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昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

2023年云南省首例猴痘确诊病例的流行病学调查与处置

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疾病监测 2024年

作者：韩晓宇罗春蕊王珏朱向晖刘春蓓张利那伏晓庆张美玲刘照生云南省疾病预防控制中心曲靖市疾病预防控制中心

目的　描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子，疱疹液等样本，应用实时荧光定量... 详细信息

目的　描述2023年云南省首例猴痘确诊病例的发病过程、流行病学特征和疫情处置过程，为猴痘疫情防控提供参考依据。方法对疑似病例及相关人员开展现场流行病学调查。采集病例咽拭子、丘疹表面擦拭子，疱疹液等样本，应用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）对标本进行猴痘病毒核酸检测、基因测序等。结果病例于2023年6月16日在云南省外发生多次高风险暴露行为，6月22日出现生殖器部位瘙痒伴皮疹，乏力、肌痛。其咽拭子、肛拭子、尿道口分泌物、疱疹液均检出猴痘病毒核酸阳性，基因测序结果显示，病例感染的猴痘病毒属西非系B.1.3分支。病例的6名密切接触者中，1名检出猴痘病毒核酸阳性，为有同性性行为者。采集患者床单、被套，卫生间毛巾等6份环境标本，其中1份卧室床单标本为阳性。结论　综合流行病学调查和实验室结果，该猴痘确诊病例系国内本土感染引起，需密切关注猴痘疫情的发展趋势，加强健康教育，同时加强监测和预警系统的建设，做好猴痘疫情监测和防控准备工作。

关键词：猴痘病毒云南省首例防控措施

2016-2022年云南省市售禽畜肉中弯曲菌污染状况调查分析

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疾病监测 2024年第3期39卷 349-354页

作者：汤晓召周泽坤杨祖顺杨菁马妮罗荣爱范璐云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 昆明市五华区疾病预防控制中心云南昆明650032

目的了解云南省市售禽畜肉中弯曲菌的污染状况,为食源性疾病的防控提供依据。方法对2016-2022年云南省16个地(州、市)市售禽畜肉进行随机采样和弯曲菌检测,根据肉类别、样品采集年份、地区、采样环节和季度,对样品中弯曲菌的污染状况... 详细信息

目的了解云南省市售禽畜肉中弯曲菌的污染状况,为食源性疾病的防控提供依据。方法对2016-2022年云南省16个地(州、市)市售禽畜肉进行随机采样和弯曲菌检测,根据肉类别、样品采集年份、地区、采样环节和季度,对样品中弯曲菌的污染状况进行分析。结果弯曲菌总检出率为9.21%(178/1 932),空肠和结肠弯曲菌检出率分别为5.75%(111/1 932)和3.47%(67/1 932)。禽肉中弯曲菌的检出率(11.42%,160/1401)高于畜肉(3.39%,18/531),两者差异有统计学意义(χ^(2)=31.521,P市场检出率较高。不同季度弯曲菌检出率差异有统计学意义(χ^(2)=8.029,P=0.045),第四季度检出率最高。结论云南省禽畜肉制品中弯曲菌存在一定程度污染。建议改善肉制品储运条件,加强对禽畜产品在流通环节的监管以及风险监测工作。

关键词：弯曲菌禽畜肉污染状况云南省

云南省生食蔬菜中致病菌污染状况及其耐药性与分子特征研究

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中国食品卫生杂志 2024年第5期36卷 569-576页

作者：汤晓召陈春燕杨菁云南省疾病预防控制中心卫生检验中心云南昆明650000 昆明市疾病预防控制中心麻风病防治科云南昆明650000

目的为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析。方法采用食品安全国家标准GB 4789.... 详细信息

