检索结果-南通市图书馆

城市对海口市南渡江的微生物群落及其毒力因子与抗生素耐药基因组的影响

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中华流行病学杂志 2023年第6期44卷 974-981页

作者：范宇峰李臻鹏遇晓杰李哲周海健张亚淋甘晓婷华德卢昕阚飙中国疾病预防控制中心传染病预防控制所腹泻病室北京102206 海南省疾病预防控制中心检验检测所海口570203 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化,及其传播扩散模式。方法从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域,每个区域选择3个采样点,每个采样点平行采集... 详细信息

目的探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化,及其传播扩散模式。方法从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域,每个区域选择3个采样点,每个采样点平行采集6份样本并混合为1份,每份3 L。通过宏基因组测序和16S rRNA基因全长测序获得相关生物信息数据,分析前、中、后3段水体中微生物群落结构以及耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件信息。运用主坐标分析、普氏分析和曼特尔检测等方法分析样本间菌群分布差异以及传播模式相关性。结果随着河水流经海口市,微生物的α多样性呈现逐渐降低趋势。其中变形菌门在前、中、后段的细菌群落中均占据主导地位,中、后段变形菌门相对丰度高于前段。抗生素耐药基因、毒力因子及可移动遗传元件的多样性和丰度在前段均处于较低水平,流经海口市后,均明显升高。同时,可移动遗传元件介导的水平传播在抗生素耐药基因和毒力因子扩散中发挥较大作用。结论城市化对河流中的微生物及其携带的耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件产生显著影响。在海口市南渡江,河流流经城市受纳了人群排出的抗生素耐药菌和病原相关细菌,同时抗生素耐药基因和毒力因子在细菌中的富集,显示了城市人群排出的抗生素耐药菌和病原菌对环境健康和公共卫生的威胁。流经城市前后微生物组和抗生素耐药基因组的比较,也可成为有价值的抗生素耐药扩散监测预警指标。

关键词：菌群结构耐药基因毒力因子城市化

2005—2020年河南省两次及以上细菌性痢疾发病病例流行特征分析

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中华预防医学杂志 2022年第10期56卷 1472-1477页

作者：李亚飞王文华范威王莹莹胡晓张白帆尤爱国景怀琦王海峰叶莹黄学勇河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的了解2005—2020年河南省细菌性痢疾两次及以上发病病例的流行特征。方法通过中国疾病预防控制中心疾病监测信息报告管理系统收集2005年1月至2020年12月河南省细菌性痢疾报告病例(包括确诊病例和临床诊断病例), 主要信息包括性别、... 详细信息

目的了解2005—2020年河南省细菌性痢疾两次及以上发病病例的流行特征。方法通过中国疾病预防控制中心疾病监测信息报告管理系统收集2005年1月至2020年12月河南省细菌性痢疾报告病例(包括确诊病例和临床诊断病例), 主要信息包括性别、年龄、家庭住址、发病日期和诊断日期等, 将同一病例两次发病时间间隔在15 d以上判定为两次发病。对2005—2020年河南省细菌性痢疾两次及以上发病患者的发病特征进行分析, 同时采用ArcGIS软件绘制病例地区分布图。结果 2005—2020年河南省累计报告细菌性痢疾病例250 430例, 累积发病率为228.66/10万。两次及以上发病病例共计2 342例;细菌性痢疾病例中两次及以上发病病例的发生率逐年升高(趋势χ2=2 932.28, P<0.001);不同性别两次及以上发病病例的发生率差异无统计学意义(χ2=0.39, P=0.540);不同年龄组间的发生率差异有统计学意义(χ2=438.40, P<0.001), 60~69岁年龄组两次及以上发病的发生率较高(1.70%);病例发病时间间隔最短为16 d, 最长为5 579 d, M(Q1, Q3)为428(237, 843)d。与健康人群相比, 有细菌性痢疾患病史的人群再次罹患细菌性痢疾的风险更高(RR:4.12, 95%CI:3.95~4.29)。结论 2005—2020年河南省两次及以上细菌性痢疾发病病例呈逐年增加的趋势, 且存在年龄差异。

