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鸟结核分枝杆菌MAV-2753和结核分枝杆菌38ku蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2021年第11期16卷 1290-1295,1301页

作者：丁寿鹏李祥芳高婧华陈晓文陈越吴利先王国富大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的通过生物信息学在线分析软件对鸟结核分枝杆菌(Mycobacterium avium tuberculosis,MAV)MAV-2753蛋白和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)38ku蛋白进行预测分析。方法从BLAST获取MAV-2753和38ku蛋白的氨基酸序列;利用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点和相对分子质量,氨基酸组成及比例,分子式及脂肪指数;利用SPOMA、SWISS-MODEL在线预测软件预测蛋白的二、三级结构;使用TMHMM Server2.0预测跨膜区;使用PortScale进行疏水性预测分析;使用SignlP5.0进行信号肽预测分析;应用ISoftBerry在线分析网址进行亚细胞定位;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线分析软件进行蛋白质相互作用分析;运用NetNGIyc 1.0 Server、NetGlycate 1.0 Server进行糖基化、赖氨酸化分析预测;通过IEDB在线预测软件进行B细胞抗原表位的预测分析。结果MAV-2753基因编码蛋白为Catalase-peroxidase,分子质量单位为81ku;由748个氨基酸组成,相对等电点为4.9;正电荷残基(ArG+Lys)为73,负电荷残基(Asp+Gly)为107;脂肪系数为72.59,总平均亲水性为-0.455,预测为疏水蛋白;无跨膜区;有60个磷酸化位点。亚细胞定位于胞外。38ku蛋白由pstS1基因编码,由374个氨基酸组成,相对等电点为5.14,分子质量单位为38ku;正电荷残基(ArG+Lys)为17,负电荷残基(Asp+Gly)为26;不稳定系数为25.56,脂肪系数为86.79,总平均亲水性为0.066,预测为亲水性蛋白。该蛋白无跨膜区,有60个磷酸化位点,亚细胞定位于胞外。结论MAV-2753、38ku蛋白有着多个磷酸化、糖基化位点,表明与其他细胞间存在信号传递,蛋白空间结构稳定,有多个B细胞优势表位,可为MAC肺病与肺结核的血清学诊断、疫苗开发奠定基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-2753蛋白 38ku蛋白血清学诊断

大黄䗪虫丸对实验性肝纤维化大鼠肝组织病理学及其细胞凋亡的影响

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现代药物与临床 2020年第2期35卷 197-201页

作者：于亚男钟俊刘晓雨王京马蕊吴秋萍成家茂大理大学基础医学院人体解剖学教研室云南大理671003 大理大学临床医学院云南大理671003

目的观察大黄䗪虫丸对肝纤维化模型大鼠肝组织病理学及其细胞凋亡的影响,探讨其抗肝纤维化的作用机制。方法将30只SD大鼠随机分为对照组、模型组和大黄䗪虫丸组,后两组行CCl4诱导肝纤维化造模,8周后大黄虫丸组大鼠ig大黄䗪虫丸0.45 g/kg... 详细信息

目的观察大黄䗪虫丸对肝纤维化模型大鼠肝组织病理学及其细胞凋亡的影响,探讨其抗肝纤维化的作用机制。方法将30只SD大鼠随机分为对照组、模型组和大黄䗪虫丸组,后两组行CCl4诱导肝纤维化造模,8周后大黄虫丸组大鼠ig大黄䗪虫丸0.45 g/kg,另两组给予等量生理盐水,同时称体质量。连续ig 4周后,断头处死各组大鼠,摘取肝脏,观察色泽、质地并称重,计算肝脏指数(LI);采用HE染色、Masson染色法光镜下观察各组肝组织病理改变,采用纤维化半定量计分系统结合测量胶原纤维面积密度,评估肝纤维化程度;采用TUNEL法检测肝脏细胞凋亡,计算凋亡指数(AI)。结果大黄䗪虫丸组大鼠肝的色泽和质地介于对照组和模型组之间。与模型组比较,大黄组虫丸组大鼠的LI、炎症活动度半定量、纤维化半定量评分、胶原纤维面积密度和细胞凋亡指数(AI)明显下降,两组比较差异均具有统计学意义(P<0.01)。HE染色显示大黄虫丸组大鼠的肝小叶结构破坏较轻,肝索排列紊乱、肝细胞变性得到改善,汇管区增生不明显。Masson染色显示大黄䗪虫丸组大鼠肝小叶结构紊乱有所改善,汇管区胶原纤维沉积和小叶内纤维间隔明显减少。FITC荧光标记染色显示大黄虫丸组肝小叶结构较清晰,可见少量凋亡细胞。结论大黄䗪虫丸可以降低大鼠的LI、炎症活动度半定量、纤维化半定量评分和胶原纤维面积密度,可能通过抑制肝细胞凋亡来改善大鼠肝纤维化程度。

关键词：大黄蛰虫丸肝纤维化肝星状细胞细胞凋亡

鸟分枝杆菌相关致病基因MAV2054编码蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2020年第12期15卷 1417-1421页

