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斑马鱼肌肉高表达基因近端非编码元件分析及功能检测

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水生生物学报 2022年第3期46卷 292-302页

作者：鲁程成赵一凡范纯新王建上海海洋大学国家海洋生物科学国际联合研究中心上海201306 上海海洋大学国际海洋研究中心海洋生物系统与神经科学研究所上海201306 上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306

为鉴定鱼类肌肉组织特异性顺式调控元件,通过分析斑马鱼多个组织的转录组数据,筛选出肌肉高表达基因及低表达基因。通过MEME对肌肉高表达基因和低表达基因非编码区序列特征进行分析,在5个肌肉高表达基因的转录起始位点上游发现了序列保... 详细信息

为鉴定鱼类肌肉组织特异性顺式调控元件,通过分析斑马鱼多个组织的转录组数据,筛选出肌肉高表达基因及低表达基因。通过MEME对肌肉高表达基因和低表达基因非编码区序列特征进行分析,在5个肌肉高表达基因的转录起始位点上游发现了序列保守的DNA区域,包含6个排列顺序一致的DNA基序。将其中一段目标片段插入具有Tol2转座子元件的基础启动子驱动的eGFP编码基因的上游,构建表达载体。注射载体至斑马鱼受精卵获得转基因胚胎,分析胚胎中eGFP荧光的表达模式,发现该DNA片段具有增强基因在肌肉特异性表达的功能。Tomtom预测该DNA区域可能作为Myod等多个转录因子的结合位点。研究结果有助于理解鱼类肌肉基因表达的遗传基础,并为利用生物信息学方法预测组织特异性转录调控元件提供新思路。

关键词：顺式调控元件肌肉基因表达斑马鱼

东海原甲藻和中肋骨条藻适宜生长条件及叶绿素荧光特性的对比

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上海海洋大学学报 2021年第6期30卷 1034-1046页

作者：沈敏林军关莹莹上海海洋大学海洋生态与环境学院上海201306 上海海洋大学海洋工程技术研究中心上海201306

为探究东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)和中肋骨条藻(Skeletonema costatum)两种赤潮高发藻适宜生长条件及叶绿素荧光参数的差异,选取温度(17、20、23、26℃)、光照[40、80、120、160μmol photons/(m^(2)·s)]、磷酸盐(0.1、1.0、5.0、10.0μmol/L)、初始生物量(1×10^(4)、3×10^(4)、5×10^(4)、7×10^(4)cells/mL)等4个因素4水平试验进行室内培养实验。结果表明,对两种微藻叶绿素a峰值质量浓度产生极其显著影响的是磷酸盐(P<0.01),光照、温度、初始生物量未产生显著影响。磷酸盐添加表明,在0.1、1.0μmol/L低磷环境中,东海原甲藻生物量及稳定性高于中肋骨条藻,高初始生物量消耗磷酸盐后东海原甲藻能够继续生存,中肋骨条藻则细胞丰度持续衰落;在5.0和10.0μmol/L高磷环境中,中肋骨条藻较东海原甲藻增殖最快,生物量更高。东海原甲藻的荧光参数F_(v)/F_(m)、α较中肋骨条藻稳定,表明其光合活性稳定;更小的细胞体积和更大的比表面积使中肋骨条藻于培养初期快速达到峰值,表明其对磷酸盐利用能力强。10.0μmol/L磷酸盐浓度组,4个荧光参数最大,光合活性最强,更容易发生赤潮。东海原甲藻的光合活性主要受光照的影响,中肋骨条藻的光合活性更大程度受磷酸盐、光照的影响。

关键词：东海原甲藻中肋骨条藻叶绿素a浓度叶绿素荧光参数

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冷库空气幕性能数值模拟与参数优化

农业机械学报 2014年第7期45卷 189-195页

作者：谢晶缪晨杜子峥朱进林上海海洋大学食品学院上海201306

以一个实际冷库为试验对象,建立了包含冷库内部、冷库空气幕和库外环境在内的三维耦合数值模型,采用CFD数值模拟软件对冷库空气幕流场进行非稳态数值模拟,并对冷库温度场进行了试验测量,重点分析了冷库空气幕的送风速度、送风角度和喷... 详细信息

