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贵州白山羊肌细胞生成素基因克隆与生物信息学分析

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中国畜牧兽医 2024年第3期51卷 926-935页

作者：宋兴超孟金柱赵园园吴震洋安清明铜仁学院农林工程与规划学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室铜仁554300

【目的】克隆贵州白山羊肌细胞生成素(myogenin)基因并对其结构特性进行生物信息学分析,为进一步探索该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供重要参考依据。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计4对特异性引物,运用PCR扩增、San... 详细信息

【目的】克隆贵州白山羊肌细胞生成素(myogenin)基因并对其结构特性进行生物信息学分析,为进一步探索该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供重要参考依据。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计4对特异性引物,运用PCR扩增、Sanger直接测序及序列拼接方法获得贵州白山羊myogenin基因完整编码区核苷酸序列,应用BioEdit 7.0、NetPhos 3.1、Conserved Domains Search、SMART、Motif Scan等生物信息学软件分别分析该基因核苷酸与氨基酸序列的组成、编码蛋白磷酸化位点、关键结构域和功能模体等结构特性,通过DNAStar Lasergene、DNAMAN 8.0和Mega 5.0软件分别进行15个偶蹄目物种myogenin基因编码氨基酸序列相似性比对及系统进化树构建。【结果】贵州白山羊myogenin基因序列全长2424 bp(获得GenBank登录号:HZ53289),由3个外显子、2个内含子、部分5′-UTR和3′-UTR构成,长度分别为471、82、122、765、589、135和260 bp,编码区长度为675 bp,共编码224个氨基酸。贵州白山羊myogenin蛋白第1—86位氨基酸为生肌决定因子(myogenic determining factors,MyoD)家族特有碱性结构域(Basic domain),第81—139位氨基酸为螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix,H-L-H)结构域,第160—170位氨基酸为低复杂度结构域,存在21个磷酸化位点和核定位信号蛋白等功能模体结构。氨基酸序列比对表明,6个半胱氨酸残基、1个核定位信号和1个低复杂度结构域在15个偶蹄目物种完全保守。myogenin基因编码氨基酸序列相似性与系统进化分析均显示,贵州白山羊与波尔山羊、湖羊和马可波罗盘羊的亲缘关系最近。【结论】本研究成功克隆得到贵州白山羊myogenin基因全长序列,大小为2424 bp,编码224个氨基酸,myogenin蛋白包含Basic domain和H-L-H结构域。该结果可为myogenin基因调控山羊肌肉发育的分子机制研究提供理论参考。

关键词：贵州白山羊 myogenin基因克隆分子系统进化生物信息学

邻甲酚对斑马鱼成鱼急性毒性及组织显微结构的影响

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南方农业学报 2024年第1期55卷 290-298页

作者：宋兴超江倩倩甘真博梁正其梅杰巴家文铜仁学院农林工程与规划学院/贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室贵州铜仁554300

【目的】明确邻甲酚对斑马鱼成鱼的急性毒性及其对肌肉、鳃和肝脏组织显微结构的影响,为邻甲酚对斑马鱼毒性效应的分子机理研究与环境安全评价和生态风险评估提供理论依据。【方法】采用静水式方法,将斑马鱼成鱼分为6组,暴露于0(对照)、... 详细信息

