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膀胱癌相关易感基因的生物信息分析

中华中医药杂志 2017年第11期32卷 5113-5117页

作者：任春贞骆亚莉刘永琦庄梦婕龚红霞李玲王凤梅卢志伟甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室兰州730000 敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室兰州730000

目的:归纳分析膀胱癌易感基因的相关文献,并进行生物信息学分析,为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pubmed、中国知网、万方三大数据库2006年1月1日-2015年12月31日发表的文献,摘录膀胱癌易感基因并进行生物信息学分析。结果:共检... 详细信息

目的:归纳分析膀胱癌易感基因的相关文献,并进行生物信息学分析,为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pubmed、中国知网、万方三大数据库2006年1月1日-2015年12月31日发表的文献,摘录膀胱癌易感基因并进行生物信息学分析。结果:共检索有效文献405篇,摘录膀胱癌相关易感基因188个,不同分级的基因本体论(GO)分类201种,京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路7种。GO分类这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎性反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关。KEGG通路主要是参与细胞受体相互作用、细胞凋亡、信号转导通路、氨基酸和脂肪酸代谢等。在线STRING软件构建其中166个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互关系。进一步运用Cytoscape软件将STRING软件所构建的蛋白网络图可视化及量化,筛选出TP53、MTHFR、IL6、CDKN2A、GSTP1共5个基因。结论:通过对膀胱癌易感基因的生物分析研究,TP53、MTHFR、IL6、CDKN2A、GSTP1共5个基因可能为膀胱癌易感关键基因。

关键词：膀胱癌易感基因生物信息学文献计量学 TP53 MTHFR IL6 CDKN2A GSTP1

宣肺化浊方治疗新型冠状病毒感染肺炎的网络药理学分析

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中国实验方剂学杂志 2020年第16期26卷 40-49页

作者：刘东玲王浩嘉任伟钰苏敬郑宜鋆侯雯倩靳晓杰宁艳梅李佳蔚张志明刘永琦甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究重点实验室教育部敦煌医学与转化重点实验室兰州730000 兰州大学第一临床医学院兰州730000 甘肃中医药大学附属医院兰州730000

目的:通过网络药理学以及现代药理学基础分析探讨宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库搜索宣肺化浊方各中药的化合物及靶点,使用GeneCards,NCBI以及CT... 详细信息

目的:通过网络药理学以及现代药理学基础分析探讨宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库搜索宣肺化浊方各中药的化合物及靶点,使用GeneCards,NCBI以及CTD数据库检索COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络。采用Cytoscape3. 7. 0软件构建中药-归经网络图以及中药-化合物-关键靶点-疾病网络,利用Omicshare平台对共有靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析及基因本体(GO)分析。除此之外,检索多脏器损伤、免疫损伤以及重症急性呼吸综合征(SARS)的疾病靶点,将宣肺化浊方与之做映射,计算交集靶点占宣肺化浊方靶点的比例。结果:宣肺化浊方共10味中药,其中有6味归肺经,5味归脾经,5味归胃经。化合物共409个,相对应的靶标2 271个。宣肺化浊方的靶点与新冠肺炎有8个相同的炎症因子,每个炎症因子对应多个化合物。宣肺化浊方与COVID-19有135个交集靶点,筛选得到36个关键靶点。KEGG通信号通路富集筛选得到172条信号通路(P肺化浊方与各脏器损伤靶点和免疫损伤靶点的共有靶点较多,且共有靶点/XFHZP靶点的比例在7. 6%~97. 8%,宣肺化浊方与SARS有173个交集靶点。结论:宣肺化浊方可能通过发挥抗炎、保护脏器损伤、免疫等作用治疗新冠肺炎,这将为治疗新冠肺炎药物的开发提供一定的理论依据。

关键词：新型冠状病毒肺炎宣肺化浊方生物信息学多脏器损伤细胞炎症因子风暴

基于胃癌相关微生态变化探讨“脾胃-肠”轴的交互作用

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中华中医药杂志 2017年第4期32卷 1567-1569页

作者：李玲伍志伟刘永琦何健新骆亚莉王凤梅任春贞卢志伟甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室兰州730000 敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室兰州730000

