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LEPREL1是特发性肺纤维化的潜在治疗靶点

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复旦学报（自然科学版） 2024年第2期63卷 257-267,275,I0002页

作者：凡志婷唐宇龙陈雅慧孔祥贞杨婧漪王久存姜帅复旦大学生命科学学院上海200438 上海市浦东医院上海201200

为了寻找特发性肺纤维化(IPF)的潜在治疗靶点,从GEO获取IPF基因芯片数据,用R分析差异表达基因和通路;用STRING和Cytoscape筛选枢纽(HUB)基因;RNA-Seq和单细胞数据验证,肺纤维化小鼠实验验证,筛选具有相关性的基因,分析潜在通路。结果显... 详细信息

为了寻找特发性肺纤维化(IPF)的潜在治疗靶点,从GEO获取IPF基因芯片数据,用R分析差异表达基因和通路;用STRING和Cytoscape筛选枢纽(HUB)基因;RNA-Seq和单细胞数据验证,肺纤维化小鼠实验验证,筛选具有相关性的基因,分析潜在通路。结果显示:基因芯片数据集GSE10667、GSE53845、GSE48149共116例样本,差异基因132个,主要富集在细胞外基质、胶原等通路。STRING和Cytoscape筛选HUB基因,主要为COL1A1、CXCL12、LEPREL1等基因,其中LEPREL1表达显著下调(GSE10667,P_(adj)=0.00096;GSE53845,P_(adj)=0.0001048;GSE48149,P_(adj)=0.01517)。LEPREL1在RNA-Seq数据集GSE92592(P_(adj)=0.0288)、GSE83717(P_(adj)=0.006268)、GSE150910(P_(adj)=1.9528e-30)中均显著下调;在单细胞数据(GSE135893)中主要在AT2细胞中表达并有下调趋势;在肺纤维化小鼠的RT-qPCR和IHC中也表达显著下调。差异表达基因中有81个与LEPREL1具相关性的基因,主要与细胞黏附、钙离子、胶原形成、Wnt等通路相关。IPF的差异基因主要富集在胶原和细胞外基质通路,且AT2细胞中下调的LEPREL1可能是其潜在治疗靶点。

关键词：生物信息学特发性肺纤维化 LEPREL1

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中国肤纹表型组的研究现状与对策

人类学学报 2024年第4期43卷 675-686页

作者：张海国复旦大学生命科学院遗传与人类学系现代人类学教育部重点实验室上海200438 上海交通大学医学院基础医学院上海200025

1978年至今,我国民族肤纹学调查研究取得了显著成绩,制定了全国肤纹研究的技术标准和项目标准;完成了全部 56 个民族的指纹和手掌纹的调查研究,我国成为世界上唯一完成全部民族指纹掌纹调查的国家。回顾过去的肤纹表型组成果,我们仍有... 详细信息

1978年至今,我国民族肤纹学调查研究取得了显著成绩,制定了全国肤纹研究的技术标准和项目标准;完成了全部 56 个民族的指纹和手掌纹的调查研究,我国成为世界上唯一完成全部民族指纹掌纹调查的国家。回顾过去的肤纹表型组成果,我们仍有许多肤纹方面的工作要努力做好,其中最主要的就是继续深入开展足纹调查研究。目前,我国已完成 31 个民族的足纹调查研究,还有 25 个民族的足纹调查尚未完成,因此我国仍是肤纹研究不全的国家。表型组肤纹研究仍有诸多任务需要完成,期望研究者的持续努力能使我国表型组肤纹学的研究占据并巩固国际领先地位。

关键词：表型组足纹指纹掌纹

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合成生物学策略发现新型核糖体肽Xenopeptide

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科学通报 2024年第10期69卷 1361-1372页

作者：莫天录曾丹丹马溯泽贾一飞韩沅均丁伟张琪上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 复旦大学化学系上海200433 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

S-腺苷甲硫氨酸自由基(rSAM)酶家族是目前已知的最大酶超家族之一,由22000多个成员组成.这些酶在大自然中广泛存在,被认为是地球上最早的生物催化剂之一.随着大量的微生物基因组信息被解析,分析显示,微生物中大量核糖体肽类天然产物的... 详细信息

S-腺苷甲硫氨酸自由基(rSAM)酶家族是目前已知的最大酶超家族之一,由22000多个成员组成.这些酶在大自然中广泛存在,被认为是地球上最早的生物催化剂之一.随着大量的微生物基因组信息被解析,分析显示,微生物中大量核糖体肽类天然产物的生物合成基因簇中含有rSAM酶;其中Xenorhabdus、Yersinia和Erwinia三个属的基因组中均含有一个高度保守的rSAM酶负责其相邻核糖体肽的前体修饰,此类前体肽和rSAM酶构成的XYE系统所合成的化合物鲜有报道.本研究合成一个来源于Xenorhabdus ***12.1的XYE系统的前体肽和rSAM修饰酶基因,在大肠杆菌中进行共表达,得到新型核糖体肽Xenopeptide,通过结构解析发现,rSAM酶XenB负责分子内2个碳碳键的形成.本研究为微生物中此类化合物的深度挖掘和合成生物学改造提供了理论支撑.

