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针对缺失实验室指标多约束表征学习的卵巢癌鉴别方法

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南方医科大学学报 2025年

作者：卢梓涵黄方俊蔡光瑶刘继红甄鑫南方医科大学生物医学工程学院广东省人民医院中山大学肿瘤防治中心妇科//华南肿瘤学国家重点实验室//肿瘤医学省部共建协同创新中心

目的探索基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下鉴别卵巢癌的鉴别能力和应用价值。方法收集了2344例患者（393例卵巢癌和1951例对照）的缺失实验室指标表格型数据，使用本研究提出的基于判别学习和互信息以及特征... 详细信息

目的探索基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下鉴别卵巢癌的鉴别能力和应用价值。方法收集了2344例患者（393例卵巢癌和1951例对照）的缺失实验室指标表格型数据，使用本研究提出的基于判别学习和互信息以及特征投影重要性得分一致性及缺失位置估算的表征学习分类模型对缺失的卵巢癌实验室指标特征进行投影到潜在空间得到分类模型。对提出的约束项进行消融实验，通过准确率、ROC曲线下面积（AUC）、敏感度、特异性说明约束项的可行性和有效项。采用交叉验证方法和准确率、AUC、敏感度、特异性评价该分类模型的鉴别性能。将本研究与其他用于缺失数据的插补方法进行对缺失数据处理后鉴别分类能力的对比。结果消融实验结果显示约束项之间有很好的相容性，每项约束项都有较好的鲁棒性。交叉验证结果显示，本研究提出的基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下对卵巢癌的鉴别中的AUC、准确率、敏感度、特异性分别为0.915、0.888、0.774、0.910，其中AUC和敏感度优于其它缺失数据插补方法。结论基于多约束表征学习模型在缺失实验室指标鉴别卵巢癌的应用中具有优秀的鉴别能力和较高的应用价值。与其他缺失插补方法相比，本研究提出的多约束表征学习模型在针对卵巢癌缺失实验室指标的鉴别分类任务中具有较大的优势。

关键词：缺失数据共享表征学习判别分析特征投影重要性得分一致性缺失位置估算互信息卵巢癌

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链霉菌ZH-356的植病生防作用研究

微生物学报 2025年

作者：刘安东宁婉清朱旭飞张博琳屈小娜张晋龙徐成楠李广伟张向前王延峰成娟丽林金水延安大学生命科学学院陕西省黄土高原资源植物研究与利用省市共建重点实验室延安柯龙尼生物科技有限公司作物抗逆与高效生产全国重点实验室(西北农林科技大学)

【目的】对具有拮抗植物病原真菌作用的链霉菌ZH-356进行定殖能力和生防作用评价，并结合组学分析初步揭示其植病生防作用机制。【方法】利用GFP荧光标记法，检测链霉菌ZH-356在植物体内定殖情况，同时通过测定不同剂型菌剂(种子包衣剂... 详细信息

