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基于头发蛋白质组学区分个人特质的方法学探究

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生物化学与生物物理进展 2024年第1期51卷 230-240页

作者：吴晓淋张涛徐平张亚莉张振鹏贵州大学医学院贵阳550025 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心北京102206 中国医学科学院蛋白组学与新药研发创新单元北京102206

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的... 详细信息

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。

关键词：头发蛋白质组学个人特质 PLEE

N端焦谷氨酸环化封闭类单克隆抗体药物的N端测序方法

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中国生物工程杂志 2013年第8期33卷 73-80页

作者：李明珠韩伟东邢光慧滕珍林薛国梅侯辰瑞阮宏强陈薇中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组学分析研究中心上海中科新生命生物科技有限公司上海200233

目的:对于直接用N端测序仪无法进行测序的N端焦谷氨酸环化封闭的抗体类药物,去除焦谷氨酸后实现对其N端序列的从头测序。方法:对抗体的重轻链分别进行N端测序无果,再通过LC-MSMS对其重轻链N端的焦谷氨酸进行确认,证明其为焦谷氨酸封闭... 详细信息

目的:对于直接用N端测序仪无法进行测序的N端焦谷氨酸环化封闭的抗体类药物,去除焦谷氨酸后实现对其N端序列的从头测序。方法:对抗体的重轻链分别进行N端测序无果,再通过LC-MSMS对其重轻链N端的焦谷氨酸进行确认,证明其为焦谷氨酸封闭。对抗体蛋白进行焦谷氨酸氨肽酶酶解后,再通过N端测序仪进行Edman降解法N端测序,获得抗体药物重轻链的N端氨基酸序列。结论:抗体药物的重轻链N端经过N端测序仪测序和LC-MSMS分析,确定均为焦谷氨酸封闭。再经过焦谷氨酸氨肽酶处理后进行N端测序仪从头测序证实抗体药物的N端序列与理论序列一致。

关键词：单克隆抗体焦谷氨酸环化 Edman降解 N端测序 LC-MSMS

蛇毒纤溶酶原激活剂TSV-PA在昆虫细胞中的表达

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生物工程学报 2001年第5期17卷 506-509页

作者：曹郁虞谷松杨胜利龚毅中国科学院上海生命科学院生物工程研究中心上海200233

将蛇毒TSV PA基因插入昆虫杆状病毒供体质粒pFastBacHTa中 ,在粉纹夜蛾Tn 5B1 4细胞中进行表达。SDS PAGE分析结果表明 ,表达产物为分子量 33kD的TSV PA蛋白 ,Western印迹分析也证实了此结果。酶活力测定结果表明 ,昆虫细胞表达的TSV

关键词：蛇毒纤溶酶原激活剂 TSV-PA 昆虫杆状病毒表达系统

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蛇神经毒素的表达和鉴定

生物工程学报 2000年第3期16卷 312-315页

作者：钱友存沈雁范春阳胡太山杨胜利龚毅中国科学院上海生命科学院生物工程研究中心上海200233

抽提中华眼镜蛇毒腺总RNA ,通过反转录PCR扩增cobrotoxincDNA ,克隆并测序。该cDNA编码 83个氨基酸 ,包括 2 1个氨基酸的信号肽和 6 2个氨基酸的成熟蛋白。该成熟蛋白的氨基酸序列和通过蛋白测序从台湾眼镜蛇鉴定的Cobrotoxin完全一致。... 详细信息

抽提中华眼镜蛇毒腺总RNA ,通过反转录PCR扩增cobrotoxincDNA ,克隆并测序。该cDNA编码 83个氨基酸 ,包括 2 1个氨基酸的信号肽和 6 2个氨基酸的成熟蛋白。该成熟蛋白的氨基酸序列和通过蛋白测序从台湾眼镜蛇鉴定的Cobrotoxin完全一致。PCR扩增编码Cobrotoxin的DNA ,并亚克隆到表达载体 pMAL P2 。此外 ,通过合成寡核苷酸片段 ,拼接成完整的CM 11基因 ,并将其克隆至 pMAL P2 。经IPTG诱导 ,两种神经毒素基因在大肠杆菌中都得到高效的可溶性融合表达。表达产物通过SDS PAGE和蛋白印迹杂交加以鉴定。表达的融合蛋白经过Sepharose 6B amylose亲和色谱和DEAE SepharoseFF离子交换色谱得到有效纯化。经Xa因子酶切后得到的两种重组神经毒素都具有小白鼠体内毒性。

