检索结果-南通市图书馆

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

家养动物增强子和超级增强子的研究进展

中国畜牧杂志 2024年第5期60卷 80-88页

作者：章露浩黄宣凯康佳威李云娜郑怡雯孟芳荣王志鹏狄生伟东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150000 东北农业大学生物信息中心黑龙江哈尔滨150000 黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院黑龙江齐齐哈尔161000 大北农食品集团黑龙江哈尔滨150000

增强子是一类重要的顺式作用元件,通过调控其靶基因的时空表达在动物发育过程中起着重要作用。超级增强子由增强子集群组成,具有比普通增强子更为重要的生物学功能,研究增强子和超级增强子有助于揭示基因组内部复杂的工作原理。本文围... 详细信息

增强子是一类重要的顺式作用元件,通过调控其靶基因的时空表达在动物发育过程中起着重要作用。超级增强子由增强子集群组成,具有比普通增强子更为重要的生物学功能,研究增强子和超级增强子有助于揭示基因组内部复杂的工作原理。本文围绕家养动物增强子和超级增强子全基因组水平上的筛选、潜在功能、活性分析以及变异研究进行综述,以期为进一步开展动物功能基因组学的研究提供参考。

关键词：增强子超级增强子家养动物功能基因组学

维普期刊数据库博看期刊

紫花苜蓿BZR基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

草业学报 2024年

作者：黎泽斌邱永争刘延杰喻金秋王柏吉刘千宁王月崔国文东北农业大学园艺园林学院东北农业大学动物科学技术学院

油菜素内酯（brassinosteroid, BR）是一类类固醇激素，影响植物的各种发育和生理过程。油菜素唑抗性（BRASSINAZOLE-RESISTANT, BZR）转录因子（transcription factors）家族是油菜素内酯生物合成的正调节因子。BZR基因家族在植物生长... 详细信息

油菜素内酯（brassinosteroid, BR）是一类类固醇激素，影响植物的各种发育和生理过程。油菜素唑抗性（BRASSINAZOLE-RESISTANT, BZR）转录因子（transcription factors）家族是油菜素内酯生物合成的正调节因子。BZR基因家族在植物生长发育的调节中发挥重要作用，同时参与多种抗逆功能。然而，在有“牧草之王”美誉的紫花苜蓿中，BZR基因家族的研究较少。本研究中，鉴定到紫花苜蓿共14个BZR基因，并且用生物信息学手段对其蛋白质理化性质、二级结构和三级结构、基因在染色体的定位、紫花苜蓿与相似物种的系统发育、基因结构、保守结构域、启动子顺式作用元件、基因之间共线性关系、BZR基因家族在6个不同组织中的表达量以及它们对非生物胁迫的响应进行分析，发现14个BZR家族的基因在紫花苜蓿6个组织中均有表达，分别有9、7、7个基因响应冷、盐、干旱胁迫，其中有3个基因（MsBZR05、MsBZR06、MsBZR12）对这3种胁迫都有响应。本研究为进一步探究BZR基因家族提供了候选基因。

关键词： BZR基因家族紫花苜蓿生物信息学分析非生物胁迫表达分析

谷氨酸棒杆菌中L-高丝氨酸转运蛋白的挖掘及功能分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

食品与发酵工业 2024年

作者：张霞祁玉婷钟兆月徐宁刘君姜巨全邵丽东北农业大学生命科学学院中国科学院天津工业生物技术研究所

L-高丝氨酸是一种非必需手性氨基酸，在农业、化工、生物医药等领域具有重要的用途。近年来，利用微生物发酵法生产L-高丝氨酸越来越受到人们的关注。氨基酸转运蛋白不仅可以降低反馈抑制和细胞毒性，还能提高氨基酸产量，已成为代谢工... 详细信息

L-高丝氨酸是一种非必需手性氨基酸，在农业、化工、生物医药等领域具有重要的用途。近年来，利用微生物发酵法生产L-高丝氨酸越来越受到人们的关注。氨基酸转运蛋白不仅可以降低反馈抑制和细胞毒性，还能提高氨基酸产量，已成为代谢工程改造的重要靶点。目前，谷氨酸棒杆菌中L-高丝氨酸转运蛋白仍然未知。该研究通过生物信息学分析，从谷氨酸棒杆菌中筛选出10个L-高丝氨酸转运蛋白候选基因，经过体外和体内L-高丝氨酸耐受性生长实验，结果显示在大肠杆菌三重高丝氨酸转运缺陷突变体中，异源过表达brnFE、azlCD和lysE基因，能显著恢复大肠杆菌突变体的生长缺陷，而在谷氨酸棒杆菌体内，只有lysE敲除菌较对照生物量下降16%，推测在体内LysE蛋白具有更重要的高丝氨酸外排能力。进一步对LysE的外排活性进行分析，发现lysE敲除菌的外排能力降低了18%。最后，在高丝氨酸底盘菌中，评估了敲除或过表达lysE基因对L-高丝氨酸产量的影响，结果发现lysE基因缺失导致L-高丝氨酸的产量降低了65%，而过表达lysE使L-高丝氨酸产量提高了22%。综上所述，谷氨酸棒杆菌LysE蛋白具有转运L-高丝氨酸的能力，相关结果为开发高效的L-高丝氨酸细胞工厂提供了新靶点。

