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RNA修饰的检测和定点干预

中国科学:化学 2025年

作者：唐恒邵静怡江欣闫卫凯骆观正翁小成武汉大学中南医院神经外科教育部基因功能与调控重点实验室广东省药用功能基因重点实验室生物控制国家重点实验室中山大学生命科学学院武汉大学化学与分子科学学院武汉大学中南医院耳鼻咽喉头颈外科

目前已识别出170多种RNA修饰,它们在控制RNA命运和基因表达等方面发挥着重要作用.本文从RNA修饰的检测和定点干预角度出发,总结了基于二代测序、纳米孔测序及特定位点的RNA修饰检测进展,以及基于CRISPR的RNA定点干预策略,包括本课题组... 详细信息

目前已识别出170多种RNA修饰,它们在控制RNA命运和基因表达等方面发挥着重要作用.本文从RNA修饰的检测和定点干预角度出发,总结了基于二代测序、纳米孔测序及特定位点的RNA修饰检测进展,以及基于CRISPR的RNA定点干预策略,包括本课题组的贡献.我们阐释了这些方法的基本原理及其对RNA修饰功能的新发现,并指出目前相关研究的不足之处及未来发展方向.最后,本文分析了RNA修饰的化学和生物特性,提出应结合新兴研究手段,从精准性、可控性和特异性等方面进行深入研究,为RNA修饰的检测和定点干预提供新的见解.

关键词： RNA修饰测序技术定点干预技术

青海牦牛源益生菌分离、鉴定及其益生特性的研究

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动物营养学报 2025年

作者：谢林林曹瑾赵玉琪张欣郝力壮简莹娜孙偲李军训宋洪宁王楠天津科技大学生物工程学院教育部工业发酵微生物学重点实验室青海大学青海省高原放牧家畜动物营养与饲料科学重点实验室青海大学畜牧兽医科学院青海省动物疾病病原诊断与绿色防控技术研究重点实验室青海百分牛生物科技有限公司山东泰山生力源集团股份有限公司

本研究旨在从青海省牦牛源样品中分离筛选可用于改善牦牛腹泻的潜在益生菌菌株,并评价其体外益生特性。试验首先从健康牦牛粪便和酸奶中分离纯化出乳酸菌,通过菌落形态观察、16S rDNA以及对部分菌株进行保守基因rpoA测序,并进行BLAST比... 详细信息

本研究旨在从青海省牦牛源样品中分离筛选可用于改善牦牛腹泻的潜在益生菌菌株,并评价其体外益生特性。试验首先从健康牦牛粪便和酸奶中分离纯化出乳酸菌,通过菌落形态观察、16S rDNA以及对部分菌株进行保守基因rpoA测序,并进行BLAST比对,对筛选菌株进行鉴定。然后,通过评价菌株的生长、耐酸、耐胆盐、自动聚集能力和疏水性等特性筛选出优异菌株,重点考察其对来自腹泻致死牦牛中分离的致病菌的抑制能力,同时对其抗生素耐药性、细胞黏附能力、抗氧化能力[2,2-二苯基-1-苦基肼(DPPH)自由基清除率、羟自由基清除率及还原能力]及抗炎能力[巨噬细胞释放一氧化氮(NO)]进行测定。结果表明:试验共获得8株乳酸菌,其中1株为罗伊氏黏液乳杆菌,3株为植物乳植杆菌,4株为屎肠球菌。其中,罗伊氏黏液乳杆菌QM11具有较强的耐酸和耐胆盐能力;自动聚集率和疏水率分别为(64.07±1.36)%和(26.90±1.51)%;对牦牛源致病性大肠杆菌QH01、QH02和QH03的抑菌率分别为(87.29±0.98)%、(74.67±1.28)%和(86.43±0.21)%,对金黄色葡萄球菌、单增李斯特菌和鼠伤寒沙门氏菌等多种病原指示菌的抑菌率达74%以上;对氨苄西林、青霉素、庆大霉素和链霉素等多种抗生素敏感。与对照菌株鼠李糖乳杆菌GG相比,罗伊氏黏液乳杆菌QM11对结肠细胞的黏附能力更强,黏附率为(54.38±2.15)%;菌悬液的抗氧化能力更强,DPPH自由基清除率、羟自由基清除率和还原能力分别为(4.19±1.03)%、(180.29±9.28)%和(6.07±0.60)%;抑制巨噬细胞释放NO的能力与鼠李糖乳杆菌GG相当。综上所述,本试验筛选出的罗伊氏黏液乳杆菌QM11可作为后续研制用于防治牦牛腹泻益生菌制剂的备选菌株。

