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基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

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水产学报 2024年第1期48卷 112-122页

作者：吴宙周丽青迟长凤吴彪孙秀俊刘志鸿赵丹于涛郑言鑫浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院长岛增殖实验站

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南... 详细信息

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示，在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.586～0.897，核苷酸多样性为0.005 6～0.008 1。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.605～0.909，核苷酸多样性为0.007 7～0.012 0。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明，绝大部分群体之间存在显著的遗传分化，并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流，使不同遗传背景的种群二次接触，导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性；而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

关键词：皱纹盘鲍细胞色素C氧化酶亚基基因细胞色素b基因遗传多样性遗传结构

仿刺参硫酸软骨素合酶1基因克隆及灿烂弧菌感染后的表达特征模式分析

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中国水产科学 2024年第4期31卷 488-499页

作者：谭颜廷葛建龙廖梅杰荣小军王锦锦李彬赵岩峰王印庚王璐中国海洋大学水产学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室崂山实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛市海洋管理保障中心

硫酸软骨素在生物体应对病毒和细菌感染中起着重要作用,为研究硫酸软骨素合酶1(chondroitinsulfate synthase-1, ChSy-1)在仿刺参(Apostichopus japonicus)受到灿烂弧菌(Vibrio splendidus)感染后的作用,本研究开展了仿刺参ChSy-1基因(AjChSy-1)全长序列克隆和结构及系统进化分析,并采用荧光定量PCR技术测定了该基因在刺参不同组织中的表达差异及灿烂弧菌感染下的表达模式。结果显示,AjChSy-1基因cDNA全长为2756bp,其中,5′-UTR长度为194 bp, 3′-UTR为228 bp, ORF为2334 bp,编码777个氨基酸。AjChSy-1基因编码的蛋白含有糖基转移酶保守性DXD基序、β3-糖基转移酶基序及β4-糖基转移酶基序等结构。刺参基因组比对发现在chr13染色体上存在2个AjChSy-1基因拷贝。系统进化分析表明,刺参AjChSy-1编码蛋白与玉足海参(Holothurialeucospilota)和棘冠海星(Acanthaster planci)的蛋白亲缘关系较近,与斑马鱼(Danio rerio)、智人(Homo sapiens)等脊椎动物的蛋白亲缘关系较远。荧光定量PCR显示, AjChSy-1基因具有广泛的组织表达特性,其中,体腔细胞中表达量最高,体壁、性腺(雄性和雌性)和纵肌次之。在响应灿烂弧菌侵染过程中,随灿烂弧菌侵染时间增加,体壁中AjChSy-1表达量呈现先上升后下降的趋势,在第3、6、9天分别为对照组的1.79、2.06、3.12倍,对发病期抗病群体和易感群体中该基因的检测结果表明,易感群体体壁该基因表达量显著低于抗病群体(P研究结果为解析刺参AjChSy-1基因功能以及抗病分子调控机制提供了参考数据。

关键词：仿刺参 ChSy-1 基因克隆荧光定量PCR 基因表达灿烂弧菌

来源：博看期刊

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基于深度学习的鱼类养殖监测研究进展

农业工程学报 2024年第5期40卷 1-13页

作者：张胜茂李佳康唐峰华吴祖立戴阳樊伟上海海洋大学信息学院上海201306 中国水产科学研究院东海水产研究所农业农村部渔业遥感重点试验室上海200090

鱼类养殖是通过人工方式在水中养殖各种鱼类的经济活动。鱼类养殖可以在淡水、海水或者盐碱水环境中进行,通过各种监测技术和设备来培育和管理鱼的生长和繁殖。传统的鱼类养殖监测方法存在效率低和准确性差等问题。近年来,基于深度学习... 详细信息

鱼类养殖是通过人工方式在水中养殖各种鱼类的经济活动。鱼类养殖可以在淡水、海水或者盐碱水环境中进行,通过各种监测技术和设备来培育和管理鱼的生长和繁殖。传统的鱼类养殖监测方法存在效率低和准确性差等问题。近年来,基于深度学习的视觉技术的发展为鱼类养殖监测提供了新的解决方案。该文阐述了基于深度学习的视觉技术在鱼类养殖监测中的应用,并从鱼体测量、鱼类计数、鱼类摄食、鱼类游泳行为和鱼病诊断5个方面分别对研究进展进行梳理。在此基础上总结了鱼类养殖监测在数据采集与传输、建立鱼类养殖监测数据集、超规模参数模型、终端监测设备边缘计算、数字孪生、智能监测业务化应用不足等问题和展望,旨在为深度学习在鱼类养殖监测中的推广应用提供科学参考。

