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E1A基因对人鼻咽癌动物模型放射增敏的实验研究

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中南大学学报（医学版） 2009年第8期34卷 744-751页

作者：周蓉蓉陈嘉肖志强中南大学湘雅医院肿瘤科长沙410008 卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室长沙410008

目的:探讨腺病毒E1A基因对人鼻咽癌动物模型放射增敏的实验研究。方法:取对数生长期的CNE-2Z细胞5×105/0.2 mL,接种于4周龄左右裸鼠右前肢腋部皮下致瘤,第7天裸鼠皮下肿瘤长至直径0.6～0.8 cm时,随机分为6组(n=10):PBS组,Ad-β-gal组,... 详细信息

目的:探讨腺病毒E1A基因对人鼻咽癌动物模型放射增敏的实验研究。方法:取对数生长期的CNE-2Z细胞5×105/0.2 mL,接种于4周龄左右裸鼠右前肢腋部皮下致瘤,第7天裸鼠皮下肿瘤长至直径0.6～0.8 cm时,随机分为6组(n=10):PBS组,Ad-β-gal组,放射组,Ad-β-gal+放射组,Ad-E1A组,Ad-E1A+放射组。Ad-β-gal组/Ad-E1A组在第2周开始给予荷瘤裸鼠皮下肿瘤内滴度为5×109PFU/50μL的Ad-E1A/Ad-β-gal注射,每周2次,连续2周,放射组在第3周给予6MV-X照射,每天2 Gy,连续5 d。Ad-β-gal+放射组/Ad-E1A+放射组在第2周开始,给予荷瘤裸鼠皮下肿瘤内滴度为5×109PFU/50μL的Ad-E1A/Ad-β-gal注射,每周2次,连续2周,在第3周给予6MV-X照射,每天2 Gy,连续5 d。第1次治疗后,每隔4天用卡尺测量1次肿瘤的体积,记录其直径,裸鼠的生存时间。当肿瘤的直径超过2 cm时,处死裸鼠,分离肿瘤组织,采用免疫组织化学方法分析血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)和CD34表达,TUNEL分析细胞凋亡。结果:Ad-E1A+放射组较其他组能明显延缓移植瘤生长时间,Ad-E1A+放射组裸鼠的肿瘤平均体积比单独放射组小4.7倍,比单独用Ad-E1A组的小5.3倍。Ad-E1A+放射组的裸鼠生存率显著高于其他治疗组。Ad-E1A+放射组的VEGF蛋白表达和微血管密度较其他各组明显下降(P组和Ad-E1A+放射组及放射组的肿瘤组织内均可明显观察到凋亡细胞。并且Ad-E1A+放射组肿瘤细胞凋亡数目明显高于Ad-E1A组或者放射组。结论:E1A基因通过抑制肿瘤血管的形成和诱导肿瘤细胞的凋亡来提高人鼻咽癌细胞对放射的敏感性。

关键词：鼻咽癌放射治疗 E1A 血管内皮生长因子 CD34

英夫利西单抗治疗克罗恩病黏膜愈合的血清差异蛋白质表达研究

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中国病理生理杂志 2015年第5期31卷 894-899页

作者：廖诗乐陈白莉胡坤华饶佩斯何瑶黎明涛陈旻湖曾志荣中山大学附属第一医院消化内科广东广州510080 中山大学蛋白质组学转化医学广东普通高校重点实验室广东广州510080

目的:寻找与英夫利西单抗(infliximab,IFX)治疗克罗恩病(Crohn’s disease,CD)黏膜愈合(mucosal healing,MH)相关的血清蛋白质生物标志物。方法:采集7例经IFX治疗获得MH的CD患者治疗前(0周,A组)和治疗后(14周,B组)的血清,以及7例未获得M... 详细信息