以一个实际冷库为试验对象,建立了包含冷库内部、冷库空气幕和库外环境在内的三维耦合数值模型,采用CFD数值模拟软件对冷库空气幕流场进行非稳态数值模拟,并对冷库温度场进行了试验测量,重点分析了冷库空气幕的送风速度、送风角度和喷口宽度等参数对冷库空气幕隔离性能的影响规律。结果表明,对于某个具体的冷库,存在最合理的送风速度和送风角度,使冷库空气幕的隔离性能达到最佳,库内温度场波动最小。冷库空气幕喷口宽度不宜选择过宽。本文研究的冷库空气幕最佳的送风速度为8 m/s,最佳的送风角度为向冷库外侧偏转15°,最佳的喷口宽度为0.04 m。

关键词：冷库空气幕参数优化性能数值模拟

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全氟辛烷磺酸的紫外光降解及降解机理

环境科学研究 2022年第3期35卷 780-788页

作者：许杰尧江敏吴昊吴迪吴思雅上海海洋大学海洋生态与环境学院上海201306 上海海洋大学水域环境生态上海高校工程研究中心上海201306 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

为优化全氟辛烷磺酸(PFOS)的紫外光降解条件及探明其降解机理,研究了PFOS在暗反应(Dark)、暗反应/碘化钾体系(Dark/KI)、紫外(UV)、紫外/碘化钾体系(UV/KI)、真空紫外(VUV)及真空紫外/碘化钾体系(VUV/KI)6种反应条件下的降解效果;在VUV... 详细信息

为优化全氟辛烷磺酸(PFOS)的紫外光降解条件及探明其降解机理,研究了PFOS在暗反应(Dark)、暗反应/碘化钾体系(Dark/KI)、紫外(UV)、紫外/碘化钾体系(UV/KI)、真空紫外(VUV)及真空紫外/碘化钾体系(VUV/KI)6种反应条件下的降解效果;在VUV/KI体系下,以单因素分析法研究了PFOS初始浓度、pH、KI添加量对PFOS降解效果的影响;通过中间产物分析提出PFOS在紫外光下的降解机理与路径.结果表明:①在Dark、Dark/KI体系下,PFOS均不会降解;在UV、UV/KI、VUV体系下,PFOS降解率均低于30%;在VUV/KI体系下,初始浓度为200μg/L、KI添加量为2 mmol/L,PFOS的8 h降解率可达70%.②降低PFOS的初始浓度、提高pH、增加KI添加量均有助于PFOS的降解.③轨道阱液质联用仪共鉴定出全氟辛酸(PFOA)、全氟丁酸(PFBA)、五氟乙烷磺酸(PFEtS)、五氟丙酸甲酯(MPFA)、三氟乙酸甲酯(MTFA)和三氟乙酸(TFA)等6种中间产物,PFOS的降解过程包括脱磺酸基团以及脱碳碳键反应.研究显示,水合电子是PFOS紫外光降解过程中的主要活性因子,VUV/KI反应体系可有效去除PFOS,降解路径及降解机理的分析可为其他全氟化合物的紫外光降解提供参考.

关键词：全氟辛烷磺酸紫外光降解机理中间产物

改良QuEChERs法联合超高效液相色谱-质谱法测定水产养殖池塘底泥中8种抗生素残留

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分析试验室 2024年第8期43卷 1139-1145页

作者：舒达江敏吴昊王凌宇李昊霖上海海洋大学海洋生态与环境学院上海201306 上海海洋大学水域环境生态上海高校工程研究中心上海201306 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

建立了水产养殖池塘底泥中8种可用渔药残留的检测方法。取2 g水产养殖池塘底泥,其中2种喹诺酮类抗生素(恩诺沙星、氟甲喹)选用含有5%甲酸的乙腈溶液作为萃取剂,4种磺胺类(磺胺嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶、磺胺二甲嘧啶、磺胺甲恶唑)和2种氯... 详细信息

