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稻瘟病菌cAMP受体类GPCR的生物信息学分析

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中国农学通报 2009年第7期25卷 42-46页

作者：方坤海刘文德王爱荣吴丽民王宗华福建农林大学功能基因组学研究中心福州350002 福建生物工程职业技术学院福州350002

G蛋白偶联受体(GPCRs)是一类重要的细胞表面受体,通过G蛋白介导着多种生物学途径,其介导的信号转导机制及其作为药物靶标的研究已成为研究热点之一。运用生物信息学的方法,对稻瘟病菌全基因组序列中可能的cAMP类GPCR基因进行了生物信息... 详细信息

G蛋白偶联受体(GPCRs)是一类重要的细胞表面受体,通过G蛋白介导着多种生物学途径,其介导的信号转导机制及其作为药物靶标的研究已成为研究热点之一。运用生物信息学的方法,对稻瘟病菌全基因组序列中可能的cAMP类GPCR基因进行了生物信息学分析,为深入研究cAMP类GPCR基因的结构和生物学功能奠定了基础。

关键词： GPCRs 信号转导稻瘟病菌 cAMP受体生物信息学

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一种快速提取玉米大群体基因组DNA的方法

中国农业大学学报 2011年第6期16卷 32-36页

作者：高玉峰张攀郝晓敏严建兵李建生杨小红中国农业大学国家玉米改良中心/农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室北京100193

快速高效的DNA提取方法是玉米大规模分子育种的第一步,因此,需要发展一种快速提取玉米基因组DNA的方法,以满足我国中小型实验室的需要。本研究介绍了一种可用于玉米大规模基因组DNA提取的方法:先利用改良碱煮法提取玉米籽粒小块胚乳的D... 详细信息

快速高效的DNA提取方法是玉米大规模分子育种的第一步,因此,需要发展一种快速提取玉米基因组DNA的方法,以满足我国中小型实验室的需要。本研究介绍了一种可用于玉米大规模基因组DNA提取的方法:先利用改良碱煮法提取玉米籽粒小块胚乳的DNA,进行基因型鉴定,对大群体进行筛选,再利用电钻磨样及简化的CTAB法快速提取玉米苗期叶片的DNA,进行后期的研究。这种方法使得玉米大群体的筛选和研究简单化、快速化、常规化,可广泛应用于玉米分子育种。

关键词：玉米大群体胚乳碱煮法快速提取

斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501反硝化相关基因结构及功能分析

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中国科学（C辑） 2005年第3期35卷 246-253页

作者：燕永亮杨剑陈立宏杨帆董杰薛颖徐星晔朱雅芳姚志健林敏王忆平金奇中国农业大学生物学院北京100094 病毒基因工程国家重点实验室北京100176 国家人类基因组北方研究中心北京100176 中国农业科学院生物技术研究所北京100081 北京大学生命科学学院北京100871

在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细... 详细信息

在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细菌比对的结果表明,A1501株中的40个反硝化基因组成了一套完整的反硝化催化系统.在A1501株中,该系统有以下特点:(ⅰ)nar基因簇中,narK基因只发现一个拷贝.(ⅱ)在narK与narG之间有一个narM基因.(ⅲ)在narX,narL基因的下游鉴定了两个基因dnrE和orf1,其中dnrE基因是一个属于FNR家族的转录因子.(ⅳ)A1501株中nir基因有16个,是所有已知反硝化细菌nir基因数量最多的.(ⅴ)在A1501株中,同时也是在假单胞杆菌属中首次报道norR基因.(ⅵ)nos基因簇相对保守,无论在基因组成还是排列方式与参照的菌株都完全一致.

