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TaqMan实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数

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畜牧兽医学报 2011年第5期42卷 742-746页

作者：李凯高宏雷高立祁小乐高玉龙徐延伟王笑梅中国农业科学院哈尔滨兽医研究所禽传染病研究室兽医生物技术国家重点实验室哈尔滨150001

以3-磷酸甘油醛脱氢酶为内参基因,建立一种快速检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的TaqMan荧光定量PCR方法。通过对反应参数进行优化,建立针对目的基因和内参基因的双标准曲线,并对重组酵母基因组中外源基因和内参基因的拷贝数进行同... 详细信息

以3-磷酸甘油醛脱氢酶为内参基因,建立一种快速检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的TaqMan荧光定量PCR方法。通过对反应参数进行优化,建立针对目的基因和内参基因的双标准曲线,并对重组酵母基因组中外源基因和内参基因的拷贝数进行同时定量检测,外源基因与内参基因起始模板拷贝数的比值即为外源基因在重组酵母菌株基因组中的拷贝数。结果表明,2条标准曲线在101～108拷贝.μL-1具有良好的线性关系,以及良好的敏感性和重复性。利用该方法对60株重组酵母菌株进行荧光定量PCR检测,结果筛选到38株单拷贝插入菌株和22株多拷贝插入菌株。本研究所建立的TaqMan探针荧光定量PCR方法方便、高效,可用于重组毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的检测。

关键词： TaqMan荧光定量PCR 毕赤酵母基因拷贝数 GAP基因

马传染性贫血病毒弱毒疫苗株与亲本强毒株的体内病毒载量与诱导保护性免疫关系的研究

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病毒学报 2010年第2期26卷 128-133页

作者：曹学智林跃智李利姜成刚赵立平吕晓玲周建华中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室大动物病研究室哈尔滨150001

慢病毒免疫应答的载量阈值学说认为病毒载量决定了机体对病毒反应的类型。为了探讨马传染性贫血病毒(EIAV)血浆病毒载量与马体免疫保护的相关性,本研究利用Real-time RT-PCR方法对EIAV弱毒疫苗株(EIA-VDLV125)免疫马和EIAV强毒株(EIAVLN... 详细信息

慢病毒免疫应答的载量阈值学说认为病毒载量决定了机体对病毒反应的类型。为了探讨马传染性贫血病毒(EIAV)血浆病毒载量与马体免疫保护的相关性,本研究利用Real-time RT-PCR方法对EIAV弱毒疫苗株(EIA-VDLV125)免疫马和EIAV强毒株(EIAVLN40)非致死剂量接种马血浆中病毒载量进行了动态比较。结果显示两组马在监测过程中皆可检测到相似水平的病毒载量(103～105copies/mL),且两者之间差异不显著(P>0.05)。以上毒株接种23周后,对马匹进行了强毒株(EIAVLN40)的致死剂量攻毒,根据攻毒后典型马传贫急性发病与否确定接种保护率。结果显示,疫苗组的保护率为67%而非致死剂量强毒组的保护率为0。以上结果提示,病毒血浆载量不是决定EIAV弱毒疫苗诱导免疫保护能力的主要或单一因素。

关键词：马传染性贫血病毒弱毒疫苗免疫保护病毒载量

猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立

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畜牧兽医学报 2007年第5期38卷 476-481页

作者：白兴华冯力陈建飞时洪艳孙东波吴波平高秀春中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室猪传染病研究室哈尔滨150001

根据猪传染性胃肠炎病毒和猪肌动蛋白的基因序列设计合成了引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测TGEV的方法。同时对37份现地病料进行检测并与常规RT-PCR方法、TGEV抗原快速检测试剂盒比较。... 详细信息

根据猪传染性胃肠炎病毒和猪肌动蛋白的基因序列设计合成了引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测TGEV的方法。同时对37份现地病料进行检测并与常规RT-PCR方法、TGEV抗原快速检测试剂盒比较。结果,该方法的检测敏感性达到15.3拷贝/μL,且具有很好的特异性和重复性,而常规RT-PCR方法只能检测到1.53×103拷贝/μL。对37份现地病料的检测结果也表明该法(检出17份)比常规RT-PCR方法(检出12份)和TGEV抗原快速检测试剂盒(免疫层析法,检出10份)的敏感性高。

关键词：猪传染性胃肠炎病毒 TaqMan探针荧光定量RT-PCR

蛋鸡J亚群禽白血病病毒分离株SD1009株感染性克隆的构建与病毒拯救

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中国兽医科学 2011年第11期41卷 1111-1116页

作者：王琦王永强康忠惠高玉龙潘伟秦立廷李久宽祁小乐高宏雷王笑梅中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室禽传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

为探究蛋鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的致病机理,从山东省某鸡场送检的蛋鸡病料中分离鉴定出1株ALV-J,命名为SD1009株,采用PCR方法分3段扩增出SD1009株的前病毒cDNA,PCR产物经克隆酶切后顺次连接,获得1个含有完整ALV-J前病毒cDNA的重组... 详细信息

