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结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析

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微生物学杂志 2024年

作者：杨雨婷杨国平王艳龚丽坤楚雄州中医医院检验科楚雄州彝族医药研究院大理大学基础医学院医学微生物学及免疫学教研室

运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位，并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列，从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白Rpf... 详细信息

运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位，并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列，从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE的氨基酸序列，运用生物信息学分析软件ORFfinder、ProtParam、ProtScale、TMPRED、TMHMM、SignalP 5.0、NetNGlyc 1.0、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、STRING、SOPMA、SWISS-MODEL、DNAStar、SYFPEITHI、NetCTL 1.2及Net MHCII pan 4.0对RpfB及RpfE蛋白的理化性质、亲疏水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析。结果表明，Rv1009基因全长1 089 bp，有5个开放阅读框，其编码蛋白RpfB由362个氨基酸组成，为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白，其二级结构以无规则卷曲为主，该蛋白含有1个N-糖基化位点、29个磷酸化位点、8个优势CTL细胞抗原表位、14个优势Th细胞抗原表位及10个优势B细胞抗原表位；Rv2450c基因全长519 bp，有1个开放阅读框，其编码蛋白RpfE由172个氨基酸组成，为含有信号肽的亲水性蛋白，无跨膜结构，其二级结构以无规则卷曲为主，该蛋白含有2个N-糖基化位点、9个磷酸化位点、4个优势CTL细胞抗原表位、6个优势Th细胞抗原表位及7个优势B细胞抗原表位。RpfB及RpfE蛋白具有较好的免疫原性及多个优势T、B细胞抗原表位，可作为Mtb多肽疫苗研制的候选优势蛋白。

关键词：结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb) RpfB RpfE 生信分析抗原表位多肽疫苗

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没食子酸与氯硝柳胺联合灭螺作用研究

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2024年第2期42卷 251-258页

作者：郑涛刘佳豪李彬李佳珊聂娟熊涛湖南中医药大学医学院病原生物学教研室长沙410006

目的本研究旨在探讨具有交替氧化酶(AOX)抑制活性的中药单体分子没食子酸和氯硝柳胺的联合灭螺效果及其灭螺机制。方法阴性钉螺采自湖北省公安县,随机分为7组,空白对照组(H_(2)O),实验组分别为氯硝柳胺(N1组:0.06 mg/L,N2组:0.1 mg/L)... 详细信息

目的本研究旨在探讨具有交替氧化酶(AOX)抑制活性的中药单体分子没食子酸和氯硝柳胺的联合灭螺效果及其灭螺机制。方法阴性钉螺采自湖北省公安县,随机分为7组,空白对照组(H_(2)O),实验组分别为氯硝柳胺(N1组:0.06 mg/L,N2组:0.1 mg/L)和没食子酸(G1组:0.8 g/L,G2组:1.6 g/L)单独使用,及联合使用(M1组:0.06 mg/L氯硝柳胺+0.8 g/L没食子酸,M2组:0.06 mg/L氯硝柳胺+1.6 g/L没食子酸)。检测各组钉螺经药物浸杀12、24和48 h后的存活率,液氮包埋后切片并染色,光学显微镜下观察并定量分析,检测钉螺软体切片中细胞色素C氧化酶(CCO)和乳酸脱氢酶(LDH)的相对酶活力值,以平均光密度值表示。钉螺匀浆后离心、取上清,DCFH-DA探针共孵育,用BCA蛋白定量试剂盒测定总蛋白含量,多功能酶标仪检测荧光强度,ROS值以样品测得的荧光强度(FI)除以蛋白质浓度(μg)的值表示,用总超氧化物歧化酶(SOD)活性检测试剂盒测定SOD水平。钉螺死亡率的差异分析采用卡方检验;CCO活性和氧化应激水平的数据用Levene’s Test确定方差齐性后,用Tukey HSD的多重比较方法进行不同组间的两两比较。结果G1和G2组浸杀后未表现出显著的灭螺效应。M1组和M2组在浸杀48 h后的钉螺死亡率分别达到70.0%(56/80)和84.2%(101/120),均高于N1组(44.4%,32/72)(χ2=9.13、32.52,均P学意义(χ2=0.11、2.58,均P>0.05)。N1和N2组钉螺的LDH活性呈下降趋势;M1组和M2组钉螺体内CCO和LDH活性均降低(均P学意义(均P<0.05)。M1组在处理后24 h的SOD活性为(5.56±0.91)UI/g,高于空白对照组的(5.26±0.08)UI/g(P<0.05);M2组的SOD活性在处理后12、24和48 h呈现先升高后降低的趋势[(2.40±0.45)、(8.14±0.15)、(1.60±0.21)UI/g],与空白对照组在相应时间点的(3.54±0.94)、(5.26±0.08)、(5.10±0.87)UI/g相比,变化趋势显著(均P<0.05)。M1组在处理后24 h和48 h的ROS水平分别为(1619.00±168.25)FI/μg和(1866.65±211.79)FI/μg,M2组在48 h后的ROS水平达到(2451.29±195.91)FI/μg,均高于空白对照组在相应时间点的(802.37±114.69)、(1393.81±86.12)FI/μg(均P<0.05)。结论没食子酸显著增强了低浓度氯硝柳胺的灭螺效果,其灭螺机制为通过阻断AOX的代偿上调,进一步加重了钉螺能量代谢失衡和氧化应激压力。

