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建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定

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遗传 2012年第11期34卷 1447-1455页

作者：顾颖李超鲁翠云郑先虎俞菊华孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室哈尔滨150070 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心无锡214081

利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累... 详细信息

利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累积排除概率为0.999996,置信度为95%。进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求在双亲未知时通常需要8～12个微卫星位点,已知单亲时需要5～8个微卫星位点。在双亲均未知的情况下进行亲权鉴定,94.6%的后裔找到了其父母本,真实鉴定率低于模拟分析预测值,分析可能是与候选亲本间存在亲缘关系、无效等位基因的存在以及分型错误等因素有关。9个建鲤全同胞家系的鉴定,为今后的遗传图谱构建、QTL定位及分子标记辅助育种研究奠定了基础。

关键词：建鲤亲权鉴定微卫星

微卫星分离模式显示雄性三倍体鲫产生非整倍体精子

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中国水产科学 2014年第6期21卷 1089-1097页

作者：程磊曹顶臣鲁翠云李超孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室

三倍体鲫(Carassius auratus)行天然雌核发育,其自然种群中却有较高比例的雄性个体,这些雄性个体的性腺发育正常,能产生有活力的精子。而且其精子的DNA含量约为体细胞的一半,显示三倍体鲫精子发生过程中可能经历了均等的减数分裂。流式... 详细信息

三倍体鲫(Carassius auratus)行天然雌核发育,其自然种群中却有较高比例的雄性个体,这些雄性个体的性腺发育正常,能产生有活力的精子。而且其精子的DNA含量约为体细胞的一半,显示三倍体鲫精子发生过程中可能经历了均等的减数分裂。流式细胞术虽然能够较准确地测定细胞群的平均DNA含量,但是却很难检测到单个精子中的个别染色体增减,要明确回答雄性三倍体鲫产生的精子是否为整倍体需要定量地检测单个精子的遗传组成。本研究用微卫星标记检测以雌性鲤(Cyprinus carpio)与雄性三倍体鲫为亲本构建的杂种家系的基因型,结果发现母本鲤的多态位点在子代中呈孟德尔分离,父本三倍体鲫具有三套鲫基因组,其等位基因在子代中呈随机分离。上述研究结果提示:三倍体鲫起源于二倍体鲫的同源加倍,而非二倍体鲫和鲤的种间杂交;三倍体鲫通过染色体的随机分离产生非整倍体的精子,其精子发生过程中没有均等的减数分裂。三倍体鲫行雌核发育生殖,却可能并非起源于种间杂交且群体中的雄性个体可育,因而是单性生殖鱼类中的一个特例。

关键词：鲫三倍体微卫星分离模式非整倍体

流化床生物滤器净化循环水养鱼系统的工艺与特性研究

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农业工程学报 2004年第2期20卷 226-230页

作者：战培荣刘伟曹广斌卢玲邱岭泉李建兴中国水产科学研究院黑龙江水产研究所哈尔滨150070

封闭式集约化养鱼,需要选择和使用效果好、负荷率高的水处理方法,以提高单位水体的鱼载量和降低成本。该试验在封闭式集约养鱼系统中采用了流化床生物滤器水净化技术,并对其性能进行了研究。结果表明,在流化床生物滤器出水总氨平均值低... 详细信息

封闭式集约化养鱼,需要选择和使用效果好、负荷率高的水处理方法,以提高单位水体的鱼载量和降低成本。该试验在封闭式集约养鱼系统中采用了流化床生物滤器水净化技术,并对其性能进行了研究。结果表明,在流化床生物滤器出水总氨平均值低于0.5mg/L时,鱼载量是固定床生物滤器的2～3倍,总氨负荷是固定床生物滤器的3倍,更节省水资源。采用该系统养鱼,鱼类生长正常,管理方便,占地面积和建筑费用可减少50%。

关键词：流化床生物滤器养鱼系统循环水

基于线粒体D-loop区和Cyt b基因分析广西禾花鲤三个群体遗传结构

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水生生物学报 2021年第1期45卷 54-59页

作者：程磊何苹萍韦嫔媛鲁翠云吴铁军彭金霞中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业农村部水产生物技术与遗传育种重点实验室哈尔滨150070 广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室南宁530021

研究基于线粒体D-loop区和Cyt b基因部分序列,分析了广西全州、融水、环江三地禾花鲤(Cyprinus carpio)的遗传结构。在3个群体中共鉴定到19种D-loop与Cyt b序列的组合单倍型,总的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.916±0.010... 详细信息

研究基于线粒体D-loop区和Cyt b基因部分序列,分析了广西全州、融水、环江三地禾花鲤(Cyprinus carpio)的遗传结构。在3个群体中共鉴定到19种D-loop与Cyt b序列的组合单倍型,总的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.916±0.010和0.008±0.004,禾花鲤线粒体DNA具有单倍型多样性高和核苷酸多样性低的特点。环江群体单倍型多样性最低,但是核苷酸多样性却最高,反映了环江群体存在最明显的谱系混杂。分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于群体内部(71.54%),禾花鲤三个群体间有显著的遗传分化(Fst=0.285;P研究初步揭示了广西禾花鲤的种质资源现状,为禾花鲤这一地方特色“稻鱼共作”品种的选育和苗种管理提供了必要的依据。