关键词：牦牛益生菌筛选益生特性

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荔枝炭疽病的发生与防治研究进展

华南农业大学学报 2025年

作者：凌金锋黄荣董丁铭孔广辉习平根李敏慧彭埃天姜子德华南农业大学植物保护学院/广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室广东省农业科学院植物保护研究所/农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室/广东省植物保护新技术重点实验室

荔枝Litchi chinensis Sonn.是中国重要的热带亚热带水果，然而刺盘孢属真菌Colletotrichum spp.侵染所致的荔枝炭疽病严重影响了荔枝的生产和果实采后贮运。荔枝炭疽病为害荔枝叶、枝梢、花穗和果实，症状复杂，病原种类多样，迄今已... 详细信息

荔枝Litchi chinensis Sonn.是中国重要的热带亚热带水果，然而刺盘孢属真菌Colletotrichum spp.侵染所致的荔枝炭疽病严重影响了荔枝的生产和果实采后贮运。荔枝炭疽病为害荔枝叶、枝梢、花穗和果实，症状复杂，病原种类多样，迄今已报道了5个复合种共22个种，其中，盘长孢状刺盘孢复合种C. gloeosporioides species complex为优势种群。高温、高湿的气候条件适合病害的发生，每年4—6月为我国荔枝炭疽病的爆发期。本文从荔枝炭疽病病害症状、病原、发生规律、致病机制以及防治技术等方面进行了全面综述，根据其侵染过程对已报道的刺盘孢属真菌的致病因子进行了归纳，对荔枝炭疽病的防控技术进行了总结分析，并对今后的荔枝炭疽致病机制研究和绿色防控技术进行了展望。

关键词：荔枝荔枝炭疽菌优势种群生物学特性发生规律致病机理防治策略

针对缺失实验室指标多约束表征学习的卵巢癌鉴别方法

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南方医科大学学报 2025年

作者：卢梓涵黄方俊蔡光瑶刘继红甄鑫南方医科大学生物医学工程学院广东省人民医院中山大学肿瘤防治中心妇科//华南肿瘤学国家重点实验室//肿瘤医学省部共建协同创新中心

目的探索基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下鉴别卵巢癌的鉴别能力和应用价值。方法收集了2344例患者（393例卵巢癌和1951例对照）的缺失实验室指标表格型数据，使用本研究提出的基于判别学习和互信息以及特征... 详细信息

目的探索基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下鉴别卵巢癌的鉴别能力和应用价值。方法收集了2344例患者（393例卵巢癌和1951例对照）的缺失实验室指标表格型数据，使用本研究提出的基于判别学习和互信息以及特征投影重要性得分一致性及缺失位置估算的表征学习分类模型对缺失的卵巢癌实验室指标特征进行投影到潜在空间得到分类模型。对提出的约束项进行消融实验，通过准确率、ROC曲线下面积（AUC）、敏感度、特异性说明约束项的可行性和有效项。采用交叉验证方法和准确率、AUC、敏感度、特异性评价该分类模型的鉴别性能。将本研究与其他用于缺失数据的插补方法进行对缺失数据处理后鉴别分类能力的对比。结果消融实验结果显示约束项之间有很好的相容性，每项约束项都有较好的鲁棒性。交叉验证结果显示，本研究提出的基于多约束表征学习分类模型在面对缺失实验室指标的情况下对卵巢癌的鉴别中的AUC、准确率、敏感度、特异性分别为0.915、0.888、0.774、0.910，其中AUC和敏感度优于其它缺失数据插补方法。结论基于多约束表征学习模型在缺失实验室指标鉴别卵巢癌的应用中具有优秀的鉴别能力和较高的应用价值。与其他缺失插补方法相比，本研究提出的多约束表征学习模型在针对卵巢癌缺失实验室指标的鉴别分类任务中具有较大的优势。

