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柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析

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南方农业学报 2024年第8期55卷 2495-2503页

作者：向进吴燕王春源赵永付红梅丁义杰张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025

【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对... 详细信息

【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查鉴定BMP7基因SNP位点,计算各SNP位点的群体遗传参数,并通过SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪总产仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重等6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因上共发现5个SNPs位点:g.57602289C>T(第2外显子)、g.57602334C>T(第2外显子)、g.57602404C>T(第2内含子)、g.57602418C>T(第2内含子)和g.57602561G>T(第2内含子),均存在3种基因型;5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT,对应的多态信息含量(PIC)介于0.358~0.375,均表现为中度多态(0.250.05),且各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系[LD系数(Dʼ)>0.800,相关系数(R^(2))>0.330]。关联分析结果显示,g.57602289C>T、g.57602334C>T和g.57602418C>T等3个位点TT基因型个体的初生窝重均显著高于CC基因型个体(PT位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于CC基因型个体;g.57602561G>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于GG基因型个体。此外,双倍型H2H2和H3H3个体的总产仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均高于其他双倍型个体,尤其是H2H2个体在断奶仔猪数和初生窝重方面表现出明显优势。【结论】在柯乐猪BMP7基因上发现的5个SNPs位点均与其繁殖性能存在较强的关联性,BMP7基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,而双倍型H2H2可作为繁殖性状分子标记辅助选择的参考。

关键词：柯乐猪 BMP7基因 SNP位点繁殖性能关联分析

LncRNA-TUG1通过调节miR-31-5p/YWHAE轴影响22Rv1细胞的增殖和迁移

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农业生物技术学报 2024年第5期32卷 1111-1120页

作者：赵佳福李永周明帅温晓艳陆情梅刘彬贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/动物科学学院

酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白ε (tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activating protein ε, YWHAE)在前列腺癌(prostate cancer, PCa)中高表达，miR-31-5p可靶向调控YWHAE的表达影响前列腺癌细胞的增殖。但是，参与miR-31-5p对YWHAE靶向调控的长链非编码RNA (long non-coding RNA, LncRNA)目前尚不明确。本研究根据前人研究结果及生物信息学分析软件筛选出LncRNA-牛磺酸上调基因(LncRNA-tauronic upregulation, LncRNA-TUG1)、LINC02604和PDCD6IP-DT 3条LncRNAs能靶向调控miR-31-5p的表达。通过RT-qPCR检测3条LncRNAs在前列腺癌细胞系LNCaP、PC3、22Rv1及正常前列腺基质永生化细胞(WPMY-1)中的表达，筛选调控miR-31-5p/YWHAE轴的最佳LncRNA;RT-qPCR检测干扰LncRNA-TUG1及过表达miR-31-5p对22Rv1细胞中LncRNA-TUG1、miR-31-5p和YWHAE表达的影响；同时，通过CCK-8、细胞划痕实验检测共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics对22Rv1细胞增殖和迁移的影响；Western blot检测增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen, PCNA)、B细胞淋巴瘤-2蛋白(B-cell lymphoma-2, BCL-2)、Bcl-2相关X蛋白(BCL2-associated X, BAX)和半胱氨酸蛋白酶-3 (cysteine proteinase-3, Caspase-3)表达的影响。结果表明，LncRNA-TUG1、LINC02604和PDCD6IP-DT为调控miR-31-5p/YWHAE轴的3条LncRNAs，且与正常细胞相比，LncRNA-TUG1在PCa各细胞系中高表达，尤其在22Rv1细胞中的表达量最高。以LncRNATUG1为研究对象，分别转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics到22Rv1细胞后，qPCR结果显示，与NC mimics组相比，转染miR-31-5p mimics组中miR-31-5p的表达量极显著上调(P实验表明，共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics后，能够显著抑制细胞增殖及迁移；Western blot结果表明，共转染sh-TUG1及miR-31-5p mimics能够显著抑制PCNA、BCL-2/BAX蛋白的表达，促进caspase-3蛋白的表达。以上结果说明，LncRNA-TUG1可通过调节miR-31-5p/YWHAE来调控PCNA、BCL-2、BAX和caspase-3蛋白的表达，进而影响22Rv1细胞的增殖。本研究为前列腺癌症靶向药物的开发提供理论参考和实验思路。

