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真核生物DNA连接酶Ⅲ的功能演化

中国科学技术大学学报 2012年第4期42卷 302-310页

作者：靳春艳盛自章黄京飞中国科学技术大学生命科学学院安徽合肥230027 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223 中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室云南昆明650223

DNA连接酶Ⅲ被认为只存在于脊椎动物,并在细胞核DNA的修复和线粒体DNA的复制和修复过程中发挥功能.虽然近来有关于无脊椎动物中存在着DNA连接酶Ⅲ的报道,但其功能演化及在无脊椎动物中的分布仍不清楚.为进一步探讨DNA连接酶Ⅲ的功能演化... 详细信息

DNA连接酶Ⅲ被认为只存在于脊椎动物,并在细胞核DNA的修复和线粒体DNA的复制和修复过程中发挥功能.虽然近来有关于无脊椎动物中存在着DNA连接酶Ⅲ的报道,但其功能演化及在无脊椎动物中的分布仍不清楚.为进一步探讨DNA连接酶Ⅲ的功能演化,进行了数据库搜索、线粒体定位信号(MLS)预测和功能位点保守性分析等.研究结果显示:DNA连接酶Ⅲ在变形虫、动物界和领鞭毛虫中广泛存在,但其在真菌界等发生整个蛋白或部分结构域的丢失;很多物种的DNA连接酶Ⅲ不含线粒体定位信号,因此,它们不太可能在线粒体中发挥作用,而参与细胞核DNA的修复是DNA连接酶Ⅲ较为古老和保守的功能.

关键词： DNA连接酶Ⅲ 线粒体定位信号 ZnF BRCT 功能演化

平顶猴在HIV/AIDS动物模型中的应用及研究进展

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Zoological Research 2013年第2期34卷 77-88页

作者：雷爱华庞伟张高红郑永唐中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室中国科学院昆明动物研究所云南昆明650223 中国科学院大学北京100049 中国科学院昆明灵长类研究中心云南昆明650223 中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室云南昆明650223

非人灵长类动物模型在HIV-1致病机制研究以及抗AIDS药物和疫苗研发中具有重要作用。由于缺乏HIV-1直接感染的动物,SIV/SHIV猕猴模型是目前AIDS研究中应用最为广泛的动物模型。虽然SIV/SHIV猕猴模型与人AIDS具有一定的相似性,但SIV/SHIV... 详细信息

非人灵长类动物模型在HIV-1致病机制研究以及抗AIDS药物和疫苗研发中具有重要作用。由于缺乏HIV-1直接感染的动物,SIV/SHIV猕猴模型是目前AIDS研究中应用最为广泛的动物模型。虽然SIV/SHIV猕猴模型与人AIDS具有一定的相似性,但SIV/SHIV与HIV-1间的遗传差异较大,致使SIV/SHIV猕猴模型存在很多局限性。创建合适的非人灵长类动物模型仍然是HIV/AIDS研究中的热点和难点。平顶猴是目前唯一可以被HIV-1感染的旧大陆猴,在HIV-1静脉传播和性传播模型研究中具有许多优势。该文综述了SIV、HIV、SHIV和HSIV通过静脉和黏膜途径感染平顶猴的特征,并简要介绍了病毒在平顶猴细胞中复制的分子机制以及建立平顶猴AIDS模型的限制因素和前景。

关键词： HIV SIV SHIV HSIV 平顶猴动物模型

Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算

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动物学研究（英文） 2011年第3期32卷 262-266页

作者：高跃东黄京飞中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223 中国科学院研究生院北京100049 中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室云南昆明650223

非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键... 详细信息

非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法,即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0(DS 2.0,Accelrys Inc.)底层模块中的非键相互作用协议,实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量,而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块,并于近期运用到了复合结构的研究分析中。

关键词：非键相互作用模块扩展 Discovery Studio 2.0

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毒液主导的动物生存适应

中国科学：生命科学 2020年第8期50卷 812-826页

作者：罗雷靳林吕秋敏赖仞云南省天然活性多肽重点实验室/中国科学院动物模型与人类疾病机理重点实验室昆明650223 中国科学技术大学-中国科学院昆明动物研究所天然活性多肽联合实验室昆明650223 中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室昆明650223 中国科学院中非联合研究中心武汉430074

捕食与防御是物种生态适应及生理生态学的核心内容.动物毒液系统是动物实施捕食与防御功能的典型"生化武器系统",对理解动物生态适应的生理学机制具有重要意义.各种有毒动物的毒素分子具有高度的结构和功能多样性.人们从有毒动物毒液中... 详细信息

