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蓖麻蚕rDNA5’－非转录间隔区的DNA序列及结构特征

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Acta Biochimica et Biophysica Sinica 1996年第6期28卷 616-623页

作者：何明亮赵慕钧靳嘉瑞李载平中国科学院上海生命科学联合开放实验室中国科学院上海生物化学研究所

我们测定了蓖麻蚕ｒＤＮＡ５＇－非转录间隔区ＳａｃＩＩ－ＥｃｏＲＩ片段的ＤＮＡ序列，它的长度为１０２５ｂｐ，Ａ＋Ｔ含量大于７０％。本文报道该片段的序列特征，用计算机对其内所具有的结构基序（ｍｏｔｉｆｓ）进行分析结果说明... 详细信息

我们测定了蓖麻蚕ｒＤＮＡ５＇－非转录间隔区ＳａｃＩＩ－ＥｃｏＲＩ片段的ＤＮＡ序列，它的长度为１０２５ｂｐ，Ａ＋Ｔ含量大于７０％。本文报道该片段的序列特征，用计算机对其内所具有的结构基序（ｍｏｔｉｆｓ）进行分析结果说明，其中包含多个与核骨架结合区（ＳＡＲ）有关的结构基序和酵母自主复制序列的核心序列（ＡＣＳ）．包括９个弯曲ＤＮＡ（ｂｅｎｔＤＮＡ）、１０个Ｔ盒、５个Ａ盒结构基序以及１３个拓扑异构酶ＩＩ的识别位点的同源序列，３４个反向重复序列，３０多个ＡＴＴＡ／ＴＡＡＴ、ＡＴＴＴＡ／ＴＡＡＡＴ和ＡＴＡＴＴＴ／ＡＡＡＴＡＴ结构基序和１５个ＡＣＳ同配序列，其中有许多结构基序是相互重叠的．这些特殊结构在ＳＡＲ区域的集中出现可能是多种蛋白质因子的识别和结合位点，与ＳＡＲ参与基因表达、复制的调控有关。联系人。材料和方法１．１蓖麻蚕ｒＤＮＡ非转录间隔区的亚克隆将包含有蓖麻蚕ｒＤＮＡ非转录间隔区的亚克隆ＰＡＲＩＶ”’经Ｓａｃｌｌ和ＥｃｏＲＩ双酶切，从低熔点胶中分离出约Ｉｋｂ的片段，插入到经Ｓ。１１和ＥＣＯＲＩ完全酶解的ＰＳＫ和ＰＫＳｋｔｒａｔａｇｅｎｅ）中。筛选得到的亚克隆再经Ａｃｃｌ进一步亚克隆。所用限制酶和ＤＮＡ连接酶购自Ｂ

关键词：蓖麻蚕核糖体RNA基因核骨架结合区 DNA序列非转录间隔区

人肿瘤坏死因子受体75在人肿瘤坏死因子α介导的细胞毒效应中的双重功能(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2001年第11期22卷 81-86页

作者：方佳卢芳陈常庆中国 200233 中国科学院上海生物工程研究中心中国科学院上海生物工程研究中心上海

目的:研究人肿瘤坏死因子受体75(hTR75)在hTNFα所引发的细胞毒效应中的功能。方法:用电脉冲将hTR75基因表达载体转入只有内源性hTR55表达的HEp-2细胞中构建了两种TNF受体同时表达的HEp-2-A75细胞株。通过定点突变构建及在大肠杆菌中高... 详细信息

目的:研究人肿瘤坏死因子受体75(hTR75)在hTNFα所引发的细胞毒效应中的功能。方法:用电脉冲将hTR75基因表达载体转入只有内源性hTR55表达的HEp-2细胞中构建了两种TNF受体同时表达的HEp-2-A75细胞株。通过定点突变构建及在大肠杆菌中高效表达,分离纯化出两种分别对hTR55以及hTR75受体具有选择结合活性的hTNFα突变体。野生型hTNFα及其这两种突变体对HEp-2以及HEp-2-A75细胞的细胞毒效应采用比色法测定并进行了比较。结果:RT-PCR以及间接ELISA的结果表明hTR75在RNA转录以及蛋白质翻译水平均获得了表达,其表达量由Scatchard分析确定。HEp-2细胞中hTR75的存在可以明显增强HEp-2细胞对hTNFα的敏感性。结论:hTR75受体在介导hTNFα的细胞毒活性中具有双重功能,即hTR75不但自身可介导部份hTNFα所引发的细胞毒效应,它对hTR55所介导的细胞毒效应还具有相当的协同作用。