作者：陈越王国富吴利先大理大学基础医学院医学微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的运用生物学信息方法分析鸟分枝杆菌相关致病基因MAV2054编码蛋白的生物学特征。方法从NCBI中检索鸟分枝杆菌MAV2054蛋白基因信息。使用序列的fasta格式用在线软件预测MAV2054蛋白理化性质、跨膜区、信号肽、二级和三级结构、T细胞和... 详细信息

目的运用生物学信息方法分析鸟分枝杆菌相关致病基因MAV2054编码蛋白的生物学特征。方法从NCBI中检索鸟分枝杆菌MAV2054蛋白基因信息。使用序列的fasta格式用在线软件预测MAV2054蛋白理化性质、跨膜区、信号肽、二级和三级结构、T细胞和B细胞表位、亚细胞定位,使用MEGA软件构建系统发育树。结果MAV2054蛋白基因全长924个碱基,共307个氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量高达11.4%,丙氨酸(Ala)9.1%、苏氨酸(Thr)9.1%、无吡咯赖氨酸(Pyl)和硒半胱氨酸(Sec)。该蛋白拥有两个跨膜区(由内向外和由外向内),可能无信号肽。MAV2054蛋白含有3个T细胞表位和28个B细胞表位。二级结构中α螺旋占45%,β折叠15%。三级结构构建成功,可信度96.7%。系统进化树结果显示MAV2054蛋白与MAV2941编码蛋白归一簇,相似度43%。结论生物信息学分析MAV2054蛋白性质较稳定,含有多个T细胞和B细胞优势抗原表位,可作为鸟分枝杆菌肽疫苗研发新靶标。

关键词：鸟分枝杆菌 MAV2054蛋白生物信息学

生理学与病理生理学课程链接的桥梁——实施案例教学法

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中国病理生理杂志 2013年第10期29卷 1886-1887页

作者：秦燕周萍李耀华苏娟朱云奇杨玲玲大理学院云南大理671000

生理学研究生物体正常生命活动现象及其规律，是医科学生的重要基础医学课程之一。而病理生理学研究在正常机体上出现的异常，即疾病，两者之间具有较好的传承性。生理学的特点是理论性强，内容抽象、枯燥，而病理生理学则与临床实际联... 详细信息

生理学研究生物体正常生命活动现象及其规律，是医科学生的重要基础医学课程之一。而病理生理学研究在正常机体上出现的异常，即疾病，两者之间具有较好的传承性。生理学的特点是理论性强，内容抽象、枯燥，而病理生理学则与临床实际联系紧密，容易让学生产生强烈的“医生”角色感，能激发学生学习的兴趣。基于此，我们以器官、系统为单元编写案例，对生理学和病理生理学的部分知识进行有机整合。如呼吸系统的案例，约60％左右的知识点涉及呼吸生理，而40％左右的内容有目的、分阶段地链接病理生理学的知识，如缺氧、呼吸衰竭等，通过学生对案例的讨论分析，让学生明白知识之间的联系性和递进性。本研究以本院2011级临床医学专业本科学生作为研究对象，按照自愿参与的方式报名参加，每组9～13人。通过对7个案例的实施效果进行分析总结，说明在生理学中链接病理生理学的内容，以案例教学的方式进行，不仅能提升学生学习生理学的兴趣，同时对病理生理学的知识充满了好奇和探究感，此外还加强了学科之间的联系，让学生明白医学知识是相互联系的，以及“学以何用”，从而主动地进行学习，放弃“轻基础，重临床”的思想。

关键词：病理生理学临床医学基础医学疾病发生机制案例教学法

鸟结核分枝杆菌MAV-5183蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2021年第10期16卷 1153-1157页

作者：丁寿鹏李祥芳高婧华陈晓文陈越吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分... 详细信息

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分子组成、脂肪指数;利用Phyr、SWISS-MODEL在线预测软件进行二级结构和三级结构模型预测;使用TMHMM Server2.0进行跨膜区预测;使用PortScale进行疏水性预测分析;采用SignlP5.0进行信号肽预测分析;采用IEDB在线软件进行B细胞表位以及CD4免疫原性预测分析;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线软件进行蛋白质相互作用分析。结果 MAV-5183基因编码355个氨基酸,编码蛋白为Antigen 85-C,相对分子质量为38.052 79×10^(3),等电点6.74,分子式为C_(1705)H_(2570)N_(462)_O_(504)S_(14),为不稳定的疏水性蛋白;含有跨膜区与信号肽、25个磷酸化位点(其中丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别有14、6、5个),三级结构较为稳定,有多种蛋白与之相互作用。结论 MAV-5183含有多个磷酸化位点和B细胞优势表位,可为MAC临床血清学诊断和疫苗研发提供理论基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-5183 生物信息学血清学诊断

鸟分枝杆菌MAV-4563蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2022年第9期17卷 1015-1019页