【目的】明确邻甲酚对斑马鱼成鱼的急性毒性及其对肌肉、鳃和肝脏组织显微结构的影响,为邻甲酚对斑马鱼毒性效应的分子机理研究与环境安全评价和生态风险评估提供理论依据。【方法】采用静水式方法,将斑马鱼成鱼分为6组,暴露于0(对照)、15.00、19.74、25.98、34.19和45.00 mg/L邻甲酚溶液中,记录染毒24、48、72和96 h的各组斑马鱼中毒症状和死亡尾数,计算死亡率、半致死浓度(LC_(50))和安全浓度(SC),并进行安全性评价,采用组织病理学技术分析不同浓度邻甲酚对斑马鱼肌肉、鳃和肝脏组织显微结构的影响。【结果】与对照组相比,45.00 mg/L(最高浓度)组斑马鱼急性中毒症状表现为呼吸困难、狂游、抽搐、轻微侧翻且对外周刺激反应迟钝,逐渐失去平衡而静卧水底,24h内全部死亡。邻甲酚对斑马鱼成鱼24、48、72和96h的LC_(50)分别为34.721、30.079、27.123和27.092 mg/L,SC为6.612mg/L,毒性等级为低毒。组织病理学分析表明,15.00和19.74mg/L组斑马鱼染毒96h后,肌肉、鳃和肝脏组织显微结构无明显变化。邻甲酚浓度达34.19和45.00 mg/L时,斑马鱼肌肉组织的肌纤维逐渐断裂、肿胀和坏死;鳃组织中鳃小片末端肿大出血,上皮细胞肿胀、脱落和损伤,红细胞数量明显增多,细胞排列混乱;肝脏出现大面积细胞空泡化,肝细胞核萎缩变形、溶解或偏移,导致肝细胞呈坏死状态。【结论】邻甲酚对斑马鱼成鱼的毒性效应随着暴露浓度升高、时间延长而增强,属于低毒性酚类污染物。高浓度邻甲酚暴露可导致斑马鱼成鱼肌肉、鳃和肝脏组织显微结严重损伤。

关键词：斑马鱼邻甲酚急性毒性半致死浓度显微结构

地锦叶斑病菌鉴定及LAMP快速检测体系的建立

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华南农业大学学报 2024年

作者：黄成玉陈健鑫郑星月吴峰婧琳马焕成伍建榕西南林业大学林学院/国家林业和草原局西南地区生物多样性保育重点实验室西南林业大学生物多样性保护学院/云南省高校森林灾害预警控制重点实验室

【目的】明确引起云南玉龙县地锦叶斑病的病原种类，并建立快速检测方法。【方法】采用组织分离法分离并依据科赫氏法则确定地锦叶斑病病原，通过形态学特征及多基因联合构建系统发育树，明确病原菌的分类地位；并以病原菌的Alt a1基因... 详细信息

【目的】明确引起云南玉龙县地锦叶斑病的病原种类，并建立快速检测方法。【方法】采用组织分离法分离并依据科赫氏法则确定地锦叶斑病病原，通过形态学特征及多基因联合构建系统发育树，明确病原菌的分类地位；并以病原菌的Alt a1基因序列为靶标设计特异性引物建立环介导等温扩增（Loop-mediated isothermal amplification，LAMP）检测方法。【结果】地锦叶斑病病原菌鉴定为链格孢菌Alternaria alternata。建立的LAMP反应体系可特异有效地检测出地锦叶斑病菌，体系最佳反应温度为65℃，最佳反应时间为50 min，最低检测灵敏度为1 pg/μL。使用该体系对人工接种病原菌不同时间的地锦叶片进行链格孢LAMP检测，检出时间为接种12 h及以上。【结论】本研究可为地锦叶斑病的早期检测和及时、科学防控提供理论依据。

关键词：地锦叶斑病链格孢病原鉴定 LAMP体系

斑马鱼TYRP1b基因SNPs筛查及其与体色性状的关联分析

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福建农业学报 2024年第4期39卷 387-397页

作者：宋兴超王云艳王莎莎方月巴家文梅杰梁正其铜仁学院农林工程与规划学院/贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室贵州铜仁554300

【目的】探究酪氨酸酶相关蛋白1b(tyrosinase-related protein 1b,TYRP1b)基因变异与斑马鱼体色性状的相关性。【方法】以体色表型存在显著差异的红色、黄色和蓝色斑马鱼共计219个样本的肌肉组织DNA为模板,设计3对引物,采用PCR扩增、San... 详细信息

