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嗜水气单胞菌RPA-LFD快速检测方法的建立

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水生生物学报 2024年第5期48卷 849-858页

作者：王姝然徐嘉楠范厚勇郑跃平周天琦张也许丹上海海洋大学上海201306 上海海洋大学国家水生动物病原库上海201306 上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海市水生野生动植物保护研究中心上海200092

文章旨在建立一种针对嗜水气单胞菌的敏感性高、特异性强的快速临床诊断方法。研究根据嗜水气单胞菌促旋酶B亚单位(gyrase subunit B,gyrB)基因的保守序列,设计特异性重组酶聚合酶扩增技术(RPA)扩增引物,通过结合琼脂糖凝胶电泳(AGE)和... 详细信息

文章旨在建立一种针对嗜水气单胞菌的敏感性高、特异性强的快速临床诊断方法。研究根据嗜水气单胞菌促旋酶B亚单位(gyrase subunit B,gyrB)基因的保守序列,设计特异性重组酶聚合酶扩增技术(RPA)扩增引物,通过结合琼脂糖凝胶电泳(AGE)和侧流层析试纸条(LFD)的方法进行反应条件的优化、特异性及灵敏度检测。实验结果表明,所建立的嗜水气单胞菌RPA-LFD快速检测方法可在38℃最适温度下30min内无干扰地检测到嗜水气单胞菌,对嗜水气单胞菌纯培养物和基因组DNA的最小检出限为10^(3)cfu/mL和100 pg/μL。利用建立的RPA-LFD与普通PCR同时检测杂交鲟鱼处理临床样品的结果表明,两种方法的结果一致。综上所述,通过对RPA反应条件的探索和优化,成功建立了嗜水气单胞菌快速检测方法。该方法操作简便,反应迅速,与普通PCR相比,不需要昂贵的仪器,为未来嗜水气单胞菌细菌性疾病的早期诊断提供了更有效的技术支持。

关键词：快速检测重组酶聚合酶扩增技术侧向流动试纸条嗜水气单胞菌

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外语教育数字化转型的要素、挑战与路径

外语界 2024年第3期 28-34页

作者：洪化清乔玉飞上海外国语大学语料库研究院上海201620 南洋理工大学学习研究发展中心新加坡637335

如何运用人工智能、大数据等数字技术构建智慧教育生态体系是当前外语教育数字化转型的重要命题。本文首先探讨外语教育数字化转型的内涵与驱动要素,然后剖析外语教育数字化转型在优质资源配置、软硬件投入比例、教师数字素养、教学评... 详细信息

如何运用人工智能、大数据等数字技术构建智慧教育生态体系是当前外语教育数字化转型的重要命题。本文首先探讨外语教育数字化转型的内涵与驱动要素,然后剖析外语教育数字化转型在优质资源配置、软硬件投入比例、教师数字素养、教学评价等方面的迫切问题。最后,文章围绕外语教育数字化转型提出优化资源分析与评估方式、加强学习场域智能应用投入、提升教师数字素养、强化数据支持的教学分析、完善数据驱动的评管机制等行动路径。

关键词：外语教育数字化转型驱动要素挑战行动路径

海带PEPC功能区的原核重组表达及功能鉴定

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水产学报 2024年第10期48卷 42-52页

作者：秦天明金迷娜方佩佩毕燕会周志刚上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学国家海洋生物科学国际联合研究中心

与其他大型海藻一样，海带同样具备无机碳浓缩机制(CCM)，以实现高光合作用效率和生产力。胞质磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)被认为是海带CCM的重要组件，但目前尚没有关于海带胞质PEPC相关研究报道... 详细信息