作者：马枫茜陈瑞枫丁寿鹏李祥芳高婧华吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的应用生物信息学方法预测分析鸟结核分枝杆菌MAV-dalidaxue4563基因编码蛋白的结构功能和生物学特性。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy,TMHMM Server v 2.0,SignalP4.1,PSORT,NetPhos 3.1,BLAST,SOPMA,Phyre2,ABCpred,SYFPEITHI等生物信息学软件分析MAV4563蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、保守域、二结构及三级结构同源建模、B细胞和T细胞表位等生物学特征。结果MAV4563基因全长756 bp,编码251个氨基酸的蛋白。该蛋白分子质量为28 ku,等电点为9.23,分子式(formula)为C_(1264)H_(2013)N_(385)O_(353)S_(7),为不稳定的疏水性蛋白。该蛋白无跨膜区,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中,有13个磷酸化位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占41.83%;预测该蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白C端的后90个氨基酸区域。结论预测MAV-4563蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中B细胞表位和MHC-I型表位集中在C端的后90个氨基酸区域,该区域可激活NTM特异性CTL和Th免疫应答,可作为非结核病的靶向疫苗抗原,为进一步研究该蛋白的治疗性T细胞疫苗奠定了基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-4563蛋白 T细胞疫苗

鸟分枝杆菌MAV2928基因编码蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2021年第1期16卷 17-21页

作者：陈晓文陈越高婧华吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取MAV2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server... 详细信息

目的运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取MAV2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型。运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位。结果MAV2928基因全长为1266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中。该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散。预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位。结论PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础。

关键词：鸟分枝杆菌 MAV2928 PPE25-MAV 生物信息学分析

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普洱茶膏抗小鼠衰老的保健作用

四川生理科学杂志 2014年第1期36卷 12-14页

作者：庄秋榕于海江郑悠李进芳苏娟秦燕大理学院基础医学院大理学院基础医学院生理与病理生理学教研室云南大理671000

目的:观察普洱茶膏对D-半乳糖致衰老模型小鼠抗衰老的保健作用。方法:昆明种清洁级小鼠30只随机分成3组:正常对照组、D-半乳糖模型组及普洱茶膏组;D-半乳糖模型组及普洱茶膏组每天给予皮下注射5%D-半乳糖0.25ml·10g-1,持续6w。第2w后... 详细信息

目的:观察普洱茶膏对D-半乳糖致衰老模型小鼠抗衰老的保健作用。方法:昆明种清洁级小鼠30只随机分成3组:正常对照组、D-半乳糖模型组及普洱茶膏组;D-半乳糖模型组及普洱茶膏组每天给予皮下注射5%D-半乳糖0.25ml·10g-1,持续6w。第2w后分别给予生理盐水及普洱茶膏(60mg·ml-1)0.5ml灌胃,连续干预4w后,测定血清、肝组织中SOD和MDA水平,并计算肾脏指数、脾脏指数和肝脏指数。结果:与对照组相比,模型组血清MDA含量明显升高(P<0.05),而血清SOD活性以及肾脏、脾脏和肝脏指数均显著降低(P<0.05);与模型组相比,普洱茶膏组可明显降低MDA含量(P<0.05),并明显升高血清、肝组织中SOD的含量(P<0.05)以及肾脏、脾脏和肝脏指数(P<0.05)。结论:普洱茶膏具有良好的抗小鼠衰老的保健作用。

关键词：普洱茶膏抗衰老脏器指数

新型冠状病毒ORF3a蛋白质的生物信息学分析

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中国感染控制杂志 2023年第2期22卷 224-228页

作者：王瑄李祥芳丁寿鹏吴利先南昌大学玛丽女王学院江西南昌330031 大理大学基础医学院云南大理671000

目的用生物信息学分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因ORF3a蛋白质。方法从UniProt数据库获取ORF3a蛋白质的氨基酸序列,应用ProtParam tool分析其理化性质,SOPMA、SWISS-MODEL预测二、三级结构,PortScale、Signal IP 4.0 S... 详细信息

目的用生物信息学分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因ORF3a蛋白质。方法从UniProt数据库获取ORF3a蛋白质的氨基酸序列,应用ProtParam tool分析其理化性质,SOPMA、SWISS-MODEL预测二、三级结构,PortScale、Signal IP 4.0 Server、TMHMM Server 2.0分析ORF3a蛋白质亲疏水性、信号肽、跨膜区。应用ABCpred、SYFPEITHI和NetPhos 3.1 Server预测B、T细胞表面抗原表位及磷酸化位点,VaxiJenv 2.0、AlgPred server预测抗原性和过敏原性。结果ORF3a蛋白质含275个氨基酸,为稳定、疏水性蛋白质,有3个跨膜螺旋区、29个磷酸化位点,含多个T、B细胞抗原表位,具有抗原性和非过敏原性。结论ORF3a蛋白质结构稳定,含多个T、B细胞抗原表位,可为研究SARS-CoV-2多表位疫苗提供基础。

关键词： SARS-CoV-2 ORF3a 生物信息学分析多表位疫苗