关键词：湖北钉螺没食子酸氯硝柳胺灭螺效果葡萄糖代谢酶活性氧化应激水平

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结核病蛋白亚单位疫苗佐剂研究进展

中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 489-500页

作者：周帅牛红霞浙江中医药大学基础医学院病原生物与免疫学教研室杭州310053

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的全球传染病,是导致人类死亡的十大主要原因之一。卡介苗(BCG)是目前唯一临床应用的结核病疫苗,但其对成人结核病的保护作用不明确。在结核病新型疫苗中,蛋白亚单位疫苗因其成分明确、安全性高的特点,... 详细信息

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的全球传染病,是导致人类死亡的十大主要原因之一。卡介苗(BCG)是目前唯一临床应用的结核病疫苗,但其对成人结核病的保护作用不明确。在结核病新型疫苗中,蛋白亚单位疫苗因其成分明确、安全性高的特点,且具有强化BCG效应的优势,近年来备受关注。然而,亚单位结核病疫苗中的蛋白抗原所诱导的免疫应答较弱,通常需要佐剂辅助以增强其免疫效果。本综述旨在关注结核病疫苗新制剂中使用的各类佐剂(包括已进入临床试验阶段和尚处于临床前开发阶段的佐剂),对各类佐剂的优缺点及可应用性进行客观评价,并指出目前佐剂研究中存在的问题及未来的研究方向。

关键词：结核病亚单位疫苗佐剂中药佐剂

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细胞衰老与特发性肺纤维化药物治疗研究进展

中国药理学通报 2024年第4期40卷 601-605页

作者：任正肖张颖颖车萍李紫薇朱庆均山东中医药大学实验中心山东中医药大学中医学院微生物教研室山东中医药大学中医药创新研究院山东济南250355

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种病因不明的破坏性肺部疾病,它的特点是细胞外基质蛋白(如胶原蛋白和纤连蛋白)在肺间质中沉积,导致呼吸衰竭。我们对IPF的病理生物学的理解仍然不完整;然而,人们普遍认为,衰老... 详细信息

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种病因不明的破坏性肺部疾病,它的特点是细胞外基质蛋白(如胶原蛋白和纤连蛋白)在肺间质中沉积,导致呼吸衰竭。我们对IPF的病理生物学的理解仍然不完整;然而,人们普遍认为,衰老是该疾病的主要危险因素。衰老是一个复杂的过程,以不可逆的细胞周期停滞和分泌衰老相关的表型(senescence-associated secretory phenotype,SASP)为特征,导致衰老细胞不断累积和炎症发生。细胞衰老与IPF疾病进展密切相关。该文主要探讨细胞衰老的分子机制,端粒缩短、线粒体功能障碍、自噬不足及细胞凋亡抵抗等细胞衰老相关的各种诱发因素在IPF发病中的作用以及用于治疗IPF疾病的抗衰老药物,为将来治疗IPF提供理论依据和治疗方法。

