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BLUF蛋白TePixD Y8F突变体的结构

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生物化学与生物物理进展 2024年第2期51卷 459-467页

作者：胡睿行周雅琳林霖丁蓓陆青上海交通大学 Bio-X研究院遗传发育与精神神经疾病重点实验室上海200230 上海交通大学化学化工学院超快科学中心上海200240

目的TePixD(Tll0078)是一种来自细长嗜热聚球藻(Thermosynechococcus elongatus BP-1)的blue light-using flavin(BLUF)感光蛋白。TePixD蛋白在FAD口袋周围有一个保守的Tyr8-Gln50-Met93三联体,以介导质子偶联电子转移(proton-coupled electron transfer,PCET)过程。但具体的光响应机制有待进一步研究。本文的目的是解析TePixD在光响应关键位点突变体的结构以及生化性质,以此分析TePixD的光响应过程。方法利用x射线衍射法解析TePixD Y8F突变体的晶体结构,Tyr8侧链在PCET过程中有重要作用,而突变体Phe8的侧链失去了羟基从而使分子无法介导PCET。本文比较了TePixD野生型和Y8F突变体之间的结构,并比较了同蛋白家族的SyPixD Y8F与TePixD Y8F的结构。此外,使用多角度光散射法分析几种TePixD在光响应关键位点突变体(Y8F、Q50L、W91F、Y8F/W91F和Q50L/W91F)在溶液中的生化特性。结果本文以2.54Å分辨率解析了TePixD Y8F突变体的晶体结构,发现其与TePixD野生型的整体结构相似,而与SyPixD Y8F存在显著差异。生化分析表明,对比黑暗和光照条件时,TePixD突变体与野生型的分子质量变化以及洗脱峰表现出差异,表明突变体对光诱导蛋白质构象变化产生干扰。结论本文的结构测定和生化分析为揭示BLUF蛋白的光响应机制提供了新信息。

关键词： TePixD 光感受器寡聚体光响应

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今日聋病遗传咨询

临床耳鼻咽喉头颈外科杂志 2024年第1期38卷 1-7页

作者：王秋菊贺林解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科医学部耳鼻咽喉内科、国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心、解放军耳鼻咽喉研究所北京100853 上海交通大学bio-x研究院

今日聋病遗传咨询来自对遗传性耳聋基因密码的破译,作为诊疗体系的重要组成部分在聋病防控中发挥重要作用。本文阐述了聋病遗传咨询的主要原则及内容、不同遗传模式下的咨询要点和在聋病三级预防中的应用;介绍了AI辅助聋病遗传咨询决策... 详细信息

今日聋病遗传咨询来自对遗传性耳聋基因密码的破译,作为诊疗体系的重要组成部分在聋病防控中发挥重要作用。本文阐述了聋病遗传咨询的主要原则及内容、不同遗传模式下的咨询要点和在聋病三级预防中的应用;介绍了AI辅助聋病遗传咨询决策系统的应用前景,并对通过聋病遗传咨询实现遗传性耳聋的可防可诊可治进行了展望。今日聋病遗传咨询具有新时代特征,与科学技术进步密不可分,必将助力精准基因干预!

关键词：听力损失遗传咨询中国聋病基因组计划人工智能

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脑卒中患者言语韵律的声学特征分析

听力学及言语疾病杂志 2024年

作者：张奕雯万勤戴媛陈颖李蕴上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科上海交通大学医学院耳科学研究所上海市耳鼻疾病转化医学重点实验室华东师范大学教育学部康复科学系安徽省皖南康复医院/芜湖市第五人民医院

目的分析脑卒中患者言语韵律的声学特征,筛选出敏感的言语韵律声学评估指标。方法以30例脑卒中患者(脑卒中组)和30例年龄性别相匹配的健康成人(对照组)为研究对象,分别朗读短文,在语谱图下对全篇所有短句的每个音节、停顿进行截取,对... 详细信息