关键词：功能分析基因结构相关反硝化细菌基因组成基因簇假单胞杆菌 nar nir nor 物质运输转录产物基因调控催化系统转录因子基因数量排列方式 nos 染色体 M基因 L基因 r基因 FNR E基因 dnt R基因鉴定种群蛋白

FtsZ蛋白同源性分析在乳酸菌系统学研究中的应用

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微生物学报 2005年第5期45卷 661-664页

作者：张斌东秀珠中国科学院微生物研究所北京100080

FtsZ是一种广泛存在于细菌和古菌中的结构保守的蛋白质,在细胞分裂的过程中起关键的作用。通过PCR扩增FtsZ基因的一段800bp的核苷酸,构建了干酪乳杆菌-片球菌及相关乳酸菌的FtsZ蛋白系统发育树。将此系统树和16SrDNA系统树比较发现二者... 详细信息

FtsZ是一种广泛存在于细菌和古菌中的结构保守的蛋白质,在细胞分裂的过程中起关键的作用。通过PCR扩增FtsZ基因的一段800bp的核苷酸,构建了干酪乳杆菌-片球菌及相关乳酸菌的FtsZ蛋白系统发育树。将此系统树和16SrDNA系统树比较发现二者的拓扑结构非常相似。在两个基因系统树中,片球菌与乳杆菌的种均显示了较近的亲缘关系,而与其它球状的乳酸菌,如链球菌和肠球菌的亲缘关系较远。研究还表明FtsZ蛋白序列的分辨率高于16SrDNA,更适用于乳酸菌种间的系统分类研究。

关键词：乳杆菌片球菌 FtsZ 系统发育分析

甲基丙烯酸缩水甘油酯通过ERK/MMP14信号通路影响16HBE细胞恶性转化的研究

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癌变．畸变．突变 2024年第4期36卷 261-267页

作者：崔旭芳王全凯金惠萍李昕苇顾轶婷乌瀚宝栎尔康同影许建宁中国疾病预防控制中心职业卫生与中毒控制所北京100050 中国疾病预防控制中心创伤与化学中毒全国重点实验室北京100050

目的:探讨甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)是否通过ERK/MMP14信号通路影响人支气管上皮(16HBE)细胞的恶性转化,为进一步探究GMA诱导16HBE细胞恶性转化的可能分子机制提供线索。方法:8μg/mL的GMA重复染毒16HBE细胞为GMA处理组,等体积二甲基亚... 详细信息

目的:探讨甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)是否通过ERK/MMP14信号通路影响人支气管上皮(16HBE)细胞的恶性转化,为进一步探究GMA诱导16HBE细胞恶性转化的可能分子机制提供线索。方法:8μg/mL的GMA重复染毒16HBE细胞为GMA处理组,等体积二甲基亚砜(DMSO)处理细胞作为溶剂对照组,处理后的细胞传代培养。收获第40代恶性转化16HBE细胞,采用软琼脂集落形成实验确证细胞的恶性转化程度;细胞划痕实验和Transwell细胞迁移实验检测细胞的迁移能力;Western blot实验用于验证MMP14蛋白在恶性转化16HBE细胞中的表达情况,并检测ERK1/2及其磷酸化蛋白的表达水平;采用实时荧光定量PCR(qPCR)法检测两组细胞中MMP14和ERK通路关键信号分子ERK1、ERK2的mRNA表达水平。结果:GMA处理组细胞在软琼脂中形成的集落数显著多于DMSO对照组(P组细胞(P组相比,恶性转化16HBE细胞中MMP14 m RNA和蛋白的表达水平升高;p-ERK1/2蛋白和ERK1 mRNA的表达水平亦升高,差异具有统计学意义(P学意义(P>0.05)。结论:GMA诱导16HBE细胞的恶性转化过程可能与ERK/MMP14信号通路的激活相关,本研究结果为GMA诱导16HBE细胞恶性转化的致癌机制研究提供了新的线索。

关键词：甲基丙烯酸缩水甘油酯 16HBE细胞基质金属蛋白酶14 细胞外调节蛋白激酶1/2

基于代谢组学及转录组学研究灰毡毛忍冬不同品种黄酮类成分差异积累的转录调控机制

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中国中药杂志 2024年第10期49卷 2666-2679页

