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马家柚叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析

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果树学报 2024年第5期41卷 824-846页

作者：尹明华余璐周佳慧刘李娜徐文萱孙美龄上饶师范学院生命科学学院上饶334001 上饶农业技术创新研究院上饶334001 上饶师范学院马家柚产业研究院上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室上饶334001 上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室上饶334001

【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys... 详细信息

【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释;采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析;采用MAFFT 7.0和FastTree 2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树。【结果】马家柚叶绿体基因组全长160186 bp,包括1个大单拷贝(LSC)区、1个小单拷贝(SSC)区和2个反向重复(IR)区,为典型闭合环状双链结构。马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因,包括88个编码蛋白(CDS)基因、8个核糖体RNA(rRNA)基因和37个转运RNA(tRNA)基因。马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复(SSR)和34个长序列重复(Longrepeat)。马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区,LSC区的变异性>SSC区>IR区,SC/IR边界较为保守。马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02,密码子偏好性较弱。马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变的影响小。马家柚叶绿体基因有10个最优密码子(AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU),均以A、U结尾。马家柚与西双版纳东试早柚(KY055833,来源地:云南)、日本夏橙(ON193075,来源地:韩国)、福建六月早蜜柚(MT527726,来源地:福建)、福建琯溪蜜柚(MN782007,来源地:福建)有亲缘关系。【结论】马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种,该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据。

关键词：马家柚叶绿体基因组序列特征密码子偏好性最优密码子系统发育分析

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茶树大面白叶绿体基因组特征、密码子偏好性及其系统发育分析

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茶叶科学 2024年第3期44卷 411-430页

作者：尹明华张嘉欣乐芸何凡凡黄添慧张牧彤上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶师范学院马家柚产业研究院江西上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001

茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测... 详细信息

茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其叶绿体的基因组特征、系统发育和密码子偏好性进行分析。结果表明,茶树大面白叶绿体基因组全长157 129 bp,为典型的四分体结构,包括1个LSC区(86 687 bp)、1个SSC区(18 282 bp)和2个IR区(包括IRa和IRb,均为26 080 bp)。大面白叶绿体基因组共注释到135个功能基因,包括90个CDS基因;8个rRNA基因和37个tRNA基因。共检测到52个SSR和50个Longrepeat,SSR只有A/T单核苷酸重复序列,Longrepeat只存在正向重复和回文重复2种类型。茶树大面白叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小。茶树大面白叶绿体基因有14个最优密码子(AAU、GAU、UGU、AAA、UAA、GCA、GCU、GGU、CCU、GUA、CGU、CUU、AGU、UCU)。茶树大面白与凤凰单丛茶白银(Camellia sinensis isolated Baiyin cultivar Phoenix Dancong Tea,OL690374)亲缘关系较近。本研究分析了大面白茶树叶绿体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强茶树大面白种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。

关键词：茶树大面白叶绿体基因组序列特征密码子偏好性最优密码子系统发育分析

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‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析

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浙江农林大学学报 2024年第1期41卷 92-103页

作者：洪森荣张牧彤徐子林张钦荣罗雨欣田文慧王心雨上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶师范学院上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001 上饶师范学院上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室江西上饶334001

【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum ***‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依... 详细信息

【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum ***‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155296 bp,为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85737、18373、25593 bp,总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%,共注释出133个基因,包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点,36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组核苷酸多样性为0-0.13927,高变区主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,大单拷贝区trnL-UAA-trnF-GAA、cemA、rps12-exon1-clpP1、clpP1基因变异率最高,小单拷贝区rpl32-trnL-UAG、ycf1基因变异率最高。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组87个CDS基因的平均有效密码子数(ENC)为47.29,ENC>45的基因有60个,密码子偏性较弱。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾,使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。CGU、AAA、CUU、GUU、GGA、GUA、GGU、UCA、GCU、CCU为‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组的10个最优密码子。【结论】‘怀玉山’高山马铃薯与马铃薯栽培种***‘Desiree’亲缘关系较近。

关键词： ‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组序列特征密码子偏好性最优密码子系统发育分析

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金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

草业科学 2024年第4期41卷 884-898页

作者：尹明华胡佳欣李瑶瑶刘曼情欧阳克蕙上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001 上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室江西上饶334001 江西农业大学动物科学技术学院江西南昌330045

本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。

关键词：金花菜叶绿体基因组中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析最优密码子系统发育分析

γ-氨基丁酸对怀玉山三叶青低温胁迫下试管苗生长及相关生理代谢的影响

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中药新药与临床药理 2024年第1期35卷 132-140页