肿瘤已成为目前威胁人类健康最主要的疾病之一,其中胃癌的发病率在某些地方已居于肿瘤的首位。目前,有研究认为胃癌的发病与肠道微生态紊乱有关,胃肠道微生态系统是维系小肠、大肠正常功能的核心要素和机体重要"功能器官",也是反映机体... 详细信息

肿瘤已成为目前威胁人类健康最主要的疾病之一,其中胃癌的发病率在某些地方已居于肿瘤的首位。目前,有研究认为胃癌的发病与肠道微生态紊乱有关,胃肠道微生态系统是维系小肠、大肠正常功能的核心要素和机体重要"功能器官",也是反映机体内环境稳定的"一面镜子"。反之,若肠道菌群异常及菌群移位与胃癌等肿瘤、糖尿病、多器官功能障碍综合征(MODS)及化疗、手术等重大创伤性疾病的发生发展密切相关。中医认为"脾胃互为表里""脾为后天之本""脾与小肠相关",故调控胃肠微生态平衡是中医药提高胃癌患者疗效的重要途径之一。

关键词：胃癌微生态脾胃肠

参芪温肺方减轻慢性阻塞性肺疾病大鼠的肺气虚证:基于调节NLRP3/GSDMD细胞焦亡通路

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南方医科大学学报 2023年第9期43卷 1500-1508页

作者：吴迪王小乐高雅婷童佳兵杨勤军丁焕章张璐李泽庚安徽中医药大学中医学院安徽合肥230038 江西中医药大学附属医院江西南昌330006 安徽省中医药科学院中医呼吸病防治研究所//安徽省教育厅中医药防治肺系重大疾病重点实验室//安徽中医药大学第一附属医院安徽合肥230031

目的探讨参芪温肺方(SQWF)对香烟烟雾联合脂多糖(LPS)诱导的慢性阻塞性肺疾病(COPD)肺气虚证模型大鼠NLRP3/GSDMD信号通路的影响。方法将SD大鼠随机分为空白组(10 mL/kg,8只)、模型组(10 mL/kg,8只)、SQWF低(2.835 g/kg,8只)、中(5.67 g... 详细信息

目的探讨参芪温肺方(SQWF)对香烟烟雾联合脂多糖(LPS)诱导的慢性阻塞性肺疾病(COPD)肺气虚证模型大鼠NLRP3/GSDMD信号通路的影响。方法将SD大鼠随机分为空白组(10 mL/kg,8只)、模型组(10 mL/kg,8只)、SQWF低(2.835 g/kg,8只)、中(5.67 g/kg,8只)、高(11.34 g/kg,8只)剂量组、玉屏风组(1.35 g/kg,8只),建立COPD肺气虚证大鼠模型。观察大鼠体质量、抓力、肺功能、肺组织病理改变、检测外周血中炎性细胞和BALF中炎症因子水平;Q-PCR及免疫组化法检测肺组织NLRP3/GSDMD信号通路相关分子的表达。结果与空白组相比,模型组大鼠体质量、抓力及肺功能均降低(P肺组织病理损伤较重;外周血中WBC、NEU%、MON%水平升高(P肺组织中NLRP3、ASC、GSDMD、IL-1β、mRNA及其蛋白表达水平升高(P肺功能及肺组织病理明显改善(P肺组织NLRP3、ASC、GSDMD及IL-1β的mRNA和蛋白阳性表达水平下调(P0.05),且SQWF呈浓度依赖性。结论参芪温肺方可能通过调节NLRP3/GSDMD通路抑制肺组织细胞焦亡,缓解COPD肺气虚证大鼠炎症反应,减轻肺组织炎性损伤。

关键词：参芪温肺方慢性阻塞性肺疾病 NLRP3/GSDMD 细胞焦亡

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胃癌相关易感基因的生物信息学分析

中华中医药杂志 2018年第6期33卷 2390-2394页

作者：李玲苏韫刘永琦骆亚莉张丽英王凤梅任春贞卢志伟柳峰峰甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室兰州730000 敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室兰州730000

目的:归纳分析胃癌易感基因的相关文献,并进行生物信息学分析,为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pub Med、Embase、中国知网数据库、万方数据库2006年1月1日至2015年12月31日发表的文献,摘录胃癌易感基因并进行GO分类、KEGG通路分... 详细信息

