检索结果-南通市图书馆

传统测序与高通量测序在稚鱼食性分析中的比较

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

应用生态学报 2018年第9期29卷 3093-3101页

作者：林先智胡思敏刘胜黄晖中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广州510301 中国科学院大学北京100049 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000

对鱼类早期生长阶段的摄食研究有助于了解其饵料来源及其在食物网中的功能地位,而全面准确地获取其食物种类信息是关键,高通量测序技术的发展给动物食性研究带来了前所未有的机遇和挑战,.本研究以大亚湾人工码头海域金钱鱼稚鱼为对象,以... 详细信息

对鱼类早期生长阶段的摄食研究有助于了解其饵料来源及其在食物网中的功能地位,而全面准确地获取其食物种类信息是关键,高通量测序技术的发展给动物食性研究带来了前所未有的机遇和挑战,.本研究以大亚湾人工码头海域金钱鱼稚鱼为对象,以18S rDNA为靶标分别使用传统种在稚鱼摄食研S究an中ge的r测序和适用性Illumina Solexa高通量测序对其食物组成进行分析,比较两方法.结果表明:金钱鱼稚鱼为杂食性,食物多样性高,纤毛虫和苔藓动物是最优势的食物类群盖.使用传统测序方法共获得67条有效食物序列,分属于8个类群,涵23个生物种类;使用高通量测序方法共获得17000多条有效食物序列,分属于9个类群,涵盖35个生物种类.两种方法检测到的食物类群基本相同,但高通量测序方法在反映食物多样性和覆盖范围上更具优势,且灵敏度更高,检测出传统测序方法未发现的甲藻和褐藻种类,说明高通量测序技术可以较全面而准确地覆盖稚鱼的食物谱.高通量测序获取的大量数据,可在一定程度上提供半定量信息,克服传统测序在定量研究方面的不足势更明显,食谱覆盖更广,检测灵敏度更高,显著提升了.高通量测序技术在稚鱼摄食研究上优数据与结果的可信度,可为海洋生物摄食生态学研究提供强有力的支撑.

关键词： Sanger测序克隆文库高通量测序大亚湾 18S rDNA

中国大陆近海新记录种——长冠羊舌鲆(Arnoglossus macrolophus)

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

动物学杂志 2023年第2期58卷 227-236页

作者：张少秋孔晓瑜中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室中国科学院南海海洋研究所广州510301

历史记录我国大陆羊舌鲆属(Arnoglossus)有5个物种,它们是长鳍羊舌鲆(***)、纤羊舌鲆(***)、多斑羊舌鲆(***)、大羊舌鲆(***)和日本羊舌鲆(***)。1929年Weber等将长冠羊舌鲆(Arnoglossus macrolophus Alcock,1889)列为长鳍羊舌鲆[Platophrys(Arnoglossus)tapeinosoma Bleeker,1866;目前为***]的同物异名,并被国内外许多学者所采纳。Arai等1996年重新检视了长鳍羊舌鲆的模式标本和Weber等的长鳍羊舌鲆,发现了Weber等的标本应为长冠羊舌鲆,确认了长冠羊舌鲆种的有效性。作者2008至2021年间在中国大陆近海采集到了一批拟似长鳍羊舌鲆和长冠羊舌鲆的标本,为了正确鉴定这些标本,本研究对其形态和分子条形码进行了研究,将我们所采集标本的形态特征与两种模式种以及前人的研究数据进行了比较。结果表明,本研究标本的8个可数性状和20个性状比例值与长冠羊舌鲆的数值为相同、连续、包含或略有差异关系;特别是在作为鉴别特征的背鳍条延长、背鳍和臀鳍末端基部黑色斑点和犁骨发达这3个描述性状上为一致,但与长鳍羊舌鲆的特征存在较多差异,因此,本研究的标本确定为长冠羊舌鲆。计算本研究获得的COI序列(Gen Bank登录号:MZ086865)与Gen Bank上的1条采集地为中国台湾的长冠羊舌鲆的遗传距离为12%,与其他3条分别采自中国南海和越南的长鳍羊舌鲆序列的遗传距离为0。因此,这些采自中国南海和越南的标本应该是长冠羊舌鲆而不是长鳍羊舌鲆,因为没有采自中国台湾的长冠羊舌鲆标本的形态信息,无法判断其正确的种。本研究所采集长冠羊舌鲆为首次在中国大陆近海海域发现,故为新记录种。基于所采集标本的形态数据并整合模式种及前人研究的结果,本研究对该种类进行了再描述。主要鉴别特征为,雄鱼前1~6根背鳍条延长成丝状,侧线的弧形和直线的接合处有一个较大的深褐色斑,侧线的后部直线部分有两个小黑斑,有眼侧近胸鳍末端有一黑斑,背鳍和臀鳍末端基部分别有一个稍大的黑色斑点,体背缘和腹缘分别散布一行约5或6个和3或4个淡黑色斑点。

