.80%，阴性预测值为99.40%，MTBDRplus2.0和MIC法检测利福平耐药结果一致性较好，Kappa值为0.872（P<0.001）。MTBDRplus2.0结果显示对异烟肼耐药而MIC法结果为对异烟肼敏感的13株菌中，发生inhA（C15T）突变有11株（占84.62%），MTBDRplus2.0结果显示对利福平耐药而MIC法结果为对利福平敏感5株菌中，发生rpoB其他突变有4株（80.00%）。结论MTBDRplus 2.0检测利福平耐药的灵敏度和特异度均较高，但检测异烟肼耐药的灵敏度略低，检测异烟肼耐药的灵敏度低可能是由于试剂盒检测异烟肼耐药的靶点覆盖不足。inhA基因突变与异烟肼耐药的相关性较差，rpoB基因其他突变与利福平耐药的相关性较差。

关键词： MTBDRplus 2.0 最低抑菌浓度法结核分枝杆菌耐药

2011—2023年四川省自贡市输入性疟疾疫情分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第1期42卷 129-133页

作者：李春燕张福艳史鹏田丰源自贡市疾病预防控制中心疾病控制二所四川自贡643000

为了解自贡市消除疟疾前后输入性疟疾病例流行特征,收集并分析2011年1月—2023年7月现住址为自贡市的输入性疟疾病例信息及流行病学个案调查资料。2011—2023年共报告疟疾病例26例,其中恶性疟占61.5%(16/26)、间日疟占30.8%(8/26)、混... 详细信息

为了解自贡市消除疟疾前后输入性疟疾病例流行特征,收集并分析2011年1月—2023年7月现住址为自贡市的输入性疟疾病例信息及流行病学个案调查资料。2011—2023年共报告疟疾病例26例,其中恶性疟占61.5%(16/26)、间日疟占30.8%(8/26)、混合感染(恶性疟+卵形疟)占7.7%(2/26)。所有报告病例均为境外输入性病例,境外停留时间62 d~6年。感染来源主要为非洲(占76.9%,20/26),呈现夏季、冬季多的趋势。报告的输入病例主要分布在富顺县和荣县,病例以男性(占92.3%,24/26)、农民工(占69.2%,18/26),病例年龄20~50岁为主。报告病例从回国到发病时间中位数为7 d,88.0%(22/25)的报告病例回国后14 d内发病;发病到初诊时间中位数为1 d,发病后3 d内就诊率为80.8%(21/26),84.6%(22/26)的病例到县级及以上机构进行初诊,病例初诊确诊率为69.2%(18/26)。提示自贡市医疗机构的疟疾诊断能力有待提高,应加强劳务输出人员的健康教育和疟疾高流行区返回人员的健康状况监测,尽早发现病例,防止疟疾输入再传播。

关键词：疟疾自贡市流行病学调查

2018—2022年中国内地老年人群食源性疾病主动监测结果分析

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中国食品卫生杂志 2024年第5期36卷 613-620页

作者：范鹏辉章荣华霍翔林黎蒋玉艳马晓晨刘弘刘志涛褚遵华梁进军胡晴文刘继开韩海红李薇薇国家食品安全风险评估中心北京100022 浙江省疾病预防控制中心浙江杭州310051 江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009 四川省疾病预防控制中心四川成都610041 广西壮族自治区疾病预防控制中心广西南宁530028 北京市疾病预防控制中心北京100013 上海市疾病预防控制中心上海200336 云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 山东省疾病预防控制中心山东济南250014 湖南省疾病预防控制中心湖南长沙410005

目的了解我国老年人群食源性疾病流行病学特征,为老年人食源性疾病预防和控制提供科学依据。方法通过我国“食源性疾病病例监测系统”,收集2018—2022年65岁以上老年人群主动监测病例信息,采集粪便标本,开展沙门菌、志贺菌、副溶血性弧... 详细信息

目的了解我国老年人群食源性疾病流行病学特征,为老年人食源性疾病预防和控制提供科学依据。方法通过我国“食源性疾病病例监测系统”,收集2018—2022年65岁以上老年人群主动监测病例信息,采集粪便标本,开展沙门菌、志贺菌、副溶血性弧菌、致泻大肠埃希菌和诺如病毒的检测,进行流行病学特征分析。结果老年人群急性胃肠炎病例粪便标本总体检出率为9.15%(7218/78904,95%CI:8.95%,9.35%),以沙门菌最高(3860/78699,4.90%,95%CI:4.75%,5.06%),其次为诺如病毒(1517/73173,2.07%,95%CI:1.97%,2.18%)、致泻大肠埃希菌(1.39%,1015/72763,95%CI:1.31%,1.48%)、副溶血性弧菌(1.00%,782/78386,95%CI:0.93%,1.07%)和志贺菌(0.19%,147/78611,95%CI:0.16%,0.22%)。老年人群男性沙门菌检出率高于女性,而女性副溶血性弧菌检出率高于男性,且年龄越大,检出率越低。老年人群各监测病原检出率具有明显季节性,沙门菌、志贺菌、副溶血性弧菌、致泻大肠埃希菌检出率在7、8月达到高峰,诺如病毒则在2、3月达到高峰,各地区监测病原检出率有所不同,差异具有统计学意义(χ^(2)=546.85,P区监测病原流行病学特征有所不同,应根据对应特征分布制定针对性措施预防老年人食源性疾病发生。

关键词：食源性疾病急性胃肠炎主动监测老年人沙门菌诺如病毒副溶血性弧菌致泻大肠埃希菌志贺菌