目的:归纳分析胃癌易感基因的相关文献,并进行生物信息学分析,为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pub Med、Embase、中国知网数据库、万方数据库2006年1月1日至2015年12月31日发表的文献,摘录胃癌易感基因并进行GO分类、KEGG通路分析、在线STRING 9.05软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图、Cytoscape2.8.2软件可视化分析。结果:共检索有效文献405篇,摘录胃癌相关易感基因188个,不同分级的GO分类201种,KEGG通路13种,这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎性反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关。KEGG通路主要是参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞凋亡、Toll样受体信号通路、谷胱甘肽代谢、MAPK信号转导通路、脂肪酸代谢等。其中178个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互关系。进一步可视化及量化,筛选出TP53、VEGF-α、SOD2、TNF、STAT3、BRCA1、PTGS2、PTEN、TGF-β1 9个基因蛋白网络节点度数超过30。结论:TP53、VEGF-α、SOD2、TNF、STAT3、BRCA1、PTGS2、PTEN、TGF-β1 9个基因可能为胃癌易感关键基因。

关键词：胃癌易感基因生物信息

归芪白术方联合奥沙利铂通过调节VIP/cAMP/PKA/AQPs信号通路保护胃癌荷瘤小鼠肠道屏障

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中国实验方剂学杂志 2023年第5期29卷 129-136页

作者：董焕成苏韫龚红霞曹旺杰和建政刘永琦张晗曾元丁李从艺康倩甘肃中医药大学基础医学院兰州730000 甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室兰州730000 甘肃省中医药防治慢性疾病重点实验室兰州730000 国家卫生健康委胃肠肿瘤诊治重点实验室甘肃省人民医院兰州730000

目的:探讨归芪白术方联合奥沙利铂通过血管活性肠肽(VIP)/环磷酸腺苷(cAMP)/蛋白激酶A(PKA)信号通路调控下游水通道蛋白3(AQP3)和水通道蛋白4(AQP4)从而保护胃癌荷瘤小鼠肠道屏障的作用。方法:将密度为1×10^(7)个/mL的胃癌细胞株MFC制... 详细信息

目的:探讨归芪白术方联合奥沙利铂通过血管活性肠肽(VIP)/环磷酸腺苷(cAMP)/蛋白激酶A(PKA)信号通路调控下游水通道蛋白3(AQP3)和水通道蛋白4(AQP4)从而保护胃癌荷瘤小鼠肠道屏障的作用。方法:将密度为1×10^(7)个/mL的胃癌细胞株MFC制成细胞悬液,经荷瘤小鼠右腋下接种细胞悬液0.2 mL,构建胃癌荷瘤小鼠模型,造模成功后将小鼠随机分为5组,模型组、奥沙利铂组(10mg·kg^(-1))、奥沙利铂加归芪白术方高、中、低剂量组(17.68、8.84、4.42 g·kg^(-1)),每组10只,另外余10只作为空白组。各组小鼠经灌胃或腹腔注射中药、奥沙利铂或生理盐水,治疗14 d。末次给药后,次日眼球取血分离血清并取其结肠样本。苏木素-伊红(HE)染色观察组织形态的变化。酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测血清中D-乳酸(D-LA)、二胺氧化酶(DAO)含量;实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)及蛋白免疫印迹法(Western blot)分别检测各组小鼠结肠组织中VIP、cAMP、PKA、AQP3和AQP4 mRNA及蛋白的表达。结果:与正常组比较,模型组黏膜下层水肿,黏膜层中肠腺排列紊乱,杯状细胞缺失,可见大量炎性细胞浸润及绒毛脱落的现象。而各给药组均有不同程度的改善;与正常组比较,模型组血清中DAO和D-LA水平均显著上升(P<0.01),与模型组比较,联合用药高剂量组DAO和D-LA水平及联合用药中剂量组D-LA水平均有所下降(P<0.05,P<0.01),与奥沙利铂组比较,联合用药高、中剂量组D-LA水平有所下降(P<0.05),其余组DAO和D-LA表达水平也有所下降,但差异无统计学意义;与正常组比较,模型组小鼠的VIP、cAMP、PKA、AQP3和AQP4 mRNA及蛋白表达水平明显降低(P<0.05,P<0.01);与模型组比较,各给药组小鼠的VIP、cAMP、PKA、AQP3和AQP4 mRNA及蛋白表达水平均有所升高,其中联合用药高剂量组VIP、cAMP、PKA、AQP3和AQP4 mRNA及蛋白表达水平明显升高(P<0.05,P<0.01),联合用药中剂量组cAMP蛋白表达水平升高(P<0.05);与奥沙利铂组比较,联合用药高剂量组cAMP蛋白表达水平明显升高(P<0.05),其余组mRNA及蛋白表达也有所升高,但差异无统计学意义。结论:归芪白术方联合奥沙利铂通过VIP/cAMP/PKA信号通路调节AQP3和AQP4达到保护胃癌荷瘤小鼠肠道屏障的作用。