关键词：蛇神经毒素融合表达基因工程大肠杆菌鉴定

粒细胞巨噬细胞集落刺激因子/白细胞介素-3融合蛋白的表达研究

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生物工程学报 2000年第3期16卷 316-319页

作者：张毅屈贤铭杨胜利中国科学院上海生命科学院生物工程研究中心上海200233

利用PCR扩增得到粒细胞巨噬细胞集落刺激因子 (GM CSF)、白细胞介素 3(IL 3)完整基因片段 ,将其分别克隆至pGEM T ,构建成GM CSF/IL 3融合蛋白基因 ,DNA序列与设计预期一致。将得到的融合蛋白基因克隆至T7RNA聚合酶表达载体pT7zz,得... 详细信息

利用PCR扩增得到粒细胞巨噬细胞集落刺激因子 (GM CSF)、白细胞介素 3(IL 3)完整基因片段 ,将其分别克隆至pGEM T ,构建成GM CSF/IL 3融合蛋白基因 ,DNA序列与设计预期一致。将得到的融合蛋白基因克隆至T7RNA聚合酶表达载体pT7zz,得到表达质粒pFu ,经转化至表达宿主E .coliBL2 1(DE3) ,在IPTG诱导下获得融合蛋白目的产物的直接表达。经SDS PAGE电泳鉴定扫描分析 ,目的基因产物表达量占菌体总蛋白量的 30 %以上 ,目的基因表达产物以包涵体的形式表达。Western blot鉴定表明 ,该表达产物可以与GM CSF抗体及IL 3抗体特异性结合。目的基因表达产物经过包涵体变性、透析复性及柱层析纯化 ,用GM CSF、IL 3依赖细胞株TF 1检测。

关键词：融合蛋白基因表达基因药物 GM-CSF IL-3

屈洛昔芬对妊娠大鼠黄体细胞凋亡和C-myc、Bax、Bcl-2蛋白表达的影响(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2001年第4期22卷 41-48页

作者：冷颖顾芝萍曹霖中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所上海中国 200031

目的:观察屈洛昔芬对妊娠大鼠黄体细胞凋亡的影响,并分析黄体中C-myc,Bax和Bcl-2蛋白表达与屈洛昔芬所诱导的黄体细胞凋亡间的可能联系。方法:大鼠于妊娠第2天口服给予屈洛昔芬20mg·kg-1后,分别于第4天和第8天取卵巢,HE染色和TUNEL法... 详细信息

目的:观察屈洛昔芬对妊娠大鼠黄体细胞凋亡的影响,并分析黄体中C-myc,Bax和Bcl-2蛋白表达与屈洛昔芬所诱导的黄体细胞凋亡间的可能联系。方法:大鼠于妊娠第2天口服给予屈洛昔芬20mg·kg-1后,分别于第4天和第8天取卵巢,HE染色和TUNEL法检测黄体中凋亡细胞的存在,免疫组织化学方法观察黄体中C-myc,Bax和Bcl-2蛋白的表达,同时测定卵巢重量、蛋白质含量及血中孕酮水平。结果:大鼠经屈洛昔芬处理后,第4天卵巢黄体中出现明显的凋亡细胞,第8天时更加明显。卵巢重量、蛋白质含量及血清孕酮水平在第8天时显著下降。屈洛昔芬处理组大鼠卵巢黄体中C-myc蛋白表达在第4天即显著增加,Bax蛋白表达的显著增加在第8天可观察到,而Bcl-2蛋白在卵巢黄体中的表达无明显改变。结论:屈洛昔芬可诱导妊娠大鼠着床前黄体细胞凋亡,C-myc蛋白及Bax/Bcl-2蛋白表达的增加可能与该过程有关。

关键词：屈洛昔芬黄体细胞凋亡妊娠大鼠原癌基因蛋白质c-myc类原癌基因蛋白质c-bcl-2类原癌基因蛋白质类

利用肠激酶加工融合蛋白的方法制备重组人甲状旁腺素(1～34)肽

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生物化学与生物物理学报 2002年第4期34卷 469-474页

作者：修朝阳周贺钺俞璎戴金凤陈常庆中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心上海200233

采用全基因分段合成和补丁连接相结合的方法构建了人甲状旁腺素 (hPTH) (1～ 34)肽基因 ,并利用GST融合表达系统 ,在大肠杆菌中克隆和可溶性表达了hPTH(1～ 34)肽基因。融合蛋白表达量占菌体总蛋白质的 2 5 %以上 ,经高密度发酵、亲和... 详细信息