关键词：肿瘤坏死因子定点诱变肿瘤坏死因子受体基因表达细胞存活蛋白质结合信号传递

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新型冠状病毒体外诊断技术研发现状与展望

中国生物工程杂志 2021年第2期41卷 150-161页

作者：范月蕾王跃王恒哲李丹丹毛开云中国科学院上海生命科学信息中心中国科学院上海营养与健康研究所上海200031

随着新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的全球疫情不断加剧,新型冠状病毒体外诊断技术与产品的研发成为全球生物医药领域关注的重点,体外诊断技术与产品的研发创新对于提升新发突发传染病的防控能力有着重要的意义。对2019年12月至2020年12... 详细信息

随着新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的全球疫情不断加剧,新型冠状病毒体外诊断技术与产品的研发成为全球生物医药领域关注的重点,体外诊断技术与产品的研发创新对于提升新发突发传染病的防控能力有着重要的意义。对2019年12月至2020年12月期间国内外新型冠状病毒体外诊断技术与产品的研发现状与发展趋势进行了综述,即包括聚合酶链反应技术、核酸等温扩增技术、免疫层析技术、化学发光免疫分析技术等传统分子诊断技术与免疫诊断技术,也包括CRISPR技术、生物传感器技术、纳米技术等新兴技术在新型冠状病毒检测中的应用,以期为新发突发传染病体外诊断技术的研发与政府的科技决策提供参考。

关键词：新型冠状病毒体外诊断疫情防控

应用cDNA微矩阵技术分析雷公藤内酯醇对Jurkat细胞基因表达的调节作用(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第9期24卷 26-34+110-111页

作者：杜泽英李晓玉李援朝王顺友中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所药物化学室中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所药理室中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所药理室上海 200031 中国

目的:在全基因组范围研究雷公藤内酯醇对Jurkat细胞基因表达的调节作用,筛选雷公藤内酯醇作用的靶分子。方法:将对数生长期的Jurkat细胞分为正常对照及雷公藤内酯醇处理组,后者同时加入10μg/L的雷公藤内酯醇并在37℃温育2h,从两组细胞... 详细信息

目的:在全基因组范围研究雷公藤内酯醇对Jurkat细胞基因表达的调节作用,筛选雷公藤内酯醇作用的靶分子。方法:将对数生长期的Jurkat细胞分为正常对照及雷公藤内酯醇处理组,后者同时加入10μg/L的雷公藤内酯醇并在37℃温育2h,从两组细胞中分别分离总RNA,并以此为模板逆转录成荧光标记的cDNA探针,将上述探针分别与含13872个人类基因/Est的DNA芯片进行杂交,所获DNA芯片进行杂交影像经DNA芯片数据分析软件GeneSpring进行分析,得到基因表达图谱。结果:雷公藤内酯醇显著抑制117个基因/Est在Jurkat细胞中的表达,在雷公藤内酯醇调节的转录产物中30％为Est或末知功能基因,13％为转录因子,9％为信号转导途径的调节分子,9％为DNA结合蛋白,十分引人注目的是MAPK5和PⅠ-3K的表达被下调了100 倍以上,除此之外,雷公藤内酯醇还能抑制参与脂类转移及代谢的基因的表达。结论:高密度DNA芯片技术是一种有效的药物作用靶分子的筛选手段,雷公藤内酯醇有可能通过其对MAPK和PⅠ-3K的抑制作用发挥免疫抑制和抗肿瘤作用。

