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基于干细胞记忆和中央记忆细胞的CAR-T细胞抗肿瘤治疗策略

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细胞与分子免疫学杂志 2024年

作者：刘伟华王艺斐孙晓婷王志斌中国科学院深圳先进技术研究院生物医药与技术研究所癌症免疫研究中心中国科学院大学深圳理工大学药学院生物制药学系人类环境表观遗传组实验室

免疫治疗包括免疫检查点抑制剂和过继细胞疗法在血液瘤的治疗中取得了革命性临床进展，但在实体瘤的治疗中却不尽人意。比如，嵌合抗原受体T（CAR-T）细胞疗法在治疗B细胞恶性肿瘤患者中展现出良好的效果和治愈潜能。但是，CAR-T细胞针... 详细信息

免疫治疗包括免疫检查点抑制剂和过继细胞疗法在血液瘤的治疗中取得了革命性临床进展，但在实体瘤的治疗中却不尽人意。比如，嵌合抗原受体T（CAR-T）细胞疗法在治疗B细胞恶性肿瘤患者中展现出良好的效果和治愈潜能。但是，CAR-T细胞针对实体肿瘤的抗肿瘤治疗仍然面临着艰难挑战。内源性或过继转移的肿瘤特异性T细胞的抗肿瘤活性高度依赖于其分化状态。早期分化的T细胞比处于完全分化状态的效应T细胞具有更好的抗肿瘤疗效。在癌症患者中，具有干性记忆或前体表型的肿瘤特异性T细胞的存在与治疗结局改善呈现显著的相关性。过继移植具有干细胞记忆（Stem cell memory）或中央记忆（Central memory）表型的CAR-T细胞可获得更优的抗肿瘤治疗效果。本文聚焦于体外优化扩增培养体系以获取具有干细胞记忆或中央记忆表型的CAR-T进行综述。

关键词：肿瘤免疫治疗嵌合抗原受体T细胞过继细胞疗法干细胞记忆T细胞代谢适应性表观遗传调控综述

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合成生物学在干细胞工程化改造中的研究进展

合成生物学 2024年第4期5卷 782-794页

作者：蔡冰玉谭象天李伟中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049 中国科学院干细胞与再生医学创新研究院北京100101 北京干细胞与再生医学研究院北京100101

多能干细胞具备自我更新能力和多向分化潜能,其分化衍生的细胞及类器官在再生医学中具有巨大的应用潜力。但是干细胞临床转化仍然存在许多挑战。合成生物学“自上而下”的设计理念,结合基因编辑以及合成受体在内的强大工具库,能够赋予... 详细信息

多能干细胞具备自我更新能力和多向分化潜能,其分化衍生的细胞及类器官在再生医学中具有巨大的应用潜力。但是干细胞临床转化仍然存在许多挑战。合成生物学“自上而下”的设计理念,结合基因编辑以及合成受体在内的强大工具库,能够赋予细胞新的功能,实现干细胞工程化改造。在此,本文总结了多能干细胞的临床应用和干细胞临床转化面临的主要挑战(干细胞分化衍生物的致瘤性、异质性、免疫原性),以及合成生物学在干细胞工程化改造中的应用(精确控制细胞命运、调控细胞通信、优化类器官结构功能、监测并清除致瘤细胞)。这些合成生物学工具为干细胞工程化改造提供了新的策略和平台,有望解决干细胞临床应用现存的诸多挑战,推动再生医学的进一步发展,实现“器官再生”这一核心目标。

关键词：多能干细胞类器官合成生物学细胞治疗干细胞工程化改造

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环境病原微生物研究数据库及数据挖掘方法

生物技术通报 2024年

作者：王尚冯凯李瞳王洁顾松松杨兴盛李春格邓晔中国科学院生态环境研究中心中国科学院环境生物技术重点实验室中国科学院大学中国地质大学(北京)中国地质大学生物地质与环境地质国家重点实验室

环境生物安全与社会稳定、人类健康及国防安全等多个关键领域密切相关。鉴于气候变化以及人类活动对生态系统不断加大的压力，未知病原体从环境中溢出的风险显著增加。当前的研究方法多集中于已知病原体的检测与分析，然而，组学技术及... 详细信息