关键词：深度学习鱼类养殖鱼体测量鱼类计数鱼类游泳行为鱼类摄食鱼病诊断

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刺参TRAF7基因克隆及其响应高温胁迫下的表达特征分析

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渔业科学进展 2024年

作者：赵岩峰廖梅杰葛建龙王锦锦王印庚荣小军李彬谭颜廷青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室上海海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

肿瘤坏死因子受体相关因子7 (tumor necrosis factor receptor associated factor7， TRAF7)作为一种细胞内蛋白，参与信号转导，并介导宿主应激防御调控过程。为研究TRAF7在刺参(Apostichopus japonicus)高温胁迫中的作用，本研究利用c... 详细信息

肿瘤坏死因子受体相关因子7 (tumor necrosis factor receptor associated factor7， TRAF7)作为一种细胞内蛋白，参与信号转导，并介导宿主应激防御调控过程。为研究TRAF7在刺参(Apostichopus japonicus)高温胁迫中的作用，本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)和实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)，克隆了刺参TRAF7 (AjTRAF7)全长cDNA序列，分析了其结构特征和在基因组中的分布，并检测了该基因在刺参不同组织和高温胁迫过程中体壁组织中的表达变化情况。结果显示，AjTRAF7全长2 576 bp，开放阅读框(ORF)长1 770 bp，5′UTR长345 bp，3′UTR长461 bp，编码589个氨基酸，预测蛋白分子量为65.6 kDa，理论等电点(pI)为7.52。蛋白序列包含1个RING finger结构域、1个Coiled coil结构域和6个WD40结构域，N端包含1个螺旋区域。该基因预测蛋白包含41个丝氨酸磷酸化位点、20个苏氨酸磷酸化位点和3个酪氨酸磷酸化位点，蛋白N端具有3个天冬酰胺糖基化位点。刺参基因组中比对到2个AjTRAF7基因拷贝，位于同一条染色体上，第一个拷贝包含18个外显子和15个内含子，第二拷贝包含17个外显子和14个内含子。系统进化学分析表明，刺参TRAF7氨基酸序列与蝠海星(Patiria miniata)和紫色球海胆(Strongylocentrotus purpuratus)相似性较高，分别为40.58%和38.37%，刺参与蝠海星和紫色球海胆聚在一支。qRT-PCR结果显示，AjTRAF7在健康刺参各组织中均有表达，其在雌性性腺中表达量最高，体腔细胞中表达量次之，在呼吸树、体壁、肠道、雄性性腺和纵肌中表达量依次降低，各组织间表达量差异显著(P科学依据。

关键词：刺参 TRAF7 高温胁迫基因克隆表达特征

温度、光照强度和光照周期对铜藻有机碳释放速率的影响

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渔业科学进展 2024年第3期45卷 46-54页

作者：孙威吴文广刘毅仲毅王新萌张继红上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所、农业农村部海洋渔业与可持续发展重点实验室山东青岛266071

为探究铜藻(Sargassum horneri)的有机碳释放速率、与净初级生产力(NPP)之间的关系及主要的调控因素等问题,本研究采用三变量三水平的正交实验,测定铜藻在不同温度(5、15和25℃)、光照[86、172和258μmol/(m^(2)·s)]和光照周期(L∶D=6 ... 详细信息

为探究铜藻(Sargassum horneri)的有机碳释放速率、与净初级生产力(NPP)之间的关系及主要的调控因素等问题,本研究采用三变量三水平的正交实验,测定铜藻在不同温度(5、15和25℃)、光照[86、172和258μmol/(m^(2)·s)]和光照周期(L∶D=6 h∶18 h、L∶D=12 h∶12 h、L∶D=24 h∶0 h,L表示光照时长,D表示黑暗时长)条件下溶解有机碳(DOC)、颗粒有机碳(POC)的释放速率和初级生产力。结果显示,DOC和POC释放速率的范围分别为0.653~4.785 mg/(g·h)和0.066~0.322 mg/(g·h);温度和光照强度分别是铜藻释放DOC和POC的主要调控因素;铜藻在高温、中光、L∶D=6 h∶18 h条件下的DOC释放速率最高[4.785 mg/(g·h)],在高温、高光、L∶D=24 h∶0 h条件下的POC释放速率最高[0.322 mg/(g·h)];铜藻释放的DOC和POC占NPP的比值分别为4%~130%和0.4%~5.9%;DOC释放速率与NPP之间存在负相关关系,POC释放速率与NPP之间无明显相关性。研究结果为深入了解铜藻的生理生态学特性及其对沿海生态系统碳循环的影响提供了科技支撑。

关键词：铜藻净初级生产力溶解有机碳颗粒有机碳

喷点雪印小丑鱼的胚胎及仔、稚、幼鱼形态发育观察

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南方水产科学 2024年第2期20卷 73-82页

作者：谭泽宇李涛姜敬哲黄小林杨育凯中国水产科学研究院南海水产研究所深圳试验基地广东深圳518121 大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023 中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室广东广州510300