关键词：志贺菌痢疾多次发病流行特征

一种新的定量16S rRNA基因扩增子测序方法

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生物工程学报 2020年第12期36卷 2548-2555页

作者：韩娜彭贤慧张婷婷强裕俊李秀文张雯中国疾病预防控制中心传染病预防控制所生物信息室传染病预防控制国家重点实验室北京102206 感染性疾病诊治协同创新中心浙江杭州310003

近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始... 详细信息

近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始浓度、PCR循环数、扩增引物等。为解决以上问题,本研究采用随机标签和内参法相结合的方法,开发了一套定量16S扩增子测序方法,将常规的16S rRNA编码基因测序结果中的相对丰度转化为绝对定量的拷贝数,有效提高了肠道菌群结构检测的精准性,降低了实验操作对结果的影响,也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性,有利于未来技术的进一步研发和改进。

关键词： 16S rRNA 扩增子定量随机标签内参

内蒙古自治区3个地区布氏田鼠的种群遗传多样性及种群遗传结构研究

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中国媒介生物学及控制杂志 2023年第3期34卷 291-297页

作者：刘雨秋鲁亮刘蓬勃赵宁李贵昌栗冬梅宋秀平王君刘起勇中国疾病预防控制中心传染病预防控制所媒介生物控制室传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的利用16对微卫星引物分析采自内蒙古自治区(内蒙古)3个样地(新巴尔虎右旗、东乌珠穆沁旗和锡林浩特市)共9批布氏田鼠样本群的遗传多样性。方法对2021年5、7、9月采用鼠夹法和鼠笼法采集的275只布氏田鼠用磁珠法提取DNA,用16对荧光标... 详细信息

目的利用16对微卫星引物分析采自内蒙古自治区(内蒙古)3个样地(新巴尔虎右旗、东乌珠穆沁旗和锡林浩特市)共9批布氏田鼠样本群的遗传多样性。方法对2021年5、7、9月采用鼠夹法和鼠笼法采集的275只布氏田鼠用磁珠法提取DNA,用16对荧光标记的微卫星引物做PCR扩增,用GeneMarker软件获取微卫星数据,用GenAIEx 6.5、Arlequin(version 30)、structure 2.3.4等生物信息软件分析布氏田鼠的种群遗传多样性及种群遗传结构。结果16对微卫星引物共检测到472个等位基因,多态信息含量平均值为0.8213,香农信息指数平均值为1.812,观察杂合度波动区间为0.478~0.951,期望杂合度的波动区间为0.575~0.891,聚类分析及主成分分析表明均可以将9个布氏田鼠样本群主要按照月份划分为4个类群,4个类群的遗传多样性指标5月>7月>9月,分子方差分析表明布氏田鼠个体间的变异(88.51%)远大于类群间(5.04%)和种群间(6.45%)的变异。Mantel test结果显示布氏田鼠遗传距离和地理距离无显著相关性(R2=0.0016)。结论此次采集的内蒙古地区布氏田鼠呈较高的遗传多样性,布氏田鼠种群的遗传变异主要存在于个体间,季节变化可能是影响布氏田鼠种群遗传结构的主要因素。

关键词：布氏田鼠微卫星分子标记种群遗传多样性种群遗传结构

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艾伯特埃希菌病原学与流行病学研究进展

中华微生物学和免疫学杂志 2022年第12期42卷 981-985页

作者：刘倩杨茜白向宁熊衍文中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

艾伯特埃希菌(Escherichia albertii)是一种新发人兽共患病病原体,可引起以感染性腹泻为主的胃肠道疾病。自发现和命名以来,艾伯特埃希菌已造成多起食源性胃肠炎暴发,并广泛存在于多种禽类、野生动物中。由于目前常规的鉴定系统不能有... 详细信息

