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基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

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南方医科大学学报 2024年第3期44卷 605-616页

作者：梁一豪赖颖君袁燕文袁炜张锡波张拔山卢志锋南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)检验科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)消化内科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)病理科广东东莞523059

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和... 详细信息

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络(PPI),根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱(TCGA)中胃腺癌(STAD)的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质(ECM)与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调(P<0.05);而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调(P<0.05)。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌患者的生存时间显著相关;ROC曲线显示,TIMP1、SPARC、THY1、THBS2对胃癌有较高的诊断价值;在胃癌患者的病理组织中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3的高表达得到验证;qRT-PCR检测发现,核心基因在不同的胃癌细胞株中不尽相同,但表达趋势基本符合。结论SPARC、TIMP1、THBS2等DEGs可能与胃癌的发生发展有关,可能作为潜在的候选分子标志物,用于胃癌的早期诊断和预后判断。

关键词：胃癌基因芯片生物信息学分析差异表达基因分子标志物

碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的基因组特征和聚类分析研究

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中华预防医学杂志 2024年第9期58卷 1372-1378页

作者：李丽娟袁梓杨张露邓任堂赖丽莎黄文彩付文金广东医科大学第一临床学院东莞523808 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)检验科东莞523059 东莞市厚街医院检验科东莞523945

探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)基因组特征并进行相关聚类分析,为防治CRKP引起的感染提供实验依据。采用回顾性病例-队列研究方法,对2023年1—6月南方医科大学第十附属医院临床非重复的19株CRKP进行全基因组测序(WGS)分析和多位... 详细信息

探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)基因组特征并进行相关聚类分析,为防治CRKP引起的感染提供实验依据。采用回顾性病例-队列研究方法,对2023年1—6月南方医科大学第十附属医院临床非重复的19株CRKP进行全基因组测序(WGS)分析和多位点序列分型(MLST),比较菌株间基因组特征,对菌株携带的耐药基因及同源性进行相关聚类分析。结果显示,19株CRKP分离自8个不同临床科室,主要来源于呼吸道标本。全基因组测序结果显示CRKP基因组长度在4.90~5.85 Mbp之间,每个CRKP基因组的重叠群(contigs)N50均>20 kb;总体GC含量中位数M(Q 1,Q 3)为57.0%(50.4%,57.1%);比较基因组特征发现3个基因组变异度较高的区域。WGS检测到11类共32种耐药基因,19株CRKP均携带碳青霉烯类耐药基因(bla_(KPC-2)和bla_(OXA-48))、bla_(TEM-1B)超广谱β-内酰胺酶耐药基因、qnrS1喹诺酮类耐药基因和fosA磷霉素耐药基因,且每株菌仅携带一种碳青霉烯酶基因,bla_(KPC-2)检出率高达94.7%(18/19)。MLST分型为ST11、ST437和ST147三种型别,ST11型占89.5%(17/19),属优势克隆型别,以获得性耐药基因为基础作聚类分析,发现菌株72和菌株90,菌株88、84、66和菌株79等耐药基因聚类分析较为接近,存在3个克隆传播模式。综上,CRKP菌株同时携带多种耐药基因,聚类分析显示院内克隆传播与获得性耐药基因密切相关,以ST11-bla_(KPC-2)型菌株为优势菌株,应加强CRKP监控,并制定有效的防控策略,以减少院内传播。

关键词：碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌耐药基因全基因组测序聚类分析

健侧卧奔跑位输尿管镜辅助腹腔镜输尿管成形术治疗手术后输尿管狭窄的效果分析

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中华泌尿外科杂志 2024年第1期45卷 29-33页

作者：陈华刘泰荣朱秋华宋乐明翟启良葛家蕲肖建生赣州市人民医院泌尿外科赣州341000

目的探讨健侧卧奔跑位输尿管镜辅助腹腔镜输尿管成形术治疗手术后输尿管狭窄的安全性和有效性。方法回顾性分析赣州市人民医院2017年6月至2023年2月收治的92例手术后输尿管狭窄患者的临床资料。男31例,女61例;年龄(46.4±23.3)岁。其中5... 详细信息