关键词：缺失数据共享表征学习判别分析特征投影重要性得分一致性缺失位置估算互信息卵巢癌

静脉及腹腔感染途径对BALB/c小鼠巴贝虫感染及脾脏免疫细胞的影响

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中国血吸虫病防治杂志 2025年

作者：杨汉银蔡玉春闫书宁辛怡莫子冉徐斌郑彬中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)WHO热带病合作中心科技部国家级热带病国际联合研究中心国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室内蒙古大学生命科学学院上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院

目的观察经静脉和腹腔接种田鼠巴贝虫后，BALB/c小鼠田鼠巴贝虫染虫率及脾形态和脾免疫细胞占比变化，为巴贝虫感染免疫调控机制相关研究提供参考。方法利用实验室保种田鼠巴贝虫虫株制备染虫率为10%的全血血样，将75只BALB/c小鼠随机... 详细信息

目的观察经静脉和腹腔接种田鼠巴贝虫后，BALB/c小鼠田鼠巴贝虫染虫率及脾形态和脾免疫细胞占比变化，为巴贝虫感染免疫调控机制相关研究提供参考。方法利用实验室保种田鼠巴贝虫虫株制备染虫率为10%的全血血样，将75只BALB/c小鼠随机分为正常对照组、静脉接种组和腹腔接种组，每组25只。腹腔接种组和静脉接种组小鼠分别经腹腔和静脉接种染虫率为10%的全血100μL，接种当天记为d0；正常对照组为健康小鼠，不作任何处理。分别于d7、d14、d21、d28、d35采集各组小鼠尾尖血样制作薄血膜血片，观察并比较红细胞染虫情况。此外，分别于d7、d14、d21、d28、d35从各组随机选择5只小鼠，剖杀后取脾脏，测量脾脏大小和质量；分离脾细胞，使用流式细胞仪检测脾脏CD3e+T细胞、CD45R+B细胞、CD49b+自然杀伤细胞（natural killer cell,NK细胞）和巨噬细胞（M?细胞）(F4/80)等免疫细胞占CD45+淋巴细胞的比例。结果静脉接种组和腹腔接种组小鼠染虫率均于d7达到高峰，染虫率分别为22.80%、44.82%，差异有统计学意义（χ2=8.141,P学意义（F=10.310、9.824、10.672,P均学意义（F=16.730、15.941,P均学意义（F=9.252、14.349、13.436、8.180,P均学意义（F=9.772,P<0.05）；静脉接种组CD3e+T细胞占比低于腹腔接种组（P<0.01）。结论腹腔接种和静脉接种均可致BALB/c小鼠感染田鼠巴贝虫，且腹腔接种后小鼠染虫率高于静脉接种。腹腔接种和静脉接种田鼠巴贝虫对小鼠脾脏形态和免疫细胞占比造成的影响存在差异，提示不同接种方式对小鼠免疫应答机制具有不同影响。