目的分析脑卒中患者言语韵律的声学特征,筛选出敏感的言语韵律声学评估指标。方法以30例脑卒中患者(脑卒中组)和30例年龄性别相匹配的健康成人(对照组)为研究对象,分别朗读短文,在语谱图下对全篇所有短句的每个音节、停顿进行截取,对疑问句“你孙子过生日要买什么?”和重音句“我想买玩具。”进行声学分析,并对言语韵律的节奏(非自然停顿次数、言语速率、构音速率)、语调(疑问句整句基频、基频标准差和基频斜率、疑问句边界调基频和基频斜率、四个声调的基频和基频斜率)、重音(重音音节的平均强度、强度峰值和重音音节总时长)三个维度进行分析,比较两组结果。结果脑卒中组的非自然停顿次数、重音音节总时长极显著大于正常对照组(P四声调基频斜率极显著小于正常对照组(P四声调控制能力较差;重音表达出现代偿,以延长重音音节表达时间为特征。

关键词：脑卒中言语韵律声学特征

营养元素补充改善儿童嗜睡1例报道及文献复习

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教育生物学杂志 2024年第3期12卷 225-228页

作者：韩小龙姜艳蕊海口市妇幼保健院中国海口570102 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心发育行为儿科中国上海200127

患者,男,7岁,因“白天嗜睡3个月余”就诊。通过问诊、睡眠评估(多导睡眠监测和多次小睡睡眠潜伏时间试验)及实验室检查(血清铁6.7μmol/L,血清25羟维生素D 20.00 ng/m L,余无异常),诊断为特发性嗜睡症。在没有常见病因解释症状的情况下... 详细信息

患者,男,7岁,因“白天嗜睡3个月余”就诊。通过问诊、睡眠评估(多导睡眠监测和多次小睡睡眠潜伏时间试验)及实验室检查(血清铁6.7μmol/L,血清25羟维生素D 20.00 ng/m L,余无异常),诊断为特发性嗜睡症。在没有常见病因解释症状的情况下,对患者进行睡眠卫生指导并针对性补充维生素D和铁元素。8个月后患儿嗜睡情况明显好转,血清铁浓度及25羟基维生素D水平均显著提高。白天过度嗜睡对儿童来讲是一种潜在的危险状况,除考虑常见病因外,还应重视营养元素缺乏的作用。

关键词：嗜睡维生素D 铁儿童

基于多种运输组织模式的铁路快捷物流网络货流分配问题研究

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铁道运输与经济 2024年

作者：陈星瀚海雨之霖郎茂祥于雪峤李雨菲北京交通大学交通运输学院中国铁道科学研究院集团有限公司运输及经济研究所中国铁路上海局集团有限公司芜湖车务段

针对铁路快捷物流网络的货运能力资源分配与既有运输组织模式间集约利用水平较低的问题，综合考虑快捷物流城市节点间的货运需求，结合特快货物班列、快速货物班列、普速货物班列和旅客列车行李车4种运输组织模式特点，以各OD对间不同... 详细信息

针对铁路快捷物流网络的货运能力资源分配与既有运输组织模式间集约利用水平较低的问题，综合考虑快捷物流城市节点间的货运需求，结合特快货物班列、快速货物班列、普速货物班列和旅客列车行李车4种运输组织模式特点，以各OD对间不同运输组织模式对应的列车数量为主要决策变量，以铁路快捷物流运营成本最小为优化目标，构建铁路快捷物流网络货流分配混合整数规划模型，并设计两阶段混合算法进行求解，第一阶段确定各货流OD下每类列车的开行数量，第二阶段进一步确定列车的走行路径。以10个国家级流通节点城市组成的铁路快捷物流网络为案例进行实验，采用Python语言编写遗传算法并调用Gurobi优化软件进行求解。案例结果表明，该方法能够均衡分配铁路快捷物流网络需求，并有效地降低运营成本。