关键词：鲆科羊舌鲆属形态特征 DNA条形码遗传距离

人类活动引起的营养物质输入对海湾生态环境的影响机理与调控原理

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

地球科学进展 2015年第9期30卷 961-969页

作者：黄小平张景平江志坚中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301

近几十年来,高强度人类活动导致海湾生态环境恶化、生态系统失衡,已严重威胁到海岸带地区经济和社会的可持续发展。营养物质输入是人类活动影响海湾生态环境的关键因素。海湾营养物质来源多样,形态转化多变,生态过程及其效应复杂,营养... 详细信息

近几十年来,高强度人类活动导致海湾生态环境恶化、生态系统失衡,已严重威胁到海岸带地区经济和社会的可持续发展。营养物质输入是人类活动影响海湾生态环境的关键因素。海湾营养物质来源多样,形态转化多变,生态过程及其效应复杂,营养物质在海湾的迁移转化规律及其对海湾生态环境的影响过程与机理,是国际海洋生态环境研究的前沿。目前,国际海湾生态环境研究主要呈现出如下发展趋势:1从环境质量、生物群落结构等现象研究转向环境变化机理、生态系统结构与功能的响应机制研究;2从对海湾生态环境某个环节的研究转向对海湾生态系统的全过程、系统性研究;3从单纯研究海湾水体转向陆海相互作用的完整性研究,并从管理上提出海陆统筹的要求;4从对海湾生态环境某个时段变化的研究转向生态系统长期连续变化规律的研究。未来应重点开展的研究包括:营养物质在半封闭性海湾长期滞留聚集条件下的迁移转化规律;营养物质变化对海湾生态系统结构与功能的影响过程与机制;基于生态系统水平的海湾综合管理理论体系。

关键词：半封闭性海湾营养物质迁移转化过程生态环境效应调控原理

中国南沙群岛新腹足目二新记录种(软体动物门,腹足纲)

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

热带海洋学报 2024年第6期43卷 140-144页

作者：何晨陈志云谭烨辉中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室南海海洋生物标本馆广东广州510301 中国科学院大学北京100049

通过整理中国科学院南海海洋生物标本馆馆藏的采自南沙群岛的海洋贝类标本,鉴定出分别隶属于腹足纲Gastropoda新腹足目Neogastropoda核螺科Columbellidae和肋脊笔螺科Costellariidae的新记录种2种,分别为:舌状绘核螺Graphicomassa ligul... 详细信息

通过整理中国科学院南海海洋生物标本馆馆藏的采自南沙群岛的海洋贝类标本,鉴定出分别隶属于腹足纲Gastropoda新腹足目Neogastropoda核螺科Columbellidae和肋脊笔螺科Costellariidae的新记录种2种,分别为:舌状绘核螺Graphicomassa ligula (Duclos,1840)和肋条菖蒲螺Vexillum costatum (Gmelin,1791)。

关键词：南沙群岛腹足纲核螺科肋脊笔螺科新记录种

细菌的毒素-抗毒素系统:定时炸弹还是免死金牌

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学报 2017年第11期57卷 1708-1715页

作者：郭云学李百元王晓雪中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301

毒素-抗毒素系统(Toxin-antitoxin system,TA)在细菌和古菌的染色体和可移动遗传元件中广泛分布,目前分为六大类型(I型-VI型)。研究发现TA能够促进多重耐药菌群的形成,同时参与细菌的程序性死亡、调控生物被膜形成、介导细菌环境适应过... 详细信息