关键词：归芪白术方胃癌肠道屏障损伤血管活性肠肽(VIP)/环磷酸腺苷(cAMP)/蛋白激酶A(PKA)信号通路水通道蛋白3(AQP3) AQP4

黄芪多糖对IL-6和TNF-α模拟炎性微环境中BMSCs增殖及TAFs分化的影响

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中华中医药杂志 2018年第7期33卷 3039-3042页

作者：李程豪任春贞刘永琦骆亚莉甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室兰州730000 敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室兰州730000

目的:探讨黄芪多糖对炎性微环境中骨髓间充质干细胞(BMSCs)增殖、分化及肿瘤相关成纤维细胞(TAFs)相关分子表达的影响。方法:采用IL-6和TNF-α模拟BMSCs体外炎性微环境培养体系,并以黄芪多糖最佳药物浓度干预该体系;通过CCK-8法、流式... 详细信息

目的:探讨黄芪多糖对炎性微环境中骨髓间充质干细胞(BMSCs)增殖、分化及肿瘤相关成纤维细胞(TAFs)相关分子表达的影响。方法:采用IL-6和TNF-α模拟BMSCs体外炎性微环境培养体系,并以黄芪多糖最佳药物浓度干预该体系;通过CCK-8法、流式细胞术及Western Blot分别检测黄芪多糖对炎性微环境中BMSCs细胞增殖、周期及TAFs标记分子α-SMA、FAP蛋白的表达变化。结果:与正常对照组比较,炎性因子干预组细胞生长速度加快,G1期比例降低,S期比例升高,且α-SMA、FAP蛋白表达明显增加,均有显著性差异(P<0.05);与炎性因子干预组比较,黄芪多糖组(50mg/L)生长速度减慢,G1期比例升高,S期比例降低,且α-SMA、FAP蛋白表达有所降低(P<0.05)。结论:IL-6和TNF-α模拟炎性微环境中BMSCs形态、增殖特性发生异常改变,具有向肿瘤相关成纤维细胞分化性,且黄芪多糖可抑制炎性微微环境中BMSCs异常改变。

关键词：黄芪多糖骨髓间充质干细胞炎性微环境增殖分化肿瘤相关成纤维细胞

基于PERK/eIF2α/ATF4/CHOP信号通路探讨四味黄芪散对高原低氧致脑损伤大鼠的保护作用及机制

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中药新药与临床药理 2024年第11期35卷 1661-1668页

作者：李从艺曹旺杰苏韫龚红霞刘永琦和建政郭家旺张鑫珏甘肃中医药大学基础医学院甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室敦煌医学与转化教育部重点实验室甘肃兰州730000

目的基于PERK/eIF2α/ATF4/CHOP信号通路探讨四味黄芪散(藏黄芪、藏红花、川芎、沉香)对高原低氧致脑损伤大鼠的保护作用及机制。方法将SD大鼠随机分为空白组、模型组、阳性药物组(诺迪康,0.125 g·kg^(-1)·d-1)以及四味黄芪散低、中... 详细信息