与其他大型海藻一样，海带同样具备无机碳浓缩机制(CCM)，以实现高光合作用效率和生产力。胞质磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)被认为是海带CCM的重要组件，但目前尚没有关于海带胞质PEPC相关研究报道。本研究自海带配子体全长转录组数据库中筛选到一条可能位于细胞质的PEPC编码基因的cDNA全长序列。通过RT-PCR方法验证，获得SjPEPC基因的cDNA全长，为3 503 bp，包含2 850 bp的完整开放阅读框、50 bp的5'-UTR和603 bp的3'-UTR。SjPEPC编码一个含949个氨基酸残基的蛋白，相对分子质量为104.91 ku，等电点为7.31。多序列比对显示PEPC的功能位点在不同物种中高度保守，系统演化及序列结构分析表明SjPEPC属于细菌型的PEPC。选取编码SjPEPC功能区的核苷酸序列，利用同源重组技术构建了pET32aSjPEPC原核表达载体，经过诱导和纯化，得到了分子质量大小为86.3 ku的重组蛋白(rSjPEPC)，酶活性测定结果显示，rSjPEPC具有催化PEP发生羧化的活性，比活力为(9.37±0.46) U/mg prot。研究表明，PEPC在海带无机碳储存中可能具有重要功能。本研究可为进一步解析海带CCM提供了分子和生物化学证据。

关键词：海带配子体磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶原核表达酶活性测定

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生态翻译学视角下信息型文本翻译研究综述

现代语言学 2024年第5期12卷 50-54页

作者：刘姣姣上海海洋大学外国语学院上海

彼得·纽马克将文本划分为三大范畴,其中“信息型文本”功能的核心是“真实性”,因此,信息准确是翻译这类文本时的主要策略,即尽可能使用贴近源语的语义、句法结构将原文语境意义准确地表达出来。翻译时应遵循忠实原则,同时也不能忽视... 详细信息

彼得·纽马克将文本划分为三大范畴,其中“信息型文本”功能的核心是“真实性”,因此,信息准确是翻译这类文本时的主要策略,即尽可能使用贴近源语的语义、句法结构将原文语境意义准确地表达出来。翻译时应遵循忠实原则,同时也不能忽视其可读性,适当采取归化的翻译原则,注重译文的流畅性和读者接受程度。而生态翻译学自提出以来,在国内外一直受到诸多探讨与应用。笔者通过在中国知网等数据库以“生态翻译学”、“信息型文本”为关键字进行搜索,运用文献分析法对文献的核心观点进行总结分类,得出了生态翻译学对于信息型文本翻译研究确实具有较强的解释力及适用性的结论,同时认为目前生态翻译学在此领域的研究尚处于起步阶段,还不足以得出系统化的翻译策略。

关键词：生态翻译信息型文本翻译策略研究综述

弗氏柠檬酸杆菌RPA-LFD快速检测方法的建立及应用

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大连海洋大学学报 2024年第2期39卷 241-249页

作者：王姝然范厚勇徐嘉楠周天琦许丹郑跃平上海海洋大学水产与生命学院上海201306 上海海洋大学国家水生动物病原库上海201306 上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海市水生野生动植物保护研究中心上海200092

为建立一种针对弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)敏感性高、特异性强的临床快速检测方法,根据该菌定居因子基因cfa的保守序列,设计特异性引物,采用重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA),并结合琼脂糖... 详细信息

为建立一种针对弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)敏感性高、特异性强的临床快速检测方法,根据该菌定居因子基因cfa的保守序列,设计特异性引物,采用重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA),并结合琼脂糖凝胶电泳(AGE)和侧流层析试纸条(LFD)方法进行反应条件的优化及特异性与灵敏度的检测。结果表明:本研究中所建立的弗氏柠檬酸杆菌重组酶聚合酶扩增结合侧向流动试纸条(RPA-LFD)快速检测方法,在38℃条件下扩增20 min后,能特异性地检测到弗氏柠檬酸杆菌,对弗氏柠檬酸杆菌纯培养物和基因组DNA的最小检出限分别为1.5×102 CFU/mL和200 fg/μL,是常规PCR(cfa引物)检测灵敏度(20 pg/μL)的100倍;利用所建立的RPA-LFD法与常规PCR同时检测杂交鲟攻毒试验样本,两种方法的检测结果一致。研究表明,本研究中建立的弗氏柠檬酸杆菌RPA-LFD方法,操作简便、反应迅速、特异性好、灵敏度高,并且不需要昂贵的仪器,该方法可为未来弗氏柠檬酸杆菌细菌性疾病的早期诊断提供更有效的技术支持。

关键词：弗氏柠檬酸杆菌快速检测重组酶聚合酶扩增技术侧向流动试纸条

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三角帆蚌B族Ⅰ型清道夫受体基因HcSR-B1分子特征及类胡萝卜素代谢功能初探

