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细菌DNA甲基化研究进展

生物化学与生物物理进展 2018年第10期45卷 1026-1038页

作者：张文婷姚玉峰上海交通大学医学院基础医学院免疫学与微生物学系上海200025

DNA甲基化修饰是细菌调控基因表达的一种重要方式,在很多生理过程中发挥非常关键的作用.本文系统介绍了细菌DNA甲基化修饰的起源、DNA甲基转移酶,分类总结了DNA甲基化调控基因表达的机制.同时对近年来细菌DNA甲基化的功能、DNA甲基化检... 详细信息

DNA甲基化修饰是细菌调控基因表达的一种重要方式,在很多生理过程中发挥非常关键的作用.本文系统介绍了细菌DNA甲基化修饰的起源、DNA甲基转移酶,分类总结了DNA甲基化调控基因表达的机制.同时对近年来细菌DNA甲基化的功能、DNA甲基化检测方法的进展进行了综合评述.这些研究对人类了解细菌DNA甲基化表观调控及控制细菌感染具有重要指导意义.

关键词：细菌 DNA甲基化表观遗传调控功能单分子实时测序技术

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肝再生磷酸酶-2的分子结构与功能研究进展

生命科学 2019年第7期31卷 693-698页

作者：杜新月吴琛耘王兆军上海交通大学医学院免疫学与微生物学系感染免疫实验室

肝再生磷酸酶-2 (PRL-2)在机体正常的细胞、组织和器官,以及大部分的肿瘤中普遍高表达,以其致癌原性被广泛认知,但分子机制尚不明确。近几年的研究发现了PRL-2的新型结合伴侣--细胞周期蛋白M (cyclin-M, CNNM)家族,为进一步解析PRL-2的... 详细信息

肝再生磷酸酶-2 (PRL-2)在机体正常的细胞、组织和器官,以及大部分的肿瘤中普遍高表达,以其致癌原性被广泛认知,但分子机制尚不明确。近几年的研究发现了PRL-2的新型结合伴侣--细胞周期蛋白M (cyclin-M, CNNM)家族,为进一步解析PRL-2的生理生物功能提供新的方向。现总结PRL-2分子在实体瘤、血液肿瘤中的作用,探讨其结构与功能的关系,并对PRL-2及其结合伴侣的生理功能进行全面综述。

关键词：肝再生磷酸酶-2 肿瘤细胞周期蛋白M 生理功能

中国风湿免疫病患者活动性结核病患病情况多中心横断面研究:亚组分析

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中国防痨杂志 2025年第1期47卷 22-28页

作者：张丽帆陈艳张月秋张奉春曾小峰赵岩刘升云左晓霞张志毅吴华香陈盛李鸿斌朱平武丽君齐文成刘毅张缪佳刘花香周宝桐侍效春阮桂仁刘晓清中国风湿免疫病人群活动性结核病的流行病学调查和治疗效果及预后研究课题组中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院疑难重症及罕见病国家重点实验室感染内科北京100730 中国医学科学院北京协和医学院国际临床流行病学网临床流行病学教研室北京100730 中国医学科学院北京协和医学院结核病研究中心北京100730 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院风湿免疫科国家皮肤与免疫疾病临床医学研究中心疑难重症及罕见病国家重点实验室风湿免疫病学教育部重点实验室北京100730 郑州大学第一附属医院风湿免疫科郑州450052 中南大学湘雅医院风湿免疫科长沙410008 哈尔滨医科大学附属第一医院风湿免疫科哈尔滨150001 浙江大学医学院附属第二医院风湿免疫科杭州310009 上海交通大学医学院附属仁济医院风湿免疫科上海200001 内蒙古医科大学附属医院风湿免疫科呼和浩特010000 第四军医大学西京医院临床免疫科西安710032 新疆维吾尔自治区人民医院风湿免疫科乌鲁木齐830001 天津市第一中心医院风湿免疫科天津300192 四川大学华西医院风湿免疫科成都610041 南京医科大学第一附属医院风湿免疫科南京210029 山东大学齐鲁医院风湿免疫科济南250012 不详