关键词：特发性肺纤维化细胞衰老衰老相关表型端粒缩短线粒体功能障碍自噬不足细胞凋亡抵抗治疗

基于自然杀伤(NK)细胞的肝癌免疫疗法研究进展

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第1期40卷 80-88页

作者：朱鑫月周玉付朱诗国上海中医药大学基础医学院免疫学与病原生物学教研室上海201203

肝细胞肝癌(HCC)异质性高,晚期诊断和化疗耐药使其成为我国难治性肿瘤之一。自然杀伤(NK)细胞在机体的免疫监视过程中充当重要角色。但在肝癌的进展过程中,NK细胞的功能受损致肿瘤免疫逃逸。该文总结了HCC中基于NK细胞的不同免疫治疗策... 详细信息

肝细胞肝癌(HCC)异质性高,晚期诊断和化疗耐药使其成为我国难治性肿瘤之一。自然杀伤(NK)细胞在机体的免疫监视过程中充当重要角色。但在肝癌的进展过程中,NK细胞的功能受损致肿瘤免疫逃逸。该文总结了HCC中基于NK细胞的不同免疫治疗策略,包括直接输注过继性NK细胞免疫疗法、基因工程NK细胞免疫疗法、靶向NK细胞受体免疫疗法、改变免疫抑制微环境免疫疗法、细胞因子增强NK细胞肿瘤毒性免疫疗法以及中医药增强NK细胞肿瘤毒性免疫疗法,这些基于NK细胞的免疫治疗策略已显示出巨大的治疗潜力。

关键词：自然杀伤细胞肝癌肿瘤逃逸免疫疗法综述

雏菊叶龙胆酮拮抗阿霉素诱导心肌损伤中差异表达lncRNA的筛选及分析

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中国组织工程研究 2024年第26期28卷 4121-4128页

作者：刘莹刘亚磊刘玉河北中医学院生物化学与生物学教研室河北省心脑血管病中医药防治研究重点实验室河北省石家庄市050000 河北中医学院实验中心河北省石家庄市050000

背景:有研究表明,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在心脏疾病的发生和发展中发挥了重要作用,其是否参与雏菊叶龙胆酮拮抗阿霉素诱导的小鼠心脏损伤目前未见报道。目的:筛选雏菊叶龙胆酮改善阿霉素诱导心肌损伤小鼠心肌组织... 详细信息

背景:有研究表明,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在心脏疾病的发生和发展中发挥了重要作用,其是否参与雏菊叶龙胆酮拮抗阿霉素诱导的小鼠心脏损伤目前未见报道。目的:筛选雏菊叶龙胆酮改善阿霉素诱导心肌损伤小鼠心肌组织中差异表达的lncRNA,并对其进行生物信息学分析。方法:取48只C57小鼠,采用随机数字表法分为正常组、模型组、雏菊叶龙胆酮组和阳性药组,每组12只。模型组、雏菊叶龙胆酮组和阳性药组小鼠腹腔注射阿霉素,隔日一次,共8次;雏菊叶龙胆酮组和阳性药组在注射阿霉素的基础上分别灌胃给予雏菊叶龙胆酮悬浊液、卡托普利溶液,1次/d,连续给药21 d。给药结束后,进行心电图检查与心肌组织病理形态观察,同时对小鼠心肌组织进行高通量测序分析,筛选出差异表达的lncRNA,对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO富集与KEGG信号通路分析。结果与结论:①模型组小鼠心电图ST段明显抬高,雏菊叶龙胆酮组小鼠心电图ST段抬高程度减轻;苏木精-伊红、Masson及天狼猩红染色显示,模型组小鼠心肌组织中心肌胞浆着色不均,颜色深浅不一,心肌纤维完整性及连续性较差,可见大量胶原纤维沉积;雏菊叶龙胆酮处理后小鼠心肌组织异常情况有所改善。②高通量测序分析结果显示,与模型组相比,雏菊叶龙胆酮组小鼠心肌组织识别出差异表达lncRNA共270个,其中表达上调的lncRNA有165个,表达下调的lncRNA有105个。结合实验结果与相关文献,最终获得3条LncRNA(NONMMUT149833.1、NONMMUT003237.2、ENSMUST00000219015)及4个相关mRNAs(Alas2、Igf2、Acta1、Cilp)。靶基因预测、GO富集与KEGG信号通路分析结果显示,雏菊叶龙胆酮处理后,心肌损伤小鼠心肌组织中差异表达的lncRNA可通过顺式(cis-)和/或反式(trans-)调控来调节其靶蛋白编码基因的表达,参与调控分子功能及生物过程等。③结果显示,雏菊叶龙胆酮可显著改善阿霉素诱导心肌损伤小鼠的心功能和部分lncRNA表达。