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水产学报 2024年

作者：张瑶刘瀚璐陆婷婷颜玲吕雪峰王昊王志炎白志毅上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学上海市水产动物良种创新与绿色养殖协同中心上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心

类胡萝卜素代谢是影响三角帆蚌贝壳颜色和珍珠颜色的重要功能物质。本实验从已有的全基因组库中获得的HcSR-B1基因序列进行生物信息学分析，其开放阅读框长1 626 bp (GenBank：OR296620)，编码541个氨基酸，包括一个典型的CD36结构域及... 详细信息

类胡萝卜素代谢是影响三角帆蚌贝壳颜色和珍珠颜色的重要功能物质。本实验从已有的全基因组库中获得的HcSR-B1基因序列进行生物信息学分析，其开放阅读框长1 626 bp (GenBank：OR296620)，编码541个氨基酸，包括一个典型的CD36结构域及2个跨膜结构域。系统进化树及氨基酸比对分析证实，HcSR-B1基因进化较为保守，与文蛤相似性最高。以具有高、中、低类胡萝卜素代谢能力的三角帆蚌品系金蚌、紫蚌和白蚌为研究对象，实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析结果显示，HcSR-B1基因在肝胰腺、边缘膜、中央膜、斧足及闭壳肌中表达量均为金蚌最高、白蚌最低，且在肝胰腺及外套膜两个组织中均呈现显著性差异；原位杂交实验发现该基因在外套膜边缘均具有阳性信号，并且在外褶（OF）、中褶（MF）、中褶与内褶连接处及腹膜区（VM）中出现的阳性信号较其余部分更强；RNA干扰沉默基因表达72 h后，最佳干扰组基因表达量显著降低71.72%，该组外套膜组织总类胡萝卜素含量 (TCC) 相应降低50.5%。研究表明，HcSR-B1基因能够影响三角帆蚌类胡萝卜素的吸收转运过程，进而通过生物矿化过程影响贝壳或珍珠颜色。本研究可以深化对三角帆蚌壳色和珍珠颜色形成分子机制的理解。

关键词：三角帆蚌类胡萝卜素 HcSR-B1基因珍珠壳色生物矿化

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海洋硬骨鱼类对海洋碳循环影响研究现状

生态学报 2024年

作者：赵振方陈新军刘必林郭方胡贯宇上海海洋大学海洋生物资源与管理学院上海海洋大学大洋渔业资源可持续开发教育部重点实验室上海海洋大学国家远洋渔业工程技术研究中心上海海洋大学农业农村部大洋渔业开发重点实验室

海洋硬骨鱼类在全球碳循环中扮演着重要角色，其生理活动对海洋碳汇具有显著影响。本文回顾并总结了海洋硬骨鱼类对海洋碳汇影响的研究进展，分析了鱼类通过主动和被动运输机制对海洋碳循环的贡献，并整理了关于碳酸盐排泄的现有模型。... 详细信息

海洋硬骨鱼类在全球碳循环中扮演着重要角色，其生理活动对海洋碳汇具有显著影响。本文回顾并总结了海洋硬骨鱼类对海洋碳汇影响的研究进展，分析了鱼类通过主动和被动运输机制对海洋碳循环的贡献，并整理了关于碳酸盐排泄的现有模型。研究认为，海洋硬骨鱼类通过呼吸作用、垂直洄游和死亡沉降等过程，对海洋深层的碳储存具有重要作用。这些过程不仅与鱼类的代谢活动紧密相关，而且还受到水温、盐度、pH值等环境因素的影响。然而，当前对海洋硬骨鱼碳汇的定量估算有限，且缺乏系统性研究。本文强调了未来深入研究的必要性，包括全球范围内的鱼类固碳潜力评估、环境因素对鱼类固碳效率的影响、以及鱼类死亡沉降作为碳汇过程的评估。此外，本文建议建立全球鱼类固碳数据库等基础平台，以促进国际合作并提高对鱼类在海洋碳循环中作用的科学认识。

关键词：海洋硬骨鱼类海洋碳汇生理活动环境因素全球数据库

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蓝色七彩神仙鱼虹彩细胞呈色相关基因的发掘

水产学报 2024年第8期48卷 42-54页

作者：李中军温彬马腾飞刘鑫高建忠陈再忠上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心

为发掘蓝色体色中与虹彩细胞呈色相关的基因，实验选取全蓝、白化全蓝七彩神仙鱼分别与全白七彩神仙鱼的皮肤组织，进行比较转录组学分析。结果显示，全蓝与全白七彩神仙鱼皮肤组织转录组序列比对，共有2 192个差异表达基因(DEGs)，其中... 详细信息