建立了水产养殖池塘底泥中8种可用渔药残留的检测方法。取2 g水产养殖池塘底泥,其中2种喹诺酮类抗生素(恩诺沙星、氟甲喹)选用含有5%甲酸的乙腈溶液作为萃取剂,4种磺胺类(磺胺嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶、磺胺二甲嘧啶、磺胺甲恶唑)和2种氯霉素类(甲砜霉素、氟甲砜霉素)抗生素选用乙腈作为萃取剂进行提取。在正离子扫描模式下,流动相A为0.1%甲酸、2 mmol/L甲酸铵水溶液,流动相B为乙腈;在负离子扫描模式下,流动相A为纯水,流动相B为乙腈。经ACQUTY UOLC BEH C_(18)色谱柱分离,外标法定量。结果表明,在1,10,100 ng/g 3种加标水平下,8种抗生素的回收率可达80.5%~101.3%,相对标准偏差(RSD)小于7.7%;检出限为0.015~0.292 ng/g,定量限为0.047~0.973 ng/g;基质效应均小于35.6%。所建立的方法适用于水产养殖池塘底泥中8种抗生素残留的同时定量测定。

关键词：水产养殖底泥抗生素 QuEChERs法定量分析

上海沙田湖养殖区及周边水体中氟喹诺酮类抗性基因的分布特征及其与环境因子关系

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环境科学 2021年第12期42卷 5848-5856页

作者：徐慕李世豪马巾王丽卿张玮上海海洋大学农业农村部鱼类营养与环境生态研究中心上海201306 上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学水产与生命学院水生生物系上海201306

集约化水产养殖区常被认为是水体抗生素和抗性基因的主要潜在来源,然而对其该类水体中抗生素和抗性基因污染情况的研究仍相对匮乏.本文以上海市沙田湖养殖区及周边水体为调查对象,利用宏基因组学高通量测序技术,于2020年9月对水体中的... 详细信息

集约化水产养殖区常被认为是水体抗生素和抗性基因的主要潜在来源,然而对其该类水体中抗生素和抗性基因污染情况的研究仍相对匮乏.本文以上海市沙田湖养殖区及周边水体为调查对象,利用宏基因组学高通量测序技术,于2020年9月对水体中的氟喹诺酮类抗生素(fluoroquinolones,FQs)和氟喹诺酮类抗性基因(fluoroquinolones antibiotic resistance genes,FQs-ARGs)的种类和丰度进行了调查,并利用多元统计分析方法研究了水体理化因子和FQs对FQs-ARGs的影响.结果表明,沙田湖养殖区及周边水体共检测出5类耐药机制、共46种FQs-ARGs,其中各水体共有基因为44种.抗性基因mfd和patA在养殖水体和周边水体中均为优势抗性基因,抗生素抗性基因变异或突变为优势耐药机制.养殖水体和周边河湖水体、不同养殖品种水体之间FQs-ARGs的平均丰度无显著差异(P>0.05).偏冗余分析(pRDA)表明,除了诺氟沙星和环丙沙星2种抗生素外,水体电导率(Spc)、总磷(TP)、总氮(TN)、氨氮(NH_(4)^(+)-N)、溶解氧(DO)、pH和叶绿素a(Chl-a)等环境因子是影响水体中FQs-ARGs组成与分布的关键性因子,且非抗生素因子的总贡献率远高于抗生素.

关键词：养殖水体氟喹诺酮类抗性基因环境因子宏基因组沙田湖养殖区

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关于加强长江渔文化保护与传承的思考

上海海洋大学学报 2022年第5期31卷 1325-1334页

作者：步宇宁波上海海洋大学经济管理学院上海201306 上海海洋大学海洋文化研究中心上海201306

长江渔文化是长江文化的主要源头之一,而长江文化又是中华文化的重要源文化之一。面对长江十年禁渔,长江渔文化的保护与传承刻不容缓。对此,有助于推进长江十年禁渔,有助于长江文化的传承创新,有助于推进文化强国建设,有助于生态文明建... 详细信息

