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仿刺参硫酸软骨素合酶1基因克隆及灿烂弧菌感染后的表达特征模式分析

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中国水产科学 2024年第4期31卷 488-499页

作者：谭颜廷葛建龙廖梅杰荣小军王锦锦李彬赵岩峰王印庚王璐中国海洋大学水产学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室崂山实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛市海洋管理保障中心

硫酸软骨素在生物体应对病毒和细菌感染中起着重要作用,为研究硫酸软骨素合酶1(chondroitinsulfate synthase-1, ChSy-1)在仿刺参(Apostichopus japonicus)受到灿烂弧菌(Vibrio splendidus)感染后的作用,本研究开展了仿刺参ChSy-1基因(AjChSy-1)全长序列克隆和结构及系统进化分析,并采用荧光定量PCR技术测定了该基因在刺参不同组织中的表达差异及灿烂弧菌感染下的表达模式。结果显示,AjChSy-1基因cDNA全长为2756bp,其中,5′-UTR长度为194 bp, 3′-UTR为228 bp, ORF为2334 bp,编码777个氨基酸。AjChSy-1基因编码的蛋白含有糖基转移酶保守性DXD基序、β3-糖基转移酶基序及β4-糖基转移酶基序等结构。刺参基因组比对发现在chr13染色体上存在2个AjChSy-1基因拷贝。系统进化分析表明,刺参AjChSy-1编码蛋白与玉足海参(Holothurialeucospilota)和棘冠海星(Acanthaster planci)的蛋白亲缘关系较近,与斑马鱼(Danio rerio)、智人(Homo sapiens)等脊椎动物的蛋白亲缘关系较远。荧光定量PCR显示, AjChSy-1基因具有广泛的组织表达特性,其中,体腔细胞中表达量最高,体壁、性腺(雄性和雌性)和纵肌次之。在响应灿烂弧菌侵染过程中,随灿烂弧菌侵染时间增加,体壁中AjChSy-1表达量呈现先上升后下降的趋势,在第3、6、9天分别为对照组的1.79、2.06、3.12倍,对发病期抗病群体和易感群体中该基因的检测结果表明,易感群体体壁该基因表达量显著低于抗病群体(P研究结果为解析刺参AjChSy-1基因功能以及抗病分子调控机制提供了参考数据。

关键词：仿刺参 ChSy-1 基因克隆荧光定量PCR 基因表达灿烂弧菌

来源：博看期刊

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黄海北部近岸海域渔业生物群落结构

水产学报 2024年第4期48卷 110-129页

作者：崔培东卞晓东张雨轩单秀娟金显仕赵永松王惠宾上海海洋大学海洋科学学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省渔业资源与生态环境重点实验室山东长岛近海渔业资源国家野外科学观测研究站

为摸清黄海北部近岸海域渔业生物群落结构现状，并揭示其时空变化的主要环境驱动因子，于2021年4—11月在该海域开展了6航次底拖网及环境调查。运用丰度-生物量比较曲线、聚类分析和非度量多维标度排序等方法分析了海域渔业资源种类组... 详细信息

为摸清黄海北部近岸海域渔业生物群落结构现状，并揭示其时空变化的主要环境驱动因子，于2021年4—11月在该海域开展了6航次底拖网及环境调查。运用丰度-生物量比较曲线、聚类分析和非度量多维标度排序等方法分析了海域渔业资源种类组成及优势度、群落多样性及年内演替；运用典范对应分析(CCA)探讨了群落结构时空变化与环境因子之间的关系。结果显示，调查采集到的种类共有89种，包括鱼类50种和无脊椎动物39种。鳀已成为海域主要中上层优势鱼种，大泷六线鱼、细纹狮子鱼和脊腹褐虾等冷温性种类成为季节性主要渔业生物，小黄鱼、蓝点马鲛和鲐等传统资源仍在衰退过程中。调查发现部分真鲷幼体及集群蓝圆鲹幼体，海域或有其育幼场存在。调查期间内群落大部分时间处于不稳定状态，其中4月群落显示中等干扰，5—11月群落均显示严重干扰。在所选环境因子中，海表温(SST)、海底温(SBT)、海底盐(SBS)和叶绿素(Chl.a)是导致群落结构时空变化的主要环境因子，其中SST和SBT的影响尤为显著。本研究系统阐明了黄海北部近岸海域渔业生物群落结构特征和季节性演替，为进一步了解该海域渔业生物群落结构现状及其对环境因子的响应提供了参考。