关键词：禾花鲤遗传结构线粒体DNA 渐渗

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耐盐碱鱼类的生理和分子机制研究进展

水产学报 2021年第5期45卷 798-812页

作者：常玉梅梁利群中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室中国水产科学研究院特殊生境鱼类种质特性与抗逆育种重点实验室

耐盐碱鱼类生理和分子适应机制的解析,是培育适于中、高碱度盐碱水域增养殖种的先决条件。围绕世界各国适于中、高碱度盐碱湖泊养殖的鱼类代表种,从组织结构的微观调整、血液离子和渗透压调节、特殊氨氮代谢的形成、酸碱调节、激素调节... 详细信息

耐盐碱鱼类生理和分子适应机制的解析,是培育适于中、高碱度盐碱水域增养殖种的先决条件。围绕世界各国适于中、高碱度盐碱湖泊养殖的鱼类代表种,从组织结构的微观调整、血液离子和渗透压调节、特殊氨氮代谢的形成、酸碱调节、激素调节以及基因组特定区域的选择性表达和适应等方面进行归纳总结,提出耐盐碱鱼类的盐碱适应机制具有多样、复杂、系统性强的特点。建议借助先进的基因功能研究方法,系统整合耐盐碱鱼类在生理、表型、行为和各种组学的遗传信息,将相关性探索研究拓展到基因水平的因果关系确定,推动耐碱鱼类的分子遗传基础与分子适应性进化机制的研究进程。

关键词：耐盐碱鱼类盐碱适应离子和渗透压调节氨氮代谢基因组进化

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鲫属鱼类DNA条码及种与亚种划分

Zoological Research 2012年第5期33卷 463-472页

作者：程磊常玉梅鲁翠云曹顶臣孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150070 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

鲫属(Carassius)鱼类由于表型变异大,分布范围广,分类一直不完善。该属常被分为三个种:黑鲫(***)、白鲫(***)和鲫(***)。鲫又可分为多个亚种(包括金鱼),其中银鲫(*** gibelio)亚种有时被视作一个独立的种。该文研究了线粒体细胞色素c氧... 详细信息

鲫属(Carassius)鱼类由于表型变异大,分布范围广,分类一直不完善。该属常被分为三个种:黑鲫(***)、白鲫(***)和鲫(***)。鲫又可分为多个亚种(包括金鱼),其中银鲫(*** gibelio)亚种有时被视作一个独立的种。该文研究了线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因5'端651bp的片段在这些种和亚种(共计128尾标本)中的变异。结果表明,***、***和***均为有效种,同时欧亚大陆的与日本列岛的***有明显分化;而***和***有一些共享的单倍型,*** gibelio应被视为***的一个亚种,而不是一个有效物种。由于*** auratus和*** gibelio等类群中同时存在二倍体和三倍体,因此,倍性不宜作为种或亚种的划分标准。

关键词：鲫属 DNA条码 COI基因物种鉴定银鲫

基于转录组数据的溪红点鲑微卫星标记筛选及引进群体遗传结构

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水产学报 2020年第10期44卷 1599-1608页

作者：郑先虎鲁翠云孙志鹏党红阳匡友谊曹顶臣白庆利孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室

为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了... 详细信息

为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。

关键词：溪红点鲑转录组微卫星标记引进群体遗传结构

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水产生物基因组研究进展与趋势

水产学报 2019年第1期43卷 15-35页

作者：郑先虎匡友谊吕伟华栾培贤孙志鹏鲁翠云孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室

本文综述了水产生物基因组研究相关技术的发展历程和关键技术的应用。以二代测序技术的出现为分界点,首先回顾了早期水产养殖生物在遗传学和分子生物学方面的研究结果,以及为开展全基因组测序所做的相关基础研究,然后重点介绍了二代测... 详细信息

本文综述了水产生物基因组研究相关技术的发展历程和关键技术的应用。以二代测序技术的出现为分界点,首先回顾了早期水产养殖生物在遗传学和分子生物学方面的研究结果,以及为开展全基因组测序所做的相关基础研究,然后重点介绍了二代测序技术应用于水产生物全基因组测序和经济性状遗传基础解析的研究进展,最后展望了水产生物基因组研究发展趋势。水产生物经济性状遗传机制高度复杂,从全基因组角度阐明其遗传机制仍有很多难题,但基因决定性状是生物学法则之一,探索这一过程的奥秘引人入胜。

关键词：水产生物基因组下一代测序

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

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水产学报 2024年第1期48卷 84-94页

作者：鲁翠云孙志鹏曹顶臣耿龙武那荣滨吴学工郑先虎中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室农业农村部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室

为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型... 详细信息

为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.000 79±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示，梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤Fst=0.207 36中国群体间的遗传分化极大(Fst>0.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

关键词：梭鲈线粒体COⅠ基因野生群体遗传结构