关键词： L-高丝氨酸外排蛋白谷氨酸棒杆菌序列比对 LysE

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于分子模拟技术筛选牛乳清蛋白源抗氧化肽

中国食品学报 2024年第2期24卷 11-31页

作者：马寅龙郭锐斌于雁松马隆凯许晓曦东北农业大学食品学院、乳品科学教育部重点实验室哈尔滨150030

传统抗氧化肽的筛选往往需要经过酶解、纯化、分离、鉴定及体外试验验证,时间和物力花费较大。本研究以生物信息学为理论基础,利用计算机虚拟消化、相关活性预测与评价、药物代谢动力学及分子模拟技术对牛乳清蛋白源抗氧化肽进行依次筛... 详细信息

传统抗氧化肽的筛选往往需要经过酶解、纯化、分离、鉴定及体外试验验证,时间和物力花费较大。本研究以生物信息学为理论基础,利用计算机虚拟消化、相关活性预测与评价、药物代谢动力学及分子模拟技术对牛乳清蛋白源抗氧化肽进行依次筛选,对其可能发生的Keap1-Nrf2-ARE抗氧化途径进行分析、解释,分析其分子反应过程中构象的稳定性。应用PeptideRanker程序对生物活性进行预测评分,筛选得到137条评分大于0.4的肽段,同时采用ToxinPred、Innovagen、Expasy-compute及Pepdraw程序进一步分析肽段的理化性质,并通过药物代谢动力学ADMET、TOPKAT分析对肽段进行筛选,得到14条无毒、无致敏性、无致突变性、无致癌性及水溶性良好的多肽,然后将其与Keap1受体进行分子对接。将分子对接评分前4位的多肽与Keap1的最优结合复合物进行构象作用机制分析,最终通过复合物构象分子间作用力评价CDEF序列最具抗氧化活性的潜力,并将CDEF-Keap1受体复合物进行分子动力学模拟,结果显示动力学模拟过程中构象变化较稳定,因此CDEF抗氧化肽可在人体中较好地发挥抗氧化活性。与传统酶解方法相比,本方法可快速、高效筛选抗氧化肽,为天然食品源抗氧化肽的快速筛选提供了新思路。

关键词：乳清蛋白抗氧化肽生物活性肽分子对接

香鳞毛蕨dfr-miR160a和靶基因DfARF10的生物信息学及表达模式分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

植物学报 2024年第1期59卷 22-33页

作者：仲昭暄张冬瑞李璐苏颖王黛宁王泽冉刘洋常缨东北农业大学生命科学学院哈尔滨150036 北京师范大学南山附属学校深圳518000

为深入探究miRNA参与调控香鳞毛蕨(Dryopteris fragrans)生长发育的分子机理,依据实验室前期建立的miRNA数据库,筛选出与非生物胁迫相关的差异表达dfr-miR160a前体(dfr-pri-mir160a),预测其靶基因为DfARF10,并通过本氏烟草(Nicotiana be... 详细信息

为深入探究miRNA参与调控香鳞毛蕨(Dryopteris fragrans)生长发育的分子机理,依据实验室前期建立的miRNA数据库,筛选出与非生物胁迫相关的差异表达dfr-miR160a前体(dfr-pri-mir160a),预测其靶基因为DfARF10,并通过本氏烟草(Nicotiana benthamiana)瞬时共转化GUS以及双荧光素酶(LUC)系统验证dfr-miR160a和DfARF10的靶向关系。结果显示,共注射dfr-pri-mir160a和DfARF10的本氏烟草叶片中GUS活性和LUC活性明显降低;qRT-PCR分析显示,dfr-miR160a及其靶基因DfARF10在香鳞毛蕨的根、配子体、叶柄、叶片和孢子囊中均有表达,在叶片中表达量最高,在根中表达量最低;通过qRT-PCR分析干旱、盐(NaCl)、高温和低温胁迫对dfr-miR160a及其靶基因DfARF10表达的影响。结果表明,在干旱和高温处理下, dfr-miR160a的表达均上调,但在NaCl处理下, dfr-miR160a的表达下调;低温处理下, dfr-miR160a的表达在0–1小时下调,在3–48小时上调。在NaCl、高温以及低温处理下DfARF10表达均上调;但在干旱处理下, DfARF10表达下调,与dfr-miR160a呈现相反的表达趋势。综上, dfr-miR160a靶向DfARF10基因且二者均能响应非生物胁迫。研究结果为从分子层面揭示香鳞毛蕨非生物胁迫抗性机制提供了新的科学依据。