目的探讨健侧卧奔跑位输尿管镜辅助腹腔镜输尿管成形术治疗手术后输尿管狭窄的安全性和有效性。方法回顾性分析赣州市人民医院2017年6月至2023年2月收治的92例手术后输尿管狭窄患者的临床资料。男31例,女61例;年龄(46.4±23.3)岁。其中53例曾因泌尿系结石接受碎石或取石手术,35例因妇科疾病行妇科腹腔镜手术,2例曾接受肠道手术,2例曾接受腹腔镜输尿管成形术。92例术前血肌酐(120.33±16.52)μmol/L,尿素氮(14.28±2.47)mmol/L,肾盂扩张(3.23±2.47)cm。患者全麻后取健侧卧奔跑位,该体位下患者呈斜仰卧位,双下肢展开角度为60~80°。采用经腹腔入路,在输尿管镜辅助下游离并裁剪输尿管狭窄段,缝合输尿管后壁留置斑马导丝至肾孟内,顺导丝逆行推入F7双J管,最后吻合输尿管前壁,完成手术。记录手术时间、住院时间、围手术期并发症发生情况,比较术前、术后肾盂扩张及肾功能改变情况。结果90例成功行输尿管端端吻合术,2例妇科手术后狭窄患者因狭窄段位置低,粘连重,狭窄段远端未能游离出可供有效缝合的正常输尿管黏膜,改行输尿管膀胱再植术。无中转开放及死亡病例。手术时间(106.52±23.45)min,引流管留置时间(3.23±1.58)d,住院时间(7.46±1.58)d。1例中度肾积水患者术后出现漏尿,2例下床活动后出现血尿症状,予卧床休息、通畅引流等对症治疗后均顺利出院。术后3个月拔除双J管,拔管后复查CT示肾盂扩张程度为(2.52±1.54)cm,血肌酐(89.64±15.21)μmol/L,尿素氮(9.42±1.36)mmol/L,与术前比较差异均有统计学意义(P<0.05)。术后随访6~12个月,未出现再狭窄患者。结论健侧卧奔跑位输尿管镜辅助腹腔镜输尿管成形术治疗手术后短段(狭窄段<3cm)输尿管狭窄,具有狭窄段定位精准、输尿管游离方便、输尿管吻合确切、双J管放置简便的特点,且并发症发生率低、肾功能恢复好,是一种安全、有效的手术方式,可在临床中探索应用。

关键词：输尿管疾病狭窄腹腔镜输尿管镜手术健侧卧奔跑位疗效

MUC1下调通过失活NF-κB通路抑制鼻咽癌增殖，促进其凋亡(英文)

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生物化学与生物物理进展 2024年

作者：吴首乌林少坤粘忠柱王新文林伟年庄黎明吴志圣黄志伟王阿敏高妮莉陈嘉雯袁雯婷卢凯娴廖军泉州市第一医院耳鼻喉科东莞市人民医院骨肿瘤科泉州市第一医院超声科

目的：为了探讨MUC1对鼻咽癌（Nasopharyngeal carcinoma， NPC）增殖与凋亡的影响及其调控机制。方法：收集泉州市第一医院2020年10月～ 2021年7月60例NPC及配对癌旁正常组织。采用实时定量PCR (real-time quantitative PCR， qPCR)检... 详细信息

目的：为了探讨MUC1对鼻咽癌（Nasopharyngeal carcinoma， NPC）增殖与凋亡的影响及其调控机制。方法：收集泉州市第一医院2020年10月～ 2021年7月60例NPC及配对癌旁正常组织。采用实时定量PCR (real-time quantitative PCR， qPCR)检测MUC1在NPC患者中的表达。将对照siRNA或靶向MUC1的siRNA（si-MUC1）转染5-8F和HNE1细胞。分别用细胞计数试剂盒-8和集落形成实验分析5-8F和HNE1细胞的增殖，流式细胞术分析5-8F和HNE1凋亡情况；qPCR和ELISA检测TNF-α和IL-6水平；Western blot检测MUC1、NF-кB及凋亡相关蛋白的表达。结果：MUC1在NPC组织中表达上调；MUC1高表达的NPC患者易发生EBV感染、NPC增长和转移；MUC1的缺失抑制了NPC细胞的增殖和凋亡等恶性生物学行为、下调p-IкB、p-P65和Bcl-2的表达、上调Bax的表达。结论：MUC1下调可通过失活NF-κB信号通路抑制NPC恶性生物学行为。