关键词：铁路运输快捷物流运输组织模式货流分配混合整数规划

艾司氯胺酮对合并术前焦虑和认知功能下降妇科恶性肿瘤患者的影响

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临床麻醉学杂志 2024年第5期40卷 503-507页

作者：李振宇葛芳芳姚舜禹任齐齐卫然孔令锁皖南医学院研究生院芜湖市241002 中国科学技术大学附属第一医院西区安徽省肿瘤医院麻醉科上海交通大学医学院附属第九人民医院麻醉科中国科学技术大学附属第一医院西区(安徽省肿瘤医院)麻醉科蚌埠医学院研究生院

目的探讨艾司氯胺酮对合并术前焦虑和认知功能下降的妇科恶性肿瘤患者术后焦虑及认知功能的影响。方法选择择期行妇科恶性肿瘤切除术患者89例,年龄18~64岁,BMI 18~28 kg/m^(2),ASAⅡ或Ⅲ级,术前1 d医院焦虑抑郁量表(HADS)中焦虑亚量表... 详细信息

目的探讨艾司氯胺酮对合并术前焦虑和认知功能下降的妇科恶性肿瘤患者术后焦虑及认知功能的影响。方法选择择期行妇科恶性肿瘤切除术患者89例,年龄18~64岁,BMI 18~28 kg/m^(2),ASAⅡ或Ⅲ级,术前1 d医院焦虑抑郁量表(HADS)中焦虑亚量表评分≥8分且蒙特利尔认知评分量表(MoCA)<26分。采用随机数字表法将患者分为两组:艾司氯胺酮组(S组,n=45)和生理盐水组(C组,n=44)。S组麻醉诱导时静注艾司氯胺酮0.2 mg/kg,麻醉维持时泵注艾司氯胺酮0.25 mg·kg^(-1)·h^(-1),术后使用艾司氯胺酮PCIA镇痛。C组在麻醉诱导、维持和PCIA镇痛时予以等容量的生理盐水,其余用药同S组。于术前1 d、术后1、3 d采用HADS及MoCA评估患者焦虑情绪和认知功能。检测术前1 d和术后3 d肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、S100钙结合蛋白(S100β)、脑源性神经营养因子(BDNF)浓度。记录术中瑞芬太尼用量、麻黄碱使用情况,入PACU后10 min的Ramsay镇静评分、拔管时间、术后48 h内PCIA总按压次数、有效按压次数、术后补救镇痛情况以及术后48 h内高血压、低血压、恶心呕吐、寒战、头晕和发热等不良反应发生情况。结果与C组比较,S组术后1、3 d焦虑发生率明显降低、MoCA认知评分明显升高,TNF-α、IL-6、S100β浓度明显降低,BDNF浓度明显升高,术中瑞芬太尼用量明显减少,Ramsay镇静评分明显升高,术后48 h内PCIA总按压次数、有效按压次数明显减少,术后发热发生率明显降低(P<0.05)。两组麻黄碱使用率、拔管时间、术后补救镇痛率及术后48 h内高血压、低血压、恶心呕吐、寒战和头晕发生率差异无统计学意义。结论艾司氯胺酮可降低炎性因子浓度,减轻神经损伤,缓解妇科恶性肿瘤患者焦虑状态及减轻认知功能损伤。

关键词：妇科恶性肿瘤焦虑认知功能艾司氯胺酮炎性因子神经损伤蛋白

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新生小鼠皮层神经元动作电位发放模式研究

浙江大学学报（医学版） 2016年第3期45卷 275-280页

作者：刘芙蓉李胜天上海交通大学bio-x研究院

目的：探究新生小鼠皮层神经元的动作电位发放模式及不同发放模式的电学特性。方法：使用全细胞膜片钳技术，结合电压钳和电流钳模式，采用出生3d小鼠皮层神经元观察不同神经元的主动和被动电学特性。结果：给予神经元去极化电流时记录... 详细信息

