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基于MaxEnt模型对燕山山脉东段狍生境适宜性评价

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兽类学报 2024年第4期44卷 478-488页

作者：黄莘钧莫志民李明慧张雷万冬梅蒋一婷辽宁大学生命科学院沈阳110036

生境适宜性评价能够从宏观角度探索物种适合生存的空间和生境质量,判断影响物种分布的环境因子、预测适宜栖息地对于有效保护物种和管理栖息地至关重要。狍(Capreolus pygargus)是草食反刍动物,研究狍的生境适宜性,不仅有利于了解和保... 详细信息

生境适宜性评价能够从宏观角度探索物种适合生存的空间和生境质量,判断影响物种分布的环境因子、预测适宜栖息地对于有效保护物种和管理栖息地至关重要。狍(Capreolus pygargus)是草食反刍动物,研究狍的生境适宜性,不仅有利于了解和保护这一物种,也有助于探索同域分布动物的潜在种群情况。本研究于2018年、2022年、2023年,在燕山山脉东段通过红外相机记录到114个狍的有效位点数据,利用MaxEnt模型对该地区狍的生境进行了适宜性分析。结果表明,该物种的适宜生境总面积约为8523 km^(2),占研究区总面积的14.59%。其中,高适宜生境占1.83%,主要分布于中东部;中适宜生境和低适宜生境分别占3.78%和9.00%,主要位于高适宜生境的周边区域。气温年较差、最热月最高温、植被类型是影响燕山山脉东段狍生境适宜性的主要环境变量,相对而言,最湿月降水量、海拔的影响较小。狍在燕山山脉东段偏好选择气温年较差为39.4~44.0°C,最热月最高温22.7~27.7°C,最湿月降水量超过155.8 mm,海拔775.7 m左右的环境,温带常见的植被类型如阔叶林、针叶林、灌丛等对于狍都是适宜的。本研究明确了狍适宜生境在燕山山脉东段的分布状况及关键环境影响因子,填补了该地区野生狍生境研究的空白,为下一步制定动物保护和生境管理提供理论依据。

关键词：狍生境适宜性最大熵模型环境因子燕山山脉

黔中喀斯特地区马尾松群落主要物种的种间联结、生态位及群落稳定性特征

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生态学报 2024年

作者：雷德芳王志杰贵州大学生命科学学院

研究群落内主要物种的种间联结、生态位宽度与重叠及群落稳定性，能够了解群落结构及优势物种的资源利用习性，对森林经营管理和植被恢复与重建具有重要的意义。基于黔中喀斯特山地贵阳市乌当区2021年7月的马尾松群落调查数据，采用方... 详细信息

研究群落内主要物种的种间联结、生态位宽度与重叠及群落稳定性，能够了解群落结构及优势物种的资源利用习性，对森林经营管理和植被恢复与重建具有重要的意义。基于黔中喀斯特山地贵阳市乌当区2021年7月的马尾松群落调查数据，采用方差比率法(VR)、χ2检验、Spearman秩相关检验、Levins生态位宽度指数、Pianka生态位重叠指数和***稳定性等方法，对该群落主要物种的种间联结、生态位及群落稳定性进行分析。结果表明：该群落乔木层、灌木层和草本层主要物种间的总体关联性均呈不显著正关联，66.67%—80.95%的种对均无显著关联，种间关联较松散且相关性较弱，各物种间呈独立分布格局；马尾松的重要值和生态位宽度最大(为20.78)，与伴生物种间均存在生态位重叠；群落整体及各垂直层次的稳定性均远离20/80，处于不稳定状态。因此，在喀斯特山地生态恢复和保护工作中，应优先选择生态习性和生物学特性相近的物种，合理调整植被组成以维持种间平衡，提高群落稳定性。

关键词：马尾松群落种间联结生态位群落稳定性喀斯特山地城市

黔中地区马尾松-甜槠针阔混交林群落结构特征与林木空间分布格局及其关联性

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西北林学院学报 2024年第1期39卷 132-139,176页

作者：金鹏徐明文春玉聂坤杨雪唐雪娅魏珊张健贵州大学生命科学学院贵州贵阳550025

为探究黔中地区天然次生马尾松针阔混交林群落结构及其空间分布格局特征,选取典型的马尾松-甜槠针阔混交林和马尾松纯林为调查对象,采用成对相关函数分析环境异质性对主要树种空间分布的影响、主要树种及径级空间格局和空间关联性研究... 详细信息