目的为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析。方法采用食品安全国家标准GB 4789.4—2016、GB 4789.30—2016、GB 4789.6—2016对180份生食蔬菜样品中的沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻大肠埃希菌进行检测和鉴定;采用肉汤稀释法对分离到的菌株进行药敏测定;同时对菌株进行全基因组测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析。结果180份生食蔬菜中共有12份样品检出了致病菌,包括生菜、香菜、折耳根等。共检出了致病菌13株,其中沙门菌7株,共7种血清型,4株存在多重耐药,耐药表型与耐药基因关联性良好,5株携带有与多重耐药相关的IncHI和IncF型质粒;单核细胞增生李斯特菌4株,1株存在多重耐药,2株携带毒力岛LIPI-3;肠聚集黏附性大肠埃希菌2株,1株存在多重耐药。结论折耳根等具有地域特色的生食蔬菜种类致病菌检出率较高,应该持续关注,部分单核细胞增生李斯特菌菌株因含有更多的毒力基因,而具有更高的致病性;沙门菌和致泻大肠埃希氏菌多重耐药情况较为严重。

关键词：生食蔬菜沙门菌单核细胞增生李斯特菌致泻性大肠埃希菌抗生素药敏试验全基因组测序食源性致病菌

结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒诊断结核分枝杆菌耐药效果研究

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中国热带医学 2024年第3期24卷 271-275页

作者：茹浩浩杨星陈连勇陈涛闫双群许琳云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的评价结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒(GenoType MTBDRplus VER2.0,简称MTB‐DRplus 2.0)检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标,为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1—12月云南省3... 详细信息

目的评价结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒(GenoType MTBDRplus VER2.0,简称MTB‐DRplus 2.0)检测利福平和异烟肼耐药的灵敏度和特异度等效能指标,为提高结核分枝杆菌耐药性检测水平提供依据。方法收集2022年1—12月云南省32个县(市、区)级结核病定点治疗医院分离培养的阳性菌株,经MTBDRplus 2.0检出结核分枝杆菌880株,进行最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)法药敏试验检测。结果以MIC法为金标准,MTBDRplus 2.0检测异烟肼耐药的灵敏度为67.69%,特异度为98.40%,阳性预测值为77.19%,阴性预测值为97.45%,MTBDRplus 2.0和MIC法检测异烟肼耐药结果一致性中等,Kappa为0.701(P<0.001);检测利福平耐药的灵敏度为87.80%,特异度为99.40%,阳性预测值为87.80%,阴性预测值为99.40%,MTBDRplus 2.0和MIC法检测利福平耐药结果一致性较好,Kappa为0.872(P<0.001)。MTBDRplus 2.0结果显示对异烟肼耐药而MIC法结果为对异烟肼敏感的13株菌中,发生inhA(C15T)突变有11株(占84.62%),MTBDRplus 2.0结果显示对利福平耐药而MIC法结果为对利福平敏感5株菌中,发生rpoB其他突变有4株(80.00%)。结论MTBDRplus 2.0检测利福平耐药的灵敏度和特异度均较高,但检测异烟肼耐药的灵敏度略低,检测异烟肼耐药的灵敏度低可能是由于试剂盒检测异烟肼耐药的靶点覆盖不足。inhA基因突变与异烟肼耐药的相关性较差,rpoB基因其他突变与利福平耐药的相关性较差。

关键词：结核分枝杆菌结核分枝杆菌复合群及耐药基因突变检测试剂盒最低抑菌浓度法耐药

福建省南部九龙江漳江和东溪流域并殖吸虫中间宿主螺及蟹种群多样性调查

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第1期36卷 44-51页

作者：吴文勇罗鋆黄明松蔡茂荣程由注福建省云霄县疾病预防控制中心福建云霄363300 福建省漳州市疾病预防控制中心福建漳州363000 福建省漳州市龙海区疾病预防控制中心福建省疾病预防控制中心

目的调查福建省南部博平岭山脉九龙江、漳江和东溪流域并殖吸虫中间宿主螺及蟹种群分布,为寄生虫病防治研究和寄生虫资源库样本扩充提供基础资料。方法2020年11月—2023年3月,选择福建省漳州市境内九龙江、漳江和东溪流域8个县(区)23个... 详细信息

