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金黄色葡萄球菌耐药机制及治疗药物

国外医药（抗生素分册） 2024年第1期45卷 1-11页

作者：罗丹马世伟王哲上海交通大学农业与生物学院上海200240 上海市兽医生物技术重点实验室上海200240

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是引起局部化脓和心内膜炎等多种感染的重要人兽共患革兰阳性病原菌。其传播速度快,致病力强,且耐药性日益严重,给全球公共卫生安全和动物养殖业造成了巨大威胁。这对深入了解金黄色葡萄球菌耐药... 详细信息

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是引起局部化脓和心内膜炎等多种感染的重要人兽共患革兰阳性病原菌。其传播速度快,致病力强,且耐药性日益严重,给全球公共卫生安全和动物养殖业造成了巨大威胁。这对深入了解金黄色葡萄球菌耐药机制以及药物新靶点的开发提出了迫切需求。因此,本文对当前临床使用的抗生素的作用机制和耐药机理进行了综述,并特别关注了相关领域的最新研究进展,以期望为临床防治细菌耐药和新药研制提供新的视角和参考。

关键词：金黄色葡萄球菌耐药机制蛋白质合成抑制剂核酸合成抑制剂细胞壁合成抑制剂

基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测

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微生物学报 2024年第2期64卷 432-442页

作者：周秀娟何逸尘张利达崔妍史贤明上海交通大学农业与生物学院、中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 上海健康医学院健康与公共卫生学院上海201318

利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手... 详细信息

利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手段。随着细菌基因组数据的持续增加以及耐药表型数据的不断积累,大数据和机器学习能够更好地建立耐药表型与基因组信息之间的相关性,因此,构建高效的耐药表型预测模型成为研究热点。本文围绕细菌耐药基因的识别和耐药表型的预测,针对耐药相关数据库、耐药特征识别理论与方法、耐药数据的机器学习与表型预测等方面展开讨论,以期为细菌耐药的相关研究提供手段和思路。

关键词：细菌耐药耐药数据库生物信息学耐药基因识别耐药表型预测

透明质酸的制备、功能特性及其调节肠道健康的研究进展

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中国食品学报 2024年第7期24卷 401-413页

作者：滕薇刘树滔吴金鸿张勇福州大学生物工程研究所福州350002 上海交通大学农业与生物学院上海200240 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

透明质酸(HA)是一种非硫酸化糖胺聚糖,2021年获批为新食品原料后,引起食品科研人员与产业界的广泛兴趣。近年来,越来越多的研究显示,HA的生物活性根据其分子质量的不同,发挥促炎或抗炎、促细胞增殖或抗增殖作用。为了高效、精准地提高H... 详细信息

透明质酸(HA)是一种非硫酸化糖胺聚糖,2021年获批为新食品原料后,引起食品科研人员与产业界的广泛兴趣。近年来,越来越多的研究显示,HA的生物活性根据其分子质量的不同,发挥促炎或抗炎、促细胞增殖或抗增殖作用。为了高效、精准地提高HA在食品中的应用价值,有必要根据分子质量的差异性,全面归纳总结HA在食品相关领域的研究进展。本文概述HA的应用开发进展,重点分析不同分子质量HA的制备方法、细胞功能、消化吸收特性,从维持稳态、缓解炎症两个维度分析HA对肠道的调节作用,以期促进HA在营养与健康产业的精准开发及应用。

关键词：透明质酸分子质量制备生物学功能肠道

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“2+3”模式下种鸽氨基酸理想模式的研究

饲料工业 2024年第8期45卷 128-134页

作者：刘旺旺朱丽慧杨长锁徐建雄张洪才上海交通大学农业与生物学院上海200240 上海市农业科学院畜牧兽医研究所上海201106

试验旨在探究“2+3”模式下种鸽氨基酸理想模式。依据扣除法原理,根据现有氨基酸需要量标准和目前的研究结果规划出一种氨基酸模式,依次将模式中赖氨酸(Lys)、蛋氨酸(Met)、色氨酸(Trp)、苏氨酸(Thr)、亮氨酸(Leu)各扣除20%,而非扣除的... 详细信息

试验旨在探究“2+3”模式下种鸽氨基酸理想模式。依据扣除法原理,根据现有氨基酸需要量标准和目前的研究结果规划出一种氨基酸模式,依次将模式中赖氨酸(Lys)、蛋氨酸(Met)、色氨酸(Trp)、苏氨酸(Thr)、亮氨酸(Leu)各扣除20%,而非扣除的氨基酸保持其水平不变来确定扣除某一种氨基酸后对“2+3”模式下种鸽生产性能和血液氨基酸含量的影响,确定出理想的氨基酸比例。试验选择同一批次的144对种鸽随机分为两组,一组为72对种鸽哺乳4日龄乳鸽,另一组为72对种鸽哺乳10日龄乳鸽,两试验分别各设6个处理组,为6种氨基酸模式,每个处理12对种鸽(重复),按照50%颗粒料+50%的原粮配制种鸽饲粮。结果表明:各处理乳鸽平均日增重无显著差异(P>0.05),但扣除20%赖氨酸处理较高,且该组乳鸽死亡率低;各处理种公鸽血液氨基酸含量无显著差异(P>0.05),而种母鸽血液中天冬氨酸含量以扣除20%赖氨酸处理最低,且显著低于扣除20%蛋氨酸、色氨酸和亮氨酸处理(P<0.05)。综上,“2+3”模式下种鸽理想氨基酸模式是赖氨酸、蛋氨酸、色氨酸、苏氨酸、亮氨酸水平为0.88%、0.55%、0.65%、0.2%和1.5%。