为探究蛋鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的致病机理,从山东省某鸡场送检的蛋鸡病料中分离鉴定出1株ALV-J,命名为SD1009株,采用PCR方法分3段扩增出SD1009株的前病毒cDNA,PCR产物经克隆酶切后顺次连接,获得1个含有完整ALV-J前病毒cDNA的重组质粒,命名为pBW-SD1009。全长测序及序列比对分析发现,近年来分离的ALV-J都存在缺失部分rTM和DR区的序列,缺失长度为205bp。通过外源基因嵌合的方式,将205bp嵌合进入,又获得了1个前病毒cDNA的重组质粒,命名为pBW-SD1009A205,将pBW-SD1009和pBW-SD1009A205分别转染DF1细胞,通过间接免疫荧光试验,禽白血病抗原试剂盒检测,反转录酶试剂盒检验,表明拯救出了2株病毒,分别命名为rSD1009和rSD1009A205。本研究成功构建了蛋鸡ALV-J的感染性克隆,并在序列分析的基础上,又构建了第2株补全缺失序列的感染性克隆,结果表明缺失部分rTM和DR区的序列,对病毒的拯救以及病毒的复制动力学无显著影响。

关键词： J亚群禽白血病病毒感染性分子克隆病毒拯救生长特性

牛传染性鼻气管炎病毒重组gD蛋白间接ELISA方法的建立及应用

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中国预防兽医学报 2008年第7期30卷 537-543页

作者：祖立闯朱远茂王延辉辛九庆李娇任宪刚冯军科薛飞中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/大动物传染病研究室

用大肠杆菌表达的牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)重组gD蛋白纯化后作为包被抗原,建立了检测牛传染性鼻气管炎病毒抗体的间接ELISA方法。交叉反应试验表明,该重组抗原与其它常见的5种牛病阳性血清不发生交叉反应;阻断反应试验表明,IBRV病毒... 详细信息

用大肠杆菌表达的牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)重组gD蛋白纯化后作为包被抗原,建立了检测牛传染性鼻气管炎病毒抗体的间接ELISA方法。交叉反应试验表明,该重组抗原与其它常见的5种牛病阳性血清不发生交叉反应;阻断反应试验表明,IBRV病毒悬液能在很大程度上阻断重组抗原与阳性血清的反应,而对阴性血清没有明显影响。在重复性试验中,批内重复的变异系数小于5%,批间重复的变异系数小于15%。与中和试验相比较,符合率、敏感性和特异性分别为84.1%、85.0%和83.4%。应用该诊断方法和本实验室已建立的以IBRV全病毒作为包被抗原的ELISA诊断方法,同时检测了采集于国内11个省份的2012份血清样本,IBRVgD-ELISA检测的平均阳性率为46.0%(926/2012),而且相对于IBRV全病毒ELISA诊断方法的符合率、敏感性和特异性分别为91.9%、94.2%和90.2%。本研究所建立的IBRVgD-ELISA具有良好的敏感性和特异性,为国内IBR流行病学调查提供了一种快速、简便的血清学诊断方法。

关键词：牛传染性鼻气管炎重组gD蛋白间接ELISA

猪流行性腹泻病毒CH/JL毒株S基因的克隆、序列分析及线性抗原表位区的鉴定

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病毒学报 2007年第3期23卷 224-229页

作者：孙东波冯力陈建飞时洪艳佟有恩刘胜旺陈洪岩中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室猪传染病研究室哈尔滨150001

以猪流行性腹泻病毒CH/JL毒株的RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得的3个相互重叠的cDNA克隆覆盖了S基因,序列比对结果表明：PEDV CH/JL株S基因与CV777、Brl/87、JS、KPEDV和Chinju99毒株S基因核苷酸序列的同源性分别为96.97%、96.87%、96.41... 详细信息

以猪流行性腹泻病毒CH/JL毒株的RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得的3个相互重叠的cDNA克隆覆盖了S基因,序列比对结果表明：PEDV CH/JL株S基因与CV777、Brl/87、JS、KPEDV和Chinju99毒株S基因核苷酸序列的同源性分别为96.97%、96.87%、96.41%、94.02%和93.93%,氨基酸序列的同源性分别为96.17%、95.88%、96.10%、92.36%和92.05%;分子进化树分析结果显示,PEDV CH/JL株S基因与JS毒株S基因亲缘关系最近,处于同一群。利用DNAstar Protean程序预测了PEDV CH/JL株S蛋白一个抗原表位区（83-276aa）,将其克隆到原核表达载体pGEX-6p-1后转化***21（DE3）感受态细胞,在终浓度1.0mmol/L的IPTG诱导下获得了表达,Western blot结果显示,预测的抗原表位区GST融合蛋白能与猪流行性腹泻病毒多克隆抗血清反应,提示该抗原表位区含有线性抗原表位。

关键词：猪流行性腹泻病毒 S基因序列分析线性抗原表位区

表达LacZ基因的重组山羊痘病毒的构建及其生物学特征研究

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中国预防兽医学报 2007年第9期29卷 655-660页