目的:寻找与英夫利西单抗(infliximab,IFX)治疗克罗恩病(Crohn’s disease,CD)黏膜愈合(mucosal healing,MH)相关的血清蛋白质生物标志物。方法:采集7例经IFX治疗获得MH的CD患者治疗前(0周,A组)和治疗后(14周,B组)的血清,以及7例未获得MH的CD患者(0周为C组,14周为D组)的血清。采用荧光标记双向差异凝胶电泳的方法,比较A组与B组之间、C组与D组之间、A组与C组之间以及B组与D组之间的蛋白质组学差异,并对差异表达的蛋白质斑点进行基质辅助激光解吸/电离飞行时间串联质谱初步鉴定和生物信息学分析。结果:(1)A组与B组、C组与D组、A组与C组以及B组与D组之间比较分别存在36、3、10和31个差异表达的蛋白质斑点,共计存在44个显著差异表达的蛋白质斑点。(2)上述各组之间的差异斑点分别初步鉴定出17、2、2和15种蛋白质,共计存在19种差异表达的蛋白质,包括载脂蛋白E、载脂蛋白A-I、补体因子H等。(3)基于STRING数据库绘制了蛋白质网状功能图。结论:IFX治疗获得MH的CD患者治疗前后的血清蛋白质表达谱存在差异,获得MH和未获得MH的患者血清表达谱亦存在差异,其中19种蛋白质有可能成为预测CD患者使用IFX获得MH的生物标志物。

关键词：克罗恩病英夫利西蛋白质组学黏膜愈合血清

用密度泛函活性理论和Hammett常数预测单双取代苯酚的酸性(英文)

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物理化学学报 2013年第3期29卷 508-515页

作者：刘良红张鹏飞黄莺湖南中医药大学药学院长沙410208 中南大学湘雅医院卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室长沙410008

用从头算和密度泛函理论准确预测分子的酸碱性仍然是一个悬而未决的理论和计算难题.近年来运用密度泛函活性理论(DFRT)发展的分子静电势和价自然原子轨道等概念为该问题的解决提供了一个简单而有效的途径.最近我们还提出用Hammett常数... 详细信息

用从头算和密度泛函理论准确预测分子的酸碱性仍然是一个悬而未决的理论和计算难题.近年来运用密度泛函活性理论(DFRT)发展的分子静电势和价自然原子轨道等概念为该问题的解决提供了一个简单而有效的途径.最近我们还提出用Hammett常数预测分子酸碱性,并发现对苯甲酸衍生物其预测精度与DFRT方法一致.本文将这两个新方法运用于苯酚衍生物体系以验证其普适性,一共计算了83个体系.发现二者均可以得到较好的预测精度,且DFRT方法比Hammett常数结果稍好.对进一步从局部和整体角度理解分子性质的起源以及这些性质的决定因素提供了有益启示.该文同时还验证了Hammett常数求和规则的普适性.

关键词：分子酸性密度泛函活性理论 Hammett常数分子静电势自然原子轨道苯酚

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肝细胞癌的微环境研究进展

生物化学与生物物理进展 2012年第5期39卷 416-422页

作者：刘志磊孙薇贺福初丛宪玲姜颖安徽医科大学研究生学院合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 吉林大学中日联谊医院长春130031

越来越多的研究表明,肿瘤细胞与其周围微环境的交互作用是肿瘤发生、上皮间质转化、肿瘤浸润和转移的关键调节因素.肝细胞癌的微环境可以分为细胞组分和非细胞组分.主要的细胞组分包含:肝星形细胞、肿瘤相关的纤维母细胞、免疫细胞和肝... 详细信息

越来越多的研究表明,肿瘤细胞与其周围微环境的交互作用是肿瘤发生、上皮间质转化、肿瘤浸润和转移的关键调节因素.肝细胞癌的微环境可以分为细胞组分和非细胞组分.主要的细胞组分包含:肝星形细胞、肿瘤相关的纤维母细胞、免疫细胞和肝窦内皮细胞等.非细胞组分包含:胞外基质蛋白、酶类、各种生长因子和炎症因子等.综述了近年来肝细胞癌的微环境研究进展,分别从细胞组分和非细胞组分及其之间的相互作用角度对肝细胞癌微环境作一介绍.