目的:了解中国风湿免疫病(rheumatic diseases,RD)患者活动性结核病(active tuberculosis,ATB)的患病情况。方法:采用分层多阶段整群抽样方法,纳入2014年9月至2016年3月期间,来自全国东、中、西部13家三级甲等综合医院的进行ATB筛查的R... 详细信息

目的:了解中国风湿免疫病(rheumatic diseases,RD)患者活动性结核病(active tuberculosis,ATB)的患病情况。方法:采用分层多阶段整群抽样方法,纳入2014年9月至2016年3月期间,来自全国东、中、西部13家三级甲等综合医院的进行ATB筛查的RD患者作为调查对象,共计13550例。估算RD患者的ATB患病率,并按照RD病种、患者年龄和性别进行亚组分析。结果:13550例调查对象中,105例合并ATB,其中,48例(45.7%)无咳嗽、咳痰、发热、盗汗、体质量减轻表现;在病原学和(或)组织病理学确诊的ATB患者中,无症状者占35.3%(12/34);在菌阳肺结核患者中,无症状者占30.8%(8/26)。累及肺外部位的结核病有41例(39.0%),其中单纯肺外结核28例(68.3%),肺结核合并肺外结核13例(31.7%)。亚组分析结果显示,系统性血管炎综合征患者ATB患病率最高,为1915/10万(13/679,95%CI:881/10万~2948/10万),其次为弥漫性结缔组织病患者(1002/10万,58/5789,95%CI:745/10万~1259/10万)。RD患者中16~34岁组ATB患病率最高,为1162/10万(43/3700,95%CI:817/10万~1508/10万),男性ATB患病率为919/10万(30/3264,95%CI:592/10万~1247/10万),明显高于女性(729/10万,75/10286,95%CI:565/10万~894/10万)。结论:中国RD患者中亚临床结核病、肺外结核及结核病播散负担较高,ATB患病率在不同RD患者病种、年龄、性别间存在明显差异。

关键词：结核风湿性疾病共病现象患病率横断面研究

钩端螺旋体56606v对小鼠中性粒细胞凋亡的影响

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上海交通大学学报（医学版） 2022年第11期42卷 1517-1523页

作者：杜琳何平上海交通大学医学院免疫学与微生物学系上海200025

目的·探究钩端螺旋体56606v对小鼠中性粒细胞凋亡的影响及相关作用机制。方法·用钩端螺旋体56606v在感染复数(multiplicity of infection,MOI)分别为100、300、500时感染小鼠中性粒细胞0.5、6、12、24 h;以未被感染的中性粒细胞为对... 详细信息