毒素-抗毒素系统(Toxin-antitoxin system,TA)在细菌和古菌的染色体和可移动遗传元件中广泛分布,目前分为六大类型(I型-VI型)。研究发现TA能够促进多重耐药菌群的形成,同时参与细菌的程序性死亡、调控生物被膜形成、介导细菌环境适应过程等多个重要的生命过程。TA的研究主要集中在肠道细菌和病原菌中,其中II型TA研究最为深入和广泛。本文综述了近年来新型TA的鉴定、毒素新型作用靶点、抗毒素的调控功能以及TA间的相互作用等进展,并对未来的TA领域的潜在发展趋势和应用前景也进行了评述。

关键词：毒素-抗毒素系统 mRNA水解酶生物被膜多重耐药菌环境胁迫

高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学报 2016年第1期56卷 130-142页

作者：温崇庆何瑶瑶薛明梁华芳董俊德广东海洋大学水产学院广东湛江524025 中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所广东广州510301

【目的】通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征。【方法】分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量... 详细信息

【目的】通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征。【方法】分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量、纯度及其16S r DNA V4区可扩增性,进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序比较SIB和SIS样品菌群组成和多样性。【结果】细菌试剂盒提取的虾肠总DNA效果最好,粪便试剂盒次之,而组织试剂盒所提DNA含量低且难以被扩增。从SIB和SIS样品分别获得52151±5085和55296±5147条有效序列,同一(46800条)测序深度下,SIS样品OTU(operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于SIB的,而SIB样品间OTU重复性则优于SIS样品间的。从SIB和SIS样品鉴定的优势门一致,均包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria),但不同分类水平上绝大多数优势菌群丰度在两种样品间差异明显。【结论】高通量测序分析表明对虾肠道菌群结构因DNA提取方法不同而呈现显著偏差;本研究健康凡纳滨对虾肠道核心菌群主要由发光杆菌属(Photobacterium),乳球菌属(Lactococcus),弧菌属(Vibrio),Aliivibrio和3个分类未定属构成。

关键词： DNA提取商品化试剂盒凡纳滨对虾肠道菌群高通量测序

三亚珊瑚礁珊瑚藻种类及其空间特征与环境因子的关系

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

热带海洋学报 2019年第3期38卷 79-88页

作者：雷新明黄晖练健生张浴阳杨剑辉中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301 广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州510301 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000

珊瑚藻是珊瑚礁生态系统中重要的功能性群体。2010年通过水肺潜水分析了三亚珊瑚礁区的珊瑚藻种类组成和丰度,以及群落空间特征与环境因子的关系。共鉴定出3科10属25种珊瑚藻,其中珊瑚藻科占优势地位。三亚珊瑚礁区的珊瑚藻优势种分别... 详细信息

珊瑚藻是珊瑚礁生态系统中重要的功能性群体。2010年通过水肺潜水分析了三亚珊瑚礁区的珊瑚藻种类组成和丰度,以及群落空间特征与环境因子的关系。共鉴定出3科10属25种珊瑚藻,其中珊瑚藻科占优势地位。三亚珊瑚礁区的珊瑚藻优势种分别为叉节藻 Amphiroa ephedraea、拟中叶藻 Mesophyllum simulans、串胞新角石藻 Neogoniolithonfosliei、中叶藻 M. mesomorphum、圆锥呼叶藻 Pneophyllum conicum、孔石藻 Porolithon onkodes 和布氏水石藻 Hydrolithonboergesenii。基于多元统计的分析结果,将调查采样站位分为近岸型和离岸型2个主要集群,其中近岸型的珊瑚藻种类以浊度、沉积速率(0~63 m)和悬浮物耐受种类为主,离岸型则以光依赖-沉积物敏感种类为主。以珊瑚藻种类组成和丰度为基础的群落相似性分析结果表明,其空间变异处于显著性水平。生物与非生物变量的相关分析结果表明,最佳两变量组合(浊度和盐度)显著影响三亚珊瑚礁区 2 种类型调查站位中的珊瑚藻集合。在同一个研究站位,因受干扰程度不同,深水处的珊瑚藻的覆盖率比浅水处高。分析结果表明,在三亚独特的珊瑚礁区中,自然或人为的物理干扰因素都对调节珊瑚藻群落结构非常重要。

