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锌指蛋白核酸酶的作用原理及其应用

遗传 2011年第2期33卷 123-130页

作者：钟强赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070

锌指蛋白核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)因其能特异性识别并切割DNA序列以及可设计性,被用于基因定点突变和外源基因定点整合。目前,ZFN技术以其准确的靶位点设计能力和诱发高效率基因打靶的优势,越来越受到基因改造研究者的重视,... 详细信息

锌指蛋白核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)因其能特异性识别并切割DNA序列以及可设计性,被用于基因定点突变和外源基因定点整合。目前,ZFN技术以其准确的靶位点设计能力和诱发高效率基因打靶的优势,越来越受到基因改造研究者的重视,已经成功应用于动植物细胞、胚胎的基因改造。随着鉴定靶DNA高亲和力的锌指蛋白(Zinc finger protein,ZFP)实验技术日渐成熟,可以预见到不久的将来这项技术会在基因工程和育种中得到广泛应用。文章介绍了锌指蛋白识别DNA靶位点和ZFN介导的基因打靶(Double strand break gene targeting,DSB-GT)的原理,同时还综述了目前ZFN技术用于基因改造的研究进展。

关键词：锌指结构域锌指蛋白锌指蛋白核酸酶同源重组基因打靶

shRNAs介导的Smad2基因在小鼠成纤维细胞NIH/3T3中表达的沉默

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解剖学报 2008年第5期39卷 661-665页

作者：郑嵘熊琪蒋思文左波李凤娥徐德全任竹青熊远华中农业大学农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

目的通过构建5个shRNA表达质粒,对转化生长因子β/Smads信号通路中受体调节性Smads蛋白中的Smad2的表达进行抑制。方法针对鼠Smad2基因的mRNA序列,设计合成了5条shRNA-Smad2 DNA序列,分别插入至shRNA表达载体中,获得了5个shRNA-Smad2表... 详细信息

目的通过构建5个shRNA表达质粒,对转化生长因子β/Smads信号通路中受体调节性Smads蛋白中的Smad2的表达进行抑制。方法针对鼠Smad2基因的mRNA序列,设计合成了5条shRNA-Smad2 DNA序列,分别插入至shRNA表达载体中,获得了5个shRNA-Smad2表达质粒,将shRNA表达质粒转染NIH/3T3细胞,采用半定量RT-PCR和Western blotting方法,检测shRNA表达质粒对Smad2表达的抑制效果。结果编号为2.4的shRNA-Smad2表达质粒能够显著降低Smad2的表达,同时发现由不同的shRNA-Smad2表达质粒组成的RNAi池,产生的抑制效果比单个RNAi表达质粒的抑制效果明显提高。结论成功地构建了特异、高效抑制Smad2表达的shRNA表达质粒。

关键词： RNA干扰基因沉默短发夹状RNA 转化生长因子β Smad2 免疫印迹法小鼠

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鸡类囊胚获得及其生物学特性研究

中国科学（C辑） 2005年第3期35卷 214-219页

作者：李佳潘求真李俊英韩红兵孙书锋杨君徐曙光田亮连正兴杨宁李宁中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点开放实验室

鸡胚是研究胚胎发育、组织分化、基因表达与调控良好的实验模型, 是动物功能基因组学研究的重要材料. 实验选取白来航蛋鸡所产新鲜种蛋, 采用纸环法收集胚盘, 机械打碎后进行悬浮培养, 获得了哺乳动物囊胚样结构, 命名为类囊胚. 体外培... 详细信息

鸡胚是研究胚胎发育、组织分化、基因表达与调控良好的实验模型, 是动物功能基因组学研究的重要材料. 实验选取白来航蛋鸡所产新鲜种蛋, 采用纸环法收集胚盘, 机械打碎后进行悬浮培养, 获得了哺乳动物囊胚样结构, 命名为类囊胚. 体外培养12～24 h是类囊胚发育的高峰期, 其直径显著增加近1倍. FBS可促进类囊胚的发育, 而卵黄在12 h前对类囊胚发育没有明显影响, 但到24 h时可促进类囊胚的贴壁生长. 经碱性磷酸酶(AKP)染色初步显示类囊胚中含有大量碱性磷酸酶活性的胚胎干细胞, 胚胎干细胞特异性表面标志SSEA-1免疫荧光染色后呈阳性, 进一步肯定了类囊胚中ES细胞的存在, 最终从贴壁类囊胚中分化出神经样和成纤维样等多种类型细胞. 由此可以得出: 悬浮培养鸡胚盘细胞可以形成含有胚胎干细胞的、类似哺乳动物囊胚样的结构, 并能保持其内胚胎干细胞的特性和分化潜能.