关键词：田鼠巴贝虫腹腔接种静脉接种脾脏免疫细胞小鼠

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埃博拉病毒研究进展

中山大学学报(医学科学版) 2015年第2期36卷 161-166页

作者：曾谷城中山大学中山医学院微生物学教研室∥热带病防治研究教育部重点实验室

埃博拉病毒(EBOV)是能够导致人和灵长类动物埃博拉出血热的一种高致病率及高致死率病毒。埃博拉病毒从发现以来已经造成了数次大规模流行,主要集中在非洲地区。2014年在西非地区暴发了历史上最为严重的埃博拉出血热疫情,引起了全球的广... 详细信息

埃博拉病毒(EBOV)是能够导致人和灵长类动物埃博拉出血热的一种高致病率及高致死率病毒。埃博拉病毒从发现以来已经造成了数次大规模流行,主要集中在非洲地区。2014年在西非地区暴发了历史上最为严重的埃博拉出血热疫情,引起了全球的广泛关注。本文就埃博拉病毒的流行病学、传播特点、分子病毒学、致病的分子基础、感染及致病的免疫机制及埃博拉出血热的临床特征和防治措施等方面的研究进展进行综述,为人们能够有效预防及治疗埃博拉出血热,遏制埃博拉出血热疫情的扩散提供科学参考。

关键词：埃博拉病毒(EBOV) 埃博拉出血热

阿维链霉菌合成纳米硒的物理化学表征及其对枸杞病原真菌的抑菌活性

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生物工程学报 2025年

作者：张琪李亚妮周荣娟秦佳圆岳思君宁夏大学新华学院宁夏大学生命科学学院西部特色生物资源保护与利用教育部重点实验室

生物合成的纳米硒（selenium nanoparticles， SeNPs）具有独特的物理、化学和生物学特性，备受研究人员关注。为了开发将硒盐还原为SeNPs的菌种，本研究以阿维链霉菌（Streptomyces avermitilis）为研究对象，通过添加一定量的Na2SeO3... 详细信息

生物合成的纳米硒（selenium nanoparticles， SeNPs）具有独特的物理、化学和生物学特性，备受研究人员关注。为了开发将硒盐还原为SeNPs的菌种，本研究以阿维链霉菌（Streptomyces avermitilis）为研究对象，通过添加一定量的Na2SeO3，借助光学显微镜、扫描电镜（scanning electron microscope， SEM）、透射电镜（transmission electron microscope， TEM）、能量色散X射线能谱（energy dispersive spectrometer， EDS）分析、X射线衍射（X-ray diffraction， XRD）分析、傅里叶红外变换光谱（fourier transform infrared spectroscopy， FTIR）技术对菌体及合成的SeNPs进行物理化学表征分析，同时选用枸杞根腐病主要病原真菌-尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporium）对其抗菌活性进行研究。结果表明，阿维链霉菌可将Na2SeO3转化成SeNPs，能耐受300 mmol/L 的Na2SeO3，耐受性较高；阿维链霉菌可在细胞质中合成球形SeNPs，大部分直径在100 nm左右，并以菌丝断裂的方式释放；阿维链霉菌合成的SeNPs颗粒为非晶态，表面以C、Se为主，同时存在O、N等元素，-OH、C=O、C- N、C-H等官能团与SeNPs稳定性和生物活性密切相关；阿维链霉菌所产SeNPs对F. oxysporium有显著抑制活性，25 μmol/mL处理抑菌率可达77.61%，半数效应浓度(median effective concentration， EC50)为0.556 μmol/mL。总之，阿维链霉菌可耐受高Na2SeO3胁迫，同时还可介导合成SeNPs，合成的SeNPs颗粒具有良好的稳定性和抗菌活性，在SeNPs制备和枸杞根腐病防治方面具有潜在的应用价值。

关键词：阿维链霉菌纳米硒物理化学表征尖孢镰刀菌抑菌活性

紫外交联合并串联亲和纯化高效鉴定蛋白复合物组分的RNA结合活性

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生物化学与生物物理进展 2014年第6期41卷 617-622页