【目的】探究酪氨酸酶相关蛋白1b(tyrosinase-related protein 1b,TYRP1b)基因变异与斑马鱼体色性状的相关性。【方法】以体色表型存在显著差异的红色、黄色和蓝色斑马鱼共计219个样本的肌肉组织DNA为模板,设计3对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术筛查TYRP1b基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并将SNPs与斑马鱼体色性状进行关联分析。【结果】获得的斑马鱼TYRP1b基因外显子2、部分内含子3、外显子4、内含子4、外显子5、内含子5、外显子6和外显子7长度分别为134、212、168、135、180、113、150、171 bp。SNPs筛查显示,3种体色斑马鱼群体共筛查到18个SNPs,部分内含子3存在11个SNPs位点:g.2125G>A、g.2150G>A、g.2152G>T、g.2161C>A、g.2175A>T、g.2180G>T、g.2185A>T、g.2192A>C、g.2200A>T、g.2201A>C和g.2213T>C;内含子4检测到4个SNPs位点:g.7C>A、g.65A>G、g.84T>A和g.103C>T;内含子5存在1个SNPs位点:g.61G>T;外显子4、6分别存在1个SNPs位点:g.125G>T和g.80T>A,且均为同义突变;外显子2、5和7均未检测到SNPs。关联分析表明,TYRP1b基因内含子3中g.2152G>T、g.2175A>T、g.2180T>G、g.2192A>C、g.2200A>T、g.2201A>C位点、内含子4中g.65A>G位点及外显子6中g.80T>A位点的基因型均与斑马鱼体色性状极显著相关(P基因内含子3、4及外显子6存在8个与体色表型存在关联的SNPs,可能影响斑马鱼体色性状或与之紧密连锁。

关键词：斑马鱼酪氨酸酶相关蛋白1b基因单核苷酸多态性体色性状关联分析

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寒地桑叶多糖化学组成及其生物活性分析

食品科学 2024年第15期45卷 59-66页

作者：韩晓云郑丹张雪瑶杜宝昌孙庆申黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室黑龙江省普通高校微生物重点实验室黑龙江哈尔滨150080 甘南林场黑龙江齐齐哈尔162100

为探究龙桑一号(Morus abla *** 1)桑叶多糖(mulberry leaf polysaccharide,MLP)的结构及功能性质,采用水提法提取其MLP,并对该多糖的结构性质以及体外降糖、抗氧化和免疫活性进行分析。结果表明:提取MLP得率为(16.16±0.30)mg/g,其中... 详细信息

为探究龙桑一号(Morus abla *** 1)桑叶多糖(mulberry leaf polysaccharide,MLP)的结构及功能性质,采用水提法提取其MLP,并对该多糖的结构性质以及体外降糖、抗氧化和免疫活性进行分析。结果表明:提取MLP得率为(16.16±0.30)mg/g,其中总糖质量分数为(57.16±4.00)%,糖醛酸质量分数为(30.97±2.06)%。凝胶渗透色谱测得MLP分子质量主要分布在21.74 kDa,其单糖组成主要包括葡萄糖、鼠李糖、半乳糖、木糖、糖醛酸(包括葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸和甘露糖醛酸)、甘露糖,物质的量比为59.17∶22.31∶10.44∶2.65∶2.28∶1.07。通过傅里叶变换红外光谱和原子力显微镜分析发现MLP是一种吡喃糖,具有分支和相互交织、螺旋聚集的特点。MLP对α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶抑制作用的半数有效浓度(concentration for 50%of maximal effect,EC_(50))分别为1.81 mg/mL和2.91 mg/mL,其活性相当于阿卡波糖的49.17%和37.80%;MLP清除1,1-二苯基-2-三硝基苯肼自由基、2,2’-联氮双(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)阳离子自由基和羟自由基的EC_(50)分别为0.54、0.60 mg/mL和1.77 mg/mL,清除自由基的效果分别相当于抗坏血酸的4.77%、38.03%和19.94%;MLP可以作用于小鼠巨噬细胞RAW264.7,使其促炎因子NO、肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-6和白细胞介素-1β的分泌量增加,增强巨噬细胞增殖作用和提高吞噬能力,从而增强免疫调节作用。本研究结果可为寒地桑叶的应用和功能评价提供实验数据。