【目的】对具有拮抗植物病原真菌作用的链霉菌ZH-356进行定殖能力和生防作用评价，并结合组学分析初步揭示其植病生防作用机制。【方法】利用GFP荧光标记法，检测链霉菌ZH-356在植物体内定殖情况，同时通过测定不同剂型菌剂(种子包衣剂、可湿性粉剂、胶水菌剂和骨胶菌剂)对植物真菌病害的生防效果来评价链霉菌ZH-356的植病生防作用及潜力；通过三代测序技术分析链霉菌ZH-356全基因组信息，并对其基因功能进行注释；结合转录组学对比分析链霉菌ZH-356拮抗植物病原真菌过程中表达发生显著改变的基因，预测其拮抗活性物质的合成基因。【结果】通过GFP荧光标记的植物定殖分析，发现链霉菌ZH-356可在番茄和小麦的根茎中稳定定殖；同时，基于ZH-356制备的不同剂型菌剂对番茄早疫病和苹果树腐烂病均具有良好防效作用，其中由链霉菌ZH-356制成的种子包衣剂处理后不影响番茄种子的发芽率，但可以保护番茄苗免受番茄早疫病菌的侵染；基于ZH-356制备的可湿性粉剂对番茄早疫病有良好的预防与治疗效果，且其预防作用比治疗作用效果更好；由链霉菌ZH-356制成的液体菌剂，不管刮不刮除发病处的树皮，都对苹果树腐烂病具有一定的防治效果，只是刮除病斑上的树皮其防治效果更好，且这种防治效果优于甲基硫菌灵农药。通过对链霉菌ZH-356的全基因组测序分析发现，ZH-356基因组只含有一条线状染色体，大小为9 432 683 bp，G+C含量平均为70.82%，共预测到编码基因8 430个、tRNA基因67个和rRNA基因18个。物种注释结果显示链霉菌ZH-356不属于任何已完成基因组测序的链霉菌种类。经全基因组分析预测得到ZH-356中具有31个次级代谢产物合成基因簇；通过转录组学分析发现，在拮抗植物病原真菌过程中NRPS/T1PKS基因簇ZH＿356＿GM004730-ZH＿356＿GM004809的表达显著上调，推测它可能是链霉菌ZH-356中介导其抗植物病原真菌的活性物质的生物合成基因簇，而ZH＿356＿GM004796可能是该活性物质的核心生物合成基因。【结论】链霉菌ZH-356能在植物体内稳定定殖，基于该菌株制备的生防菌剂对植物真菌病害具有良好防治效果，其拮抗植物病原真菌的活性物质可能由ZH＿356＿GM004730-ZH＿356＿GM004809基因簇负责合成。以上工作为菌株ZH-356的产业化应用和拮抗植物病原真菌的机制研究奠定了基础。

关键词：链霉菌定殖菌剂基因组测序转录组测序次级代谢产物

鱼类褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与生理功能

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中山大学学报（自然科学版）（中英文） 2025年第1期64卷 158-171页

作者：卞超张新辉张凯魏汉银何哲文正勇黄玉石琼深圳大学生命与海洋科学学院水产基因组学实验室广东深圳518057 深圳市华大海洋研究院广东深圳518081 内江师范学院生命科学学院/长江上游鱼类资源保护与利用四川省重点实验室四川内江641100 中国科学院水生生物研究所湖北武汉430072

褪黑素是一种小分子神经递质,主要在脊椎动物的松果腺中合成与分泌,到达机体各部位来参与调控生物节律、生殖、生长与发育等生理过程。在鱼类中,松果腺是一个复合体,主要由类光感细胞构成,具有感光与内分泌双重功能。褪黑素的生物合成... 详细信息

褪黑素是一种小分子神经递质,主要在脊椎动物的松果腺中合成与分泌,到达机体各部位来参与调控生物节律、生殖、生长与发育等生理过程。在鱼类中,松果腺是一个复合体,主要由类光感细胞构成,具有感光与内分泌双重功能。褪黑素的生物合成从色氨酸开始,涉及色氨酸羟化酶(TPH)、芳香族L-氨基酸脱羧酶(AAAD)、芳香烷胺-N-乙酰转移酶(AANAT)和乙酰色胺甲基转移酶(ASMT)。前期,我们通过对众多脊椎动物开展比较基因组学研究,发现这4个褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与脊椎动物的物种进化基本一致,表明这些基因(同褪黑素一样)都很保守。有意思的是,在鱼类中各催化酶基因拷贝数出现显著增加,但四倍体与二倍体鱼中的拷贝数并不一定是2∶1,这是因为鱼类基因组复制后存在部分基因丢失的现象。此外,在大多数鱼类基因组中还鉴定到一些新基因,譬如aaad-like和asmt-like,可能拥有新的功能;有的催化酶基因缺失、出现移码突变或假基因化,可提升物种对特殊生境(诸如洞穴或深海)的生存适应性。本综述主要以我们团队近十年来的相关工作为主线,综合简介鱼类褪黑素合成酶系编码基因的系统进化与生理功能,以期深入理解褪黑素对鱼类生殖内分泌活动的影响,为进一步促进鱼类性腺发育、人工繁殖和分子育种等提供指导和支撑。

关键词：褪黑素褪黑素合成酶系统进化生理功能适应机制

波氏假丝酵母启动子的克隆及新霉素基因的表达

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中山大学学报（自然科学版） 2001年第1期40卷 65-68,76页