关键词：粘蛋白1 鼻咽癌 NF-кB信号通路增殖迁移细胞凋亡

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增生性外毛根鞘瘤的临床及超声表现

中国超声医学杂志 2024年第7期40卷 831-833页

作者：陈桂武冷晓玲刘文芹余苏孟加新廖晓敏李建杭南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)超声科南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)病理科南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)骨科

目的探讨增生性外毛根鞘瘤(PTT)的临床及超声表现。方法收集经病理证实的PTT共18例，分析并总结其临床及超声表现。结果在临床表现方面，PTT患者多为女性(61.1%),平均年龄(49.8±17.1)岁，好发于头部(77.8%),平均大小为(19.8±10.7)m... 详细信息

目的探讨增生性外毛根鞘瘤(PTT)的临床及超声表现。方法收集经病理证实的PTT共18例，分析并总结其临床及超声表现。结果在临床表现方面，PTT患者多为女性(61.1%),平均年龄(49.8±17.1)岁，好发于头部(77.8%),平均大小为(19.8±10.7)mm。在超声表现方面，PTT多为实性(66.7%)或囊实性(22.2%),边界清晰(100.0%),形态规则(88.9%),内部回声不均(83.3%),可见散点样(44.4%)或团块样强回声(33.3%),伴有后方回声增强(38.9%),部分病灶内可见点状血流信号(27.8%)。结论 PTT的临床及超声表现具有一定的特征性，需注意与其他皮肤良恶性肿瘤相鉴别。

关键词：皮肤肿瘤增生性外毛根鞘瘤临床表现超声检查

3.0 T谷氨酸化学交换饱和转移评估肾脏缺血再灌注损伤氧化还原代谢的实验研究

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中华内科杂志 2024年第6期63卷 593-599页

作者：米文夏邢兆宇潘靓虞心田陈杰邢伟常州市第一人民医院放射科常州213003 常州市第一人民医院泌尿外科常州213003

目的探讨3.0 T谷氨酸化学交换饱和转移(GluCEST)成像评估肾脏缺血再灌注损伤(IRI)氧化还原代谢的可行性。方法IRI组实验兔(n=56)夹闭左肾动脉45 min后松开建立肾IRI模型,于术前、术后1 h、12 h、1 d、3 d、7 d、14 d行GluCEST MRI检查,... 详细信息

目的探讨3.0 T谷氨酸化学交换饱和转移(GluCEST)成像评估肾脏缺血再灌注损伤(IRI)氧化还原代谢的可行性。方法IRI组实验兔(n=56)夹闭左肾动脉45 min后松开建立肾IRI模型,于术前、术后1 h、12 h、1 d、3 d、7 d、14 d行GluCEST MRI检查,每次扫描后处死8只IRI组实验兔,假手术组实验兔(n=8)于术后14 d扫描后处死,行肾脏病理和活性氧(ROS)检测。比较各组肾脏皮质和外髓非对称磁化传递率(MTR_(asym))的差异,分析肾脏MTR_(asym)与ROS水平的相关性。结果假手术组与IRI各亚组肾脏皮质MTR_(asym)均高于外髓(t=8.16,P<0.001;t=4.78,P=0.002;t=4.94,P=0.002;t=5.76,P=0.001;t=6.68,P<0.001;t=6.40,P<0.001;t=5.16,P=0.001;t=3.30,P=0.013)。IRI-1h、IRI-12h、IRI-1d、IRI-3d、IRI-7d及IRI-14d组皮质和外髓MTR_(asym)均低于假手术组和IRI-pre组。IRI-1h组皮质和外髓MTR_(asym)均低于IRI-12h、IRI-1d、IRI-3d、IRI-7d及IRI-14d组(均P<0.05)。IRI-12h组皮质MTR_(asym)显著低于IRI-7d、IRI-14d组(1.84%±0.09%比2.42%±0.19%和2.41%±0.31%,均P<0.05),IRI-1d组皮质MTR_(asym)显著低于IRI-7d组(1.99%±0.17%比2.42%±0.19%,P=0.008)。IRI-12h组外髓MTR_(asym)显著低于IRI-3d、IRI-7d、IRI-14d组(1.32%±0.27%比1.79%±0.31%,1.98%±0.18%,1.66%±0.40%,均P<0.05),IRI-7d组外髓MTR_(asym)显著高于IRI-1d、IRI-14d组(1.98%±0.18%比1.52%±0.31%和1.66%±0.40%,均P<0.05)。肾脏皮质和外髓MTR_(asym)与ROS平均荧光强度呈强负相关(ρ=-0.889,P<0.001;ρ=-0.784,P<0.001)。结论3.0 T GluCEST可间接反映肾脏IRI氧化还原代谢的变化。