作者：张惊宇龙雨青曾娟付学森何佳蔚周日宝刘湘丹湖南中医药大学药学院湖南长沙410208 湘产大宗道地药材种质资源及规范化种植重点研究室湖南长沙410208 湖南省普通高等学校中药现代化研究重点实验室湖南长沙410208 湖南省中药饮片标准化及功能工程技术研究中心湖南长沙410208

为探究湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬黄酮类成分差异积累的分子调控机制,该研究以灰毡毛忍冬2个品种花、茎和叶为材料,采用超高效液相色谱-质谱联用(UPLC-MS)技术和高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行代谢组学和转录组学联合分析,筛选黄酮... 详细信息

为探究湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬黄酮类成分差异积累的分子调控机制,该研究以灰毡毛忍冬2个品种花、茎和叶为材料,采用超高效液相色谱-质谱联用(UPLC-MS)技术和高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行代谢组学和转录组学联合分析,筛选黄酮类差异代谢物、关键差异表达基因及相应转录因子,并随机挑选其中14条差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果表明,代谢组学分析共筛选出黄酮类化合物生物合成相关途径差异代谢物17个,包括柚皮苷查尔酮、芹菜素、槲皮苷等;转录组学分析共筛选出黄酮类化合物生物合成相关途径差异表达基因19条,包括2条CHS、3条CHI等;调控网络分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出调节黄酮类成分积累的关键酶基因CHS1、FLS1和HCT;同时发现MYB12和LBD4这2个转录因子可能通过调控关键酶基因CHS1、FLS1和HCT的表达来调控黄酮类成分的生物合成;qRT-PCR结果显示,随机选取的14个差异表达基因的表达模式与RNA-seq结果基本一致。该研究初步解析了2个品种灰毡毛忍冬黄酮类成分差异积累的转录调控机制,为进一步阐明其中关键酶基因及相应转录因子对灰毡毛忍冬黄酮类成分积累的调控作用奠定基础。

关键词：灰毡毛忍冬黄酮类化合物转录代谢组学联合分析转录因子调控机制

基于DNA条形码对北京地区蔷薇科花卉上蚜虫的快速鉴定

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应用昆虫学报 2013年第1期50卷 29-40页

作者：温娟陈睿姜立云乔格侠中国科学院动物进化与系统学重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049

蔷薇科花卉植物是北京城市绿化的主要观赏植物,也是多种蚜虫的寄主植物。由于蚜虫体型小,形态特征特化或退化,具有复杂的多型现象,依据传统的形态学特征往往无法实现对物种的准确而快速的鉴定,因此会影响对蚜虫的及时有效防治。本研究应... 详细信息

蔷薇科花卉植物是北京城市绿化的主要观赏植物,也是多种蚜虫的寄主植物。由于蚜虫体型小,形态特征特化或退化,具有复杂的多型现象,依据传统的形态学特征往往无法实现对物种的准确而快速的鉴定,因此会影响对蚜虫的及时有效防治。本研究应用DNA条形码技术,基于COⅠ基因序列分析,对北京地区主要蔷薇科花卉上的蚜虫进行编码,试图在花卉种植和害虫防治时用于物种的快速、准确鉴定。实验得到9属12种蚜虫的65条COⅠ基因序列,种内平均差异为0.70%,种间平均差异为9.45%,最高可达12.59%。基于COⅠ序列构建了NJ树和MP树,绝大多数物种的样品有效地聚为一支,且支持率达到了90%以上,构建的系统发育树可以很好的显示相同物种样品的聚类。结合遗传距离和系统发育树分析表明,基于COⅠ序列的DNA条形码能有效区分83%的北京地区蔷薇科花卉蚜虫物种。

关键词：蚜虫 DNA条形码 COI 蔷薇科花卉

尤瑞克林用药时长对急性缺血性脑卒中患者疗效和安全性的影响——RESK研究亚组分析

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中华神经科杂志 2024年第3期57卷 225-232页