关键词：雏菊叶龙胆酮心肌损伤长链非编码RNA 生物信息学信号通路

微囊泡包裹溶瘤病毒的制备与鉴定及对Hepa 1-6细胞体外杀伤作用的探究

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微生物学通报 2024年第5期51卷 1754-1765页

作者：吴醒郑婷婷梁莹陶薇伊秦莹樊晓晖广西医科大学基础医学院微生物学教研室广西南宁530021 广西高校区域性疾病基础研究重点实验室广西南宁530021 南昌市洪都中医院检验科江西南昌330006

【背景】溶瘤病毒生物治疗是肿瘤治疗发展的新方向,其中新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)因具有生物安全及靶向性强等优势备受关注。然而,中和抗体的病毒清除将削弱溶瘤病毒的持续有效发挥的作用。基于肿瘤细胞源性的微囊泡递... 详细信息

【背景】溶瘤病毒生物治疗是肿瘤治疗发展的新方向,其中新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)因具有生物安全及靶向性强等优势备受关注。然而,中和抗体的病毒清除将削弱溶瘤病毒的持续有效发挥的作用。基于肿瘤细胞源性的微囊泡递送体系有望解决上述瓶颈,因此微囊泡包裹溶瘤病毒的制备具有非常重要的现实意义。【目的】探究建立基于肿瘤细胞源性的新城疫病毒微囊泡递送体系和评估其体外杀瘤效应。【方法】采用差速离心的方法,提取出微囊泡包裹的新城疫病毒(MV@NDV);粒度仪检测MV、NDV、MV@NDV的粒径大小;透射电子显微镜观察MV@NDV中MV和NDV的相对位置;免疫印迹技术(Western blotting, WB)检测MV@NDV的Integrin β-1、Gpc3和Flotillin-1蛋白表达;激光共聚焦显微镜观察MV@NDV感染Hepa1-6细胞24 h,细胞NDV-HN蛋白表达;倒置显微镜和CCK-8法分别检测感染Hepa 1-6细胞24、48、72 h的细胞形态以及活力变化;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR, qPCR)和免疫印迹技术(WB)分别检测MV@NDV感染Hepa 1-6细胞24 h凋亡相关基因Caspase-3和Caspase-9表达以及凋亡相关蛋白Caspase-3表达。【结果】粒径和透射电子显微镜检测结果表明MV粒径范围为141-342 nm,NDV粒径范围为91-825 nm,MV@NDV粒径范围为164-712 nm。WB结果表明MV@NDV能够表达MV所表达的Integrin β-1、Gpc 3、Flotillin-1蛋白。激光共聚焦显微镜观察结果表明MV@NDV、NDV感染Hepa1-6细胞,出现红色荧光,均表达NDV-HN蛋白。CCK-8结果表明MV@NDV组与NC组相比,Hepa 1-6细胞活力下降(P<0.05)。qPCR结果表明MV@NDV与NC组相比凋亡相关基因Caspase-3和Caspase-9均上调(P<0.05)。WB结果表明MV@NDV与NC组相比凋亡相关蛋白Caspase-3上调(P<0.05)。【结论】成功构建NDV微囊泡递送体系MV@NDV,有望解决治疗型溶瘤新城疫病毒在临床转化上存在的瓶颈,为临床新城疫病毒抗肿瘤方面提供新的思路及依据。

关键词：溶瘤病毒新城疫病毒微囊泡抗肿瘤

基于PTP1B探讨芪术抗癌方调控同、异源黏附串扰抑制结肠癌转移的作用机制

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北京中医药大学学报 2024年第2期47卷 249-259页

作者：万林鹭梁研孙若岚梁众擎殷启航王旭赵凡唐德才南京中医药大学中医学院·中西医结合学院南京210023

目的探讨芪术抗癌方调控同、异源黏附串扰关键蛋白蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)抑制结肠癌转移的作用机制。方法制备空白血清及芪术抗癌方含药血清。采用液质联用技术分析芪术抗癌方含药血清的有效化学成分。通过质粒转染,体外构建HCT116... 详细信息