关键词：磁共振成像肾缺血再灌注损伤氧化性应激

应用经食管三维超声心动图研究卵圆孔未闭大小及形态

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中国超声医学杂志 2024年第2期40卷 175-177页

作者：于超罗维远余苏陈巧琼彭悦谢玉环冷晓玲南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)超声科

目的应用经食管三维超声心动图(3D-TEE)观测卵圆孔未闭的解剖结构形态及大小。方法收集卵圆孔未闭(PFO)患者56例，其中偏头痛14例，不明原因脑卒中42例，留存该人群3D-TEE全容积图像，获取PFO形态结构数据，包括PFO隧道长度，PFO入口... 详细信息

目的应用经食管三维超声心动图(3D-TEE)观测卵圆孔未闭的解剖结构形态及大小。方法收集卵圆孔未闭(PFO)患者56例，其中偏头痛14例，不明原因脑卒中42例，留存该人群3D-TEE全容积图像，获取PFO形态结构数据，包括PFO隧道长度，PFO入口、中部及出口3处的高度、宽度及面积，根据PFO隧道长度分组，比较两组间的差异，并分析面积与长度的相关性。结果 3D-TEE与经食管二维超声心动图(2D-TEE)测量PFO隧道长度、PFO入口、中部及出口的高度比较均无统计学意义(P>0.05);PFO的3D-TEE测值除入口高度及出口面积外，其余参数长隧道组均大于非长隧道组(P<0.05)。PFO入口及中部的面积与隧道长度均呈正相关，出口面积与隧道长度无显著相关。结论 3D-TEE可以获取PFO更多的解剖形态信息，尤其是PFO的宽度及面积，对于只应用二维经食管超声测量PFO长度和高度来评估PFO大小进行了有效的信息补充。

关键词：三维经食管超声心动图卵圆孔未闭

瑞马唑仑与丙泊酚用于无痛胃肠镜检查后对精神运动功能恢复的影响

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中国临床药理学与治疗学 2024年第10期 1168-1173页

作者：胡双燕胡君凤毛琳玲赵雨虹徐程邱凯仲俊峰绍兴市人民医院麻醉科绍兴市人民医院疼痛科

目的：比较瑞马唑仑或丙泊酚复合阿芬太尼静脉麻醉无痛胃肠镜检查患者术后精神运动功能恢复的情况。方法：选择无痛胃肠镜检查患者78例，随机分为瑞马唑仑组（RA组）和丙泊酚组（PA组），两组分别给予瑞马唑仑或丙泊酚复合阿芬太尼静脉... 详细信息