关键词： LncRNA-牛磺酸上调基因(LncRNA-TUG1) miR-31-5p 前列腺癌 22Rv1 细胞增殖细胞迁移

从江香猪、大白猪和大香杂交猪睾丸发育的形态学差异研究

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 321-328页

作者：曾广湖万素芳牟琪龚婷贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

为明确从江香猪睾丸早熟的程度,本实验以60日龄从江香猪、大白猪、大香杂交猪为对象,通过测定睾丸指数,制作石蜡切片结合苏木精-伊红染色法(Hematoxylin-eosin Staining,HE染色)、免疫组织化学染色(Immunohistochemistry staining,IHC染... 详细信息

为明确从江香猪睾丸早熟的程度,本实验以60日龄从江香猪、大白猪、大香杂交猪为对象,通过测定睾丸指数,制作石蜡切片结合苏木精-伊红染色法(Hematoxylin-eosin Staining,HE染色)、免疫组织化学染色(Immunohistochemistry staining,IHC染色)以及酶联免疫吸附剂检测(Enzyme-linked Immunosorbent Assay,ELISA)等手段比较60日龄3种猪睾丸发育的形态学差异与血液睾酮水平,综合分析香猪的性早熟程度。结果表明:60日龄从江香猪的睾丸指数显著高于大香杂交猪和大白猪,且60日龄从江香猪的血清睾酮水平比大白猪高6.007倍(P<0.05)。同时,60日龄时从江香猪睾丸生精小管面积、生精小管直径、生精上皮厚度、生精细胞数量均高于大香杂交猪(P<0.05),而后者的这些指标高于大白猪(P<0.05)。生精小管中,从江香猪和大香杂交猪的支持细胞数量高于大白猪(P<0.05)。60日龄时,在从江香猪和大香杂交猪的生精上皮中均观察到8个精细管上皮周期,且从江香猪各精细管上皮周期的生精细胞数量多于大香杂交猪。此外,睾丸形态学分析发现15日龄从江香猪睾丸的发育接近60日龄大白猪。以上结果说明3个猪种60日龄睾丸发育程度依次为从江香猪早于大香杂交猪,早于大白猪。

关键词：从江香猪大白猪睾丸发育性早熟

鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医杂志 2024年第10期60卷 75-80页

作者：陈平平嵇辛勤阮涌王晗晗罗晓宇安而立龙丹丹段志强贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性... 详细信息

为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性、敏感性和重复性,并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示,所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系;该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10^(2) copies/μL,是普通PCR的100倍;CT值组内变异系数为0.97%~1.32%,组间变异系数为1.24%~1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明,本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性,能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测,为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。

关键词：鸭坦布苏病毒(DTMUV) TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)

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都匀“红鲤”的群体结构及其多样性

南方水产科学 2024年第4期20卷 154-163页

作者：张小洪余科安苗欧平勇王邦平杨胜同李丽李茂年覃克斯贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州省黔南州农业科学研究院畜牧水产所贵州都匀558000

贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤... 详细信息

贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤”及相邻地区的稻田鲤群体结构及其多样性。结果显示,253条Cyt b基因共检测到45个变异位点,界定了23个单倍型,都匀“红鲤”表现出9个单倍型,其中5个与对照的稻田鲤共享,个体数占其样本总数的76.19%。系统发育和神经网络结果表明,都匀“红鲤”是由远东鲤和华南鲤2个遗传差异小、分化等级高的亚种类群构成的混合群体,与国内鲤品种和对照稻田鲤之间有相同的母系来源。都匀“红鲤”中共享Hap22和4个独享单倍型的鱼归属远东鲤亚种,另外4个共享单倍型的鱼为华南鲤亚种。遗传多样性及分化分析显示,都匀“红鲤”2个亚种群体遗传变异程度低,均呈高单倍型多样性(Hd)和低核苷酸多样性(π)的特点;远东鲤亚种与对照稻田鲤间为中度分化,华南鲤亚种除了与锦屏间为高度分化外,与其余3个对照稻田鲤间的分化程度均较低,但因地理隔离及驯化过程中选择压力、创始人效应和遗传漂变,导致其遗传多样性下降,与对照群体产生遗传分化。研究表明,都匀及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。