环境生物安全与社会稳定、人类健康及国防安全等多个关键领域密切相关。鉴于气候变化以及人类活动对生态系统不断加大的压力，未知病原体从环境中溢出的风险显著增加。当前的研究方法多集中于已知病原体的检测与分析，然而，组学技术及其相关生物信息学技术的快速发展与应用，为识别未知环境病原体及预警潜在的环境健康风险提供了新的机遇与解决方案。这些技术的发展不仅促进了对微生物与动物、人类以及环境之间相互作用关系的理解，更是实现“同一健康（One Health）”理念的重要组成部分。本文简述了全球变化对环境病原体逸出的影响及其引发的健康风险，从数据存储、数据分析到数据挖掘三个维度对生物信息学在环境病原体研究中的应用与进展进行了深入探讨，对当前领域内存在的问题进行了剖析，并对未来利用大数据进行环境病原体检测与风险评估的应用前景进行了展望。

关键词：环境生物安全大数据病原微生物全球变化环境健康风险

接种两株有益菌的生物絮团净水性能及饲料化潜力

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水生生物学报 2024年第2期48卷 242-252页

作者：张波刘泳宏张倩倩虞舟王强肖恩荣邱东茹吴振斌中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京101400 东华理工大学水资源与环境工程学院南昌330013 中国地质大学(武汉) 武汉430072

为强化新的絮团形成菌伪杜擀氏菌YN12(Pseudoduganella eburnea YN12,YN)利用养殖尾水生成生物絮团效果,并将絮团制成饲料,探讨在胡子鲶(Claris fuscus)饲养上的可行性。在生物絮团系统中,接种活性污泥(Activated sludge,AS)、伪杜擀氏... 详细信息

为强化新的絮团形成菌伪杜擀氏菌YN12(Pseudoduganella eburnea YN12,YN)利用养殖尾水生成生物絮团效果,并将絮团制成饲料,探讨在胡子鲶(Claris fuscus)饲养上的可行性。在生物絮团系统中,接种活性污泥(Activated sludge,AS)、伪杜擀氏菌YN12和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis,BS)并配制成7组(AS、YN、BS、AS+YN、AS+BS、YN+BS和AS+YN+BS),分析絮团形态结构差异,评估出对模拟养殖尾水氮去除效果及微生物群落结构优势的最佳组合,最终收集最佳组合絮团烘干研磨成粉末添加到商业饲料制粒,分成对照组和絮团组两组,探讨对胡子鲶的生长性能、饲料利用率、肌肉营养成分及肝脏的消化酶和免疫酶活性的影响。结果表明:YN+BS组水质净化效果稳定,总氮去除效果(89.6%)良好,氨氮、亚硝酸盐和硝酸盐积累低,具有良好的絮团生成量(9.0 ml/L)及占据优势(47.5%)的反硝化菌群(包括Hydrogenophaga、Flavobacterium、Pseudoxanthomonas、Burkholderiaceae、Comamonas、Acinetobacter等)。该组絮团粉以5%比例与商业饲料混合、研磨加工制粒后用于胡子鲶养殖,发现胡子鲶生长性能[包括存活率:(100±0.00)%>(95±0.00)%;增重:(2.81±0.35)g>(2.52±0.52)g;体长增加(1.68±0.36)cm>(1.51±0.34)cm]和饲料系数55±0.03>46±0.12均优于纯商业饲料的对照组,然而在淀粉酶等消化酶、免疫酶包括过氧化氢酶、总超氧化物歧化物、谷胱氨酸过氧化物酶等及肌肉营养成分包括谷氨酸、天冬氨酸、丙氨酸和甘氨酸等鲜味氨基酸上均低于对照组。YN+BS组絮团饲料在生长性能占据优势,然而在消化能力、免疫活性及肌肉营养成分上并未表现出明显优势,需要进一步调整水平絮团添加水平以优化胡子鲶饲养效果。

关键词：有益菌水产养殖尾水生物絮团反硝化菌絮团饲料胡子鲶

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河南省商城县2种动物发热伴血小板减少综合征病毒感染情况的调查研究