目的：比较瑞马唑仑或丙泊酚复合阿芬太尼静脉麻醉无痛胃肠镜检查患者术后精神运动功能恢复的情况。方法：选择无痛胃肠镜检查患者78例，随机分为瑞马唑仑组（RA组）和丙泊酚组（PA组），两组分别给予瑞马唑仑或丙泊酚复合阿芬太尼静脉麻醉，记录术前（T1）、开始检查时（T2）、苏醒时（T3）和离室时（T4）的血压、心率、呼吸和指脉氧饱和度；应用Trieger点测试（trieger dot test,TDT）和数字符号替换测试（digit symbol substitution test,DSST）评估术前（T1）、离室时（T4）和术后1 h(T5)、术后2 h(T6)时精神运动功能情况。结果：与T1相比，两组T4、T5时TDT试验中遗漏点数（number of dots missed,NDM）、遗漏点最远距离（maximum distance of dots missed,MDDM）和遗漏点平均距离（average distance of dots missed,ADDM）均增加，比较差异有统计学意义（P0.05）。与PA组相比，RA组T4、T5时NDM、MDDM和ADDM均降低，比较差异有统计学意义（P0.05）。结论：瑞马唑仑复合阿芬太尼用于无痛胃肠镜检查，术后2 h精神运动功能完全恢复；瑞马唑仑组患者精神运动功能恢复快于较丙泊酚组，且不良反应少。

关键词：瑞马唑仑阿芬太尼二异丙酚胃肠镜精神运动功能

乳腺癌保乳术后大分割放疗与常规分割放疗的疗效及其安全性比较

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解放军医学杂志 2024年第5期49卷 519-526页

作者：姚得顺孙志国黄昱霖翟红芳蔡海峰唐山市人民医院乳腺二科河北唐山063000 唐山市人民医院放疗中心河北唐山063000 唐山市人民医院放化科河北唐山063000

目的比较早期乳腺癌保乳术后大分割放疗(HyRt)与常规分割放疗的疗效及其安全性。方法本研究为单中心、前瞻性、随机对照研究,纳入2017年5月-2019年5月唐山市人民医院收治的83例pTis-T2N0M0乳腺癌患者,接受保乳术+前哨淋巴结活检(SLNB),... 详细信息

目的比较早期乳腺癌保乳术后大分割放疗(HyRt)与常规分割放疗的疗效及其安全性。方法本研究为单中心、前瞻性、随机对照研究,纳入2017年5月-2019年5月唐山市人民医院收治的83例pTis-T2N0M0乳腺癌患者,接受保乳术+前哨淋巴结活检(SLNB),术后采用逆向调强放射治疗(IMRT)技术,采用随机数字表法分为大分割放疗组(n=41)与常规分割放疗组(n=42)。分析两组危及器官受量、治疗疗效、治疗失败模式及放疗相关不良反应。根据NCI CTC AE 3.0标准评估放疗相关不良反应,包括放射性皮炎、放射性肺炎、乳腺/皮肤纤维化、肺纤维化等。结果最终纳入83例乳腺癌患者,中位年龄44(26~67)岁。两组患者的年龄(P=0.443)、TNM分期(P=0.335)、分子分型(P=0.333)、分化程度(P=0.617)、病理类型(P=0.127)等临床参数比较,差异无统计学意义。与常规分割放疗组比较,大分割放疗组患者的患侧肺V5(25.6%vs.33.8%,P=0.015)、患侧肺V20(13.3%vs.17.2%,P=0.042)及患侧肺平均照射剂量(MLD;7.4 Gy vs.10.4 Gy,P=0.020)均明显降低。本组仅3例患者出现远处转移,未观察到区域淋巴结转移及局部复发。大分割放疗组与常规分割放疗组2年无进展生存(PFS)率无明显差异(94.4%vs.85.2%,P=0.818)。与常规分割放疗组比较,大分割放疗组≥Ⅱ级放射性皮炎发生率明显降低(2.4%vs.21.4%,P=0.015);大分割放疗组与常规分割放疗组Ⅰ级乳腺/皮肤纤维化发生率无明显差异(19.5%vs.14.3%,P=0.570),两组均未观察到≥Ⅲ级放疗相关不良反应。结论相较全乳常规放疗同期瘤床加量照射,早期乳腺癌保乳术后患者行HyRt耐受性好,不良反应发生率低,可作为首选的放射治疗模式。

关键词：早期乳腺癌保乳术大分割放疗常规分割放疗