为探究黔中地区天然次生马尾松针阔混交林群落结构及其空间分布格局特征,选取典型的马尾松-甜槠针阔混交林和马尾松纯林为调查对象,采用成对相关函数分析环境异质性对主要树种空间分布的影响、主要树种及径级空间格局和空间关联性研究。调查共记录91种植物,其中马尾松-甜槠针阔混交林和马尾松纯林分别为42种和68种。2个森林群落中乔木总径级整体均呈倒“J”形结构,结构稳定,自然更新良好。结果表明,生境异质性对2种群落类型在小距离上空间分布格局的影响作用明显。2块样地幼树、中树及总体分布格局相似,均为点距离在0~10 m内呈聚集分布、在10~25 m内呈随机分布,而大树在整个观察尺度内均为随机分布。马尾松纯林中马尾松-甜槠、甜槠-槲栎的空间关联性均以不相关为主,马尾松-槲栎以负相关为主;而马尾松-甜槠针阔混交林中马尾松与甜槠在10~20 m以负相关为主。2种群落类型不同径级的空间关联性总体为不相关。黔中山地天然次生马尾松-甜槠针阔混交林、马尾松纯林群落结构存在差异,环境异质性、径级结构和空间尺度对两者空间分布格局及其关联性影响明显。

关键词：马尾松针阔混交林群落结构林木空间分布

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Char综合征的遗传学研究进展

中华医学遗传学杂志 2024年第6期41卷 758-760页

作者：赵美方范亮亮项荣中南大学生命科学院长沙410013

Char综合征是一种罕见的常染色体显性遗传病,以动脉导管未闭、面部畸形和指/趾发育异常为主要特征,并可能合并多乳头、牙齿发育异常、睡眠障碍等表现。TFAP2B已被证实为神经嵴衍生和发育相关的基因,现已发现该基因的多种变异。骨形态发... 详细信息

Char综合征是一种罕见的常染色体显性遗传病,以动脉导管未闭、面部畸形和指/趾发育异常为主要特征,并可能合并多乳头、牙齿发育异常、睡眠障碍等表现。TFAP2B已被证实为神经嵴衍生和发育相关的基因,现已发现该基因的多种变异。骨形态发生蛋白信号在胚胎发育中发挥重要的作用,参与肢体生长和模式形成、调控神经嵴细胞的发育等。TFAP2B是骨形态发生蛋白2和4的上游调控基因,其变异可能通过影响骨形态发生蛋白的表达造成神经嵴细胞增殖异常,进而导致多器官发育不全综合征。此外,TFAP2B变异也可能仅导致动脉导管未闭、而非典型的Char综合征。

关键词： TFAP2B基因 Char综合征动脉导管未闭发病机制

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半干旱区复垦煤矿不同土地利用类型对土壤结构和水力学特性的影响

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煤炭科学技术 2024年第S1期52卷 312-321页

作者：李多美孔涛陈曦高熙梣李华孙张加良辽宁工程技术大学环境科学与工程学院辽宁阜新123000 辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110000

为探究半干旱区复垦煤矿土壤的水分特征,使复垦矿区土地得到更好的利用,选取复垦矿区还田、还草、还林、自然恢复等4种土地利用方式后的耕地、草地、林地、裸地等4种土地利用类型的土地,对土壤基本物理性质、水分特征曲线、非饱和导水... 详细信息

为探究半干旱区复垦煤矿土壤的水分特征,使复垦矿区土地得到更好的利用,选取复垦矿区还田、还草、还林、自然恢复等4种土地利用方式后的耕地、草地、林地、裸地等4种土地利用类型的土地,对土壤基本物理性质、水分特征曲线、非饱和导水率、水分扩散率进行研究。结果表明:复垦矿区内土壤为砂壤,林地孔隙度、含水量最高,容重和黏粒含量最低,耕地有机质含量最高,裸地有机质含量最低。裸地砂粒含量相对较高,耕地、草地、林地粉粒含量较高,可见通过还田、还草、还林这3种土地利用方式能改善矿区土壤的机械组成。Van-Genuchten(V-G)模型能够较好地拟合矿区土壤水分特征曲线,决定系数R2均大于0.99,土壤毛管重力水随水吸力增加显著下降,在2.5 kPa之前的吸力段持水能力呈现为耕地>草地>裸地>林地,随吸力增大,林地持水能力表现优于其他地类;释水过程主要出现在0~4.8 kPa吸力段,耕地释水能力最好,林地最差。土壤孔隙度与非饱和导水率呈现显著正相关,4种地类非饱和导水率林地>裸地>耕地>草地,林地的土壤结构性最好。土壤体积含水率与水分扩散率均符合D(θ)=Aexp(Bθ)的经验公式并呈指数曲线变化(A为当含水量为零时的土壤水分扩散能力;B为水分扩散率随含水量的变化速率),水分扩散率D(θ)随土壤体积含水率θ呈指数递增,决定系数R2均大于0.92,林地潜在传输水分的能力最好,裸地水分扩散率随含水率变化最快。研究结果可为半干旱区复垦煤矿的土地利用和生态修复提供理论及数据支持。