关键词： S-腺苷甲硫氨酸自由基酶核糖体肽翻译后修饰合成生物学

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HD2基因调控拟南芥下胚轴发育的功能研究

四川大学学报（自然科学版） 2024年第1期61卷 174-185页

作者：吴羚阁陈功春林娟复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438

为探究组蛋白去乙酰化酶HD2基因在拟南芥下胚轴发育中的调控作用,本研究采用野生型(Col-0)、HD2突变体以及过表达植株为材料,研究其在1/2MS以及1/2MS+100 mmol/L甘露醇培养中下胚轴的表型特征,并结合转录组测序数据进一步分析.实验结果... 详细信息

为探究组蛋白去乙酰化酶HD2基因在拟南芥下胚轴发育中的调控作用,本研究采用野生型(Col-0)、HD2突变体以及过表达植株为材料,研究其在1/2MS以及1/2MS+100 mmol/L甘露醇培养中下胚轴的表型特征,并结合转录组测序数据进一步分析.实验结果显示,四种过表达株系下胚轴长度较Col-0长,伸长百分比为7.1%~19.5%,差异显著;甘露醇处理后,过表达植株下胚轴较Col-0更长,伸长百分比为14.6%~32.8%,差异更加显著,缩短幅度也更小.hd2a/hd2b和hd2a/hd2c双基因突变体植株在有无甘露醇时,下胚轴长度均显著短于Col-0,但干旱胁迫后变短幅度无明显增加.转录组数据揭示,HD2基因调控光合系统响应基因影响植株暗形态建成反应,从而影响下胚轴发育.甘露醇处理后,HD2基因诱导产生非生物刺激响应因子,帮助下胚轴抵抗不良环境.综上所述,HD2基因在拟南芥下胚轴发育中承担重要调控作用.

关键词：拟南芥下胚轴转录组干旱胁迫 HD2去乙酰化酶基因

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基于超网络模型的智慧政务信息协同建设城际分野与发展策略研究

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现代情报 2024年第6期44卷 100-118页

作者：蒲泓宇马捷栾泽权张云开复旦大学国家智能评价与治理实验基地上海200433 复旦大学发展研究院上海200433 吉林大学商学与管理学院吉林长春130012 南开大学商学院天津300071

[目的/意义]信息协同状态是影响智慧政务建设水平的重要因素,当前我国各城市智慧政务建设水平参差,通过构建智慧政务信息协同超网络模型,对信息协同状态进行量化测度,并基于现实城市案例,展开城际信息协同状态分野研究,对于明确智慧政... 详细信息

[目的/意义]信息协同状态是影响智慧政务建设水平的重要因素,当前我国各城市智慧政务建设水平参差,通过构建智慧政务信息协同超网络模型,对信息协同状态进行量化测度,并基于现实城市案例,展开城际信息协同状态分野研究,对于明确智慧政务信息协同建设的目标和方向,促进智慧政务的发展具有重要意义。[方法/过程]构建智慧政务超网络模型,从微观和宏观多视角提出信息协同状态的量化测度方案,选取我国智慧政务建设水平处于不同阶段的代表性城市为案例,深入分析各类测度指标城际差异,并根据指标对现实意义的映射揭示信息协同建设城际分野现状。[结果/结论]分析发现,随着智慧化建设水平的提升,信息协同网络整体呈现熵增的趋势,即信息间关联更趋复杂,信息协同规模不断扩大,但节点之间链接的丰富速度通常慢于协同规模的扩张速度,即信息内容层面关联的发展速度低于对信息协同需求的成长速度,基于信息协同网络的特征,从单要素以及整体宏观层面,提出了相应的信息协同发展策略。