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中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 83-91页

作者：刘万双陈浩荣代科蒋宝贵陈津津田珅吴家红刘玮方立群贵州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系贵阳550025 北京化工大学生命科学与技术学院制药工程学系北京100029 军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 广州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广州511436

目的通过开展发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)自然疫源地动物宿主感染新布尼亚病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTSV)的调查研究,明确SFTS自然疫源地SFTSV的传播风险与影响因素,为SFTS的针对性防控提供科学依据。方法采用卫星定位技术连续跟踪商城县邱湾村、平塘村和龙头桥村3个村庄部分村民家养狗日常活动轨迹2周并采集血清样本,使用间接荧光抗体试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)法检测家养狗血清SFTSV⁃IgG抗体,使用logistic回归分析模型分析影响家养狗感染SFTSV的潜在环境影响因素;采用夹(笼)夜法和粘鼠板法对家养狗活动区域内的啮齿动物及小型哺乳动物种群进行密度调查,针对保守基因进行PCR种类鉴定,并采用荧光PCR和酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)方法检测啮齿动物及小型哺乳动物SFTSV感染情况。结果通过卫星定位共追踪26条家养狗的日常活动范围信息,采集37条家养狗52份血清,SFTSV⁃IgG抗体总阳性率为59.46%;共捕获啮齿动物及小型哺乳动物419只,优势种为黄胸鼠、小家鼠、黑线姬鼠,未有SFTSV阳性标本检出;家养狗活动中心离主干道路距离远和到过林地的频次多是感染SFTSV的危险因素,家养狗活动中心离林地距离远是感染SFTSV的保护因素。结论商城县家养狗SFTSV抗体阳性率较高,感染SFTSV与生态环境相关,建议进一步扩大家养动物的种类,开展SFTSV感染情况的研究;啮齿动物的SFTSV感染率低,在SFTSV自然循环过程中的作用需进一步调查。

关键词：新布尼亚病毒蜱传疾病啮齿动物血清学危险因素血小板减少综合征发热

云南省西部地区宿主和媒介感染伯氏疏螺旋体的基因多样性调查与分析

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中国人兽共患病学报 2024年第3期40卷 208-213页

作者：何志海和仙孙毅蒋宝贵邵宗体张云李玉琼浦恩念姚明国王帆别双双高子厚江佳富杜春红云南省地方病防治所云南省自然疫源性疾病防控重点实验室大理671000 深圳市光明区疾病预防控制中心深圳518106 云南省迪庆州疾病预防控制中心香格里拉674400 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的了解云南省西部地区宿主动物和媒介蜱感染伯氏疏螺旋体的基因多样性,为进一步掌握该地区莱姆病菌株的特性奠定基础。方法对采用伯氏疏螺旋体5S~23S rRNA间隔区基因筛查阳性的云南西部地区采集的家畜、小型兽类、蜱虫样本,进行伯氏... 详细信息

目的了解云南省西部地区宿主动物和媒介蜱感染伯氏疏螺旋体的基因多样性,为进一步掌握该地区莱姆病菌株的特性奠定基础。方法对采用伯氏疏螺旋体5S~23S rRNA间隔区基因筛查阳性的云南西部地区采集的家畜、小型兽类、蜱虫样本,进行伯氏疏螺旋体鞭毛蛋白基因(FLA基因)和16S rRNA基因的检测,综合分析病原体的基因信息,了解当地流行株的生物学特性及流行特征。结果共检测301份样本,共检出7种基因型伯氏疏螺旋体,其中宿主动物共检出5种:***(阿弗西尼疏螺旋体)、***(伽氏疏螺旋体)、*** s.s.(狭义伯氏疏螺旋体)、***(日本疏螺旋体)、***(法雷斯疏螺旋体);媒介蜱检出7种:***(阿弗西尼疏螺旋体)、***(伽氏疏螺旋体)、*** s.s.(狭义伯氏疏螺旋体)、***(日本疏螺旋体)、***(法雷斯疏螺旋体)、***(中华基因型伯氏疏螺旋体)及未定种Borrelia sp.。***、***和*** s.s.为优势流行株,占总阳性的85.04%(256/301)。不同地区、不同来源的相同基因型株基因序列存在种内差异,同一地区的宿主和媒介中检出的相同基因型螺旋体具有较高的同源性和较近的遗传进化关系。结论云南西部地区宿主和媒介感染伯氏疏螺旋体基因型具有较高的多样性特征,存在多种致病基因型,给当地人群的健康造成一定危害,需加强防范。

