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2016年淮南市禽流感外环境H9N2病毒基因组特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2020年第10期40卷 740-747页

作者：刘江何军曾凡荣何玢杨光余寿杰淮南市疾病预防控制中心微生物检验科 232033 安徽省疾病预防控制中心微生物检验科合肥230601

目的分析淮南市2016年2—4月外环境标本中H9N2亚型禽流感病毒基因组特征。方法选取H9N2亚型荧光PCR检测核酸阳性标本(Ct值≤30),经鸡胚分离培养提取RNA,扩增8个基因节段进行全基因序列测定,分析淮南株各基因节段分子特征,构建进化树进... 详细信息

目的分析淮南市2016年2—4月外环境标本中H9N2亚型禽流感病毒基因组特征。方法选取H9N2亚型荧光PCR检测核酸阳性标本(Ct值≤30),经鸡胚分离培养提取RNA,扩增8个基因节段进行全基因序列测定,分析淮南株各基因节段分子特征,构建进化树进化分析。结果淮南市外环境2株H9N2禽流感毒株血凝素(hemagglutinin,HA)基因和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因与A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2人源株核苷酸同源性分别为98.2%~98.3%/97.2%~94.9%,氨基酸序列同源性为98.9%~98.8%/99.2%~98.6%,其余6个内源基因与A/Anhui/1/2013/H7N9、A/Anhui/33163/2016/H5N6高度同源;基因进化分析显示,2016年淮南市2株H9N2亚型禽流感毒株为G57基因型,淮南市2株H7N9分离株、安徽人感染A/Anhui/1/2013/H7N9和A/Anhui/33163/2016/H5N6内源基因均为G57-like基因型;HA蛋白受体结合域氨基酸S132D、K138T、T189D、V/A190T、Q226L变异,NA茎区缺失了"TEI"序列,H274Y、R292K、N294S耐药位点未发生变异,PA基因I550L,PB1基因I368V,PB2基因I504V,NS1基因P42S,M1基因N30D、T215A,M2基因耐药S31N位点均发生突变。结论淮南市活禽市场H9N2病毒与人感染H9N2安徽株A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2高度同源,处于同一进化分支,均为G57基因型,可提供内源基因与人感染H7N9、H5N6亚型禽流感病毒重组;HA受体结合域氨基酸位点、NA茎区缺失序列、聚合酶活性增加,均加强病毒感染人类的能力,M2离子通道抑制剂(金刚烷烃类)耐药,NA抑制剂(磷酸奥司他韦)仍为敏感药物。

关键词： H9N2 禽流感 PCR 外环境 HA NA

应用简化和定量方法从空调冷却水中培养分离军团菌

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中华流行病学杂志 2001年第3期22卷 226-228页

作者：胡君生夏建英杨兰萍庄昕陈长怡上海市卢湾区疾病预防控制中心微生物检验科 200025

目的　建立简便技术并用于调研该地区空调冷却水中军团菌的分布等。方法　用简法配制军团菌培养基 ;以烛缸取代CO2 培养箱 ;仅依据菌落形态的符合和在血琼脂上不生长初判军团菌 ;并用简式作定量。结果　应用简化和定量的方法于 1997年 ... 详细信息

目的　建立简便技术并用于调研该地区空调冷却水中军团菌的分布等。方法　用简法配制军团菌培养基 ;以烛缸取代CO2 培养箱 ;仅依据菌落形态的符合和在血琼脂上不生长初判军团菌 ;并用简式作定量。结果　应用简化和定量的方法于 1997年 7月至 1999年 6月 ,从上海市卢湾区6类建筑物 47个定点的 371件空调冷却水样中 ,检出了 185件军团菌 ,检出率达 49.87% ,其中地铁站达 6 9.36 %。结论　建立了简化的军团菌培养分离和定量法 ,以此法在历经 3年较系统的定点调研中 ,检出率达 49.87% ,非常显著地高于国内已发表的资料而与国外相近。其中地铁站冷却水的军团菌检出率和菌量均最高。