关键词：智慧政务信息协同信息协同网络超网络

海三棱藨草基因型多样性对种群营养生长和繁殖策略的影响

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生物多样性 2024年第4期32卷 1-12页

作者：吴乐婕刘泽康田星张群李博吴纪华复旦大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室上海长江河口湿地生态系统国家野外科学观测研究站上海200438 西藏大学理学院生态学研究中心西藏大学-复旦大学生物多样性与全球变化联合实验室拉萨850000 上海市园林科学规划研究院上海200232

遗传多样性可提高种群生产力,然而遗传多样性如何综合影响植物的营养生长、有性繁殖和无性繁殖特性及分配策略缺乏充分关注,而植物生长繁殖的响应往往会决定一个种群未来的发展动态。本研究以中国滨海湿地植物海三棱藨草(Scirpus mariqu... 详细信息

遗传多样性可提高种群生产力,然而遗传多样性如何综合影响植物的营养生长、有性繁殖和无性繁殖特性及分配策略缺乏充分关注,而植物生长繁殖的响应往往会决定一个种群未来的发展动态。本研究以中国滨海湿地植物海三棱藨草(Scirpus mariqueter)为材料,通过建立1、2、4和8个基因型多样性梯度的同密度实验,测定植物生物量以及营养生长、有性繁殖和无性繁殖相关特性,探究了基因型多样性对种群营养生长和繁殖策略的影响。结果表明,基因型多样性的增加显著提升了海三棱藨草种群的地上、地下生物量和株高。基因型多样性不影响有性繁殖,但显著提高了无性繁殖能力。球茎数、球茎生物量和无性系分株数均随基因型多样性的增加呈显著增加趋势。可见随着基因型多样性的增加,海三棱藨草种群将更多的能量分配给无性繁殖。据此预测,基因型多样性高的海三棱藨草种群在维持种子库规模以进行长距离扩散的同时,可形成更高大且密集的种群斑块,具备更强的原地拓殖能力,继而影响盐沼生态系统过程。本研究结果强调了植物基因型多样性在种群动态中的重要作用,尤其在盐沼湿地等以单优势物种为主的生态系统中,对生态系统的稳定性具有重要作用。

关键词：基因型多样性有性繁殖无性繁殖加和效应盐沼土壤生物生物量生物多样性与生态系统功能

尼拉帕利治疗儿童复发性PFA型室管膜瘤疗效分析

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中国现代神经疾病杂志 2024年第9期24卷 739-743页

作者：余建忠韩记昌刘亚超李林李昊复旦大学附属儿科医院神经外科中国科学院分子细胞科学卓越创新中心生物化学与细胞生物学研究所多细胞体系结构与功能重点实验室上海科技大学生命科学与技术学院

目的探讨靶向药物聚ADP核糖聚合酶（PARP）抑制剂尼拉帕利联合低剂量化疗药物（顺铂+依托泊苷）治疗儿童复发性PFA型室管膜瘤的有效性和安全性。方法纳入2022年1月至2024年1月复旦大学附属儿科医院收治的12例儿童复发性PFA型室管膜瘤... 详细信息

目的探讨靶向药物聚ADP核糖聚合酶（PARP）抑制剂尼拉帕利联合低剂量化疗药物（顺铂+依托泊苷）治疗儿童复发性PFA型室管膜瘤的有效性和安全性。方法纳入2022年1月至2024年1月复旦大学附属儿科医院收治的12例儿童复发性PFA型室管膜瘤患者，均接受尼拉帕利联合低剂量化疗药物顺铂和依托泊苷的治疗方案，统计肿瘤客观缓解率以评估疗效；记录患儿耐受性和安全性指标如肝肾功能、心功能、恶心呕吐、疲劳、骨髓抑制、胃肠道反应、感染等不良反应。结果共12例患儿中10例肿瘤体积缩小均≥30%，其中2例肿瘤体积缩小100%;1例肿瘤体积无变化；1例肿瘤体积增大20%，总客观缓解率为10/12。不良反应包括5例出现恶心呕吐，主要发生在药物化疗期间；8例出现不同程度骨髓抑制，均经对症治疗后症状缓解。结论尼拉帕利联合低剂量化疗药物在儿童复发性PFA型室管膜瘤的治疗中具有较好疗效，安全性可控。

关键词：室管膜瘤多(ADP核糖)聚合酶抑制剂分子靶向治疗抗肿瘤联合化疗方案

细胞外基质微环境在心脏纤维化发生发展中的作用和机制

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医用生物力学 2024年第S1期 352-353页

作者：樊永亮霍云龙深港产学研基地(北京大学香港科技大学深圳研修院)心血管影像与介入医疗器械工程实验室上海交通大学生命科学技术学院力学生物学研究所

目的心脏纤维化与细胞力学微环境关系密切,生物力学刺激通过力学信号转导调控细胞生物功能,促进心脏纤维化的发生发展。本研究的目的是研究巨噬细胞Piezo1在心脏纤维化中的功能。方法对公共数据库心力衰竭数据进行生物信息学分析,该...