关键词：肝细胞癌肿瘤微环境组织间隙液

氨基酸-稳定同位素稀释质谱法用于合成肽段准确含量分析

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色谱 2012年第3期30卷 239-244页

作者：王雪颖秦伟捷钱小红张养军沈阳药科大学辽宁沈阳110015 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

建立了氨基酸同位素稀释液相色谱-串联质谱法准确测定合成肽段绝对含量的方法。实验中对合成肽段的纯度进行了表征,色谱纯度表征结果为99%以上,质谱纯度为90%以上。在肽段溶液中加入13C标记的氨基酸后进行酸溶液水解时间的优化,水解后... 详细信息

建立了氨基酸同位素稀释液相色谱-串联质谱法准确测定合成肽段绝对含量的方法。实验中对合成肽段的纯度进行了表征,色谱纯度表征结果为99%以上,质谱纯度为90%以上。在肽段溶液中加入13C标记的氨基酸后进行酸溶液水解时间的优化,水解后的氨基酸直接经液相色谱分离和质谱检测,结果表明肽段中的被测氨基酸在150℃、6 mol/L HCl溶液水解4～6 h就可以达到水解平衡。每个肽段选择两个或两个以上的被测氨基酸,测得随机选择的5种合成肽段的绝对含量为62.07%～88.18%,测定结果的相对标准偏差小于8%,相对误差小于5%,均满足定量要求。除常用的被测氨基酸苯丙氨酸、缬氨酸、异亮氨酸外,还考察了选择赖氨酸和精氨酸作为被测氨基酸的可行性,实验结果表明增加精氨酸为被测氨基酸是可行的,从而进一步增加了方法的普适性。该方法的建立避免了色谱法定量时氨基酸衍生化处理带来的副反应影响及操作繁琐等问题,提高了肽段含量测定的准确度和精密度,为肽段含量的准确测定提供了一种新的方法。

关键词：液相色谱同位素稀释质谱法合成肽段氨基酸分析

基于Ti^(4+)-IMAC富集的分枝菌酸小杆菌深度覆盖磷酸化蛋白质组研究

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微生物学报 2022年第10期62卷 3768-3783页

作者：蒙书红常蕾柳峰松徐平张瑶河北大学生命科学学院河北保定071002 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所中国医学科学院蛋白质组学与药物研发新技术创新单元国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

【目的】本研究以分枝菌酸小杆菌(Mycolicibacterium smegmatis)为研究对象,探索适于原核微生物理想的磷酸化富集方法。【方法】我们比较了二氧化钛(TiO_(2))、Fe^(3+)-NTA和Ti^(4+)螯合在磷酸酯修饰的固相微球(Ti^(4+)-IMAC)3种不同富... 详细信息

【目的】本研究以分枝菌酸小杆菌(Mycolicibacterium smegmatis)为研究对象,探索适于原核微生物理想的磷酸化富集方法。【方法】我们比较了二氧化钛(TiO_(2))、Fe^(3+)-NTA和Ti^(4+)螯合在磷酸酯修饰的固相微球(Ti^(4+)-IMAC)3种不同富集方法磷酸化肽段的富集效率,并用不同分辨率的质谱仪评估富集稳定性。【结果】Ti^(4+)-IMAC富集效率最高,磷酸化位点数是TiO_(2)或Fe^(3+)-NTA方法的7倍以上;TiO_(2)和Fe^(3+)-NTA方法富集到的磷酸化位点数相差不大,与已报道的用TiO_(2)方法富集的磷酸化位点数目接近。Ti^(4+)-IMAC富集结果稳定性很好,高分辨率Lumos质谱仪鉴定到的磷酸化位点数是Velos的2.6倍。【结论】本研究较高效地实现了分枝菌酸小杆菌磷酸化事件的鉴定,共鉴定到2280个磷酸化蛋白、10880个磷酸化肽段及4433个可信磷酸化位点,有望用于其他微生物的磷酸化蛋白质组学研究。

关键词：分枝菌酸小杆菌磷酸化蛋白质组 TiO_(2) Fe^(3+)-NTA Ti^(4+)-IMAC

基于SH2超亲体的微量样品酪氨酸磷酸化蛋白质组学技术研究进展及应用

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生物工程学报 2021年第7期37卷 2334-2341页

作者：门丽影徐锋徐平安徽医科大学基础医学院安徽合肥230032 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所中国医学科学院蛋白质组学与药物研发新技术创新单元国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

酪氨酸磷酸化是生物体内一种重要的蛋白质磷酸化修饰类型,参与细胞信号转导、细胞迁移、凋亡等众多的生命活动过程。在磷酸化蛋白质组学研究中,由于酪氨酸磷酸化蛋白丰度低且有时起始样品量有限,传统的磷酸化蛋白质组富集方法用于酪氨... 详细信息