关键词：云南西部伯氏疏螺旋体宿主动物蜱多样性

有机肥施用土壤-蔬菜系统中潜在人畜病原菌及其耐药性分析

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生态毒理学报 2024年

作者：艾思木巴提·叶尔肯别克宋亚琼亓逢源王一飞乔敏朱永官中国科学院生态环境研究中心城市与区域生态国家重点实验室中国科学院大学中国科学院城市环境研究所中国科学院城市环境与健康重点实验室

畜禽粪便类有机肥中含有大量的人畜病原菌和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes， ARGs)，施入农田后部分病原菌仍能继续存活并繁殖，且可能污染所种植的蔬菜，尤其是一些具有耐药性的人畜病原菌经食物链传递后将对人体健康造... 详细信息

畜禽粪便类有机肥中含有大量的人畜病原菌和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes， ARGs)，施入农田后部分病原菌仍能继续存活并繁殖，且可能污染所种植的蔬菜，尤其是一些具有耐药性的人畜病原菌经食物链传递后将对人体健康造成巨大威胁。然而，当前大量的研究仅基于单纯的分离培养或高通量测序技术，对有机肥施用土壤-蔬菜系统中的人畜病原菌及其携带的毒力因子基因(virulence factor genes， VFGs)与ARGs认识有限。因此，本研究针对典型的长期施用有机肥的土壤-蔬菜系统，采集有机肥、施肥土及该土壤上种植的叶类蔬菜，如鸡毛菜、菜心、油麦菜和白菜等，结合传统分离培养及全基因组测序(whole genome sequencing， WGS)技术，利用生物信息学方法对分离菌株进行分类学及基因组注释，探究人畜病原菌的分布以及VFGs和ARGs的携带情况。结果表明在该施用有机肥的土壤-蔬菜系统中分离检测到42株人畜病原菌，其中37株属于肠杆菌科，5株属于假单孢菌科，主要的菌株包括大肠杆菌、克雷伯氏菌、假单胞菌和柠檬酸杆菌等，其中，大肠杆菌在土壤环境中显著富集，假单胞菌和柠檬酸杆菌主要分布在蔬菜根际及叶际。此外，全基因组测序提供了病原菌遗传信息，表明了人畜病原菌可能具有潜在的攻击性和代谢活性，携带有效应子、粘附性、生物膜、免疫调节性、侵袭性及毒素相关的VFGs。更重要的是，这些人畜病原菌均携带多种ARGs，这些ARGs编码了对多重耐药类、β-内酰胺类、氨基糖苷类、磷霉素类和多黏菌素类等抗生素的抗性。综上，本研究揭示了有机肥施用导致的土壤-蔬菜系统中人畜病原菌的分布情况，详细解析了病原菌携带的VFGs与ARGs类型，指明了食用叶类蔬菜存在的潜在健康风险，为加强畜禽粪便有机肥中重要人畜病原菌的风险防控提供了理论依据。

关键词：潜在人畜病原菌抗生素抗性基因毒力基因土壤-蔬菜系统

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鼠疫耶尔森菌核酸检测试剂国家参考品的研制

中国生物制品学杂志 2024年第10期 1185-1189+1199页

作者：张园园闫子恒赵爱华杨瑞馥赵勇魏东中国食品药品检定研究院国家卫生健康委员会生物技术检定方法及其标准化重点实验室军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室

目的研制鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）核酸检测试剂国家参考品，以期用于鼠疫菌核酸检测试剂的评价和质量控制。方法选择5株鼠疫菌[EV株、0614F株、otten株、Tjiusidej(R)株、田鼠型201株]和10株阴性菌（3株小肠结肠炎耶尔森菌、... 详细信息