关键词：优势种生物多样性群落结构典范对应分析(CCA) 黄海北部

基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

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水产学报 2024年第1期48卷 112-122页

作者：吴宙周丽青迟长凤吴彪孙秀俊刘志鸿赵丹于涛郑言鑫浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院长岛增殖实验站

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南... 详细信息

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示，在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.586～0.897，核苷酸多样性为0.005 6～0.008 1。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.605～0.909，核苷酸多样性为0.007 7～0.012 0。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明，绝大部分群体之间存在显著的遗传分化，并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流，使不同遗传背景的种群二次接触，导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性；而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

关键词：皱纹盘鲍细胞色素C氧化酶亚基基因细胞色素b基因遗传多样性遗传结构

温度、光照强度和光照周期对铜藻有机碳释放速率的影响

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渔业科学进展 2024年第3期45卷 46-54页

作者：孙威吴文广刘毅仲毅王新萌张继红上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所、农业农村部海洋渔业与可持续发展重点实验室山东青岛266071

为探究铜藻(Sargassum horneri)的有机碳释放速率、与净初级生产力(NPP)之间的关系及主要的调控因素等问题,本研究采用三变量三水平的正交实验,测定铜藻在不同温度(5、15和25℃)、光照[86、172和258μmol/(m^(2)·s)]和光照周期(L∶D=6 ... 详细信息

为探究铜藻(Sargassum horneri)的有机碳释放速率、与净初级生产力(NPP)之间的关系及主要的调控因素等问题,本研究采用三变量三水平的正交实验,测定铜藻在不同温度(5、15和25℃)、光照[86、172和258μmol/(m^(2)·s)]和光照周期(L∶D=6 h∶18 h、L∶D=12 h∶12 h、L∶D=24 h∶0 h,L表示光照时长,D表示黑暗时长)条件下溶解有机碳(DOC)、颗粒有机碳(POC)的释放速率和初级生产力。结果显示,DOC和POC释放速率的范围分别为0.653~4.785 mg/(g·h)和0.066~0.322 mg/(g·h);温度和光照强度分别是铜藻释放DOC和POC的主要调控因素;铜藻在高温、中光、L∶D=6 h∶18 h条件下的DOC释放速率最高[4.785 mg/(g·h)],在高温、高光、L∶D=24 h∶0 h条件下的POC释放速率最高[0.322 mg/(g·h)];铜藻释放的DOC和POC占NPP的比值分别为4%~130%和0.4%~5.9%;DOC释放速率与NPP之间存在负相关关系,POC释放速率与NPP之间无明显相关性。研究结果为深入了解铜藻的生理生态学特性及其对沿海生态系统碳循环的影响提供了科技支撑。

关键词：铜藻净初级生产力溶解有机碳颗粒有机碳

刺参TRAF7基因克隆及其响应高温胁迫下的表达特征分析

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渔业科学进展 2024年

作者：赵岩峰廖梅杰葛建龙王锦锦王印庚荣小军李彬谭颜廷青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室上海海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

肿瘤坏死因子受体相关因子7 (tumor necrosis factor receptor associated factor7， TRAF7)作为一种细胞内蛋白，参与信号转导，并介导宿主应激防御调控过程。为研究TRAF7在刺参(Apostichopus japonicus)高温胁迫中的作用，本研究利用c... 详细信息