艾伯特埃希菌(Escherichia albertii)是一种新发人兽共患病病原体,可引起以感染性腹泻为主的胃肠道疾病。自发现和命名以来,艾伯特埃希菌已造成多起食源性胃肠炎暴发,并广泛存在于多种禽类、野生动物中。由于目前常规的鉴定系统不能有效鉴定艾伯特埃希菌,该菌在全球的流行情况可能被严重低估。禽类等是艾伯特埃希菌的重要储存宿主,但其在疾病传播中的作用尚不清楚。本文对艾伯特埃希菌的生理生化特性、基因组特征、分离检测方法,以及艾伯特埃希菌在宿主动物、食品媒介及人群中流行情况的研究进展进行了综述,并对艾伯特埃希菌的感染风险及进一步的研究重点进行了展望。

关键词：艾伯特埃希菌新发传染病食源性病原菌检测方法流行病学

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益生菌干预艰难梭菌感染的研究进展

中华微生物学和免疫学杂志 2022年第8期42卷 652-658页

作者：白璐璐王媛媛郑浩然钟佳鑫卢金星吴媛中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

艰难梭菌感染(Clostridioides difficile infection,CDI)是以发热、腹痛、腹泻为主要临床表现的一种感染性疾病,目前治疗措施主要包括抗生素疗法、粪菌移植疗法等,但复发性、难治性CDI仍不断增加,寻求一种更有效的替代疗法迫在眉睫,目... 详细信息

艰难梭菌感染(Clostridioides difficile infection,CDI)是以发热、腹痛、腹泻为主要临床表现的一种感染性疾病,目前治疗措施主要包括抗生素疗法、粪菌移植疗法等,但复发性、难治性CDI仍不断增加,寻求一种更有效的替代疗法迫在眉睫,目前已有大量益生菌防治CDI的研究,但其研究尚处于初期阶段,本文通过对益生菌干预CDI的种类、机制及技术手段方面的研究加以综述,以期推动益生菌防治CDI的研究进程。

关键词：益生菌艰难梭菌感染干预多组学分析

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中国幽门螺杆菌基因组多样性与种群结构分析

中华流行病学杂志 2016年第10期37卷 1397-1403页

作者：尤元海何利华彭贤慧孙路张建中中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、传染病预防控制国家重点实验室、感染性疾病诊治协同创新中心北京102206

目的了解中国幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，HP）基因组特征及种群结构。方法利用中国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列，并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据，通过比较基因组和生物信息学方法分析中国HP的基因... 详细信息

目的了解中国幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，HP）基因组特征及种群结构。方法利用中国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列，并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据，通过比较基因组和生物信息学方法分析中国HP的基因组与种群结构特征。结果中国HP核心基因为1 203个。菌株特异基因为19-32个，这些基因可能与中国HP在不同地域、不同疾病宿主中的适应性进化有关。基因组变异较大区域主要集中在编码限制修饰系统的基因和编码四型分泌系统的基因。基于核心基因组单核苷酸多态性（SNP）的种群分析确定中国菌株均属于hpEastAsia群，hspEAsia亚群，且不同地域菌株具有地域聚集性特点。在3株中国HP基因组序列中发现了前噬菌体序列，携带噬菌体组装所需的必要元件。结论基于核心基因组SNP分析中国菌株均属于hpEastAsia群，hspEAsia亚群，且具有地域聚集性。为深入挖掘中国不同地域不同疾病相关HP的遗传特征及研究噬菌体在HP进化与致病中的作用奠定了基础。

关键词：幽门螺杆菌种群结构基因组

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全球蝙蝠巴尔通体流行状况分析

生物多样性 2023年第9期31卷 155-165页

作者：李庆多栗冬梅中国疾病预防控制中心传染病预防控制所媒介生物控制室传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京102206