关键词： cDNA微矩阵雷公藤内酯醇 Jurkat细胞基因表达

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RNA疗法产业发展态势分析及建议

中国生物工程杂志 2021年第2期41卷 162-171页

作者：杨若南许丽徐萍苏燕中国科学院上海生命科学信息中心中国科学院上海营养与健康研究所上海200031

近年来,反义寡核苷酸药物、siRNA药物的相继获批上市,标志着RNA疗法已逐渐从研究走向了产业化应用。目前RNA疗法已可应用于罕见病、肿瘤、感染性疾病等多种疾病的治疗。我国在RNA疗法产业上已有一定基础,但与国际相比,从事RNA疗法研发... 详细信息

近年来,反义寡核苷酸药物、siRNA药物的相继获批上市,标志着RNA疗法已逐渐从研究走向了产业化应用。目前RNA疗法已可应用于罕见病、肿瘤、感染性疾病等多种疾病的治疗。我国在RNA疗法产业上已有一定基础,但与国际相比,从事RNA疗法研发机构较少,研发管线单薄且缺乏核心技术,研发动力不足。对国内外RNA疗法领域产业发展态势进行梳理,分析我国RNA疗法的发展现状,提出发展对策建议。

关键词： ASO siRNA mRNA

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大鼠脑特异基因rRP58的克隆及定位分析

Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2001年第5期33卷 563-568页

作者：康建胜杨永臣刘海兰李永红杜雨苍李荣秀中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所!上海200031 中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心!上海200233

EST(AW 0 5 5 733)是在SD大鼠脑内一特异表达基因cDNA的 3′端片段 ,与人和小鼠的一个转录抑制因子基因 (RP5 8)同源。利用RT PCR的方法 ,从SD大鼠脑中得到rRP5 8基因两个不同长度的转录本。全长的rRP5 8基因编码产物为C2 H2 型锌指蛋... 详细信息

EST(AW 0 5 5 733)是在SD大鼠脑内一特异表达基因cDNA的 3′端片段 ,与人和小鼠的一个转录抑制因子基因 (RP5 8)同源。利用RT PCR的方法 ,从SD大鼠脑中得到rRP5 8基因两个不同长度的转录本。全长的rRP5 8基因编码产物为C2 H2 型锌指蛋白 ,含两个保守结构域 :氨基端的POZ结构域及羧基端的锌指结构域 (ZFD)。在POZ和ZFD结构域之间的序列 ,BLAST搜索未发现保守结构 ,但是富含酸性氨基酸残基。将编码ZFD结构域 (nt10 33～ 15 6 9)及POZ结构域 (nt 1～ 372 )的序列克隆到原核表达载体 pQE30中 ,表达并分离纯化了His6 ZFD和His6 POZ(融合了 6个组氨酸标签的蛋白质产物 )。用His6 ZFD和His6 POZ免疫兔子后 ,得到了ZFD和POZ两者的多克隆抗体 ,并利用所制备的抗体进一步分析了rRP5 8基因多转录本产物在大鼠中的组织分布 ,免疫组织化学实验结果显示rRP5 8蛋白主要分布在小脑颗粒细胞中

关键词： rRP58 锌指结构 POZ 大鼠脑抗体

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泛素化修饰组学技术及其在疾病研究中的应用

中国生物化学与分子生物学报 2023年第3期39卷 320-331页

作者：董继林李衍常徐平河北大学生命科学学院河北保定071002 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心北京102206 中国医学科学院蛋白质组学与新药研发创新单元北京102206

泛素化修饰作为真核细胞内主要的蛋白质翻译后修饰之一,通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)介导了细胞内的蛋白质特异性降解,同时广泛参与并调控细胞内基因转录、信号传导、DNA损伤与修复、细胞周期调控、应激反应甚至个体的免疫应答等几乎所... 详细信息