关键词：红鲤 Cyt b基因遗传多样性遗传分化

鸭坦布苏病毒NS3蛋白原核表达及其间接ELISA检测方法的建立与应用

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农业生物技术学报 2024年第10期32卷 2437-2446页

作者：安而立嵇辛勤阮涌陈泽辉曹伟王晗晗罗晓宇龙丹丹陈佳琪杨纯培吴宗豪王丽娟姚碧琼贵州大学动物科学学院贵州省动物疫病研究所贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室三穗县动物疫病预防控制中心

为了建立一种能够快速检测鸭坦布苏病毒病(Duck tembusu virus, DTMUV)抗体的间接ELISA检测方法，本研究构建了pET-28a-NS3的原核重组表达载体以诱导表达NS3蛋白，以NS3蛋白作为包被抗原，对试验条件进行优化，建立了一种检测DTMUV抗体... 详细信息

为了建立一种能够快速检测鸭坦布苏病毒病(Duck tembusu virus, DTMUV)抗体的间接ELISA检测方法，本研究构建了pET-28a-NS3的原核重组表达载体以诱导表达NS3蛋白，以NS3蛋白作为包被抗原，对试验条件进行优化，建立了一种检测DTMUV抗体的间接ELISA方法，使用所建立ELISA方法对30份攻毒试验血清样品及150份采集的血清样品进行检测。结果显示，所建立间接ELISA方法批内与批间变异系数(CV)分别为1.49%～4.31%和1.22%～6.07%，符合国标；该方法可特异性地检测出DTMUV抗体，且与禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV) H5亚型、AIV H7亚型、新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)、鸭圆环病毒(Duck circovirus, DuCV)和鸭甲肝病毒1型(Duck hepatitis A virus, DHAV-1)阳性血清均无交叉反应；所建立方法对攻毒试验样品阳性、阴性检出数与商品化试剂盒检测符合率为100%，对养殖场采集样品阳性、阴性检出数与商品化试剂盒检测符合率为97.33%。综上所述，本研究所建立的DTMUV NS3蛋白抗体间接ELISA检测方法具有良好的特异性与重复性，为DTMUV流行病学调查提供了快速、有效的检测方法。

关键词：鸭坦布苏病毒(DTMUV) NS3蛋白 ELISA

干扰SOCS1基因表达对猪乳腺上皮细胞凋亡的调控效应

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 244-255页

作者：赵永杨酸杨齐心杨红文王春源吴燕向进付红梅丁义杰张依裕贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025 贵州省畜禽遗传资源管理站贵州贵阳550001

细胞因子信号转导抑制因子1(SOCS1)是一种调节细胞内信号通路活性的负调控因子,参与调控机体细胞的多种生理功能。为探索SOCS1基因沉默对猪乳腺上皮细胞增殖和凋亡的影响,试验通过构建猪SOCS1基因shRNA干扰载体,转染猪乳腺上皮细胞,TMT... 详细信息

细胞因子信号转导抑制因子1(SOCS1)是一种调节细胞内信号通路活性的负调控因子,参与调控机体细胞的多种生理功能。为探索SOCS1基因沉默对猪乳腺上皮细胞增殖和凋亡的影响,试验通过构建猪SOCS1基因shRNA干扰载体,转染猪乳腺上皮细胞,TMT定量蛋白组学筛选差异蛋白,Annexin V/PI、CCK-8和流式细胞术检测细胞周期、细胞增殖和细胞凋亡。结果显示,干扰组(shRNA-SOCS1-138)与空白组相比,共筛选到差异表达蛋白52个,其中上调蛋白26个,下调蛋白26个。GO富集发现,差异蛋白主要富集在病毒防御响应、EB病毒遗传缺陷反应后的免疫缺陷和对其他生物的免疫反应几个方面。KEGG通路富集发现,差异蛋白主要富集在坏死性凋亡、丙型肝炎和全身性红斑狼疮信号通路。干扰SOCS1后,乳腺上皮细胞450 nm的OD值在12、24、48 h和72 h的细胞量显著或极显著高于空白组;G1期和G2期细胞占比均极显著高于空白组,S期细胞百分比极显著低于空白组;干扰组与空白组之间细胞凋亡率差异达到显著水平。综合研究结果揭示,SOCS1基因沉默可促进细胞增殖和降低细胞的凋亡,引起G1/S期阻滞,并受多个信号通路的调控作用。