酪氨酸磷酸化是生物体内一种重要的蛋白质磷酸化修饰类型,参与细胞信号转导、细胞迁移、凋亡等众多的生命活动过程。在磷酸化蛋白质组学研究中,由于酪氨酸磷酸化蛋白丰度低且有时起始样品量有限,传统的磷酸化蛋白质组富集方法用于酪氨酸磷酸化肽富集效率较低。微量样品的制备技术以及SH2超亲体的引入正在改变酪氨酸磷酸化蛋白质组研究的现状,现对此进行综述。

关键词：酪氨酸磷酸化 SH2超亲体微量样品膜蛋白富集技术

采用血清蛋白质组学方法筛选能诱发自身抗体的鼻咽癌相关抗原

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中华检验医学杂志 2009年第2期32卷 142-147页

作者：易斌陈颖李萃张鹏飞李茂玉易红彭芳陈主初肖志强辛南大学湘雅医院卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室长沙410008

目的采用血清蛋白质组学方法筛选能诱发机体产生自身抗体的鼻咽癌（NPC）相关抗原，以便为NPC诊断和治疗提供候选标志。方法收集19份NPC组织，采用二维凝胶电泳（2-DE）技术分离组织总蛋白质，每份组织样本同时做3块2-DE胶，其中将1块2... 详细信息

目的采用血清蛋白质组学方法筛选能诱发机体产生自身抗体的鼻咽癌（NPC）相关抗原，以便为NPC诊断和治疗提供候选标志。方法收集19份NPC组织，采用二维凝胶电泳（2-DE）技术分离组织总蛋白质，每份组织样本同时做3块2-DE胶，其中将1块2-DE胶作为制备胶进行考马斯亮蓝染色，另2块2-DE胶采用半干式电转法将胶中的蛋白转至PVDF膜上，并分别与NPC患者自身的血清和健康人血清进行2-DE免疫印迹分析，识别能与多数NPC患者血清反应而不与或很少与健康人血清反应的蛋白质点，再从制备2-DE胶中切取相应蛋白质点，进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MOLDI—TOFMS）和电喷雾电离四级杆飞行时间质谱（ESI-Q—TOFMS／MS）分析，获取肽质量指纹图和肽序列标签，数据库搜索鉴定蛋白质。结果鉴定了13个能诱发机体产生自身抗体的NPC相关抗原：热休克蛋白70（HSP70）、人血清白蛋白（HAS）、热休克蛋白60（HSP60）、细胞角蛋白15（CK15）、亮氨酸氨基肽酶（LAP3）、α-烯醇化酶（Ot—enolase）、ErbB3结合蛋白（EBP1）、细胞角蛋白19（CK19）、核糖体蛋白P0（RPP0）、丙酮酸脱氢酶E1（PDE1）、GTP结合调节蛋白（GNBP）、抗增殖蛋白（prohibitin）和RhoGDP解离抑制因子2（Rho—GDI2），13种蛋白质点在21％的鼻咽癌患者中可见，而健康人中缺乏或出现频率较低。结论本研究筛选到13个NPC相关抗原，这些抗原能诱导患者产生自身抗体，这些抗体有可能成为NPC诊断标志和治疗靶标。

关键词：鼻咽肿瘤蛋白质组学抗原肿瘤自身抗体肿瘤标记生物学

中国蛋白质组学研究进展——以人类肝脏蛋白质组计划和蛋白质组学技术发展为主题

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中国科学：生命科学 2014年第12期44卷 1099-1112页

作者：李衍常李宁徐忠伟翟琳辉樊锋旭常乘张成普郑俊杰徐平贺福初中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 安徽医科大学研究生学院合肥230032

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生... 详细信息

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生理过程与病理机制研究等几乎所有生命科学研究领域得到了广泛的应用.过去10年,中国蛋白质组学研究在政府的支持和广大蛋白质组学研究人员的努力下呈现出腾飞式的发展态势.本文综述了人类肝脏蛋白质组计划和2010-2013年中国蛋白质组学技术的发展.

关键词：蛋白质组学人类肝脏蛋白质组计划蛋白质相互作用蛋白质翻译后修饰生物信息学

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