泛素化修饰作为真核细胞内主要的蛋白质翻译后修饰之一,通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)介导了细胞内的蛋白质特异性降解,同时广泛参与并调控细胞内基因转录、信号传导、DNA损伤与修复、细胞周期调控、应激反应甚至个体的免疫应答等几乎所有的生命活动过程。泛素-蛋白酶体系统的精确调控构成了稳定而复杂的泛素化信号网络,而其失调通常会造成癌症、神经退行性疾病、代谢性疾病等多种疾病的发生发展。近年来,基于质谱(MS)的蛋白质组学逐渐成熟,并极大促进了泛素化修饰研究的深度与广度。依托于泛素化蛋白质/肽段富集技术的发展以及高通量、高覆盖度和高灵敏度的质谱检测技术平台,蛋白质泛素化修饰组学也得以快速发展,并逐渐应用于人类生理、病理状态的泛素化蛋白质组研究和疾病发生发展的机制探索。本文主要综述了泛素化修饰组学研究中的泛素化蛋白质/肽段富集方法、质谱鉴定技术、定量标记技术和数据处理方法,同时对泛素化修饰组学技术在疾病研究中的应用也进行了系统分析,理清了当前存在的问题与挑战,为泛素化修饰蛋白质的发现与鉴定提供参考,为相关疾病治疗靶点的筛选和药物研发提供思路。

关键词：泛素化泛素化修饰组学泛素化蛋白质/肽段富集质谱鉴定技术疾病

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侧柏籽核糖体失活蛋白的分离及作用机制研究

浙江大学学报（工学版） 2005年第3期39卷 423-426页

作者：斯越秀刘望夷钱凯先浙江大学生命科学院浙江杭州310027 中国科学院上海生化与细胞生物学研究所上海200031

提出了从裸子植物侧柏中分离纯化核糖体失活蛋白的制备和检测方法.通过盐溶液抽提、硫酸铵分级沉淀、阴离子交换层析、阳离子交换层析等步骤制备了该蛋白.该蛋白的检测方法是把这种蛋白作用于大鼠 80S肝核糖体后, 不经过酸性苯胺处理,... 详细信息

提出了从裸子植物侧柏中分离纯化核糖体失活蛋白的制备和检测方法.通过盐溶液抽提、硫酸铵分级沉淀、阴离子交换层析、阳离子交换层析等步骤制备了该蛋白.该蛋白的检测方法是把这种蛋白作用于大鼠 80S肝核糖体后, 不经过酸性苯胺处理,直接进行聚丙烯酰胺的尿素变性胶电泳.在电泳图上得到 400 bp左右的特征性核酸条带.分析结果表明,该蛋白为一种新的核糖酶型的核糖体失活蛋白,阐明了侧柏核糖体失活蛋白失活核糖体的分子机制.

关键词： RNA水解酶核糖体失活蛋白侧柏分离纯化

低毒且高效杀伤人肿瘤细胞的新型人肿瘤坏死因子突变体的构建

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中国科学（C辑） 2002年第4期32卷 379-384,T002页

作者：刘惠卢芳陈建军任红玉陈常庆中国科学院上海生命科学院生物工程研究中心上海200233

采用定点突变的方法构建了两株新型人肿瘤坏死因子突变体MT1（32Trp157Phe）和MT2（2Lys30Ser32Trp157Phe）,并在大肠杆菌中得以高效表达,表达量占菌体总蛋白的50％且为可溶性蛋白.表达产物经蛋白印清法检测,均能与抗野生型hTNF-α单抗... 详细信息

采用定点突变的方法构建了两株新型人肿瘤坏死因子突变体MT1（32Trp157Phe）和MT2（2Lys30Ser32Trp157Phe）,并在大肠杆菌中得以高效表达,表达量占菌体总蛋白的50％且为可溶性蛋白.表达产物经蛋白印清法检测,均能与抗野生型hTNF-α单抗结合且经分离纯化后样品的纯度在95％以上.各突变体虽然对鼠成纤维瘤细胞L929的生物学活性比野生型下降了4～5个数量级,但却能高效杀伤人肿瘤细胞,杀伤程度与野生型相差不明显.测定突变体MT1的LD50值降至野生型的0.34％,而MT2对小鼠30％致死剂量则低于野生型LD50的1/700.

关键词：人肿瘤细胞突变体人肿瘤坏死因子定点突变细胞毒活性蛋白印渍 LD50 杀伤作用生物活性肿瘤治疗