作者：洪森荣余锾媛彭睿羚刘雯莉胡藤鑫王玉婷上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001 上饶市三叶青保育与利用技术创新中心江西上饶334001

目的探讨γ-氨基丁酸(GABA)对怀玉山三叶青低温胁迫下试管苗生长及相关生理代谢的影响,为其在怀玉山三叶青仿野生栽培中的防冻抗寒应用提供依据。方法以低温胁迫下GABA处理的怀玉山三叶青试管苗为研究对象,采用植物组织培养法测定其生... 详细信息

目的探讨γ-氨基丁酸(GABA)对怀玉山三叶青低温胁迫下试管苗生长及相关生理代谢的影响,为其在怀玉山三叶青仿野生栽培中的防冻抗寒应用提供依据。方法以低温胁迫下GABA处理的怀玉山三叶青试管苗为研究对象,采用植物组织培养法测定其生长指标,植物生理生化法测定其生理指标,实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测其查尔酮合酶和黄酮醇合酶基因的相对表达量。结果与未添加GABA的对照组相比,培养基中添加0.5 g·L^(-1)GABA,怀玉山三叶青2个栽培种“怀玉1号”和“怀玉2号”试管苗的增殖系数、株高、鲜质量、干质量及组织含水量均达到最高值;可以显著提高其可溶性蛋白(SP)、可溶性糖(SS)、脯氨酸(Pro)、还原型谷胱甘肽(GSH)、抗坏血酸(AsA)、吲哚乙酸(IAA)、玉米素核苷(ZR)、赤霉素(GA3)、茉莉酸(JA)的含量,以及超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、抗坏血酸过氧化物酶(APX)、谷胱甘肽还原酶(GR)的活性和查尔酮合酶(CHS)基因的相对表达量(RQ值);显著降低其相对电导率、脱落酸(ABA)、过氧化氢(H_(2)O_(2))、丙二醛(MDA)的含量,O_(2)·^(-)产生速率,以及黄酮醇合酶(FLS)基因的相对表达量。低温胁迫下GABA处理的怀玉山三叶青试管苗的生长与IAA、ZR、GA3、JA、SS、AsA、GSH的含量和CHS基因表达呈正相关。结论适当浓度的GABA可以调控内源植物激素和渗透调节物质含量、抗氧化物质含量以及次生代谢物关键基因表达,以促进低温胁迫下怀玉山三叶青试管苗的生长。

关键词：氨基丁酸怀玉山三叶青低温胁迫试管苗生长生理代谢

响应面优化超声波辅助提取经烘烤预处理奇亚籽油工艺的研究

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中国粮油学报 2024年第2期39卷 125-130页

作者：何亚芬张继红余中霞方文超上饶市检验检测认证院药品检测分院上饶334000

以奇亚籽为原料,采用超声波辅助提取奇亚籽油。通过单因素设计实验研究溶剂种类、料液比、超声时间、烘烤温度、烘烤时间对奇亚籽出油率的影响。在单因素实验基础上通过响应面法优化了超声波辅助提取经烘烤预处理奇亚籽油脂的最佳工艺... 详细信息

以奇亚籽为原料,采用超声波辅助提取奇亚籽油。通过单因素设计实验研究溶剂种类、料液比、超声时间、烘烤温度、烘烤时间对奇亚籽出油率的影响。在单因素实验基础上通过响应面法优化了超声波辅助提取经烘烤预处理奇亚籽油脂的最佳工艺条件。结果表明,超声波提取奇亚籽油脂的最佳工艺条件为烘烤温度160℃,烘烤时间46 min,料液比1∶17,超声时间55 min。在最优工艺条件下,奇亚籽的出油率为(39.41±0.72)%。奇亚籽油中不饱和脂肪酸含量丰富,其中亚麻酸(C18∶3n3)质量分数最高为62.90%,亚油酸(C18∶2n6c)质量分数为18.25%。

关键词：奇亚籽油响应面法超声波辅助烘烤预处理

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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析

草业科学 2024年

作者：尹明华李文婷欧阳茜王美暄徐子林张钦荣张牧彤黄添慧何凡凡乐芸张嘉欣柴桑雪上饶师范学院生命科学学院上饶农业技术创新研究院上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室

通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行了测序，并对其结构特征、系统进化关系以及密码子偏好性进行了分析。结果表明，苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构，长度为140754 bp，共注释了86个CDS（蛋白编码）基因、38个tRNA... 详细信息