目的调查福建省南部博平岭山脉九龙江、漳江和东溪流域并殖吸虫中间宿主螺及蟹种群分布,为寄生虫病防治研究和寄生虫资源库样本扩充提供基础资料。方法2020年11月—2023年3月,选择福建省漳州市境内九龙江、漳江和东溪流域8个县(区)23个村作为调查点,在每个村居民区附近选择1~3条山涧水沟采集螺、溪蟹标本。根据所采集标本螺壳外部形态特征进行形态学鉴定,并对采集自漳州市云霄县卫氏并殖吸虫病自然疫源地的待定螺种进行线粒体细胞色素氧化酶1(cytochrome oxidase 1,CO1)基因序列分析。观察雄蟹第一腹肢末节形态特征并进行蟹种分类,检测部分调查点螺并殖吸虫尾蚴、蟹并殖吸虫囊蚴感染情况。结果采集自云霄县卫氏并殖吸虫病自然疫源地的待定螺种壳高逾50 mm、壳宽18 mm,壳质厚、坚固,外形呈长塔锥形,有8~10个螺层,经CO1基因序列分析鉴定为海南沟蜷螺。在23个调查点共查见淡水螺6种,隶属3科5属,包括黑贝螺科短沟蜷属放逸短沟蜷、沼蜷属漳州沼蜷、沟蜷属海南沟蜷,盖口螺科拟钉螺亚科拟钉螺属福建拟钉螺和华安拟钉螺,蜷科拟黑螺属瘤拟黑螺。共查见淡水蟹类11种,隶属两科5属,包括溪蟹科华溪属将乐华溪蟹、平和华溪蟹和漳州华溪蟹,华南溪蟹属平肢华南溪蟹和漳州华南溪蟹,南海溪蟹属华安南海溪蟹和龙海南海溪蟹,闽溪蟹属鼻肢闽溪蟹和耳肢闽溪蟹;束腹蟹科束腰蟹属华安束腰蟹和漳浦束腰蟹。漳州市长泰区丹岩村漳州沼蜷和云霄县金坑村海南沟蜷卫氏并殖吸虫尾蚴感染率分别为0.08%(2/2317)和0.09%(1/1039),长泰区丹岩村将乐华溪蟹和云霄县金坑村漳州华溪蟹卫氏并殖吸虫囊蚴感染率分别为25.81%(8/31)和26.31%(5/19)。结论福建省南部九龙江、漳江和东溪流域并殖吸虫中间宿主螺、蟹具有种群多样性,首次证实漳州沼蜷和海南沟蜷可作为卫氏并殖吸虫第一中间宿主。

关键词：并殖吸虫卫氏并殖吸虫中间宿主淡水螺溪蟹种群多样性福建省

云南省首例女性感染猴痘病例的发现与调查处置

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中国人兽共患病学报 2024年第6期40卷 599-603页

作者：周洋起德丽陈政吉毛志鹏代敏高煜东罗思怡潘绍华苏洪海昆明市疾病预防控制中心昆明650228 安宁市疾病预防控制中心昆明650300

目的对云南省昆明市1例女性感染猴痘病例进行调查处置,为全国预防控制猴痘疫情,特别是女性感染猴痘疫情的早期发现和调查处置提供科学依据。方法按照《猴痘诊疗指南(2022版)》对病例进行诊断,依据《猴痘防控方案(2023版)》开展流行病学... 详细信息

目的对云南省昆明市1例女性感染猴痘病例进行调查处置,为全国预防控制猴痘疫情,特别是女性感染猴痘疫情的早期发现和调查处置提供科学依据。方法按照《猴痘诊疗指南(2022版)》对病例进行诊断,依据《猴痘防控方案(2023版)》开展流行病学调查分析和处置,采集相关标本开展实验室检测。结果经流行病学调查,患者发病前与新婚丈夫发生过1次性行为,其丈夫向其隐瞒男男同性恋史及男男性行为史;该女子及其丈夫实验室检测结果为“猴痘病毒核酸阳性”;该女子及其丈夫均出现典型出疹等临床症状。结论结合流行病学调查、临床症状表现及实验室检测结果,及既往云南省猴痘疫情材料,确认该女子为云南省首例女性感染猴痘病例,可疑暴露为早于其发病的男性配偶。