关键词：种鸽理想氨基酸模式 “2+3”模式生长性能血液氨基酸含量

番茄细胞分裂素与生长素响应信号可视化荧光分析

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园艺学报 2024年第2期51卷 372-384页

作者：赵晓冰孙可一樊俊苗丁静南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新利用全国重点实验室南京210095 北京农学院植物科学技术学院北京100096 上海交通大学农业与生物学院上海200240

解析细胞分裂素和生长素的响应信号在番茄体内的动态分布,对从细胞水平阐明这两类激素的调控功能及作用机理具有重要意义。利用细胞分裂素响应启动子TCSn1驱动绿色荧光报告基因TCSn1::GFP(GFP)和生长素响应启动子DR5v2驱动红色荧光报告... 详细信息

解析细胞分裂素和生长素的响应信号在番茄体内的动态分布,对从细胞水平阐明这两类激素的调控功能及作用机理具有重要意义。利用细胞分裂素响应启动子TCSn1驱动绿色荧光报告基因TCSn1::GFP(GFP)和生长素响应启动子DR5v2驱动红色荧光报告基因DR5v2::tdTomato(tdTomato),实时原位分析了番茄根、茎、叶、花和果实中细胞分裂素和生长素的响应信号,发现两种荧光在发芽3~7 d幼苗根冠的侧根冠、小柱起始细胞和小柱细胞及根伸长区的原形成层、基本分生组织和原表皮层,发芽5~10 d的茎尖分生组织,定植23和37 d植株茎段的维管束组织,定植32 d植株的幼嫩叶片,开花当天的花瓣和果梗,开花2~6 d果实的胚珠、胎座、小柱及表皮等组织/器官中均有分布。两种荧光的强度均在茎尖分生组织和果实胚珠中最高,并且具有类似的变化趋势:在发芽3~7 d的根冠和伸长区中先下降后有所恢复,茎段中37 d弱于23 d,发芽5~10 d茎尖分生组织和开花0~6 d果实中持续上升。本研究为番茄细胞分裂素和生长素响应分析提供了一个灵敏而稳定的可视化工具,并解析了两种激素在番茄不同器官中的分布与强度。

关键词：番茄细胞分裂素响应生长素响应可视化荧光显微成像

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乳酸菌葡聚糖蔗糖酶的研究进展

食品工业科技 2024年第4期45卷 354-361页

作者：石贺于连升齐心彤钱志刚阚连宝杜仁鹏黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室黑龙江省普通高校微生物重点实验室黑龙江哈尔滨150080 河北环境工程学院河北省农业生态安全重点实验室河北秦皇岛066102 上海交通大学微生物代谢国家重点实验室上海200240

葡聚糖蔗糖酶(Glucansucrase)(EC.2.***.5.1)是一类α-转糖苷酶(Glucosyltransferase),主要由明串珠菌属(Leuconostoc)、链球菌属(Streptococcus)及乳杆菌属(Lactobacillus)等乳酸菌产生。葡聚糖蔗糖酶的结构和催化机制具有多样性,是生物合成胞外多糖的一种重要工具酶。本文主要综述了乳酸菌葡聚糖蔗糖酶的来源、分类、结构、反应机制,以及介绍培养基组成、培养条件对酶产量的影响,重点阐述葡聚糖蔗糖酶的优化方法、分离纯化过程及酶学性质,并对其发展趋势进行展望,以期为葡聚糖蔗糖酶在相关领域开展研究提供参考。

关键词：葡聚糖蔗糖酶结构催化机理优化分离纯化应用

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协同改性膳食纤维的方法及其在食品加工中的应用研究进展

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食品与发酵工业 2024年第12期50卷 411-420页

作者：温丽华郑艺欣骆贤亮欧雨嘉郭泽镔郑宝东福建农林大学食品科学学院福建福州350002 上海交通大学农业与生物学院上海200240

膳食纤维是由10个及以上吡喃葡糖基通过β-1,4糖苷键连接而成的线性多糖,主要来源于果蔬、谷类、豆制品及农副产物。膳食纤维可作为肠道益生菌的发酵底物,帮助微生物群平衡生长并发挥健康效应。然而,有序的构象结构使膳食纤维存在溶解... 详细信息