通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行了测序，并对其结构特征、系统进化关系以及密码子偏好性进行了分析。结果表明，苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构，长度为140754 bp，共注释了86个CDS（蛋白编码）基因、38个tRNA（转运RNA）基因和8个rRNA（核糖体RNA）基因，缺失ccD和ycf1基因；苏丹草叶绿体基因组共检测到27个简单序列重复（simple sequence repeat，SSR）和47个长重复序列（long repeat sequence，Longrepeat）；LSC（大单拷贝）区和SSC（小单拷贝）区的核苷酸多态性显著高于IR（反向重复）区，LSC区的变异性大于SSC区和IR区，Pi（核苷酸多样性）变化范围为0-0.01852，通过Pi（≥0.01215）筛选出10个高变异区域，均位于LSC区；苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同，偏好以A/U结尾，平均ENC值为47.50，密码子偏性较弱；影响苏丹草及其11个近缘种密码子使用偏性的主要因素为自然选择，内部突变压力的影响较小；苏丹草叶绿体基因的最优密码子共15个（CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU），均以A、U结尾；苏丹草与高粱双色亚种Sorghum bicolor subsp. drummondii （MW999225）亲缘关系较近。本试验结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。

关键词：苏丹草叶绿体基因组序列特征密码子偏好性最优密码子系统发育分析

思想政治教育学科设立40年的历史与现实考察

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思想理论教育导刊 2024年第4期 4-10页

作者：刘书林清华大学高校德育研究中心

回顾思想政治教育学科40年发展历史,党的马克思主义中国化第一次历史性飞跃创造的思想理论成果,成为奠基新时期思想政治教育学科的理论基石,新时期老一辈革命家对思想政治教育和思想政治工作的论说体现了马克思主义中国化第一次历史性... 详细信息

回顾思想政治教育学科40年发展历史,党的马克思主义中国化第一次历史性飞跃创造的思想理论成果,成为奠基新时期思想政治教育学科的理论基石,新时期老一辈革命家对思想政治教育和思想政治工作的论说体现了马克思主义中国化第一次历史性飞跃成果的基本内容。可以说,思想政治教育学科今天良好的发展,承继了新中国最初30年思想政治教育经验,并在思想政治教育实践洗礼中不断得到提升。

关键词：思想政治教育学科毛泽东马克思主义中国化

GdPO_(4)∶Tb^(3+)荧光粉的制备及发光性能研究

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人工晶体学报 2024年第1期53卷 107-114页

作者：孟晓燕廖云张丽蓉张雨蒙吴丽丹杨流赛上饶师范学院化学与环境科学学院上饶334001

稀土Tb^(3+)掺杂磷酸钆(GdPO_(4))绿色荧光粉是实现白光LED的潜在荧光粉,其常规水热法的制备存在反应时间较长、Tb^(3+)的掺杂量偏低等问题。本文采用水热法结合高温烧结制备了一系列Gd_(1-x)PO_(4)∶xTb^(3+)(x=0、1%、5%、11%、13%、... 详细信息

稀土Tb^(3+)掺杂磷酸钆(GdPO_(4))绿色荧光粉是实现白光LED的潜在荧光粉,其常规水热法的制备存在反应时间较长、Tb^(3+)的掺杂量偏低等问题。本文采用水热法结合高温烧结制备了一系列Gd_(1-x)PO_(4)∶xTb^(3+)(x=0、1%、5%、11%、13%、15%、17%、19%)样品,通过X射线衍射仪(XRD)、扫描电子显微镜(SEM)-能谱仪(EDS)、红外光谱仪(FT-IR)和荧光分光光度计对所得样品的相结构、形貌、元素组成、光学吸收和发光性能进行了表征。研究结果表明,所合成样品均为GdPO_(4)的纯相,属于单斜晶系独居石结构,且Tb^(3+)均匀分布在GdPO_(4)基质中引起晶格收缩。在274 nm的光激发下,GdPO_(4)∶Tb^(3+)荧光粉的最强发射峰位于545 nm处,属于Tb^(3+)的^(5)D_(4)→^(7)F_(5)跃迁,且其荧光猝灭摩尔分数高达15%,此样品(GdPO_(4)∶15%Tb^(3+))表现出优异的绿光发射和良好的热稳定性。

关键词：磷酸钆 Tb 3+掺杂水热法高温烧结发光性能绿色荧光粉