关键词：香鳞毛蕨 dfr-miR160a DfARF10 非生物胁迫

黄瓜IDD基因家族鉴定及其在雌花花冠发育中的表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

东北农业大学学报 2024年第2期55卷 19-31页

作者：辛明姜赫然李英楠徐浩轩张怡宁刘健新饶雨晗高鹤鸣徐绒田晓卉东北农业大学园艺园林学院哈尔滨150030

研究基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsIDD基因进行全基因组鉴定、蛋白理化性质、染色体定位等生物信息学分析,检测其组织表达模式。结果表明,CsIDD蛋白在系统进化中共分为5个亚组,均定位于细胞核,motif分布及组织模式较为保... 详细信息

研究基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsIDD基因进行全基因组鉴定、蛋白理化性质、染色体定位等生物信息学分析,检测其组织表达模式。结果表明,CsIDD蛋白在系统进化中共分为5个亚组,均定位于细胞核,motif分布及组织模式较为保守;部分CsIDD表达具有明显的组织特异性,在雌花花冠中表达水平较高。因此推测其在雌花花冠发育过程中发挥重要作用。

关键词：黄瓜 IDD基因成员鉴定生物信息学表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

冷藏原料乳中微生物及品质的动态变化规律

现代食品科技 2024年

作者：邱月程婧祺何梦丽关宁赵颖杨鑫焱满朝新姜毓君东北农业大学食品学院国家乳业技术创新中心

本研究采用了三代16s r DNA高通量测序技术监测了低温贮藏期间（4℃，8 d）的原料乳微生物动态群落结构和丰度，结合数据库分析原料乳中微生物功能基因代谢途径。结果表明，原料乳在低温贮藏过程中，嗜冷菌逐渐成为优势菌，它们的主要... 详细信息

本研究采用了三代16s r DNA高通量测序技术监测了低温贮藏期间（4℃，8 d）的原料乳微生物动态群落结构和丰度，结合数据库分析原料乳中微生物功能基因代谢途径。结果表明，原料乳在低温贮藏过程中，嗜冷菌逐渐成为优势菌，它们的主要代谢途径碳水化合物代谢、脂质代谢和氨基酸代谢等与原料乳的品质变化密切相关，氨基酸的合成和代谢以及脂肪转运代谢丰度提高最终导致乳品风味、质地、组织趋于劣变状态。冷藏过程中以嗜冷菌为主的优势微生物大量繁殖并产生的耐热酶，水解原料乳中的蛋白质和脂肪，引起牛奶品质劣变。

关键词：原料乳冷藏微生物品质变化

靶向敲除棉花Gh AGL16高效sg RNA的筛选

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国农业科学 2024年第6期57卷 1023-1033页

作者：雷建峰尤扬子张锦恩代培红于莉杜正阳李月刘晓东新疆农业大学农学院/棉花教育部工程研究中心新疆农业大学生命科学学院

【目的】AGL16是棉花MADS-box基因家族中一个重要的转录负调控因子，在抵御干旱和盐胁迫过程中发挥着重要作用。利用病毒介导的基因编辑技术（virus-induced gene editing,VIGE）筛选靶向敲除棉花GhAGL16的sgRNAs，并验证这些sgRNAs的... 详细信息