膳食纤维是由10个及以上吡喃葡糖基通过β-1,4糖苷键连接而成的线性多糖,主要来源于果蔬、谷类、豆制品及农副产物。膳食纤维可作为肠道益生菌的发酵底物,帮助微生物群平衡生长并发挥健康效应。然而,有序的构象结构使膳食纤维存在溶解度低、界面稳定性差、口感粗糙等共性问题,不利于其衍生食品的创制。因此,分子改性技术成为了调控膳食纤维结构及理化性质的重要方法。相比单一技术,多技术的协同处理在提升膳食纤维改性效率及功能适用性方面更具优势。基于此,该文重点综述了膳食纤维的协同改性方法及功能性应用,旨在为富含膳食纤维植物及其副产物的高值化加工提供理论依据和技术支撑。

关键词：膳食纤维协同改性食品加工应用

冠菌素诱导番茄对青枯病原菌(Ralstonia solanacearum)抗性的转录组分析

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植物病理学报 2024年第2期54卷 343-354页

作者：李娜邹丽芳辛屹东孙胜耿雪青山西农业大学园艺学院太谷030801 上海交通大学农业与生物学院上海200240

青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的青枯病严重威胁着番茄的产量和品质。冠菌素(Coronatine,COR)是由丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)产生的化合物,结构类似于茉莉酸异亮氨酸(JA-Ile)。本研究通过观察COR处理番茄后接种**... 详细信息

青枯雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的青枯病严重威胁着番茄的产量和品质。冠菌素(Coronatine,COR)是由丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)产生的化合物,结构类似于茉莉酸异亮氨酸(JA-Ile)。本研究通过观察COR处理番茄后接种***的症状表现,发现COR处理的番茄植株比未处理的对照组青枯病发生症状轻。为进一步探究COR如何影响番茄对青枯病的抗性,对COR处理后接种*** 24 h的番茄样品进行转录组测序分析,结果发现,COR处理共诱导了2122个差异表达基因,包括998个上调表达基因和1124个下调表达基因。通过对差异表达基因进行GO和KEGG富集,发现COR主要影响植物-病原菌互作通路及植物激素信号转导途径相关基因的表达。此外,COR还诱导JA合成通路相关基因的上调表达,以及抑制光合作用相关基因的表达。研究结果为深入揭示COR在植物-青枯病原菌互作过程中的作用奠定了理论基础。

关键词：冠菌素青枯病原菌番茄转录组测序

CRISPR/Cas13a系统在大肠杆菌RNA编辑过程中的逃逸现象

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微生物学报 2024年第8期64卷 2998-3013页

作者：张悦许杰王珩瑜盛勇欧一新王斌张蓓康前进张丽青岛大学青岛医学院基础医学院山东青岛266071 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240 上海交通大学代谢与发育国际联合合作实验室上海200240

【目的】在大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655-ΔrecA和Escherichia coli DH10B中构建CRISPR/LshCas13a质粒干扰系统,通过靶向非必需基因lacZ和必需基因polA,分别分析RNA编辑实验中的逃逸现象。【方法】选取来自沙氏纤毛菌(Leptotrichia shahii)中的Cas13a蛋白编码基因LshCas13a,构建可诱导的CRISPR/LshCas13a的RNA编辑系统相关质粒,选取MG1655-ΔrecA和DH10B为研究对象。通过Crisporo算法,设计靶向lacZ和polA的CRISPR RNA(crRNA)序列,考察利用LshCas13a质粒干扰实验靶向lacZ和polA的逃逸现象。再通过对逃逸菌落的数量和序列分析评估LshCas13a系统的逃逸现象,结合PCR和Sanger测序技术探究LshCas13a系统的逃逸事件。选取通过插入序列(insertion sequence,IS)转座破坏LshCas13a系统的LshCas13a基因的逃逸菌落,通过监测OD_(600)进一步考察菌株的生长情况。【结果】利用LshCas13a系统靶向MG1655-ΔrecA和DH10B中的lacZ和polA,发现靶向lacZ时,MG1655-ΔrecA通过LshCas13a基因点突变和IS转座突变方式逃逸;靶向polA时,MG1655-ΔrecA和DH10B通过点突变LshCas13a基因、IS转座和突变crRNA的直接重复(direct repeat,DR)序列等方式逃逸。LshCas13a编码基因的突变促进了菌株生长的恢复。【结论】本研究利用LshCas13a质粒干扰系统研究了***宿主RNA编辑中的多样化逃逸现象,包括了染色体编码的IS介导的LshCas13a转座突变、LshCas13a点突变、crRNA的DR序列突变或重组等情况。本研究为进一步优化CRISPR/LshCas13a基因编辑系统奠定了基础。

关键词：大肠杆菌 CRISPR/LshCas13a 质粒干扰系统逃逸现象插入序列