关键词：特性研究生物学胚胎干细胞基因表达与调控碱性磷酸酶活性鸡类功能基因组学悬浮培养哺乳动物囊胚发育细胞特异性鸡胚盘细胞胚胎发育组织分化实验模型体外培养荧光染色 ES细胞分化潜能高峰期 PBS 成纤维

利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小

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遗传 2012年第1期34卷 50-58页

作者：尼桂琰张哲姜力马裴裴张勤丁向东中国农业大学动物科技学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室北京100193

有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容,有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等。随着高密度SNP标记的出现,越来越多的研究利用SNP标记间连锁不平衡估计有效群体大小。文章采集北京地区中国荷斯坦牛2... 详细信息

有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容,有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等。随着高密度SNP标记的出现,越来越多的研究利用SNP标记间连锁不平衡估计有效群体大小。文章采集北京地区中国荷斯坦牛2 093个样本,并利用牛SNP芯片(Illumina BovineSNP50,含5 4001 SNPs)进行基因型测定,估计不同世代中国荷斯坦牛的有效群体大小。质量控制标准设定为SNP检出率0.95,最小等位基因频率>0.05,样本检出率0.95,哈代温伯格平衡检验显著性水平P中国荷斯坦牛在4世代之前有效群体大小。结果表明,中国荷斯坦牛的有效群体呈逐代下降趋势,至4世代前,中国荷斯坦牛平均有效群体为45头左右。

关键词：中国荷斯坦牛有效群体连锁不平衡

猪整合素β_1基因CRS-PCR多态性与产仔数的关联性分析

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遗传 2012年第7期34卷 879-886页

作者：郭良勇傅金銮王爱国中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100193

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种... 详细信息

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响均不显著;35230多态位点的基因型效应对大白猪和长白猪头胎、二胎及所有胎次的TNB和NBA的影响达到显著(PAA。可见整合素β1基因35230位点的G等位基因对大白猪和长白猪的产仔数性状有显著影响。

关键词： CRS-PCR 整合素β1基因多态性产仔数猪

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

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中国农业科学 2009年第1期42卷 274-282页

作者：马喜山王爱国刘桂芬傅金恋中国农业大学动物科学技术学院/农业部畜禽遗传育种重点开放实验室

【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点... 详细信息

【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物(E5和E7)中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型(AA、BB、AB)。E5位点:对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体(P遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著(P>0.05)。E7位点:对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。

关键词：猪肝素结合性表皮生长因子多态性产仔数

猪miR-206前体的克隆、表达及生物信息学分析

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畜牧兽医学报 2007年第5期38卷 425-431页

作者：陈俭海魏文娟肖骁赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070

研究骨骼肌中表达的miRNAs对深入探明骨骼肌生长发育的调控机制具有十分重要的意义。采用比较基因组学与生物信息学相结合的方法,从猪骨骼肌中克隆了猪miR-206的前体(Precursor),对该miRNA前体的二级结构及与其它物种序列的同源性进行... 详细信息

研究骨骼肌中表达的miRNAs对深入探明骨骼肌生长发育的调控机制具有十分重要的意义。采用比较基因组学与生物信息学相结合的方法,从猪骨骼肌中克隆了猪miR-206的前体(Precursor),对该miRNA前体的二级结构及与其它物种序列的同源性进行了分析。RT-PCR结果显示,该前体miRNA在猪大多数组织中均有表达,在骨骼肌中表达量最高。生物信息学分析表明miR-206前体序列在不同物种间具有较高的保守性。

关键词：猪 miR-206前体克隆表达

猪Suv39h2基因的cDNA克隆及原核表达

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畜牧兽医学报 2009年第5期40卷 611-616页

作者：刘丽娜彭健郑嵘刘敏蒋思文华中农业大学农业部猪遗传育种重点开放实验室&农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

以人Suv39h2基因mRNA序列为基础,利用"电子克隆"获得猪的部分cDNA序列,并用RT-PCR技术从肌肉组织中扩增得到猪Suv39h2基因1 291 bp的cDNA序列,将其重组于pGEX-KG原核表达载体中,经酶切、序列鉴定正确后,用该重组质粒转化大肠杆菌BL21,... 详细信息

以人Suv39h2基因mRNA序列为基础,利用"电子克隆"获得猪的部分cDNA序列,并用RT-PCR技术从肌肉组织中扩增得到猪Suv39h2基因1 291 bp的cDNA序列,将其重组于pGEX-KG原核表达载体中,经酶切、序列鉴定正确后,用该重组质粒转化大肠杆菌BL21,经异丙基B-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,并用SDS-PAGE电泳进行检测,优化后的最佳条件为IPTG诱导4 h,其浓度为0.7 mmol.L-1,并主要以包涵体的形式存在。Western blotting检测发现在约66 ku处有一条特异带,与预测的大小一致。猪Suv39h2基因的克隆和表达研究,为进一步研究该基因的生物学功能奠定了基础。

关键词：组蛋白赖氨酸甲基转移酶猪Suv39h2基因克隆表达

cDNA芯片差异表达基因检测的非转换方法(英文)

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Acta Genetica Sinica 2006年第1期33卷 80-88页

作者：张纪刚殷宗俊张勤中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100094

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对... 详细信息

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对此,该文提出一种非转换方法,它可免去对数比的转化过程,直接在背景校正后进行数据标准化,可以有效剔除实验“噪音”。研究结果表明:在检测差异表达基因的效率方面,非转换方法比常规的对数比法具有更好的稳健性和更高的检测功效,基因检出率和准确性大大提高。

关键词： cDNA芯片差异表达基因对数比转换非转换方法标准化