关键词：寒地桑叶多糖结构特性免疫活性

基于ISSR标记的冰薰1号薰衣草亲本及其F1代遗传多样性分析

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齐齐哈尔大学学报（自然科学版） 2024年第1期40卷 67-74页

作者：郭佳欣李瑞航马天意张梅娟蔡璨王韬彭疑芳黄荣雁阎爽赵井泉沙伟齐齐哈尔大学生命科学与农林学院黑龙江齐齐哈尔161006 抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江重点实验室黑龙江齐齐哈尔161006

为探究实验室培育的冰薰1号薰衣草的亲代和子代的遗传多样性,选用32株冰薰1号植株为亲本,及其中6株亲本的F1代群体为试验材料,在进行PCR反应体系优化的基础上,采用ISSR分子标记技术对冰薰1号的亲本群体及自由授粉的F1代群体进行遗传多... 详细信息

为探究实验室培育的冰薰1号薰衣草的亲代和子代的遗传多样性,选用32株冰薰1号植株为亲本,及其中6株亲本的F1代群体为试验材料,在进行PCR反应体系优化的基础上,采用ISSR分子标记技术对冰薰1号的亲本群体及自由授粉的F1代群体进行遗传多样性分析。筛选的最佳PCR反应体系为:总体积20μL,rTaq 1.0μmol/min,引物浓度为0.7μmol/L,dNTP浓度为0.3 mmol/L,DNA模板浓度为40 ng/μL,最适反应循环数为35。ISSR分析结果表明,冰薰1号薰衣草个体间遗传距离较近,遗传多样性水平较低,遗传稳定。

关键词：薰衣草 ISSR-PCR 体系优化遗传特征

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植物组织培养在猕猴桃中的应用

烟台果树 2024年第2期 8-11页

作者：费义莹刘天阳施静菲祁宏英徐洪国齐齐哈尔大学生命科学与农林学院黑龙江齐齐哈尔161006 黑龙江省抗性基因工程与寒地生物多样性保护重点实验室齐齐哈尔161006

本研究从外植体的选择、消毒、不定芽的诱导、愈伤组织诱导、增殖培养、壮苗培养、生根培养以及炼苗移栽和褐化问题的处理等方面对猕猴桃植物组织培养技术研究现状进行综述,并提出存在的问题及展望,为猕猴桃植物组织培养技术的进一步发... 详细信息

本研究从外植体的选择、消毒、不定芽的诱导、愈伤组织诱导、增殖培养、壮苗培养、生根培养以及炼苗移栽和褐化问题的处理等方面对猕猴桃植物组织培养技术研究现状进行综述,并提出存在的问题及展望,为猕猴桃植物组织培养技术的进一步发展和实现猕猴桃组织培养工厂化育苗提供基础资料。

关键词：植物组织培养猕猴桃

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金冠豆角籽粒淀粉组成及性质研究

食品工业科技 2024年第7期45卷 59-67页

作者：宋永贾璐泽张一婷刘佳莉刘大军孙庆申黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室黑龙江省普通高校微生物重点实验室黑龙江哈尔滨150080 河北环境工程学院河北省农业生态安全重点实验室河北秦皇岛066102 黑龙江大学现代农业与生态环境学院黑龙江哈尔滨150080

为了明确金冠豆角淀粉的基本性质,本文以提取盐溶蛋白后剩余的金冠豆角籽粒豆渣为原料,采用水提法提取淀粉,观察淀粉颗粒形态,测定其组成、粒径、理化性质及体外抗消化特性。结果表明,金冠豆角籽粒淀粉中直链淀粉和支链淀粉的含量分别为... 详细信息