作者：徐柏年吴江雪李文清罗进贤中山大学生命科学学院/生物防治国家重点实验室广东广州510275

报道了波氏假丝酵母（Ｃａｎｄｉｄａｂｏｉｄｉｎｉｉ）启动子的克隆，将克隆的启动子与Ｎｅｏ基因重组构建了含Ｎｅｏｒ基因的表达载体ＹｅｐＮＰ１８１，转化波氏假丝酵母，实现了Ｎｅｏｒ基因在波氏假丝酵母中的表达，使波氏假... 详细信息

报道了波氏假丝酵母（Ｃａｎｄｉｄａｂｏｉｄｉｎｉｉ）启动子的克隆，将克隆的启动子与Ｎｅｏ基因重组构建了含Ｎｅｏｒ基因的表达载体ＹｅｐＮＰ１８１，转化波氏假丝酵母，实现了Ｎｅｏｒ基因在波氏假丝酵母中的表达，使波氏假丝酵母转化子能在含Ｇ４１８的抗性培养基上生长从而建立了Ｎｅｏｒ基因──Ｇ４１８选择系统，为外源基因在波氏假丝酵母中表达创造了条件．

关键词：启动子克隆新霉素抗性基因波氏假丝酵母基因表达工业发酵菌种 G418选择系统转化子

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N/P比调节对小球藻净化渗滤液效能的影响

中山大学学报（自然科学版） 2001年第2期40卷 101-103页

作者：姜必亮林里蓝崇钰王伯荪胡宏伟中山大学生命科学学院/生物防治国家重点实验室广东广州510275

以蛋白核小球藻作为实验材料 ,研究N/P比例调节对藻类净化渗滤液效能的影响 ,通过一系列不同N/P比例的渗滤液小球藻培养试验 ,结果表明 ,下调渗滤液中的N/P比例促进了小球藻的生长 ,其种群增长率随N/P的降低而增加 ,从而提高了对COD ,NH... 详细信息

以蛋白核小球藻作为实验材料 ,研究N/P比例调节对藻类净化渗滤液效能的影响 ,通过一系列不同N/P比例的渗滤液小球藻培养试验 ,结果表明 ,下调渗滤液中的N/P比例促进了小球藻的生长 ,其种群增长率随N/P的降低而增加 ,从而提高了对COD ,NH4 -N和重金属的吸收净化效果 .小白菜种子的发芽试验也表明 ,小球藻对渗滤液毒性的去除效果也随N/P比例的降低而提高 .建议在渗滤液的藻类净化过程中 ,根据渗滤液的理化性质 ,适当补充P从而提高其净化效果 .

关键词：垃圾填埋场渗滤液藻类净化蛋白核小球藻 N/P比例污水净化氨氮重金属

Cu^(2+)对两种生态型鸭跖草Cu积累和抗氧化酶的影响

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中国环境科学 2004年第1期24卷 9-13页

作者：杨兵廖斌邓冬梅束文圣蓝崇钰中山大学生命科学学院生物防治国家重点实验室广东广州510275

在Hoagland培养基中加入CuSO4模拟Cu2+污染环境,比较了不同Cu2+浓度([Cu2+])对鸭跖草(Commelina communis L.)耐性生态型和敏感生态型的耐性、Cu积累和抗氧化酶[过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物酶(POD)]的影响.结果表明... 详细信息

在Hoagland培养基中加入CuSO4模拟Cu2+污染环境,比较了不同Cu2+浓度([Cu2+])对鸭跖草(Commelina communis L.)耐性生态型和敏感生态型的耐性、Cu积累和抗氧化酶[过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物酶(POD)]的影响.结果表明,两种生态型鸭跖草的Cu2+中毒临界浓度和中毒症状有明显的差异,[Cu2+]≥40祄ol/L时,耐性生态型鸭跖草的耐性明显高于敏感生态型.耐性生态型鸭跖草叶和根中的Cu2+含量都明显高于敏感生态型,根中更为明显.不同生态型甚至同一生态型不同器官的POD、CAT、SOD活性对Cu2+的敏感性不同.一般来说,根对Cu2+的敏感性高于叶;POD活性对Cu2+的敏感性高于CAT和SOD.根比叶在清除丙二醛(MDA)的过程中起更重要作用.耐性生态型鸭跖草叶和根中CAT、POD和SOD活性、叶中MDA的变化并没有与根中MDA含量的变化趋势(大幅增加)保持一致,表明除了抗氧化酶外,可能还存在其他机制影响耐性生态型与敏感生态型鸭跖草在Cu2+耐性上的差异.