目的心脏纤维化与细胞力学微环境关系密切,生物力学刺激通过力学信号转导调控细胞生物功能,促进心脏纤维化的发生发展。本研究的目的是研究巨噬细胞Piezo1在心脏纤维化中的功能。方法对公共数据库心力衰竭数据进行生物信息学分析,该项研究选择8周龄的SPF级雄性C57BL/6J小鼠为研究对象,随机分成对照组和试验组,每组3只。对照组给予普通饲料以及饮水喂养,试验组予以高脂饲料(含60%脂肪)以及含0.5 g/L Nω-硝基-L-精氨酸甲酯盐酸盐(Nω-nitro-Larginine methyl ester hydrochloride,L-NAME)的饮水。持续饲喂4周,成功构建心力衰竭HFp EF模型,采集心脏组织进行单细胞转录组测序,数据下机后使用Cellranger软件进行定量,对捕获的高质量细胞使用经典的细胞Marker进行细胞注释。结果本研究共定义了包括成纤维细胞(Dcn)、内皮细胞(Pecam1)和M1型巨噬细胞(Cd86)在内的10类主要细胞类型;其中HFp EF试验组心脏中的心肌成纤维细胞表现出高代谢和高纤维化表型;Piezo1基因在HFp EF试验组的M1型巨噬细胞特异性高表达。结论本研究对公共数据进行深入分析,明确了分泌促炎性细胞因子和趋化因子的M1巨噬细胞在心脏纤维化发生发展过程中扮演重要角色,靶向Piezo1通道可能是治疗心脏纤维化的潜在策略。

关键词：

土壤真菌群落和潜在功能对施加外源Bt毒素的响应

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土壤学报 2024年第3期61卷 848-861页

作者：李玉洁葛蕾胡聪王璐瑶郭官清武国干王翠宋丽莉孙宇王金斌曾海娟徐勤青全哲学李鹏上海海洋大学食品学院上海201306 上海市农业科学院生物技术研究所农业农村部农业转基因生物安全评价(环境)重点实验室上海市农业遗传育种重点实验室上海201106 山东省农业技术推广中心济南250003 复旦大学生命科学学院上海200433

转Bt(Bacillus thuringiensis)基因植物和Bt重组菌生物农药释放的Bt毒素是一类具有生物毒性的潜在环境外源污染物,Bt毒素环境行为和生态效应是转基因植物和植物用转基因微生物安全风险评价的重要内容,但是外源Bt毒素对土壤真菌群落和潜... 详细信息

转Bt(Bacillus thuringiensis)基因植物和Bt重组菌生物农药释放的Bt毒素是一类具有生物毒性的潜在环境外源污染物,Bt毒素环境行为和生态效应是转基因植物和植物用转基因微生物安全风险评价的重要内容,但是外源Bt毒素对土壤真菌群落和潜在功能的影响还不清楚。以施加不同浓度Bt毒素处理土壤和未施加Bt毒素对照土壤为研究对象,分析Bt毒素在土壤中的持留动态;同时采用真菌18S rRNA基因高通量测序技术,分析施加Bt毒素对土壤真菌群落和功能多样性的影响。结果表明,Bt毒素施加量和培养时间均可以显著影响土壤真菌群落组成,且随着Bt毒素施加量增加和土壤培养时间延长,土壤真菌群落差异性逐渐变大。施加Bt毒素提高了土壤真菌群落香农指数和关联网络的负相关性比例及模块数,因而没有对土壤真菌群落的多样性和稳定性产生负面影响。上述结果表明,评估Bt毒素的环境行为及微生态效应要关注Bt毒素施加量及其长期影响。随着Bt毒素施加量增加,Phymatotrichopsis、Homalogastra、Geosmithia和Apiotrichum等真菌以及参与蛋白质降解、碳素代谢和磷素代谢的功能基因编码酶相对丰度显著升高,推测上述真菌物种和潜在功能参与了Bt毒素在土壤中的降解和转化过程。研究结果为转Bt基因植物、Bt重组菌生物农药以及Bt毒素的生态安全风险评价提供了科学参考和理论依据。

关键词： Bt毒素转Bt基因植物 Bt菌生物农药群落多样性生物安全风险评价