肿瘤坏死因子受体相关因子7 (tumor necrosis factor receptor associated factor7， TRAF7)作为一种细胞内蛋白，参与信号转导，并介导宿主应激防御调控过程。为研究TRAF7在刺参(Apostichopus japonicus)高温胁迫中的作用，本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)和实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)，克隆了刺参TRAF7 (AjTRAF7)全长cDNA序列，分析了其结构特征和在基因组中的分布，并检测了该基因在刺参不同组织和高温胁迫过程中体壁组织中的表达变化情况。结果显示，AjTRAF7全长2 576 bp，开放阅读框(ORF)长1 770 bp，5′UTR长345 bp，3′UTR长461 bp，编码589个氨基酸，预测蛋白分子量为65.6 kDa，理论等电点(pI)为7.52。蛋白序列包含1个RING finger结构域、1个Coiled coil结构域和6个WD40结构域，N端包含1个螺旋区域。该基因预测蛋白包含41个丝氨酸磷酸化位点、20个苏氨酸磷酸化位点和3个酪氨酸磷酸化位点，蛋白N端具有3个天冬酰胺糖基化位点。刺参基因组中比对到2个AjTRAF7基因拷贝，位于同一条染色体上，第一个拷贝包含18个外显子和15个内含子，第二拷贝包含17个外显子和14个内含子。系统进化学分析表明，刺参TRAF7氨基酸序列与蝠海星(Patiria miniata)和紫色球海胆(Strongylocentrotus purpuratus)相似性较高，分别为40.58%和38.37%，刺参与蝠海星和紫色球海胆聚在一支。qRT-PCR结果显示，AjTRAF7在健康刺参各组织中均有表达，其在雌性性腺中表达量最高，体腔细胞中表达量次之，在呼吸树、体壁、肠道、雄性性腺和纵肌中表达量依次降低，各组织间表达量差异显著(P科学依据。

关键词：刺参 TRAF7 高温胁迫基因克隆表达特征

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基于深度学习的鱼类养殖监测研究进展

农业工程学报 2024年第5期40卷 1-13页

作者：张胜茂李佳康唐峰华吴祖立戴阳樊伟上海海洋大学信息学院上海201306 中国水产科学研究院东海水产研究所农业农村部渔业遥感重点试验室上海200090

鱼类养殖是通过人工方式在水中养殖各种鱼类的经济活动。鱼类养殖可以在淡水、海水或者盐碱水环境中进行,通过各种监测技术和设备来培育和管理鱼的生长和繁殖。传统的鱼类养殖监测方法存在效率低和准确性差等问题。近年来,基于深度学习... 详细信息

鱼类养殖是通过人工方式在水中养殖各种鱼类的经济活动。鱼类养殖可以在淡水、海水或者盐碱水环境中进行,通过各种监测技术和设备来培育和管理鱼的生长和繁殖。传统的鱼类养殖监测方法存在效率低和准确性差等问题。近年来,基于深度学习的视觉技术的发展为鱼类养殖监测提供了新的解决方案。该文阐述了基于深度学习的视觉技术在鱼类养殖监测中的应用,并从鱼体测量、鱼类计数、鱼类摄食、鱼类游泳行为和鱼病诊断5个方面分别对研究进展进行梳理。在此基础上总结了鱼类养殖监测在数据采集与传输、建立鱼类养殖监测数据集、超规模参数模型、终端监测设备边缘计算、数字孪生、智能监测业务化应用不足等问题和展望,旨在为深度学习在鱼类养殖监测中的推广应用提供科学参考。

关键词：深度学习鱼类养殖鱼体测量鱼类计数鱼类游泳行为鱼类摄食鱼病诊断

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大连市2022年贝藻养殖碳汇能力评估

渔业科学进展 2024年

作者：任恺佳明红霞张继红苏洁樊景凤国家海洋环境监测中心国家环境保护近岸海域生态环境重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

作为全国海岸线最长的城市，大连市拥有丰富的贝类藻类养殖等蓝碳资源，发展蓝碳经济的自然条件得天独厚。大连市的绿色生态养殖产业就是重要的近海增汇活动，具备发展蓝碳经济所必需的产业基础和能力。本文以2022年大连市主要贝藻养殖... 详细信息

作为全国海岸线最长的城市，大连市拥有丰富的贝类藻类养殖等蓝碳资源，发展蓝碳经济的自然条件得天独厚。大连市的绿色生态养殖产业就是重要的近海增汇活动，具备发展蓝碳经济所必需的产业基础和能力。本文以2022年大连市主要贝藻养殖品种（扇贝、牡蛎、蛤、蚶、贻贝、海带Saccharina japonica、裙带菜Undaria pinnatifida）为碳汇研究对象开展了碳汇能力核算。结果显示，2022年大连市贝藻养殖总碳汇量达82.69万t，其中，净碳汇量达53.84万t，移出碳为26.15万t，相当于减排CO2197.43万t，碳汇总价值为7 944.71万元。大连市贝类养殖产量约占全省的64.48%，碳汇贡献率达55.58%；藻类养殖产量占全省的94.75%，碳汇贡献率高达94.68%。大连市藻类和贝类中的海带和蛤碳汇量最高，在整个辽宁省藻类和贝类碳汇量中贡献率分别达66.12%和31.37%。贻贝作为碳含量更高的碳汇渔业贝类，因大连市养殖面积小、产量低等因素，仅贡献了大连市碳汇量的0.72%，建议加强高碳汇贡献率藻类和贻贝的增养殖，推广多营养层次综合养殖模式，在实现海洋生物碳汇有效扩增的同时，优化大连市养殖产业结构（养殖品种、空间布局），改变养殖产业碳流通格局，推动大连市水产养殖健康发展。