为建立喷点雪印小丑鱼(Amphiprion sp.)人工繁育技术,在人工模拟自然条件下对其繁殖习性、胚胎发育及胚后发育进行观察。结果表明:喷点雪印小丑鱼受精卵长径为1.9~2.1 mm,短径为0.93~0.95 mm;胚胎发育主要经历受精卵期→胚盘期→卵裂期... 详细信息

为建立喷点雪印小丑鱼(Amphiprion sp.)人工繁育技术,在人工模拟自然条件下对其繁殖习性、胚胎发育及胚后发育进行观察。结果表明:喷点雪印小丑鱼受精卵长径为1.9~2.1 mm,短径为0.93~0.95 mm;胚胎发育主要经历受精卵期→胚盘期→卵裂期→囊胚期→原肠胚期→神经胚期→器官形成期→孵化期等;在水温为(27±0.5)℃时,受精卵约需197 h孵化出膜。初孵仔鱼全长(4.415±0.412)mm,身体透明,鳍膜明显,卵黄囊仅剩小部分残留,并已开口摄食。9日龄全长(6.813±0.835)mm,鳍膜消失,各鳍基本形成,头部开始出现纹带,进入稚鱼期。21日龄全长(10.581±2.659)mm,身体被鳞,体色、纹路开始分化。35日龄全长(15.512±4.927)mm,形成4种不同体色、纹路的幼鱼。作为人工选育的品系,喷点雪印小丑鱼胚后发育过程中最为明显的变化是幼鱼期体色、纹路等形态特征的形成与分化。

关键词：喷点雪印小丑鱼胚胎发育胚后发育仔、稚鱼纹带

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长期碳酸盐碱度胁迫对脊尾白虾生长及卵巢发育的影响

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水产学报 2024年第4期48卷 257-267页

作者：张秀红李吉涛王佳佳王成伟秦桢葛倩倩刘萍李健上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中国水产科学研究院黄海水产研究所海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

为探讨碳酸盐碱度对脊尾白虾生长及卵巢发育的影响。本研究设置3 mmol/L （对照组）、5 mmol/L和8 mmol/L三种碳酸盐碱度梯度养殖脊尾白虾60 d，比较不同碳酸盐碱度胁迫对脊尾白虾生长性能、组织结构、酶活性以及卵巢发育的影响，结果... 详细信息

为探讨碳酸盐碱度对脊尾白虾生长及卵巢发育的影响。本研究设置3 mmol/L （对照组）、5 mmol/L和8 mmol/L三种碳酸盐碱度梯度养殖脊尾白虾60 d，比较不同碳酸盐碱度胁迫对脊尾白虾生长性能、组织结构、酶活性以及卵巢发育的影响，结果显示，5 mmol/L组与对照组体长增长率、体重增长率以及成活率差异不显著，8 mmol/L组体长增长率、体重增长率以及成活率显著低于对照组。肝胰腺组织切片显示，5 mmol/L组中部分B细胞体积增大，部分转运泡内出现颗粒物质，8 mmol/L组管腔的形态结构严重变形。鳃组织切片显示，5 mmol/L组出现轻微鳃丝肿大现象，角质层略有变形，且角质层下间隙扩张变长，上皮细胞与支柱细胞排列紊乱；8 mmol/L组鳃丝肿大，排列不规则，出现血细胞肿胀现象，鳃丝上皮细胞严重破坏，毛细血管网结构形态改变，角质层下间隙变形。肌肉组织酶活性测定结果显示，5 mmol/L组的碳酸酐酶活性显著高于对照组，Na+/K+-ATP酶活性在肌肉中差异不显著；肝胰腺组织酶活性测定结果显示，碳酸酐酶在肝胰腺组织中差异不显著，8 mmol/L组Na+/K+-ATP酶活性显著低于其他组，鳃组织中，5和8 mmol/L组鳃组织中和Na+/K+-ATP酶活性均显著高于对照组，且两组间差异显著。卵巢发育统计结果显示，三组脊尾白虾卵巢均能发育，其发育至Ⅱ期的百分比分别为20.51%、10.52%和6.25%，其中5mmol/L组与对照组间无显著差异，8 mmol/L组显著低于对照组；3 mmol/L组和5 mmol/L组均有卵巢发育至Ⅲ期的脊尾白虾，但两组差异不显著，8 mmol/L组未见有卵巢发育至Ⅲ期的脊尾白虾。卵巢组织切片显示，8 mmol/L组卵原细胞细胞排列疏松，周围滤泡细胞排列疏松且数量较少。研究表明，脊尾白虾可以在低于8 mmol/L的碳酸盐碱度中生长发育，但高碳酸盐碱度可能会造成脊尾白虾鳃和肝胰腺组织损伤，导致其生长受到影响，同时猜测高碳酸盐碱度可能也会影响卵巢的发育速率。本研究可为开展脊尾白虾在盐碱水中的增养殖提供基础数据和参考信息。