关键词：军团菌空调冷却水简化法培养分离

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沙门菌毒力岛1缺失山夫登堡沙门菌的特性

中华预防医学杂志 2011年第10期45卷 899-903页

作者：李迎慧许学斌扈庆华石晓路林一曼邱亚群深圳市疾病预防控制中心微生物检验科 518055 上海市疾病预防控制中心微生物室

目的研究沙门菌毒力岛1（SPI-1）缺失山夫登堡沙门菌的特性。方法于2006年从上海10例腹泻患者粪便中分离得到10株山夫登堡沙门菌，运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、PCR、毒力基因测序及细胞侵袭试验对其进行分子分型、侵袭基因及细胞侵袭... 详细信息

目的研究沙门菌毒力岛1（SPI-1）缺失山夫登堡沙门菌的特性。方法于2006年从上海10例腹泻患者粪便中分离得到10株山夫登堡沙门菌，运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、PCR、毒力基因测序及细胞侵袭试验对其进行分子分型、侵袭基因及细胞侵袭能力检测，并与2002年深圳分离株（C02013）进行比较。结果10株山夫登堡沙门菌分离株编号依次为S09007～S09012、S09014～S09017，分为3种PFGE条带型，与深圳株存在明显差异，为不同来源。PCR扩增结果显示，10株菌株SPI．1上的侵袭蛋白基因（invA）、效应蛋白基因（sipA）及基因段．fhlA—hilA、hilA—spaP、spaP—invH扩增阴性。测序结果显示，10株分离株均为SPI-1基因大部分缺失菌株，orgA至invH基因缺失，orga基因部分缺失。与2002年深圳菌株相比，sprB—orgC基因存在。2002年深圳菌株和2006年上海菌株在基因缺失位置均多出1段约1000bp的基因片段，为1个简单的插入序列。10株菌（S09007～S09012、S09014～S09017）对Hela细胞的侵袭率分别为（0．0053±0．0014）％、（0．0046±0．0006）％、（0．0047±0．0003）％、（0．0064±0．0012）％、（0．0065±0．0011）％、（0．0070±0．0020）％、（0．0115±0．0030）％、（0．0099±0．0039）％、（0．0180±0．0035）％和（0．0031±0．0012）％，低于invA阳性对照株STM1344的（5．0800±0．6333）％；低于或接近invA基因缺失人工突变株STMinvA-的（0．0193±0．0045）％。结论SPI-1基因不是山夫登堡沙门菌引起人体腹泻所必需的基因。

关键词：沙门菌属毒力细菌分型技术基因细菌

2017—2019年松江区不同来源弯曲菌PFGE及耐药性研究

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现代预防医学 2021年第20期48卷 3794-3799页

作者：杨舒姜永根盛峰松乔雪飞吴佳瑾吴健灏邱香李萌杨丽华上海市松江区疾病预防控制中心微生物检验科

目的了解上海市松江区腹泻患者、禽肉类来源弯曲菌的流行状况及耐药情况,探讨不同来源弯曲菌的相关性,为制定针对性预防措施提供科学依据。方法对来自2017—2019年上海市松江区部分医院就诊的腹泻患者粪便或肛拭子以及来自农贸市场和超... 详细信息

目的了解上海市松江区腹泻患者、禽肉类来源弯曲菌的流行状况及耐药情况,探讨不同来源弯曲菌的相关性,为制定针对性预防措施提供科学依据。方法对来自2017—2019年上海市松江区部分医院就诊的腹泻患者粪便或肛拭子以及来自农贸市场和超市的禽肉类样品进行弯曲菌分离培养和生化鉴定,应用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,PFGE方法进行分子分型。结果 653份腹泻患者样品中分离出弯曲菌60株,阳性率9.19%,438份禽肉类样品中分离出弯曲菌51株,阳性率11.64%,二者阳性检出率差异无统计学意义(χ2=1.730,P>0.05)。食品和腹泻患者来源的弯曲菌对环丙沙星(90.20%和90.00%)、萘啶酸(94.12%和88.33%)、四环素(88.24%和71.67%)耐药严重,耐药率>71%。PFGE结果显示同源性大于等于90%的亚型群有24组,共79株弯曲菌,占71.17%。同源性100%的有21组,共63株菌,占56.76%,其中4组出现食品和腹泻患者来源弯曲菌100%同源的情况。结论上海市松江区禽肉类和腹泻患者弯曲菌检出率较高,多重耐药情况严重,禽肉食品和腹泻患者来源的部分菌株具有100%同源性,提示腹泻患者感染弯曲菌可能与食用被弯曲菌污染的禽肉食品有关,为今后更好地预防弯曲菌相关疾病提供数据支持。