关键词：珊瑚藻种类组成空间特征环境因子三亚珊瑚礁

广西北部湾近江牡蛎脂溶性藻毒素污染状况与安全风险评价

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南方水产科学 2020年第4期16卷 108-113页

作者：柳阳郭伟黎全江韦翠婷张黎张晨晓中国科学院南海海洋研究所/中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室/广东省应用生物学重点实验室/中国科学院南海生态与环境工程研究院广东广州510301 北部湾大学广西钦州535011

分别于2017年4月(春季)、7月(夏季)、10月(秋季)和2018年1月(冬季)采集广西北部湾养殖场近江牡蛎(Crassostrea rivularis)样品,通过高效液相色谱-质谱联用方法分析脂溶性藻毒素的组成与含量。结果表明,牡蛎样品普遍沾染脂溶性藻毒素,包... 详细信息

分别于2017年4月(春季)、7月(夏季)、10月(秋季)和2018年1月(冬季)采集广西北部湾养殖场近江牡蛎(Crassostrea rivularis)样品,通过高效液相色谱-质谱联用方法分析脂溶性藻毒素的组成与含量。结果表明,牡蛎样品普遍沾染脂溶性藻毒素,包括虾夷扇贝毒素(homo-Yessotoxin, homo-YTX)、环亚胺毒素(Gymnodimines, GYM;Spirolide1, SPX1)、氮杂螺环酸毒素(Azaspiracid2, AZA2)和蛤毒素(Pectenotoxin2, PTX2),不同季节种类和含量有一定差异。其中GYM含量最高且最高值(13.15μg·kg^-1)出现在冬季,其他类型毒素介于0.03~1.40μg·kg^-1。应用风险熵值法和点评估法进行安全风险评价,显示风险熵值和暴露风险指数均低于限定标准,不存在食用安全风险。

关键词：近江牡蛎脂溶性藻毒素高效液相色谱-质谱联用风险熵值法点评估法

长牡蛎(Crassostrea gigas)环GMP-AMP合酶(cyclic GMP-AMP synthase,cGAS)的基因克隆与功能研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

热带海洋学报 2024年

作者：白晶毛帆刘客林宋菁晨喻子牛张扬暨南大学中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所

环GMP-AMP合酶(cyclic GMP-AMP synthase, cGAS)是一种关键的细胞内传感器,能够识别细胞质内异常存在的DNA并触发免疫反应。为了揭示cGAS在软体动物先天性免疫调控中的重要作用,本研究成功克隆了长牡蛎中的cGAS基因(CgcGAS),其开放阅读... 详细信息

环GMP-AMP合酶(cyclic GMP-AMP synthase, cGAS)是一种关键的细胞内传感器,能够识别细胞质内异常存在的DNA并触发免疫反应。为了揭示cGAS在软体动物先天性免疫调控中的重要作用,本研究成功克隆了长牡蛎中的cGAS基因(CgcGAS),其开放阅读框(open reading frame, ORF)全长1623bp,编码540个氨基酸,理论相对分子质量为62.3kDa,并具有保守的Mab21结构域。系统进化分析表明了CgcGAS为软体动物cGAS家族中的一员。定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)结果显示Cgc GAS广泛表达于各组织,并在消化腺的相对表达量最高。亚细胞定位实验观察到CgcGAS蛋白在细胞核和细胞质中都有分布,主要定位于细胞核,提示其可能在细胞核内的DNA感应以及细胞质内的DNA结合和信号传递中发挥作用。另外,双荧光素酶报告基因系统和RNA干扰实验结果显示, CgcGAS能够显著激活NF-κB和ISRE信号通路,及其下游的炎症相关因子干扰素诱导病毒抑制蛋白(virus inhibitory proteinendoplasmicreticulum-associatedinterferon-inducible,viperin)、肿瘤坏死因子(tumornecrosisfactor, TNF)、白细胞介素-17(interleukin-17, IL-17)及转录因子干扰素调节因子2/8 (interferon regulatory factor 2/8, IRF2/8)的表达。综上所述, CgcGAS在长牡蛎的先天性免疫反应中的信号传递过程中发挥了关键作用。

关键词：长牡蛎先天性免疫环GMP-AMP合酶基因克隆功能