目的基于PERK/eIF2α/ATF4/CHOP信号通路探讨四味黄芪散(藏黄芪、藏红花、川芎、沉香)对高原低氧致脑损伤大鼠的保护作用及机制。方法将SD大鼠随机分为空白组、模型组、阳性药物组(诺迪康,0.125 g·kg^(-1)·d-1)以及四味黄芪散低、中、高剂量组(3.255、6.510、13.020 g·kg^(-1)·d-1),每组10只。四味黄芪散各剂量组灌胃给药,每日1次,连续14 d;阳性药物组给予诺迪康灌胃给药,每日1次,连续给药7 d。采用实验动物低压模拟舱复制高原低氧致脑损伤大鼠模型,低氧暴露持续7 d。采用HE染色法观察大鼠脑组织病理变化;TUNEL染色法检测大鼠脑组织细胞凋亡情况;TBA法、微板法分别检测脑组织中丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)的水平;Western Blot法检测大鼠脑组织中p-PERK/PERK、p-eIF2α/eIF2α、ATF4、CHOP蛋白表达水平;RT-qPCR法检测大鼠脑组织中PERK、eIF2α、ATF4、CHOP mRNA表达水平。结果与空白组比较,模型组大鼠海马CA1区锥体细胞水肿,排列不规则,胞质疏松淡染;海马CA1区红色荧光强度显著增强(P<0.01);脑组织中MDA含量显著升高(P<0.01),GSH活性显著降低(P<0.01);脑组织中p-PERK/PERK、p-eIF2α/eIF2α、ATF4、CHOP蛋白表达水平显著升高(P<0.01),PERK、eIF2α、ATF4、CHOP mRNA表达显著上调(P<0.01)。与模型组比较,阳性药物组及四味黄芪散高、中、低剂量组大鼠海马CA1区锥体细胞排列紧密,边界较清,细胞水肿得到改善;海马CA1区的红色荧光强度明显减弱(P<0.05);脑组织中MDA含量显著降低(P<0.01),GSH活性显著升高(P<0.05,P<0.01)。四味黄芪散高、中剂量组大鼠脑组织中p-PERK/PERK、p-eIF2α/eIF2α、ATF4、CHOP蛋白表达水平显著降低(P<0.05,P<0.01),PERK、eIF2α、ATF4、CHOP mRNA表达显著下调(P<0.05,P<0.01);四味黄芪散低剂量组大鼠脑组织中p-eIF2α/eIF2α、CHOP蛋白表达水平显著降低(P<0.05,P<0.01),eIF2α、CHOP mRNA表达显著下调(P<0.05,P<0.01)。结论四味黄芪散能改善高原低氧致脑损伤大鼠的脑组织神经元细胞水肿,增强抗氧化应激能力,减少脑组织细胞凋亡,可能与其调控PERK/eIF2α/ATF4/CHOP信号通路抑制内质网应激有关。

关键词：四味黄芪散高原低氧脑损伤 PERK/eIF2α/ATF4/CHOP信号通路内质网应激大鼠

β-烟酰胺单核苷酸对氧糖剥夺PC12细胞自噬的影响

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天然产物研究与开发 2024年第2期36卷 260-267页

作者：田梦芝龙佳欣陈笑一陈惠媚金泽龙李思特谢明霞杜可湖南中医药大学中医药防治眼耳鼻咽喉疾病湖南省重点实验室长沙410208

为了探讨β-烟酰胺单核苷酸(β-nicotinamide mononucleotide,NMN)对氧糖剥夺(oxygen glucose deprivation,OGD)诱导的PC12细胞自噬的影响及其可能机制。通过体外建立OGD PC12细胞自噬损伤模型,MTT法检测各组细胞存活率。透射电镜观察NM... 详细信息

为了探讨β-烟酰胺单核苷酸(β-nicotinamide mononucleotide,NMN)对氧糖剥夺(oxygen glucose deprivation,OGD)诱导的PC12细胞自噬的影响及其可能机制。通过体外建立OGD PC12细胞自噬损伤模型,MTT法检测各组细胞存活率。透射电镜观察NMN处理后的自噬小体及溶酶体,MDC荧光染色观测NMN对自噬小体的影响。Western blot检测LC3-II/LC3-I、Beclin1、p62、P-mTOR/mTOR等自噬相关蛋白表达水平。结果显示,与Con比,OGD组细胞存活率显著降低(P防治OGD诱导的细胞自噬损伤提供一定的靶标参考,为天然化合物的开发累积一定实验室数据。

关键词： β-烟酰胺单核苷酸氧糖剥夺哺乳动物雷帕霉素靶蛋白自噬损伤