为了明确金冠豆角淀粉的基本性质,本文以提取盐溶蛋白后剩余的金冠豆角籽粒豆渣为原料,采用水提法提取淀粉,观察淀粉颗粒形态,测定其组成、粒径、理化性质及体外抗消化特性。结果表明,金冠豆角籽粒淀粉中直链淀粉和支链淀粉的含量分别为47.39%和52.07%,淀粉的颗粒形态与豌豆淀粉类似,呈卵圆形或球型,颗粒表面光滑完整,粒径为75.10μm。金冠豆角籽粒淀粉的峰值粘度(212.20 RVU)、衰减值(68.50 RVU)较低,但回生值(96.80 RVU)高于玉米淀粉;金冠豆角籽粒淀粉糊化的起始温度(T_(0))、峰值温度(T_(p))显著高于豌豆淀粉(P性(WHC)和持油性(OHC)值分别为1.08和1.00 g/g,凝胶硬度小,属于易凝沉淀粉,其抗性淀粉(RS)含量为68.43%,高于玉米淀粉和豌豆淀粉(P性。

关键词：金冠豆角籽粒淀粉理化性质抗消化特性

西藏“一江两河”中部流域人工造林对土壤养分和肥力的影响

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林业科学 2024年第4期60卷 71-78页

作者：罗红普布顿珠刘宏伟嘎玛群宗吴建普韦红莉贵州省林业科学研究院、西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室贵阳550005 西藏自治区林业调查规划研究院拉萨850000

【目的】研究西藏“一江两河”中部流域造林地和邻近未造林地土壤理化性质差异性及其变化趋势,旨在为西藏重点区域人工造林及其林分经营提供理论参考,提高对该区人工造林地土壤肥力的系统性认识。【方法】以人工林(造林地)及其对照地(... 详细信息

【目的】研究西藏“一江两河”中部流域造林地和邻近未造林地土壤理化性质差异性及其变化趋势,旨在为西藏重点区域人工造林及其林分经营提供理论参考,提高对该区人工造林地土壤肥力的系统性认识。【方法】以人工林(造林地)及其对照地(和造林地邻近的具有相同初始条件的非林地)土壤为研究对象,采用配对样地法,于2016年7—11月对54对样地0~80 cm土层分4层(0~20,20~40,40~60,60~80 cm)进行土壤调查取样,测定各土层土壤有机质(SOM)、全氮(TN)、全磷(TP)、全钾(TK)、水解性氮(AN)、有效磷(AP)、速效钾(AK)、土壤密度(BD)、土壤质量含水量(MWC)、pH值、土壤粒径分布(PSD)等理化性质,通过两个关联样本检验方法、养分分级、主成分分析方法分析比较人工造林对土壤理化性质的影响。【结果】人工林较对照地0~80 cm土层剖面土壤BD、TP和AP分别显著降低了6.0%、10.5%和36.5%,MWC、TN和SOM分别显著增加了22.4%、28.6%和16.8%,AP变幅最大,TN增幅最高,pH、AK、TK、AN和PSD变化不显著。未造林地氮、磷、钾、有机质养分等级属于“稍缺”或更差水平的样地占比均在63.1%以上,TN养分等级最差;人工林氮、磷、钾、有机质养分等级属于“稍缺”或更差水平的样地占比均在73%以上,AP养分等级最差,AP由“不缺水平”转为“缺”水平的样地比例最高。对照地土壤养分含量的分级排序为TP>AK>TK>AP>SOM>AN>TN(“>”左侧养分状况优于右侧,下同),人工林的排序为TP>AK>TK>TN>SOM>AN>AP。土壤肥力主要受有机质、全氮、土壤砂粒含量的综合影响,人工林和对照地差异不显著。【结论】“一江两河”中部流域作为西藏人工造林的重点区域,人工造林对土壤BD、MWC、TN、TP、AP、SOM影响显著,造林后人工林土壤密度、土壤质量含水量、有机质、氮素理化性质趋好,而磷素养分条件变差。人工林土壤最缺AP,土壤养分由未造林地的N限制最强烈转变为了人工林的P限制最强烈,土壤肥力的提升受AP限制,但无论造林与否,土壤养分均表现为普遍缺乏。西藏人工造林应加强土肥管理,注重土壤养分的整体提升,造林前可加强有机肥的使用,后期管护注重磷肥的使用,以提高造林成效、改善土壤肥力。

关键词：人工造林土壤养分养分分级土壤肥力因子得分