作者：王芳刘胜旺邵昱昊陈洪岩中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/禽传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

在山羊痘病毒(Goat pox virus,GPV)疫苗株AV41胸苷激酶(Thymidine kinase,TK)基因克隆、鉴定的基础上,构建转移载体质粒。将痘苗病毒(Vaccinia virus,VV)晚期启动子P11和大肠杆菌β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因片段插入含有TK片段同源臂... 详细信息

在山羊痘病毒(Goat pox virus,GPV)疫苗株AV41胸苷激酶(Thymidine kinase,TK)基因克隆、鉴定的基础上,构建转移载体质粒。将痘苗病毒(Vaccinia virus,VV)晚期启动子P11和大肠杆菌β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因片段插入含有TK片段同源臂的载体pTK的KpnⅠ酶切位点,经酶切、PCR鉴定筛选出阳性重组子,命名为pTK-LacZ。质粒经纯化后用脂质体法转染感染了GPVAV41株的犊牛睾丸(Bovine testis,BT)细胞,待出现80%以上的细胞病变时收获病毒,经过连续9代蓝色蚀斑筛选、纯化和PCR鉴定,获得纯化的表达LacZ基因、TK功能缺失的重组病毒,命名为rGPV-LacZ。生物学特性研究显示,LacZ基因的插入不影响重组病毒的增殖特性,其毒力、生长特性与亲本株相似,保持原有疫苗株的生长特性,且在BT细胞和羔羊睾丸(Lamb testis,LT)细胞连续传20代遗传性状仍很稳定。本研究筛选、纯化的rGPV-LacZ为进一步研制表达外源基因的重组GPV活载体多价疫苗奠定了基础。

关键词：重组山羊痘病毒胸苷激酶基因(TK) β-半乳糖苷酶基因(LacZ)

山羊痘病毒疫苗株ORF64—ORF67的分子特征

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中国预防兽医学报 2007年第2期29卷 96-102,111页

作者：王芳陈洪岩刘胜旺中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/禽传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

为构建胸苷激酶(Thymidine kinase,TK)基因缺失活载体疫苗,对山羊痘病毒(Goatpox virus,GPV)疫苗株(AV41)ORF64～ORF67进行了克隆和序列分析。结果表明:在全长3460bp的DNA序列中,包含4个完整的开放阅读框(Open reading frame,ORF)。ORF64核苷酸序列全长396bp,编码病毒膜蛋白;ORF65核苷酸序列全长444bp,ORF64和ORF65有44个碱基重叠。ORF66核苷酸序列全长534bp,编码胸苷激酶,具有保守的ATP结合位点和细胞中TK特征序列。ORF67核苷酸序列全长594bp,编码宿主范围相关蛋白。ORF64～ORF66在脊索动物痘病毒亚科中是完全保守的。与参考的国外GPV进行序列比较,ORF64～ORF67有一些差异,如突变和插入等。同源性分析显示:与羊痘病毒属比较,核苷酸和氨基酸同源性均较高(94.7%～100%)。我国的GPV不同毒株TK同源性为100%。与脊索动物痘病毒亚科中其他成员同源性差异较大(17.3%～65.2%)。将GPV AV41 TK与鸡、小鼠和人类的TK氨基酸序列进行比较,分析GPV AV41 TK进化关系表明,GPVTK基因在进化上可能起源于宿主细胞的TK1基因。本研究结果显示,在分子水平上我国GPV AV41与国外毒株存在差异,推测可能是GPV AV41疫苗株在致弱过程中发生一定程度的变异。

关键词：山羊痘病毒胸苷激酶分子特征

鸡传染性腔上囊病病毒Gt株全基因组序列分析及真核表达载体的构建

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中国兽医科学 2006年第10期36卷 820-826页

作者：祁小乐高玉龙高宏雷邓小芸张宁王晓燕王笑梅中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室禽传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

采用一步法长距离RT-PCR克隆了IBDV Gt株全基因组,对其核苷酸和氨基酸序列进行了系统分析。在IBDV Gt株全基因组中引入分子标签,且在基因组两端分别引入锤头状核酶结构(HamRz)和丁肝病毒核酶结构(HdvRz)。将带有分子标签和核酶结构的IBD... 详细信息

采用一步法长距离RT-PCR克隆了IBDV Gt株全基因组,对其核苷酸和氨基酸序列进行了系统分析。在IBDV Gt株全基因组中引入分子标签,且在基因组两端分别引入锤头状核酶结构(HamRz)和丁肝病毒核酶结构(HdvRz)。将带有分子标签和核酶结构的IBDV基因组插入载体pCAGGS的β肌动蛋白启动子下游,构建了IBDV真核表达载体pCAGGmGtAHRT和pCAG-GmGtBHRT,为IBDV新型高效拯救平台的构建及基于此的病毒基因功能奠定了基础。

关键词：传染性腔上囊病病毒 Gt株分子标签核酶真核表达载体