采用全基因分段合成和补丁连接相结合的方法构建了人甲状旁腺素 (hPTH) (1～ 34)肽基因 ,并利用GST融合表达系统 ,在大肠杆菌中克隆和可溶性表达了hPTH(1～ 34)肽基因。融合蛋白表达量占菌体总蛋白质的 2 5 %以上 ,经高密度发酵、亲和纯化后 ,在每升发酵液中得到了 10 g融合蛋白。融合蛋白经肠激酶一步加工并亲合纯化和反相脱盐后 ,最终可以得到约 0 .6g /L人甲状旁腺素 (1～ 34)肽纯品 ,样品的理论回收值达到了4 8.75 %。产物的纯度和性质经HPLC、毛细管电泳、质谱分析、N端测序等得到证明 ,并与化学合成产物的结果相吻合。兔肾皮质细胞测活表明 ,重组产物与化学合成人甲状旁腺素 (1～ 34)肽具有相近的腺苷酸环化酶激活活性。

关键词：甲状旁腺素肠激酶脱水糜蛋白酶亲和柱亲和纯化

脂肪组织特异表达的脂连蛋白(Adiponectin)及其球状区的克隆表达及体内活性的检测(英文)

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Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2003年第11期35卷 1023-1028页

作者：胡小波张育坚张惠堂杨胜利龚毅中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心上海200233 中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心

3T3 L1脂肪细胞特异分泌一分子量约为 30kD的蛋白质 ,命名为ACRP30。ACRP30只在分化后的脂肪细胞中表达 ,在对胰岛素敏感度不一样的老鼠模型中 ,降低ACRP30的表达与胰岛素不敏感有关。为了研究人ACRP30同源基因 ,运用RT PCR方法分别克... 详细信息

3T3 L1脂肪细胞特异分泌一分子量约为 30kD的蛋白质 ,命名为ACRP30。ACRP30只在分化后的脂肪细胞中表达 ,在对胰岛素敏感度不一样的老鼠模型中 ,降低ACRP30的表达与胰岛素不敏感有关。为了研究人ACRP30同源基因 ,运用RT PCR方法分别克隆了脂连蛋白和球状区脂连蛋白 (脂连蛋白的C端球状区域 )基因 ,并在大肠杆菌中获得了融合表达。用融合球状区脂连蛋白蛋白免疫新西兰兔 ,得到了滴度为 1 0 0 0 0的多克隆抗体。用Western印迹方法检测到了人血液中一种能与该抗体作用的大小约为 38kD的蛋白质 ,此蛋白质也能被抗ACRP30的抗体检测到。单一注射融合脂连蛋白或者球状区脂连蛋白能显著降低糖尿病大鼠的血糖浓度 ,这些结果提示重组的脂连蛋白和球状区脂连蛋白具有生物学活性 ,为脂连蛋白的功能研究打下了一定的基础

关键词：脂连蛋白球状区脂连蛋白克隆和表达糖尿病

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干细胞专利价值评估与转移转化对策研究

中国生物工程杂志 2019年第1期39卷 99-109页

作者：范月蕾陆娇陈大明毛开云中国科学院上海生命科学信息中心上海200031

目的:构建适用于干细胞专利价值评估的指标模型,并对现实场景中除指标内容外影响干细胞专利转移转化的因素进行分析。方法:基于中国技术交易所《专利价值分析指标体系》构建适用于干细胞的专利价值评估体系,采用层次分析法确定权重,通... 详细信息

目的:构建适用于干细胞专利价值评估的指标模型,并对现实场景中除指标内容外影响干细胞专利转移转化的因素进行分析。方法:基于中国技术交易所《专利价值分析指标体系》构建适用于干细胞的专利价值评估体系,采用层次分析法确定权重,通过案例分析验证指标模型的可操作性。结果:基于干细胞的技术特点与指标可操作性构建了适用于干细胞专利价值评估的指标体系,包括技术价值度、市场价值度和法律价值度3个一级指标,技术先进性、技术成熟度、技术成本等9个二级指标,其中,技术先进性、技术成熟度、政策适应性以及市场需求是对干细胞专利价值评估影响力最大的指标。其他因素的分析中,技术核心优势是影响干细胞专利转移转化的关键,此外,技术可行性、质量控制与远期收益均对干细胞技术的成功转移转化有着重要的影响。结论:建立的专利价值评估模型与因素分析可用于干细胞领域的专利价值评估,有助于推动专利技术的有效开发和产业化。

关键词：干细胞专利价值评估转移转化