作者：倪俊姚明王丽华于明李润辉赵丽宏王佳春汪银洲汪昕宋海庆罗本燕王佳伟黄一宁崔丽英中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院神经科、疑难重症及罕见病国家重点实验室北京100730 哈尔滨医科大学附属第二医院神经内科哈尔滨150086 江苏大学附属医院神经内科镇江212002 沈阳医学院附属中心医院神经内科沈阳110024 丹东市人民医院神经内科丹东118016 哈尔滨市第一医院神经内科哈尔滨150028 福建省立医院神经内科福州350013 复旦大学附属中山医院神经内科上海200032 首都医科大学宣武医院神经内科北京100053 浙江大学医学院附属第一医院神经内科杭州310003 首都医科大学附属北京同仁医院神经内科北京100710 北京大学第一医院神经内科北京100034

目的探究尤瑞克林不同用药时长对急性缺血性脑卒中患者疗效和安全性的影响。方法本研究为RESK研究的亚组分析。从2015年8月到2020年6月共纳入65个中心的990例脑卒中患者,根据尤瑞克林用药时间长短分为短时用药组(用药8 d,n=185)和长时... 详细信息

目的探究尤瑞克林不同用药时长对急性缺血性脑卒中患者疗效和安全性的影响。方法本研究为RESK研究的亚组分析。从2015年8月到2020年6月共纳入65个中心的990例脑卒中患者,根据尤瑞克林用药时间长短分为短时用药组(用药8 d,n=185)和长时用药组(用药15 d和21 d,n=805)。分析患者90 d改良Rankin量表(mRS)评分为0分、0~1分和0~2分的患者比例,22 d美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分较基线的变化,90 d Barthel指数≥95分患者比例和不良事件发生率。采用χ2检验、单因素和多因素Logistic回归分析等进行组间比较。结果多因素回归分析结果显示,短时用药组和长时用药组90 d mRS评分0~2分的患者比例[74.1%(137/185)比75.0%(604/805);OR=1.047,95%CI 0.676~1.620,P=0.838]和22 d NIHSS评分较基线的变化[(4.60±2.00)分比(4.26±2.80)分;OR=-0.390,95%CI-1.125~0.344,P=0.297],差异均无统计学意义;90 d mRS评分0~1分的患者比例[48.1%(89/185)比59.1%(476/805);OR=0.674,95%CI 0.463~0.983,P=0.041]和90 d Barthel指数≥95分患者比例[43.6%(79/181)比55.1%(442/802);OR=0.614,95%CI 0.420~0.897,P=0.012],在短时用药组均显著低于长时用药组。两组不良事件的发生率差异无统计学意义。结论对于急性缺血性脑卒中患者,尤瑞克林连续用药8 d即可改善患者近期(22 d NIHSS评分)和远期疗效(90 d mRS评分0~2分),且安全耐受。在条件允许的情况下,增加尤瑞克林用药时长可显著提高患者远期无残疾率(90 d mRS评分0~1分)和生活质量(90 d Barthel指数),且不增加不良事件风险。

关键词：卒中尤瑞克林治疗效果安全性用药时长

“基因电脑克隆”软件SiClone的并行优化研究与实现

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生物数学学报 2006年第4期21卷 619-626页

作者：郎显宇陆忠华迟学斌中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如“基因组测序”的工作,又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了“基因电脑克隆”功能．本文对Si... 详细信息

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如“基因组测序”的工作,又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了“基因电脑克隆”功能．本文对SiClone软件操作的数据库提出并行处理方案,并详述了基于MPI(message passing interface)平台实现的并行优化版本PSiClone．根据已得到的EST数据库,展示了软件并行版PSiClone的运行性能,试验数据库EST序列条数仅仅是NCBI(The National Center for Biotechnology Information)dbEST庞大数据库的很小部分,这也暗示我们软件的并行工作对于大数据库的比较和运算将更有应用前景．

关键词： “基因电脑克隆” “后基因时代” PSiClone NCBI dbEST EST数据库