作者：岳莎周淑如郭学敏中山大学中山医学院人类病毒学研究所热带病防治研究教育部重点实验室广州510080

RNA结合蛋白在RNA的生成与代谢中发挥着重要作用.我们在近年报道的PAR-CLIP(photoactivatableribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation)技术的基础上建立了一套快速、有效鉴定RNA结合蛋白的实验方法:以串联亲和纯化替代一步免疫沉淀获得高纯度蛋白-RNA复合物;将Sypro Ruby蛋白染色与RNA放射自显影相结合判断复合物中哪种或哪些组分为RNA结合蛋白,该方法命名为紫外交联合并的串联亲和纯化(cross-linkingand tandem affinity purification,CLiTAP).运用该方法对布氏锥虫的三种锌指蛋白ZC3H7、ZC3H34和ZC3H5进行分析,发现ZC3H7作为帽结合蛋白复合物的核心组分具有很强的RNA结合能力;ZC3H34结合RNA能力较弱,但其互作蛋白具有强的RNA结合活性;相比之下,ZC3H5及其复合物组分皆无RNA结合活性.这些结果表明,CLiTAP与蛋白质鉴定方法相结合,能够有效鉴定靶蛋白复合物中的RNA结合蛋白种类,也为进一步定位RNA结合位点、研究RNA结合蛋白的结构及作用机制奠定了基础.

关键词：紫外交联串联亲和纯化 RNA结合蛋白布氏锥虫 CCCH型锌指蛋白

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H7N9禽流感病毒对人类致病的分子基础分析

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中山大学学报（医学科学版） 2013年第5期34卷 657-665页

作者：于玉凤郭晓兰王颖周俊梅方丹云曾谷城晏辉钧江丽芳中山大学中山医学院微生物学教研室中山大学热带病防治研究教育部重点实验室广东广州510080

【目的】了解H7N9禽流感病毒对人类致病的分子特征,为更好地预防与治疗H7N9人禽流感提供科学依据。【方法】从GISAID数据库中下载中国2013年分离的所有H7N9禽流感病毒株的基因及蛋白序列,并从NCBI数据库中下载其他相关的流感病毒序列,... 详细信息

【目的】了解H7N9禽流感病毒对人类致病的分子特征,为更好地预防与治疗H7N9人禽流感提供科学依据。【方法】从GISAID数据库中下载中国2013年分离的所有H7N9禽流感病毒株的基因及蛋白序列,并从NCBI数据库中下载其他相关的流感病毒序列,运用生物信息学软件分析H7N9禽流感病毒基因的系统进化特征、受体结合位点、宿主特异位点、飞沫传播关键氨基酸位点、致病及毒力相关位点、耐药性位点及潜在糖基化位点等的变异情况。【结果】2013年中国流行的H7N9禽流感病毒为四源重组病毒,所有基因片段均来源于禽类,不含任何人流感病毒基因;病毒HA的受体结合位点发生了2个关键氨基酸的变异(G186V和Q226L);在与飞沫传播有关的关键氨基酸位点中,个别氨基酸已发生了变异(T160A、Q226L);该病毒具有8个毒力增强位点;所有分离株的M2均发生了S31N变异;分离株A/Shanghai/1/2013的NA的耐药位点发生了R294K变异;所有毒株的潜在糖基化位点均相对保守。【结论】H7N9禽流感病毒为四源重组的新型禽流感病毒。该病毒具有与人呼吸道上皮细胞SAa-2,6 Gal受体结合的分子基础,但目前尚未获得经飞沫传播的充分条件,人传人的可能性不大。该病毒具有低致病性禽流感病毒的分子特征,表明对禽类致病性不强,但其对人类呈高致病性,这可能与其毒力位点的特征有关。所有分离毒株均发生了对离子通道抑制剂金刚烷胺类药物的耐药性突变,个别毒株已发生了对神经氨酸酶抑制剂奥司他韦(达菲)的耐药性突变。

关键词： H7N9禽流感病毒致病性分子基础生物信息学

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