目的·探究钩端螺旋体56606v对小鼠中性粒细胞凋亡的影响及相关作用机制。方法·用钩端螺旋体56606v在感染复数(multiplicity of infection,MOI)分别为100、300、500时感染小鼠中性粒细胞0.5、6、12、24 h;以未被感染的中性粒细胞为对照。将含有4μmol/L星形孢菌素(Staurosporine,STS)的等量细胞培养基处理的细胞作为凋亡阳性对照。采用流式细胞术检测细胞的凋亡情况;采用Western blotting技术检测钩端螺旋体56606v感染小鼠中性粒细胞后caspase-3的切割情况和核因子κB(NF-κB)通路的激活情况,并验证NF-κB抑制剂BAY 11-7082对NF-κB通路的抑制作用;通过添加NF-κB抑制剂BAY 11-7082,进一步检测NF-κB通路在钩端螺旋体56606v导致的中性粒细胞凋亡抑制中是否发挥作用;将巨噬细胞与钩端螺旋体56606v感染或未感染的中性粒细胞共孵育,通过流式细胞术检测巨噬细胞对中性粒细胞的吞噬情况。结果·流式细胞术检测结果显示,钩端螺旋体感染组与未感染对照组相比,小鼠中性粒细胞凋亡率降低;随MOI的增大,钩端螺旋体对中性粒细胞的凋亡抑制作用增强;不同MOI条件下,2组凋亡率的差异均有统计学意义(均P=0.000)。MOI=100的钩端螺旋体感染中性粒细胞0.5、6和12 h时,其凋亡率均较相应的未感染对照组降低(均P感染后明显减少,NF-κB磷酸化水平在感染后显著上升,添加NF-κB抑制剂BAY 11-7082能够显著抑制感染后和未感染条件下NF-κB通路的激活。在钩端螺旋体56606v感染或未感染条件下,添加NF-κB抑制剂BAY11-7082均显著提高了小鼠中性粒细胞凋亡率(均P=0.000)。钩端螺旋体56606v感染的中性粒细胞与未感染对照组相比,被巨噬细胞吞噬的比例显著降低(P=0.027)。结论·钩端螺旋体56606v通过激活NF-κB通路,抑制小鼠中性粒细胞的凋亡,进一步降低巨噬细胞对中性粒细胞的胞葬作用。

关键词：钩端螺旋体中性粒细胞细胞凋亡核因子κB

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吸入汽车尾气对小鼠肺部菌群的影响

上海交通大学学报（医学版） 2018年第2期38卷 146-150页

作者：石鑫陈倩李婷华张彦董珂上海交通大学医学院免疫学与微生物学系上海200025

目的·观察小鼠在吸入汽车尾气后其肺组织和肺部菌群的变化,评估汽车尾气造成的空气污染对处于高浓度微环境暴露的人群呼吸系统可能产生的影响。方法·将10只C57BL/6小鼠随机分为实验组和对照组,实验组连续5 d(1 h/d)暴露于汽车尾气环境... 详细信息

目的·观察小鼠在吸入汽车尾气后其肺组织和肺部菌群的变化,评估汽车尾气造成的空气污染对处于高浓度微环境暴露的人群呼吸系统可能产生的影响。方法·将10只C57BL/6小鼠随机分为实验组和对照组,实验组连续5 d(1 h/d)暴露于汽车尾气环境,对照组不处理。取小鼠右下肺叶组织,通过16S rRNA测序技术分析肺部菌群组成,并对肺组织进行病理切片镜检。结果·实验组与对照组的肺组织病理变化无明显差异,但2组的菌群组成和丰度存在明显差异。在门水平,实验组相比对照组厚壁菌门显著增加,拟杆菌门和变形菌门显著减少;在属水平,厚壁菌门的增加主要与粪球菌属的增加有关,拟杆菌门的减少与噬纤维菌属的减少有关,变形菌门的减少与苍白杆菌属、甲基杆菌属和不动杆菌属的减少有关,Amycolatopsis属也显著减少。结论·短期暴露在汽车尾气环境中,会改变小鼠肺部菌群的物种组成和丰度,但未观察到肺组织病变。

关键词：肺部菌群可吸入颗粒物汽车尾气 16SrRNA

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细菌体内的蛋白质降解

微生物学报 2015年第5期55卷 521-528页

作者：李淑娴姚玉峰上海交通大学医学院基础医学院免疫学与微生物学系上海200025

为了适应多变的外界环境,细菌利用蛋白降解来清除体内不需要的蛋白质。AAA+蛋白酶降解机制在细菌蛋白质质量控制系统中发挥重要作用,而在放线菌中发现的蛋白酶体揭示了原核生物体内一个崭新的蛋白质降解机制。蛋白酶只识别携带降解决定... 详细信息