【目的】AGL16是棉花MADS-box基因家族中一个重要的转录负调控因子，在抵御干旱和盐胁迫过程中发挥着重要作用。利用病毒介导的基因编辑技术（virus-induced gene editing,VIGE）筛选靶向敲除棉花GhAGL16的sgRNAs，并验证这些sgRNAs的特异性，为定向创制棉花agl16突变体奠定重要基础。【方法】根据在棉花YZ-1中A亚组和D亚组上实际克隆GhAGL16的基因组序列，预测了3个能靶向敲除GhAGL16的sgRNAs；基于棉花叶皱缩病毒（cotton leaf crumple virus,CLCrV）介导的VIGE系统，构建3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体；利用qPCR检测Cas9超表达（Cas9over-expression,Cas9-OE）植株中Cas9的表达量，确定Cas9是否稳定遗传表达；将3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体分别转化Cas9-OE棉花子叶，并通过PCR/RE方法检测3个靶点的突变情况；利用生物信息学方法分析3个GhAGL16-sgRNAs的二级结构；对突变植株进行Hi-TOM高通量测序，明确基因编辑效率。同时，对转化GhAGL16-sgRNA2的突变植株进行脱靶率鉴定，检测基因编辑的特异性。【结果】成功构建了3个能同时靶向敲除GhAGL16-A亚组和GhAGL16-D亚组序列的sgRNAs。对不同Cas9-OE植株中Cas9表达量检测结果表明，Cas9在不同Cas9-OE棉株中稳定表达。用3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体转化Cas9-OE棉花子叶，PCR/RE突变检测结果表明，GhAGL16-sgRNA2可有效用于GhAGL16的靶向敲除，在棉花A亚组和D亚组靶位点上出现了不同碱基缺失的突变类型，而GhAGL16-sgRNA1和GhAGL16-sgRNA3是2个无效sgRNA。3个GhAGL16-sgRNAs的二级结构分析结果表明，GhAGL16-sgRNA1和GhAGL16-sgRNA3可能存在引导序列容易与其他序列发生配对并且不易解链的现象，干扰了引导序列对目标位点的识别，导致sgRNA无效。进一步量化GhAGL16-sgRNA2对GhAGL16的编辑效率，对每一株转化CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNA2的Cas9-OE植株突变检测结果表明，在转化的9株Cas9-OE植株中有6株发生了突变，突变效率为66.67%。此外，Hi-TOM高通量测序结果表明，GhAGL16-sgRNA2对GhAGL16的编辑效率为13.69%—54.42%。脱靶率鉴定结果表明，预测的4个潜在脱靶位点都没有发现脱靶现象，说明GhAGL16-sgRNA2不仅具有高效的基因编辑效率，而且具有专一的基因编辑特异性。【结论】利用CLCrV介导的VIGE系统转化Cas9-OE棉花筛选获得1个能高效敲除GhAGL16的sgRNA，为定向创制棉花agl16突变体提供了理想的sgRNA。

关键词：棉花 GhAGL16 sgRNA 突变体 VIGE 脱靶

利用mPCR方法检测巴氏奶中致病菌的鲁棒性研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

食品工业科技 2024年第2期45卷 243-251页

作者：刘芝荣张英华黑龙江省绿色食品科学研究院黑龙江哈尔滨150028 东北农业大学乳品科学教育部重点实验室黑龙江哈尔滨150030 东北农业大学食品学院黑龙江哈尔滨150030

为解决巴氏奶货架期短与致病菌传统检测方法耗时长相矛盾问题,建立一种检测巴氏奶中的阪崎克罗诺杆菌、大肠杆菌和沙门氏菌的鲁棒性多重聚合酶链式反应(multiple polymerase chain reaction,mPCR)方法。旨在常规mPCR的基础上深入研究,... 详细信息

为解决巴氏奶货架期短与致病菌传统检测方法耗时长相矛盾问题,建立一种检测巴氏奶中的阪崎克罗诺杆菌、大肠杆菌和沙门氏菌的鲁棒性多重聚合酶链式反应(multiple polymerase chain reaction,mPCR)方法。旨在常规mPCR的基础上深入研究,提高方法的准确性和稳定性。首先,针对每个目标菌株选择两种基因,并设计两组特异性引物,建立两套mPCR扩增体系,进行双重检测;然后,在不改变方法灵敏度的前提下,对优化了的退火温度进行范围稳定性选择;最后,将提出方法与国标方法 GB 4789.40-2016、GB 4789.38-2012、GB 4789.4-2016进行比较,同时检测人工污染样品并评价应用效果。结果表明,第一套mPCR检测巴氏奶中三种致病菌可在退火温度59~59.5℃(温差0.5℃)的范围内,具有较好的检测准确性和稳定性,灵敏度为10 CFU/mL。第二套mPCR检测巴氏奶中三种致病菌可在退火温度57.5~58.5℃(温差1℃)的范围内,不影响方法的准确性和稳定性,灵敏度为10 CFU/mL。采用建立的鲁棒性mPCR方法对人工污染的50份巴氏奶样品进行检测,检测结果与国标方法一致。在检测时效上需要4 h,较国标方法(检测时间为62~148 h)显著(P生物流行病学调查和研究,尤其是对巴氏奶中致病菌的快速检测和安全控制具有一定的实际应用价值。

关键词：检测多重聚合酶链式反应(mPCR) 巴氏奶致病菌鲁棒性

维普期刊数据库博看期刊

同方期刊数据库