为发掘蓝色体色中与虹彩细胞呈色相关的基因，实验选取全蓝、白化全蓝七彩神仙鱼分别与全白七彩神仙鱼的皮肤组织，进行比较转录组学分析。结果显示，全蓝与全白七彩神仙鱼皮肤组织转录组序列比对，共有2 192个差异表达基因(DEGs)，其中1 270个基因上调，922个基因下调，DEGs主要富集至嘌呤核苷酸生物合成过程、肌动蛋白结构组织、嘌呤化合物生物合成过程、氧化磷酸化和柠檬酸循环等代谢通路。白化全蓝与全白七彩神仙鱼转录组序列比对结果显示，共有3 168个DEGs，其中1 859个基因上调，1 309个基因下调，主要富集在氧化磷酸化、核糖核苷二磷酸代谢过程、ADP代谢过程、阳离子结合和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等通路。为进一步发掘与虹彩细胞呈色相关的候选基因，通过数据库比对分析，在全蓝与全白七彩神仙鱼筛选出32个DEGs，在白化全蓝与全白七彩神仙鱼筛选出38个DEGs，其中alkal2b、gpnmb、fhl2、pka与虹彩细胞发育相关，pgam、prtfdc1、pnp、slc23a1、slc2a9、rab38、rdh10、psat1、paics与虹彩细胞中鸟嘌呤合成及运输相关。本研究为深入解析鱼类蓝色结构色的形成和调控机制奠定基础。

关键词：鱼类虹彩细胞结构色蓝色

人NFE2基因上游增强子lncRNA调控NFE2基因转录和K562细胞增殖

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生物化学与生物物理进展 2024年第1期51卷 190-201页

作者：卢燕飞曲颂雅朱晶晶刘超王建韩兵社张俊芳上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 临港新片区海洋生物医药科技创新型平台上海201306

目的转录因子NFE2的异常表达在许多骨髓增殖性肿瘤患者中被观察到,然而造成这种异常的转录调控机制尚不明确,本研究旨在探究参与NFE2转录调控的元件和分子机制。方法首先通过公共数据库中Ch IP-seq数据和ATAC-seq数据预测NFE2基因的潜... 详细信息

目的转录因子NFE2的异常表达在许多骨髓增殖性肿瘤患者中被观察到,然而造成这种异常的转录调控机制尚不明确,本研究旨在探究参与NFE2转录调控的元件和分子机制。方法首先通过公共数据库中Ch IP-seq数据和ATAC-seq数据预测NFE2基因的潜在增强子元件,并通过双荧光素酶报告实验进行体外验证。随后,通过PRO-seq和GRO-seq数据结合RACE技术克隆这些增强子RNA转录本,经在线编码潜能预测工具分析认为其为lnc RNA,通过RT-q PCR检测该lnc RNA在不同白血病细胞系中和这些细胞诱导分化前后的表达变化及其亚细胞定位。最后,通过慢病毒系统在K562细胞中过表达和敲降该lnc RNA以探究其功能。结果鉴定出调控NFE2转录的3个增强子元件,分别位于NFE2转录起始位点-3.6k,-6.2k和+6.3k区域,这些元件插入NFE2启动子上游均能增强下游萤火虫荧光素酶的表达。克隆出-3.6k增强子负链方向的转录本,将其鉴定为-3.6k-lnc RNA。本研究发现,该lnc RNA在K562、U937和HL-60这3种白血病细胞系中均有一定程度的表达,且均定位于细胞核内。当该lnc RNA在K562细胞中过表达,NFE2水平随之提高,细胞增殖和细胞迁移能力受到抑制;当其被敲降时,NFE2水平相应降低而K562细胞增殖能力随之升高。结论本文鉴定了调控人NFE2基因转录的3个增强子元件和一条增强子lnc RNA转录本,并验证了该lnc RNA对NFE2转录的正调控作用以及对K562细胞增殖能力具有抑制作用。

关键词： NFE2基因增强子长链非编码RNA 细胞增殖