巴尔通体是一群全球广泛分布的细菌,部分种类能引起多种人兽共患病,宿主包括食肉类、反刍类、啮齿类、灵长类以及海洋中鲸类等哺乳动物。近年来,世界各地陆续报道蝙蝠能够携带巴尔通体。为了解全球蝙蝠巴尔通体流行情况,本文系统检索汇... 详细信息

巴尔通体是一群全球广泛分布的细菌,部分种类能引起多种人兽共患病,宿主包括食肉类、反刍类、啮齿类、灵长类以及海洋中鲸类等哺乳动物。近年来,世界各地陆续报道蝙蝠能够携带巴尔通体。为了解全球蝙蝠巴尔通体流行情况,本文系统检索汇总了自2005年以来世界各地对蝙蝠巴尔通体的研究,较为详细地描述了巴尔通体在蝙蝠这一大类群中的感染状况、宿主分布及遗传进化关系等信息。分析发现,在31个国家和地区的106种蝙蝠体内检测到巴尔通体,表明蝙蝠是巴尔通体重要的动物宿主。通过对蝙蝠巴尔通体柠檬酸合酶基因(citrate synthase gene,gltA)序列构建系统发育树,发现绝大多数蝙蝠巴尔通体与其他宿主来源的巴尔通体亲缘关系较远,构成蝙蝠巴尔通体独立的类群,初步揭示这一类巴尔通体具有宿主特异性特征,提示巴尔通体可能与宿主蝙蝠存在协同进化关系。

关键词：巴尔通体蝙蝠细菌遗传多样性系统发育分析协同进化

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巴尔通体在自然感染的啮齿动物组织中的分布

中国媒介生物学及控制杂志 2021年第2期32卷 181-187页

作者：栗冬梅徐爱玲宋秀平李庆多康央刘起勇中国疾病预防控制中心传染病预防控制所媒介生物控制室传染病预防控制国家重点实验室感染性疾病诊治协同创新中心北京102206

目的调查自然感染状态下啮齿动物体内不同组织中巴尔通体的分布情况。方法 2018年5月应用夹夜法在黑龙江密山口岸周边捕获啮齿动物,采集心、肝、脾、肺和肾组织,匀浆后分离培养,提取疑似巴尔通体菌落核酸,PCR扩增枸橼酸合酶基因(gltA),... 详细信息

目的调查自然感染状态下啮齿动物体内不同组织中巴尔通体的分布情况。方法 2018年5月应用夹夜法在黑龙江密山口岸周边捕获啮齿动物,采集心、肝、脾、肺和肾组织,匀浆后分离培养,提取疑似巴尔通体菌落核酸,PCR扩增枸橼酸合酶基因(gltA),进行测序分析,确定巴尔通体种类;分析比较心、肝、脾、肺和肾组织中的感染率及其差异。结果共捕获啮齿动物7种81只,其中,黑线姬鼠68只,占捕获总数的84.0%;其余为东方田鼠、莫氏田鼠和北花松鼠等。共计4种45只啮齿动物分离培养出巴尔通体,总感染率为55.6%。心、肝、脾、肺和肾各组织的感染率分别为38.3%(31/81)、39.5%(32/81)、42.0%(34/81)、32.1%(26/81)和45.7%(37/81),差异无统计学意义(χ^(2)=5.623,P=0.229)。45株分离菌鉴定出7种巴尔通体,包括格拉汉姆巴尔通体、黑瞎子巴尔通体、日本巴尔通体、库珀巴尔通体、泰勒巴尔通体、地松鼠巴尔通体和1种尚未分类巴尔通体,以格拉汉姆巴尔通体为多(73.3%),在不同组织中均有分布,差异无统计学意义(χ^(2)=7.492,P=0.112)。结论巴尔通体在啮齿动物中自然感染率较高,可同时侵袭不同组织,对多种组织的亲嗜性无差异,不受宿主动物和病原体的物种限制。

关键词：巴尔通体自然感染啮齿动物组织亲嗜性