为了适应多变的外界环境,细菌利用蛋白降解来清除体内不需要的蛋白质。AAA+蛋白酶降解机制在细菌蛋白质质量控制系统中发挥重要作用,而在放线菌中发现的蛋白酶体揭示了原核生物体内一个崭新的蛋白质降解机制。蛋白酶只识别携带降解决定子的底物,确保了蛋白质降解的特异性,除此之外细菌还通过一些其他方式调控蛋白质的降解与否。随着真核生物体内泛素依赖的蛋白酶体降解途径的发现,蛋白质降解过程参与调控机体生理活动的功能也逐渐为人所知。研究发现,蛋白质降解参与调控细菌的生长、分化,并与细菌的应激反应以及毒力等相关。本文将对细菌中存在的AAA+蛋白质降解机制,包括其结构、对底物的降解过程及其生理功能等进行阐述。

关键词：细菌蛋白酶类泛素蛋白-蛋白酶系统受调控的蛋白质降解

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铜绿假单胞菌对环丙沙星异质性耐药的研究

上海交通大学学报（医学版） 2022年第7期42卷 839-845页

作者：李聪聪姚玉峰张传珍上海交通大学基础医学院免疫学与微生物学系上海200025

目的·探究铜绿假单胞菌对环丙沙星的异质性耐药机制。方法·通过圆盘扩散法对临床分离鉴定的铜绿假单胞菌(n=227)的环丙沙星异质性耐药进行初筛,同时根据抑菌圈直径对这些菌株的耐药性进行划分。通过无抗生素条件下连续传代后测定敏感... 详细信息

目的·探究铜绿假单胞菌对环丙沙星的异质性耐药机制。方法·通过圆盘扩散法对临床分离鉴定的铜绿假单胞菌(n=227)的环丙沙星异质性耐药进行初筛,同时根据抑菌圈直径对这些菌株的耐药性进行划分。通过无抗生素条件下连续传代后测定敏感性来判断异质性耐药菌株的稳定性。利用群体谱型分析法(population analysis profiling,PAP)对初筛结果进行验证。通过全基因测序分析异质性耐药的产生机制,最后测定比较不同突变类型的耐药亚群对不同抗生素敏感性的影响。结果·在圆盘扩散法中,227株临床菌株中有142株(62.6%)对环丙沙星表现为敏感,26株(11.5%)表现为中介,59株(26.0%)表现为耐药。该方法筛选得到18株潜在异质性耐药菌株,其中11株经PAP及稳定性检测后确定为稳定异质性耐药菌。随机挑选的18株初筛鉴定为非异质性耐药的菌株中,有3株经PAP鉴定为异质性耐药菌株。通过全基因组测序发现11株耐药亚群中,有8株发生mexS突变,2株发生gyrA突变;除此之外,基因fleQ、PA2632和PAKAF_02255均分别在1株菌株中发生突变。mexS与gyrA这2类突变型均导致莫西沙星耐药,部分mexS突变株同时对氯霉素与亚胺培南耐药。结论·铜绿假单胞菌对环丙沙星的异质性耐药率为4.8%(11/227)。圆盘扩散法作为铜绿假单胞菌异质性耐药筛选方法灵敏度较低,存在一定假阴性率。mexS突变是耐药亚群中最常见的突变类型,该突变可能通过使外排泵MexEF-OprN过表达来介导对环丙沙星在内的多种抗生素耐药。

关键词：铜绿假单胞菌环丙沙星异质性耐药圆盘扩散法群体谱型分析

耐药肺炎克雷伯菌噬菌体JD902的分离及生物学特性和安全性研究

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上海交通大学学报（医学版） 2019年第12期39卷 1389-1393页

作者：吕霖石鑫郭晓奎秦金红上海交通大学基础医学院免疫学与微生物学系

目的·筛选耐药肺炎克雷伯菌的噬菌体,并检验其是否符合耐药肺炎克雷伯菌噬菌体库的入库要求。方法·将分离自1例泌尿系统感染患者的1株耐药肺炎克雷伯菌作为宿主菌,从环境污水中进行噬菌体筛选,分离、纯化噬菌体并进行生物学特性的研... 详细信息