关键词：弯曲菌禽肉食品腹泻患者 PFGE 耐药性

Toll样受体7在肠道病毒71型感染人Jurkat T细胞诱导炎症因子中的作用

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中华预防医学杂志 2016年第3期50卷 266-269页

作者：茌静何雅青余光清雷蕾深圳市宝安区疾病预防控制中心微生物检验科 518101 深圳市疾病预防控制中心微生物检验科

目的研究Toll样受体（TLRs）在肠道病毒71型（EV—A71）感染人T细胞中的表达情况，阐明其在EV—A71致炎症反应机制中的作用。方法EV—A71毒株由深圳市CDC于2014年从手足口病患儿粪便中分离，接种200txl病毒滴度为103细胞培养半数感染量... 详细信息

目的研究Toll样受体（TLRs）在肠道病毒71型（EV—A71）感染人T细胞中的表达情况，阐明其在EV—A71致炎症反应机制中的作用。方法EV—A71毒株由深圳市CDC于2014年从手足口病患儿粪便中分离，接种200txl病毒滴度为103细胞培养半数感染量（CCID50）／ml的病毒液于人JurkatT细胞，不同感染时间后，采用RT—PCR方法检测TLR1～TLR10mRNA表达情况；采用Real—timePCR分析TLR7mRNA变化水平；采用Westernblot分析TLR7相关接头分子髓样分化因子（MyDS8）表达水平；采用ELISA检测培养上清细胞因子白细胞介素（IL）-6、IL．8和肿瘤坏死因子α（TNF-α）的分泌水平。结果Real—timePCR检测结果显示，感染6、12、24和48h，感染组TLR7mRNA的相对表达水平分别为1．26±0．15、1．75±0．20、2．26±0．23和3．74±0．62，与对照组差异有统计学意义（t值分别为-2．96、-6．38、-9．57、-7．71，P值均〈0．05）；Westernblot结果显示，感染24h和48h时，感染组MyD88蛋白表达水平与对照组相比分别增加1．34和2．17倍；细胞因子检测结果显示，感染24h和48h时，IL-6的分泌水平分别为（302．86±38．11）、（[79．70±14．50）pg／ml，高于对照组24h和48h的分泌水平[（[76．42±9．60）、（179．70±14．50）pg／ml]，差异有统计学意义（t值分别为-5．57、-18．54，P值均〈0．05）。48h感染组TNF．01分泌水平为（[00．81±9．81）pg／ml，高于对照组【（56．19±6．94）pg／ml】，差异有统计学意义（t=-6．43，P=0．003）。结论EV-A71主要通过TLR7被免疫活性细胞识别，进而激活TLR7相关信号通路，诱导产生大量促炎因子来参与感染致炎症反应的病理过程。

关键词：肠道病毒71型 Toll样受体人JurkatT细胞细胞因子

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工作场所空气中西维因的高效液相色谱测定法

中华劳动卫生职业病杂志 2010年第5期28卷 365-366页

作者：倪蓉杨龙彪刘兰侠上海市徐汇区疾病预防控制中心检验科 200031

目的建立工作场所空气中西维因的液相色谱测定方法。方法按照《工作场所空气中毒物检测方法的研制规范》的要求，进行实验室及现场模拟试验。结果西维因浓度在0．3—1500．0μg／ml范围内线性关系良好；相关系数r=0．99998；方法的检出... 详细信息

目的建立工作场所空气中西维因的液相色谱测定方法。方法按照《工作场所空气中毒物检测方法的研制规范》的要求，进行实验室及现场模拟试验。结果西维因浓度在0．3—1500．0μg／ml范围内线性关系良好；相关系数r=0．99998；方法的检出限为0．03μg／ml，最低检出浓度为0．002mg／m，（以采集75L空气样品计）；6d内测定日内精密度为0．43—0．61％，日间精密度为0．50—1．02％；样品加标回收率98．6％-99．4％，采样效率为100％，洗脱效率为98．8％-99．3％，样品在玻璃纤维滤纸中稳定，于室温干燥条件下可保存15d。结论此方法的各项指标均达到《工作场所空气中毒物检测方法的研制规范》的要求，适用于工作场所空气中西维因的测定。