目的探讨芪术抗癌方调控同、异源黏附串扰关键蛋白蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)抑制结肠癌转移的作用机制。方法制备空白血清及芪术抗癌方含药血清。采用液质联用技术分析芪术抗癌方含药血清的有效化学成分。通过质粒转染,体外构建HCT116细胞的PTP1B过表达模型(OE⁃PTP1B HCT116)。CCK-8法检测OE⁃PTP1B HCT116存活率后选择20%空白血清及5%、10%、20%芪术抗癌方含药血清。采用划痕实验、transwell实验和黏附实验分别检测细胞迁移、侵袭及黏附情况,采用蛋白质印迹法检测PTP1B、黏着斑蛋白(vinculin)、E-钙黏蛋白(E⁃cadherin)、整合素αν亚单位(integrinανsubunit)、整合素β3亚单位(integrinβ3 subunit)蛋白表达水平。结果液质联用分析得到芪术抗癌方含药血清中12个主要有效化学成分,含量最高的是毛蕊异黄酮苷。OE⁃PTP1B HCT116细胞PTP1B、vinculin蛋白表达升高(均P<0.05),表明模型构建成功。与空白血清组比较,不同体积分数的芪术抗癌方含药血清组存活率降低(均P<0.05)。与空白血清组比较,10%、20%芪术抗癌方含药血清组伤口愈合率下降,各芪术抗癌方含药血清组侵袭细胞数均减少,各芪术抗癌方含药血清组黏附在细胞上的HCT116细胞数量均增加、黏附在基质凝胶上的HCT116细胞数量减少;与空白血清组比较,20%芪术抗癌方含药血清组E⁃cadherin蛋白表达水平升高(均P<0.05),PTP1B、vinculin、integrinανsubunit、integrinβ3 subunit蛋白表达降低。结论芪术抗癌方抑制结肠癌转移的作用机制可能与通过调控以PTP1B为核心介导的同、异源黏附串扰有关。

关键词：芪术抗癌方结肠癌蛋白酪氨酸磷酸酶1B 同源黏附异源黏附大鼠

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经典名方左归饮的历史沿革与关键信息考证

中国实验方剂学杂志 2024年第20期30卷 160-168页

作者：冀迅孙晓霞时洋凯魏凯峰刘涛南京中医药大学中医学院南京210023

左归饮出自明代张介宾所著《景岳全书》,于2023年被收录于《古代经典名方目录(第二批)》。该研究遵循《古代经典名方关键信息考证原则》对古今文献中左归饮的方名源流、配伍组成、药物的基原、炮制、剂量、煎煮法、功效主治等关键信息... 详细信息

左归饮出自明代张介宾所著《景岳全书》,于2023年被收录于《古代经典名方目录(第二批)》。该研究遵循《古代经典名方关键信息考证原则》对古今文献中左归饮的方名源流、配伍组成、药物的基原、炮制、剂量、煎煮法、功效主治等关键信息进行考证。研究发现,左归饮古今配伍组成、药物剂量与炮制、煎煮服用方法等基本沿用原方。左归饮原方剂量换算为熟地黄41.03 g、山药7.46 g、枸杞子7.46 g、炙甘草3.73 g、茯苓5.595 g、山茱萸5.595 g方中药物基原基本清晰,熟地黄选用玄参科植物地黄Rehmannia glutinosa的新鲜或干燥块根经酒炖法或加酒蒸法炮制加工而成;山药选用薯蓣科植物薯蓣Dioscorea opposita的干燥根茎;枸杞子选用茄科植物宁夏枸杞Lycium barbarum的干燥成熟果实;茯苓选用多孔菌科真菌茯苓Poria cocos的干燥菌核;山茱萸选用山茱萸科植物山茱萸Cornus officinalis的干燥成熟果肉;炙甘草选用豆科植物甘草Glycyrrhiza uralensis的干燥根和根茎经蜜炙法炮制而成。其服用方法为上诸药加水600 mL,煎至140 mL,空腹服用。左归饮功擅滋阴补肾,主治肾阴不足、阴衰阳盛证,如腰酸遗泄、盗汗、口燥咽干、口渴欲饮、舌光红、脉细数等证。古今多用于治疗多种以肾阴虚证为主的内、妇科及神经、循环、生殖系统疾病。但现代文献对左归饮的现代应用研究及治疗机制研究不多,且市场未见规范化左归饮制剂,开发利用程度不高,仍有很大的研究空间。

关键词：经典名方左归饮功效主治煎服法文献考证基原肾阴虚临床应用