目的研制鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）核酸检测试剂国家参考品，以期用于鼠疫菌核酸检测试剂的评价和质量控制。方法选择5株鼠疫菌[EV株、0614F株、otten株、Tjiusidej(R)株、田鼠型201株]和10株阴性菌（3株小肠结肠炎耶尔森菌、牛种布鲁菌104M株、炭疽芽孢杆菌、伤寒沙门菌、土拉热弗朗西丝菌LVS株、假结核耶尔森菌、霍乱弧菌和志贺菌），经培养、收获、灭活，获得参考品原液，进行普通PCR扩增法验证后，制备成1套由5支阳性参考品、10支阴性参考品、1支最低检出限参考品（EV株阳性参考品经冻干制备而成）和1支重复性参考品（制备方法同最低检出限参考品）组成的国家参考品。采用荧光定量PCR法检测国家参考品的阴阳性符合率、均匀性和稳定性，并组织4家单位进行协作验证。结果阳性参考品原液经普通PCR扩增，均可见相应目的基因条带；阴性参考品原液未扩增出相应基因条带。荧光定量PCR法检测国家参考品阴阳性符合率均为100%。重复3次检测10支最低检出限参考品的3a基因Ct值差异无统计学意义（F=1.567,P=0.193）。与未经冻融的参考品比较，反复冻融3次的最低检出限参考品及阳性参考品3a基因Ct值差异无统计学意义（t分别为0.416和0.079,P均> 0.05）。与未经高温保存的参考品比较，37℃放置5 d的最低检出限参考品Ct值差异有统计学意义（t=7.109,P=0.002）,4和25℃条件下差异无统计学意义（t分别为0.341和0.751,P均> 0.05）;4、25、37℃放置5 d的阳性参考品Ct值差异均无统计学意义（t分别为2.442、0.373和-0.043,P均> 0.05）。4家单位检测阳性和阴性参考品的符合率均为100%;2家单位检测最低检出限参考品的最低检出限为1×10～2个/mL，另2家为1×10～3个/mL;4家单位对重复性参考品检测结果的CV值研究研制的鼠疫菌核酸检测试剂国家参考品具有良好的均匀性和冻融稳定性，于4和25℃下放置具有良好的加速稳定性，可用于鼠疫菌核酸检测试剂的评价和质量控制。

关键词：鼠疫耶尔森菌核酸检测试剂国家参考品

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环境中抗生素抗性基因的健康风险分级

化学与生物工程 2024年

作者：许梅榕安新丽赵彩霞姚槐应苏建强中国科学院城市环境研究所武汉工程大学环境生态与生物工程学院

细菌耐药性的快速传播和蔓延是全球公共健康领域的重大挑战。除了医疗和动物养殖业外,抗生素抗性基因可在多种环境介质中传播扩散进而转移到人类病原菌中,影响人类健康。甄别环境中高风险抗性基因是实现抗性基因有效环境监测和风险评估... 详细信息

细菌耐药性的快速传播和蔓延是全球公共健康领域的重大挑战。除了医疗和动物养殖业外,抗生素抗性基因可在多种环境介质中传播扩散进而转移到人类病原菌中,影响人类健康。甄别环境中高风险抗性基因是实现抗性基因有效环境监测和风险评估的基础。对环境中抗性基因的研究现状进行了总结,聚焦质粒携带的抗性基因,提出了环境中抗性基因风险分级框架,进而对制药厂和养殖厂场地环境样品进行了质粒组分析,形成了风险分级清单。结果表明,按抗性基因的移动性(与可移动遗传元件共存)、质粒类型、在人类病原菌中的流行度、致病潜力(与毒力因子共存)等4个标准,从制药厂和养殖厂场地环境样品中共检测到425个质粒携带的抗性基因,其中最高风险Ⅰ级抗性基因0种,Ⅱ级2种,Ⅲ级33种,Ⅳ级89种,最低风险Ⅴ级301种,形成了制药厂和养殖厂场地环境抗性基因风险分级清单。所检测到的高风险抗性基因,为环境抗性基因污染监测及人群暴露健康风险评估提供了理论和数据支撑。

关键词：抗生素抗性基因风险评估质粒可移动遗传元件病原菌毒力因子