关键词：工作场所氨甲酸酯类色谱法高压液相

2012年上海市徐汇区人肠道病毒5'非编码区序列分析

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中国卫生检验杂志 2014年第12期24卷 1756-1759页

作者：陶艳琳赵雪涛沈小婷王雅新上海市徐汇区疾病预防控制中心微生物检验科上海200237

目的通过分析HEV的5'-UTR基因序列,确定上海市徐汇区手足口病(HFMD)病例中HEV的型别。方法采集2012年HFMD患儿标本,采用Real time-RT-PCR分别检测HEV、EV71和CoxA16核酸,初步鉴定其型别。从中挑选未能分型的HEV毒株扩增其5'-UTR进行核... 详细信息

目的通过分析HEV的5'-UTR基因序列,确定上海市徐汇区手足口病(HFMD)病例中HEV的型别。方法采集2012年HFMD患儿标本,采用Real time-RT-PCR分别检测HEV、EV71和CoxA16核酸,初步鉴定其型别。从中挑选未能分型的HEV毒株扩增其5'-UTR进行核苷酸序列测定,运用DNAStar和MEGA5.2软件进行序列分析。结果26例标本均为HEV阳性:10例EV71阳性,5例CoxA16阳性,11例其他型HEV阳性。扩增11例未能分型的HEV标本的5'-UTR序列,9例测序成功,通过序列比对确定病毒型别:CoxA16 8例,CoxA10 1例。结论上海市徐汇区HFMD患儿的主要病原是EV71和CoxA16,也存在着其他型别的HEV,如CoxA10,应加强HEV基因亚型的分布及流行特点的监测。

关键词：手足口病人肠道病毒 5'非编码区

上海嘉定区某医院2018—2022年环境中金黄色葡萄球菌的分布及其耐药性

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中国感染控制杂志 2023年第7期22卷 758-764页

作者：陈培超黄强毛育华孙攀彭谦上海市嘉定区疾病预防控制中心微生物检验科上海201800

目的了解上海市嘉定区某医院环境中金黄色葡萄球菌(SA)的污染状况及耐药性,探讨环境菌株中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)检出情况及耐药性特点。方法采集该医院环境标本并分离鉴定SA,采用肉汤稀释法对分离的SA进行15种常见抗菌药物... 详细信息

目的了解上海市嘉定区某医院环境中金黄色葡萄球菌(SA)的污染状况及耐药性,探讨环境菌株中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)检出情况及耐药性特点。方法采集该医院环境标本并分离鉴定SA,采用肉汤稀释法对分离的SA进行15种常见抗菌药物耐药性检测,并检测菌株mecA基因。结果 936份医院环境标本中,60份标本检出SA,检出率为6.41%,SA中MRSA的检出率为25.00%。综合重症监护病房(ICU)、呼吸内科SA的检出率分别为7.35%、5.94%,MRSA的检出率分别为3.51%、0.64%。医院环境中鼠标键盘SA的检出率最高(17.14%),其次是患者的病号服、枕头被褥和床头柜(均为16.67%)。环境标本中肥皂(盒)、洗手(消毒)瓶的MRSA检出率最高,分别为7.69%、6.25%。医院环境标本中的SA对达托霉素、利奈唑胺、呋喃妥因、利福平、复方磺胺甲口恶唑、替考拉宁、万古霉素7种抗菌药物均敏感,MRSA对其余8种抗菌药物的耐药率均高于甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)。结论该医院综合ICU环境检出的SA中MRSA的占比高于呼吸内科,环境标本中高MRSA检出率和高SA检出率的标本不一致,MRSA的耐药率高于MSSA,需加强医院,特别是ICU中SA及MRSA的消毒与控制,避免SA耐药性升高。

关键词：金黄色葡萄球菌耐甲氧西林金黄色葡萄球菌医院环境耐药

腹泻患者粪便分离出厄班纳沙门菌ST512型1例

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中华检验医学杂志 2024年第6期47卷 698-700页

作者：曹健刘玥王熙庄海武肖建伟许学斌上海市杨浦区疾病预防控制中心微生物检验科上海200090 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基... 详细信息

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基因组测序和中国沙门菌区域血清型数据库比对鉴定为厄班纳沙门菌ST512型。患者口服左氧氟沙星3 d后康复。

关键词：腹泻沙门菌属血清分型基因组