关键词：大连市渔业碳汇贝藻海水养殖碳汇量评估贝藻综合养殖

大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽的抗氧化活性及稳定性研究

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食品与发酵工业 2024年第16期50卷 50-56页

作者：李爽刘小芳冷凯良李福后丁奇王伟霞中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部极地渔业可持续利用重点实验室江苏海洋大学海洋食品与生物工程学院青岛南极维康生物科技有限公司

该研究以大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽为研究对象，通过测定其自由基清除能力和还原力系统评价大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽的抗氧化活性，并考察温度、酸碱度、模拟胃肠道消化等因素对其稳定性的影响。结果表明，大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽具有良好... 详细信息

该研究以大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽为研究对象，通过测定其自由基清除能力和还原力系统评价大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽的抗氧化活性，并考察温度、酸碱度、模拟胃肠道消化等因素对其稳定性的影响。结果表明，大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽具有良好的自由基清除能力和显著的还原能力，其清除DPPH自由基、羟自由基、超氧阴离子自由基和ABTS阳离子自由基的IC50值分别为33.48、9.68、6.86、17.78 mg/mL,其还原力呈浓度依赖效应。大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽的抗氧化活性在温度25～100℃条件下较为稳定；在pH 6.0～8.0条件下可保持较高抗氧化活性，但在强酸或强碱条件下抗氧化活性显著下降（P研究结果可为鳕鱼骨资源高值利用以及多肽类抗氧化产品开发提供科学指导。

关键词：大西洋鳕鱼骨胶原蛋白肽抗氧化活性稳定性模拟胃肠消化

投喂频率对工厂化循环水养殖星康吉鳗生长、生理指标及其水质的影响

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渔业科学进展 2024年第2期45卷 233-244页

作者：赵新宇史宝王成刚程汉良马晓东江苏海洋大学海洋科学与水产学院江苏连云港222005 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业与可持续发展重点实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266071 海阳市黄海水产有限公司山东烟台265100

本研究采用生理学和实验生态学方法探究了工厂化循环水养殖模式下,不同投喂频率对星康吉鳗(Conger myriaster)生长、生理指标以及水质因子的影响。选用初始体重为(150.64±5.43)g的星康吉鳗为研究对象,实验共设2组,分别为1次/天(T1组)、... 详细信息

本研究采用生理学和实验生态学方法探究了工厂化循环水养殖模式下,不同投喂频率对星康吉鳗(Conger myriaster)生长、生理指标以及水质因子的影响。选用初始体重为(150.64±5.43)g的星康吉鳗为研究对象,实验共设2组,分别为1次/天(T1组)、2次/天(T2组),每组3个重复,实验周期为70d。实验每14d检测各养殖池实验鱼平均体重和循环水系统水质指标;实验结束时,采集星康吉鳗血液、组织相关样品,用于生长、生理指标的测定与分析。结果显示,T2组终末体重(FBW)、终末体长(FBL)、增重率(WGR)、特定生长率(SGR)显著高于T1组(P实验组出口水24 h内NH_(4)^(+)-N与生物滤池出口水差异显著(P实验组出口水(P实验周期内各水质指标均维持在安全养殖范围内,其中,在第70天时,T2组总氮(TN)、总磷(TP)显著高于T1组(P<0.05);生物滤池对各项水质指标处理效果各不相同,其中,对NH_(4)^(+)-N的处理效果最佳,最高可达54.23%。基于上述结果,星康吉鳗幼鱼工厂化循环水养殖模式中,2次/天的投喂效果优于1次/天。相关结果为星康吉鳗工厂化循环水养殖模式中适宜的投喂策略提供了理论参考。

关键词：星康吉鳗投喂频率循环水养殖生长生理水质