目的·筛选耐药肺炎克雷伯菌的噬菌体,并检验其是否符合耐药肺炎克雷伯菌噬菌体库的入库要求。方法·将分离自1例泌尿系统感染患者的1株耐药肺炎克雷伯菌作为宿主菌,从环境污水中进行噬菌体筛选,分离、纯化噬菌体并进行生物学特性的研究及噬菌体基因组测序,并基于全基因组数据分析其使用安全性。结果·分离到1株耐药肺炎克雷伯菌噬菌体,将其命名为JD902,属有尾目,裂解量为88 pfu/cell,在pH值4.0~11.0范围内都能保持较好的活性。基因组分析表明,其不携带抗生素抗性基因和毒力因子基因。结论·JD902为1株烈性噬菌体,体外稳定性及安全性均较高,可以纳入临床治疗使用噬菌体库。

关键词：肺炎克雷伯菌噬菌体抗生素耐药性生物学特性安全性评估

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单核细胞对食管和胃中巨噬细胞的更新

上海交通大学学报（医学版） 2022年第9期42卷 1208-1215页

作者：朱忆文于庆吴欣睿路洁陈梓濠 GINHOUX Florent 苏冰刘兆远上海交通大学医学院免疫学与微生物学系上海200025 上海交通大学医学院上海市免疫学研究所上海200025

目的·揭示单核细胞对食管和胃中巨噬细胞的更新。方法·Ms4a3^(Cre)-Rosa^(TdT)单核细胞示踪模型小鼠的单核细胞携带永久性的tdTomato红色荧光标志物,由这些单核细胞发育产生的巨噬细胞会携带红色荧光,从而与组织中原有的胚胎来源的驻... 详细信息

目的·揭示单核细胞对食管和胃中巨噬细胞的更新。方法·Ms4a3^(Cre)-Rosa^(TdT)单核细胞示踪模型小鼠的单核细胞携带永久性的tdTomato红色荧光标志物,由这些单核细胞发育产生的巨噬细胞会携带红色荧光,从而与组织中原有的胚胎来源的驻留巨噬细胞区分。通过免疫荧光成像检测不同年龄(2周龄、8周龄和15月龄)Ms4a3^(Cre)-Rosa^(TdT)小鼠食管和胃中携带红色荧光的离子化钙结合适配分子1(ionized calcium-binding adapter molecule 1,IBA1)阳性巨噬细胞的数量和比例,明确单核细胞对食管和胃中巨噬细胞的贡献,以及胚胎和单核细胞2种不同来源巨噬细胞在食管和胃中随年龄的变化。结果·2周龄Ms4a3^(Cre)-Rosa^(TdT)小鼠的食管和胃中,仅有少量巨噬细胞携带红色荧光标志物,说明幼年小鼠的食管和胃中巨噬细胞主要为胚胎时期产生的组织驻留巨噬细胞,单核细胞来源的巨噬细胞数量较少;8周龄成年小鼠的胃中存在大量tdTomato阳性的单核细胞来源的巨噬细胞;15月龄小鼠的食管和胃中,绝大多数的巨噬细胞携带单核细胞的红色荧光标志物,说明老年小鼠的食管和胃中巨噬细胞主要来自循环血液中的单核细胞。结论·幼年小鼠的食管和胃中巨噬细胞主要为胚胎时期产生的驻留巨噬细胞,随着年龄的增长,单核细胞来源的细胞逐渐替换食管和胃中的组织驻留巨噬细胞;老年小鼠食管和胃中巨噬细胞主要来自循环血液中的单核细胞。小鼠食管和胃中巨噬细胞是一个随年龄变化的、由不同比例胚胎来源和单核细胞来源的细胞组成的群体。

关键词：巨噬细胞单核细胞谱系示踪食管胃