长江渔文化是长江文化的主要源头之一,而长江文化又是中华文化的重要源文化之一。面对长江十年禁渔,长江渔文化的保护与传承刻不容缓。对此,有助于推进长江十年禁渔,有助于长江文化的传承创新,有助于推进文化强国建设,有助于生态文明建设,有助于长江经济带乡村振兴,有助于丰富中华文化内涵。本文选取上海市崇明区为案例,采用问卷调查及实地访谈等形式,对长江渔文化保护与传承的影响因素进行分析,对收集来的数据通过统计分析软件进行描述性统计分析,发现主要问题为地方管理与治理能力比较薄弱;急功近利的开发影响保护与传承;普通民众保护与传承意识淡薄。对此,建议完善长江渔文化保护与传承法治与机制;加强对长江渔文化遗产及其传承人保护;加强长江渔文化的宣传应用与活态传承;加强长江渔文化资源的创新转化与开发等,为长江渔文化的保护与传承提供助益。

关键词：长江十年禁渔渔文化保护传承

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基于流场数值仿真的人工鱼礁组合优化研究

水产学报 2013年第7期37卷 1023-1031页

作者：林军章守宇叶灵娜上海海洋大学海洋科学学院上海海洋大学海洋生态系统与环境实验室上海海洋大学国际海洋研究中心

基于特征礁水槽集鱼实验,研究了不同结构人工鱼礁和不同背景速度下黑鲷幼鱼在各流速区段出现频度,以鱼类出现频度高、水平流速为背景速度的0.7倍和0.8倍以下的流场空间体积作为背涡流范围指标,以垂向上升流速为水平来流速度的0.1倍和0.... 详细信息

基于特征礁水槽集鱼实验,研究了不同结构人工鱼礁和不同背景速度下黑鲷幼鱼在各流速区段出现频度,以鱼类出现频度高、水平流速为背景速度的0.7倍和0.8倍以下的流场空间体积作为背涡流范围指标,以垂向上升流速为水平来流速度的0.1倍和0.2倍以上的空间体积作为上升流范围指标,基于Fluent、采用大涡模拟法(LES)的湍流模型,进行数值水槽建模,以4种单位鱼礁组合方案为例来分析不同组合流场效应的差异和优劣。研究表明,边长3 m的正方体鱼礁,以20～30个单礁、1～2倍礁距进行五点式、对称型单位鱼礁组合投放为宜,这样既能发挥礁体的协同效应,又能使单位鱼礁的调控范围达到最大化。

关键词：人工鱼礁组合流场效应数值模拟优化大涡模拟(LES)

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上海临港滨海河道夏季周丛生物群落演替特征

上海海洋大学学报 2023年第3期32卷 597-608页

作者：丰美萍邱继琛宋全健边文华章守宇彭丽洁王凯上海海洋大学海洋生态与环境学院上海201306 上海海洋大学海洋牧场工程技术研究中心上海201306

以上海市浦东临港芦潮引河支流河段为例,选取3个相通的不同污染程度的位点,采取高通量测序技术研究夏季真核周丛生物群落组成和定殖过程,并结合环境参数分析周丛生物群落对环境因子的响应。调查共获得36个样品,鉴定周丛生物30门681属。... 详细信息

以上海市浦东临港芦潮引河支流河段为例,选取3个相通的不同污染程度的位点,采取高通量测序技术研究夏季真核周丛生物群落组成和定殖过程,并结合环境参数分析周丛生物群落对环境因子的响应。调查共获得36个样品,鉴定周丛生物30门681属。主要的门有轮虫门(Rotifera)、绿藻门(Chlorophyta)和纤毛虫门(Ciliophora),属有五盘轮虫属(Pentatrocha)、旋轮虫属(Philoding)、钟虫属(Vorticella)、瘤丽星介属(Physocyprig)等。调查期间周丛生物群落结构随定殖时间变化显著,不同污染程度河流周丛生物群落组成呈现显著性差异且优势种变化也不同,H点和Y点在后期均出现纤毛虫减少和绿藻成为优势类群的演替现象。冗余分析表明盐度对周丛生物群落影响显著。不同生物对于环境因子的响应程度不同,五盘轮虫属、旋轮虫属和钟虫属等优势属与环境因子有着较高的相关性。该研究将为进一步了解滨海河道水体周丛生物的多样性及时空演替特征及受损水体周丛生物开展生态健康评估提供基础数据。

关键词：周丛生物 18S rDNA 群落变化河流污染滨海河道