关键词：脊尾白虾碳酸盐碱度胁迫生长组织切片酶活性卵巢发育

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黄海北部近岸海域渔业生物群落结构

水产学报 2024年第4期48卷 110-129页

作者：崔培东卞晓东张雨轩单秀娟金显仕赵永松王惠宾上海海洋大学海洋科学学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省渔业资源与生态环境重点实验室山东长岛近海渔业资源国家野外科学观测研究站

为摸清黄海北部近岸海域渔业生物群落结构现状，并揭示其时空变化的主要环境驱动因子，于2021年4—11月在该海域开展了6航次底拖网及环境调查。运用丰度-生物量比较曲线、聚类分析和非度量多维标度排序等方法分析了海域渔业资源种类组... 详细信息

为摸清黄海北部近岸海域渔业生物群落结构现状，并揭示其时空变化的主要环境驱动因子，于2021年4—11月在该海域开展了6航次底拖网及环境调查。运用丰度-生物量比较曲线、聚类分析和非度量多维标度排序等方法分析了海域渔业资源种类组成及优势度、群落多样性及年内演替；运用典范对应分析(CCA)探讨了群落结构时空变化与环境因子之间的关系。结果显示，调查采集到的种类共有89种，包括鱼类50种和无脊椎动物39种。鳀已成为海域主要中上层优势鱼种，大泷六线鱼、细纹狮子鱼和脊腹褐虾等冷温性种类成为季节性主要渔业生物，小黄鱼、蓝点马鲛和鲐等传统资源仍在衰退过程中。调查发现部分真鲷幼体及集群蓝圆鲹幼体，海域或有其育幼场存在。调查期间内群落大部分时间处于不稳定状态，其中4月群落显示中等干扰，5—11月群落均显示严重干扰。在所选环境因子中，海表温(SST)、海底温(SBT)、海底盐(SBS)和叶绿素(Chl.a)是导致群落结构时空变化的主要环境因子，其中SST和SBT的影响尤为显著。本研究系统阐明了黄海北部近岸海域渔业生物群落结构特征和季节性演替，为进一步了解该海域渔业生物群落结构现状及其对环境因子的响应提供了参考。

关键词：优势种生物多样性群落结构典范对应分析(CCA) 黄海北部

5-HMF对黄条鰤生长、肠道组织结构及生理特性的影响

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中国水产科学 2024年第2期31卷 185-196页

作者：冯元周鹤庭徐永江崔爱君姜燕陈伟中国水产科学研究院黄海水产研究所深蓝渔业工程联合实验室上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中科国生(杭州)科技有限公司

为了分析在饲料中添加5-HMF (5-羟甲基糠醛)对黄条鰤(Seriola aureovittata)幼鱼生长、肠道组织结构、血清生化特性、消化道菌群结构等方面的影响,选用360尾平均体重(82.33±2.75)g的黄条鰤,随机分为4组(M0组、M1组、M2组、M3组),每组3... 详细信息

为了分析在饲料中添加5-HMF (5-羟甲基糠醛)对黄条鰤(Seriola aureovittata)幼鱼生长、肠道组织结构、血清生化特性、消化道菌群结构等方面的影响,选用360尾平均体重(82.33±2.75)g的黄条鰤,随机分为4组(M0组、M1组、M2组、M3组),每组3个重复,每个重复30尾鱼,M0组为对照组,投喂基础饲料,M1组、M2组、M3组分别投喂添加5-HMF (添加量分别为0.25%、0.5%、1%)的基础饲料,实验持续6周。结果显示:体外Caco-2细胞(人结直肠腺癌细胞)增殖实验表明,本研究所用5-HMF浓度在安全范围内;M2和M3组实验鱼的增重率和特定生长率显著高于M0组(P实验鱼肠道肌层厚度和绒毛高度显著高于M0组(P实验鱼血清免疫球蛋白M(IgM)和碱性磷酸酶(AKP)水平显著高于M0组(P所述,饲料中添加0.5%的5-HMF实验饲料可以提升黄条鰤幼鱼生长性能,提高血清免疫酶活水平和抗氧化能力,对肠道组织和菌群结构起到一定的优化调节作用,可为开发黄条鰤健康养殖技术和绿色饲料添加剂提供理论支撑。

关键词： 5-羟甲基糠醛(5-HMF) 黄条鰤肠道组织结构生长抗氧化菌群微生态