目的：探究新生小鼠皮层神经元的动作电位发放模式及不同发放模式的电学特性。方法：使用全细胞膜片钳技术，结合电压钳和电流钳模式，采用出生3d小鼠皮层神经元观察不同神经元的主动和被动电学特性。结果：给予神经元去极化电流时记录到了三种动作电位发放模式：强直发放、阶段性发放和单个发放。比较三种动作电位发放模式的神经元的电学特性发现：①三种动作电位发放模式在神经元的电压依赖性内向和外向电流上存在差异；②三种动作电位发放模式的神经元在去极化电流阈值上也存在差异；③三种动作电位神经元在第一个动作电位的上升时间、宽度、幅值和阈值方面不同；④不同动作电位发放模式的神经元在被动电学特性上没有差异。结论：新生小鼠皮层神经元存在不同的动作电位发放模式，其电压依赖性内向电流和外向电流、动作电位形态、去极化电流阈值亦存在差异。

关键词：小鼠动物,新生电生理学神经元/生理学膜片钳术动作电位细胞,培养的

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全基因组基因-基因相互作用研究现状

遗传 2011年第8期33卷 820-828页

作者：沈佳薇胡晓菡师咏勇上海交通大学bio-x研究院上海200230

复杂疾病目前正在全球范围流行,极大地影响人类的健康。研究发现,复杂疾病的性状受到多个位点的相互作用影响。目前的全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)仅仅解析单个SNP位点对疾病易感性的贡献,单纯依靠这一种策略... 详细信息

复杂疾病目前正在全球范围流行,极大地影响人类的健康。研究发现,复杂疾病的性状受到多个位点的相互作用影响。目前的全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)仅仅解析单个SNP位点对疾病易感性的贡献,单纯依靠这一种策略并不能在寻找复杂疾病的病因上得到根本性的突破。基因-基因相互作用可能是复杂疾病致病的主要因素之一。针对这一点,科学家已经提出了一些检验基因相互作用的算法,包括惩罚logistic回归模型、多因子降维(Multifactor dimensional reduction)、集合关联法(Set-association approach)、贝叶斯网络(Bayesian networks)、随机森林法等。文章首先对目前这些方法做了综述,并指出了其中的不足,包括计算复杂度太高、假设驱动、数据会过度拟合、对低维数据不敏感等,进而简述了一种由笔者所在实验室开发的基于GPU的研究基因相互作用的算法,该算法复杂度低,不需要任何假设,没有边际效应,有很好的稳定性,速度快,适用于进行全基因组范围内的基因-基因相互作用计算。

关键词：复杂疾病基因-基因相互作用 GPU 性状易感位点

通过时间基因表达谱分析探究异烟肼引起肝损伤的机制

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遗传 2022年第6期44卷 501-509页

作者：田子钊周晨希周伟李沫褚云鹏怀聪秦胜营上海交通大学bio-x研究院上海200030

抗结核药物异烟肼具有肝脏毒性,其发生机制需要进一步阐明。本研究使用异烟肼处理肝细胞,分析不同处理时间表达谱的差异。通过对差异表达基因进行聚类分析和功能富集分析,共得到6个与肝脏毒性相关的基因簇和一系列相关通路;进一步通过... 详细信息

抗结核药物异烟肼具有肝脏毒性,其发生机制需要进一步阐明。本研究使用异烟肼处理肝细胞,分析不同处理时间表达谱的差异。通过对差异表达基因进行聚类分析和功能富集分析,共得到6个与肝脏毒性相关的基因簇和一系列相关通路;进一步通过蛋白互作分析和时间序列差异分析方法,筛选出表达水平具有时间依赖性的13个关键基因。本研究结果为理解异烟肼引发肝脏毒性过程提供了思路,为今后药物性肝脏毒性的监测以及治疗提供了新的靶基因。

关键词：异烟肼肝细胞肝脏毒性时间序列分析