关键词：猴痘首例女性感染

江苏省滨海县3~5月龄婴儿接种吸附无细胞百白破联合疫苗后局部不良反应主动监测分析

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中国公共卫生 2024年第2期40卷 139-142页

作者：张鹏梅茂冬于佳魏明伟王小山潘红星吴中区疾病预防控制中心苏州215000 滨海县疾病预防控制中心盐城224500 江苏省疾病预防控制中心南京210000

目的通过对婴儿接种吸附无细胞百白破联合疫苗(diphtheria,tetanus and acellular pertussis combined vaccine,DTaP)后局部不良反应的主动监测,评价婴儿接种DTaP的安全性。方法于2020年7月—2021年3月,对在江苏省滨海县东坎镇、陈涛... 详细信息

目的通过对婴儿接种吸附无细胞百白破联合疫苗(diphtheria,tetanus and acellular pertussis combined vaccine,DTaP)后局部不良反应的主动监测,评价婴儿接种DTaP的安全性。方法于2020年7月—2021年3月,对在江苏省滨海县东坎镇、陈涛镇、界牌镇、滨海现代农业产业园4个乡镇卫生院接种DTaP的3~5月龄婴儿局部不良反应进行主动监测,并按照《预防用疫苗临床试验研究不良事件分级标准指导原则》(2019年第102号)对发生的局部不良反应进行分级,用描述流行病学方法进行局部不良反应分析。结果共有2 490人次纳入至本次DTaP接种后局部不良反应主动监测分析中。DTaP接种后,局部不良反应1 009例次,总发生率为40.52%,其中局部硬结和红晕发生率最高,分别为14.4%和17.0%。1级局部不良反应发生率为35.9%(893/2 490),其中硬结和红晕占比最高,分别占38.18%(341/893)和42.89%(383/893);2级局部不良反应发生率为4.66%(116/2 490),其中红晕和触痛占比最高,分别占34.48%(40/116)和26.72%(31/116);未见3级及以上局部不良反应。局部不良反应多发生在DTaP接种后3d内,占总发生率的98.0%(988/1 009)。硬结和红晕的发生率在3个不同厂家(A、B、C厂家)DTaP受种儿间差异有统计学意义(P 0.05)。结论硬结、红晕和肿胀为3~5月龄婴儿DTaP接种后发生的主要局部不良反应。

关键词：吸附无细胞百白破联合疫苗不良反应主动监测婴儿

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感染性腹泻流行趋势的研究进展

中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 274-280页

作者：孙振璐刘国胜赵丽丽高巧王雪岩烟台市疾病预防控制中心烟台264003 莱州市疾病预防控制中心莱州261400

感染性腹泻是由多种病原体引起,广泛存在于世界各地的胃肠道感染性疾病。也是当今全球最重要的公共卫生问题之一,是引起全球5岁以下儿童死亡的第二大原因。感染性腹泻的病原体包含病毒性腹泻病原体、细菌性腹泻病原体和寄生虫相关病原... 详细信息

感染性腹泻是由多种病原体引起,广泛存在于世界各地的胃肠道感染性疾病。也是当今全球最重要的公共卫生问题之一,是引起全球5岁以下儿童死亡的第二大原因。感染性腹泻的病原体包含病毒性腹泻病原体、细菌性腹泻病原体和寄生虫相关病原体。而与病毒性腹泻相关的病原体是最主要的诱因,主要有诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、札如病毒等。诱发细菌性腹泻的主要病原体有致泻性大肠埃希菌、沙门菌、志贺菌、副溶血弧菌、弯曲菌等。本文针对感染性腹泻的流行趋势、病原谱变化进行综述,目的是掌握我国感染性腹泻的分布及流行特征,为制定防控策略、减轻疾病负担提供参考。

关键词：病原体感染性腹泻病原谱流行特征