关键词：复垦矿区生态修复土壤结构半干旱区水力学特性

泡椒汁中耐受辣椒素乳酸菌的筛选及其耐受性研究

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食品与发酵工业 2024年第4期50卷 110-117页

作者：李宏洋张通化罗丽蓉李升贵州大学生命科学学院贵州贵阳550025 贵州大学农业生物工程研究院贵州贵阳550025

为强化发酵生产泡椒提供耐受辣椒素的乳酸菌,在四川农家自制泡椒老卤水中筛选并鉴定出一株耐受辣椒素植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)Y-6,在0.5 g/L辣椒素下的相对生长率为(70.16±0.03)%;菌液电导率、核酸蛋白泄漏、菌体细胞超微... 详细信息

为强化发酵生产泡椒提供耐受辣椒素的乳酸菌,在四川农家自制泡椒老卤水中筛选并鉴定出一株耐受辣椒素植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)Y-6,在0.5 g/L辣椒素下的相对生长率为(70.16±0.03)%;菌液电导率、核酸蛋白泄漏、菌体细胞超微结构测定结果表明,辣椒素通过破坏乳酸菌的壁膜结构延滞其生长;菌株Y-6在IC_(50)(0.571 g/L)辣椒素处理下仍能保持细胞形态相对完整,受辣椒素的抑制作用低于商用乳酸菌6239;RT-qPCR结果表明,Y-6通过调节usp等应激蛋白基因表达应对辣椒素引起的膜损伤;调节相容性溶质调控系统基因以及ABC转运蛋白渗透酶基因的表达维持菌体渗透压的平衡;通过提高糖酵解等与生长代谢相关基因表达,维持其在辣椒素环境中的生长代谢。菌株Y-6对辣椒素有较高的耐受性,可为发酵辣椒的工业化生产和菌株改良育种工作的开展提供理论依据。

关键词：乳酸菌辣椒素耐受性基因表达泡椒

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不同杀菌方式对白切香猪肉品质和挥发性成分的影响

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食品与发酵工业 2024年

作者：郑荣美张磊郑淮升王晓宇胡萍贵州大学酿酒与食品工程学院贵州大学生命科学学院

为了研究低温调理白切香猪肉在不同杀菌过程中品质和挥发性成分的变化，该文采用气相色谱-离子迁移谱（gas chromatograph-ion mobility spectrometer，GC-IMS）技术对未杀菌、水浴巴氏杀菌、高静水压杀菌、辐照杀菌和高温高压处理香猪... 详细信息

为了研究低温调理白切香猪肉在不同杀菌过程中品质和挥发性成分的变化，该文采用气相色谱-离子迁移谱（gas chromatograph-ion mobility spectrometer，GC-IMS）技术对未杀菌、水浴巴氏杀菌、高静水压杀菌、辐照杀菌和高温高压处理香猪肉的挥发性组分进行定性分析，共鉴定出63种挥发性风味化合物，包括醛类5种、酮类10种、醇类11种、酯类13种、醚类6种、呋喃类4种、吡嗪类4种、噻唑类2种，其他类8种。根据各组挥发性化合物的相对含量，高静水压组的香猪肉比水浴巴氏杀菌组更接近于对照组。利用扫描电镜比较了香猪肉在4种杀菌方式下的微观结构，辐照杀菌和高静水压杀菌能较好保留原样品的肌纤维结构。综合分析，高静水压杀菌较好地保持了产品原有的品质和风味，在低温调理类肉制品以及预制菜肴的杀菌领域具有较好的应用前景。

关键词：低温调理肉制品从江香猪杀菌方式品质挥发性成分微观结构

冠突曲霉UBC与MAT1-2-1互作关系验证及功能研究

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南方农业学报 2024年第6期55卷 1573-1582页