关键词： Cu^2+ 生态型抗氧化酶鸭跖草

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广东乐昌铅锌尾矿的酸化潜力

环境科学 2001年第3期22卷 113-117页

作者：束文圣张志权蓝崇钰中山大学生命科学学院生物防治国家重点实验室广州510275

利用净产酸试验 (NAG)和净产酸潜力试验 (NAPP)方法 ,研究了广东乐昌铅锌尾矿的产酸潜力 .该尾矿的黄铁矿的硫和总硫含量分别为 1 2 57%和 1 8 68% ,NAG和NAPP值分别为H2 SO4 2 2 0kg·t-1和 32 6kg·t-1,NAG和NAPP的试验结果都表明该... 详细信息

利用净产酸试验 (NAG)和净产酸潜力试验 (NAPP)方法 ,研究了广东乐昌铅锌尾矿的产酸潜力 .该尾矿的黄铁矿的硫和总硫含量分别为 1 2 57%和 1 8 68% ,NAG和NAPP值分别为H2 SO4 2 2 0kg·t-1和 32 6kg·t-1,NAG和NAPP的试验结果都表明该尾矿有着很高的产酸潜力 .由于黄铁矿硫不会完全被氧化 ,NAG比NAPP可更为准确地预测尾矿的产酸潜力 .2个剖面的分析表明 ,因氧化难以进入尾矿深部 ,酸化主要发生在尾矿表面 0～ 2 0cm ,且对下层尾矿的影响很小 .尾矿的pH值与EC值显著负相关 ,表明酸化促进乐昌尾矿中盐分的溶解和重金属的迁移 ,在酸化的表层 ,有效态Pb、Zn、Cu和Cd含量显著高于未酸化的下层 ,而Pb、Zn、Cu和Cd的总量却显著低于未酸化的下层 .

关键词：铅锌尾矿产酸潜力重金属广东尾矿污染

长链非编码RNA编码微肽的鉴定和功能研究进展

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福建农林大学学报（自然科学版） 2025年第1期54卷 89-99页

作者：黄桂英王李伟刘嘉茵王松陈吉龙池晓娟福建农林大学动物科学学院福建省畜禽病原感染与免疫学重点实验室/闽台动物病原生物学福建省高校重点实验室福建福州350002

随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞... 详细信息

随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞发育,还对多种癌症的发生与发展、炎症反应及心血管疾病产生影响。研究这些微肽的功能对于深入理解生命活动的调控机制具有重要的科学意义,也为相关疾病的防治提供新的思路与方向。概述了鉴定lncRNA编码微肽的常用方法,以及这些微肽功能的最新研究进展,以期为后续研究提供参考。

关键词：长链非编码RNA 短开放阅读框微肽鉴定功能

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温度对菊小长管蚜的影响

中山大学学报（自然科学版） 2001年第6期40卷 118-120页

作者：段金花吴海昌张润杰中山大学生物防治国家重点实验室广东广州510275

通过测定菊小长管蚜在不同温度下生长繁殖的实验结果 ,组建了其特定年龄生命表 .结果表明 :菊小长管蚜生长繁殖的最适温度在 2 2～ 2 5℃之间 ;高温下菊小长管蚜发育历期特别是生育期明显缩短 ,产仔高峰期提前 ,但平均每雌产仔数目减少 ... 详细信息

通过测定菊小长管蚜在不同温度下生长繁殖的实验结果 ,组建了其特定年龄生命表 .结果表明 :菊小长管蚜生长繁殖的最适温度在 2 2～ 2 5℃之间 ;高温下菊小长管蚜发育历期特别是生育期明显缩短 ,产仔高峰期提前 ,但平均每雌产仔数目减少 ;不同温度下的存活曲线表明 ,高温下菊小长管蚜前期死亡率较低 ,繁殖后期较高。

关键词：菊小长管蚜温度生命表存活曲线菊科植物害虫生育期生长繁殖