关键词： SOCS1 猪乳腺上皮细胞蛋白组学细胞增殖细胞凋亡

NCG对山羊性腺轴组织中ITGB8、IGFBP3基因相对表达量的影响

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黑龙江畜牧兽医 2024年第7期 43-48页

作者：张劲松韦仕南骆金红吴大江陈祥习水县农业农村局贵州习水564600 贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025 贵州省草业研究所贵阳550025

为了探究妊娠早期饲喂N-氨甲酰谷氨酸(N-Carbamylglutamate,NCG)提高山羊产羔数的繁殖机制,试验采用实时荧光定量PCR方法检测了ITGB8、IGFBP3基因在空白组和NCG组(0.15%NCG)卵巢、子宫、输卵管、垂体、下丘脑等性腺轴组织中的相对表达... 详细信息

为了探究妊娠早期饲喂N-氨甲酰谷氨酸(N-Carbamylglutamate,NCG)提高山羊产羔数的繁殖机制,试验采用实时荧光定量PCR方法检测了ITGB8、IGFBP3基因在空白组和NCG组(0.15%NCG)卵巢、子宫、输卵管、垂体、下丘脑等性腺轴组织中的相对表达量。结果表明:ITGB8和IGFBP3基因在贵州白山羊5个组织中均有不同程度表达。相同组别不同组织比较,ITGB8基因在空白组的相对表达量为下丘脑>垂体>输卵管>子宫>卵巢,在NCG组的相对表达量为垂体>子宫>下丘脑>输卵管>卵巢;IGFBP3基因在空白组和NCG组中的表达趋势均为子宫>卵巢>输卵管>下丘脑>垂体。相同组织不同组间比较,ITGB8基因在NCG组垂体、卵巢、输卵管、子宫组织中的相对表达量极显著低于空白组(P0.05);IGFBP3基因在NCG组垂体、卵巢、输卵管、子宫组织中的相对表达量均极显著低于空白组(P0.05)。说明给山羊饲喂NCG能提高ITGB8基因和降低IGFBP3基因的相对表达量,NCG可能通过调控ITGB8和IGFBP3基因的表达影响山羊繁殖性能。

关键词：山羊 NCG ITGB8基因 IGFBP3基因差异表达量

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基于转录组学和蛋白组学的鸡蛋绿壳性状形成分子机制研究

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南方农业学报 2024年第3期55卷 638-649页

作者：石钰仕肖涛陈有波余欢赵德鹏龙霞谭启松李辉贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 安顺市畜牧技术推广站贵州安顺561099

【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,... 详细信息

【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,通过转录组测序和TMT定量蛋白组学技术分别筛选出差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs),并对转录组学和蛋白组学进行联合分析,筛选出调控绿壳鸡蛋颜色深浅的候选基因和候选蛋白。【结果】经转录组测序,从SL组与BK组间共筛选出82个DEGs,其中46个DEGs呈上调表达、36个DEGs呈下调表达;有4个DEGs与蛋壳色素的合成及沉积相关,分别是SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因,且均为上调表达的DEGs;KEGG信号通路分析结果显示,DEGs显著富集的信号通路有α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢等。通过TMT定量蛋白组学分析,共鉴定获得167个DEPs,其中104个DEPs呈上调表达、63个DEPs呈下调表达;KEGG信号通路富集分析发现,DEPs主要富集于甘油磷脂代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢及醚脂质代谢等信号通路。转录组学和蛋白组学的联合分析结果表明,转录组与蛋白组无共同注释的GO功能条目,而82个DEGs和167个DEPs富集到19条KEGG信号通路上,其中甘油磷脂代谢和醚脂类代谢2条信号通路在转录组与蛋白组中均有出现。【结论】SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因及FAM102A、FAM107B和SLCO1B1蛋白可能参与蛋壳色素的合成、转运和沉积,尤其是SLC家族发挥着重要作用,故推测这些基因和蛋白是影响赤水乌骨鸡蛋绿壳形成的候选基因和候选蛋白,且富集到的甘油磷脂代谢和醚脂类代谢可能是调节鸡蛋绿壳形成的关键信号通路。

关键词：赤水乌骨鸡胆绿素绿壳性状转录组学蛋白组学