作者：张胜花费正林杨胡艳孙冰张锐葛永怡贵州大学生命科学学院贵州贵阳550025

【目的】验证冠突曲霉泛素结合酶(UBC)与交配型蛋白(MAT1-2-1)的互作关系,对UBC基因进行功能研究,为深入解析冠突曲霉有性产孢机制提供理论参考。【方法】采用实时荧光定量PCR检测UBC基因在冠突曲霉有性发育阶段的表达水平,酵母双杂交... 详细信息

【目的】验证冠突曲霉泛素结合酶(UBC)与交配型蛋白(MAT1-2-1)的互作关系,对UBC基因进行功能研究,为深入解析冠突曲霉有性产孢机制提供理论参考。【方法】采用实时荧光定量PCR检测UBC基因在冠突曲霉有性发育阶段的表达水平,酵母双杂交试验验证MAT1-2-1与UBC的互作关系,利用无缝克隆方法构建pDHt/sk-hyg-UBC过表达载体,并转化冠突曲霉获得UBC过表达菌株,对过表达菌株进行表达量检测、形态学观察及氧和盐胁迫的耐受性测定。【结果】PCR克隆获得UBC基因的编码区(CDS)序列,长度为474 bp,编码157个氨基酸残基,相对分子质量为39587.24 Da,理论等电点为5.16,为疏水的不稳定蛋白,含跨膜结构域,定位于细胞核,属于UBCc超家族成员。有性发育阶段(闭囊壳形成期和子囊孢子大量形成期)UBC基因的相对表达量显著高于营养菌丝体阶段(P<0.05,下同)。自激活检测结果显示,UBC无自激活作用;酵母双杂交验证结果显示,UBC与MAT1-2-1存在互作关系。通过构建过表达载体pDHt/sk-hyg-UBC成功获得UBC过表达菌株(OE::UBC)。与野生型菌株相比,UBC和MAT1-2-1基因在UBC过表达菌株的相对表达量均显著升高。UBC过表达菌株与野生型菌株在MYA、MYA+5%NaCl和MYA+17%NaCl固体培养基上的菌落形态无明显差异。过表达菌株能分别在含18 mmol/L过氧化氢和25%NaCl的培养基中生长,而野生型菌株不能生长,说明UBC基因的过表达提高冠突曲霉对氧胁迫和盐胁迫的耐受性。【结论】UBC基因可能与冠突曲霉的有性发育相关,且与MAT1-2-1基因存在共表达特征。由于UBC与MAT1-2-1存在互作关系,且UBC基因的过表达可明显增强冠突曲霉的抗氧化和抗盐能力,故推测UBC通过与MAT1-2-1发生互作共同参与冠突曲霉的氧胁迫和盐胁迫应答过程。

关键词：冠突曲霉 MAT1-2-1 UBC 酵母双杂交过表达

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蛋白质计算中的机器学习

物理学报 2024年第6期73卷 95-107页

作者：张嘉晖中国科学技术大学生命科学学院合肥230027

蛋白质计算一直以来都是科学领域中的重要课题,而近年来其与机器学习的结合,更是极大地推进了相关学科的发展.本综述主要讨论了机器学习在四个重要的蛋白质计算领域内的研究进展,这四个领域包括:分子动力学模拟、结构预测、性质预测和... 详细信息

蛋白质计算一直以来都是科学领域中的重要课题,而近年来其与机器学习的结合,更是极大地推进了相关学科的发展.本综述主要讨论了机器学习在四个重要的蛋白质计算领域内的研究进展,这四个领域包括:分子动力学模拟、结构预测、性质预测和分子设计.分子动力学模拟依赖于力场参数,准确的力场参数是分子动力学模拟的必需品,而机器学习可以帮助研究者得到更加准确的力场参数.在分子动力学模拟中,机器学习也可以从复杂的体系中以较小的代价计算出所需求解的自由能.结构预测一般是给定蛋白质序列预测其结构.结构预测复杂度高、数据量大,而这恰恰是机器学习所擅长的.在机器学习的协助下,近年来科研人员已经在单个蛋白质三维结构预测上取得了不错的成果.性质预测则是指通过给定的已知蛋白质信息,推断其可能拥有的性质,这对于蛋白质的研究也是至关重要的.更具挑战性的是分子设计,虽然近年来机器学习在蛋白质设计上取得突破,但这一领域还有很大空间值得探索.本综述将针对以上四点分别展开论述,并对蛋白质计算中的机器学习研究进行展望.

关键词：蛋白质机器学习分子动力学模拟结构预测性质预测分子设计

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