捕食与防御是物种生态适应及生理生态学的核心内容.动物毒液系统是动物实施捕食与防御功能的典型"生化武器系统",对理解动物生态适应的生理学机制具有重要意义.各种有毒动物的毒素分子具有高度的结构和功能多样性.人们从有毒动物毒液中鉴定到了丰富多样的生物学活性,包括神经毒活性、酶活性、细胞毒活性、抗菌活性、凝集素活性、溶血活性、抗栓活性、凝血活性、免疫调节活性、酶类抑制剂活性、缓激肽增强活性和抗病毒活性等.有毒动物利用毒素的高亲和性和高选择性作用于细胞膜、离子通道、受体或酶影响神经系统、运动系统、心脑血管系统和免疫系统,从而实施快速、高效的捕食和防御.而捕食者为了捕食有毒动物,针对有毒动物的协同进化也一直在进行.本文对有毒动物捕食和防御的分子基础、药理学功能多样性和几类典型有毒动物的捕食和防御相关的适应机制进行了介绍.

关键词：捕食防御有毒动物毒液生存适应

含磷酸结合口袋的BRCT结构域功能位点预测

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Zoological Research 2011年第5期32卷 509-514页

作者：盛自章黄京飞中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223 中国科学院研究生院北京100049 中国科学院昆明动物研究所和香港中文大学生物多样性和人类疾病模型联合研究中心云南昆明650223

BRCT(BRCA1C-terminus)是真核生物DNA损伤修复系统重要的信号传导和蛋白靶向结构域。为了探讨含磷酸结合口袋的BRCT与磷酸化配体结合的机制,对XRCC1BRCT1、PTIP BRCT4、ECT2BRCT1和TopBP1BRCT1进行了结构保守性和表面静电势分析。结果显... 详细信息

BRCT(BRCA1C-terminus)是真核生物DNA损伤修复系统重要的信号传导和蛋白靶向结构域。为了探讨含磷酸结合口袋的BRCT与磷酸化配体结合的机制,对XRCC1BRCT1、PTIP BRCT4、ECT2BRCT1和TopBP1BRCT1进行了结构保守性和表面静电势分析。结果显示,4个BRCT的磷酸结合口袋周围所存在的结构保守并带正电势的沟槽很可能是其功能位点,并且类似的沟槽在含磷酸结合口袋的BRCT中普遍存在。沟槽两侧及底部均带有极性氨基酸残基,两侧带正电荷,而底部疏水。这说明沟槽与配体的结合以静电和疏水相互作用为主。沟槽主要位于单个BRCT中,而且4个BRCT的沟槽在形状和电荷分布上都不同,说确明BRCT配体特异性主要由单个BRCT决定。磷酸结合口袋位于沟槽中心,说明沟槽可能同时结合磷酸化残基的N端和C端附近残基。

关键词： BRCT结构域磷酸结合口袋 DNA损伤修复表面静电势

Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用

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Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用

三个非核苷类逆转录酶抑制剂S-DABO类衍生物的体外抗HIV作用(英文)

全国生物遗传多样性高峰论坛

作者：袁芳徐进季林丹费丽娟刘盼盼张莉娜宁波大学医学院中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室

Melting Temperature shift(Tm-shift)是一种新的基因分型方法,主要通过在两条特异性引物5′端加入不同长度的GC序列,PCR扩增后根据熔解曲线中产物Tm值的差异来完成分型。文章建立了Tm-shift法对2 048份样品的29个SNP进行分型,通过分型...

关键词：

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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药学学报 2010年第2期45卷 228-234页

作者：龙晶张德华张高红饶之坤王云华谭兆祥何严萍郑永唐中国科学院昆明动物研究所中国科学院和云南省动物模型和人类疾病机理重点实验室云南昆明650223 云南大学化学科学与工程学院教育部自然资源药物化学重点实验室云南昆明650091 中国科学院研究生院北京100039 香港中文大学医学院生理学系中国香港SAR

本文对3个新S-DABO类衍合物(RZK-4、RZK-5、RZK-6)的体外抗HIV活性进行了研究。化合物RZK-4、RZK-5和RZK-6在200μg·mL-1的浓度下均能完全抑制HIV-1逆转录酶的活性。3个化合物对多种细胞均呈现出低毒性,且均在较低浓度下具有抑制HIV-1... 详细信息

本文对3个新S-DABO类衍合物(RZK-4、RZK-5、RZK-6)的体外抗HIV活性进行了研究。化合物RZK-4、RZK-5和RZK-6在200μg·mL-1的浓度下均能完全抑制HIV-1逆转录酶的活性。3个化合物对多种细胞均呈现出低毒性,且均在较低浓度下具有抑制HIV-1病毒实验株、临床株和耐药株的作用,治疗指数为3704～38462。其中,化合物RZK-6对HIV-1耐药株HIV-1IIIBA17具有非常显著的抑制作用。结果表明,这3种S-DABO类衍生物有良好的体外抗HIV-1作用,具有开发成为抗HIV-1药物的前景。

关键词： AIDS HIV-1 逆转录酶 NNRTIs S-DABOs 抗HIV活性

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中国两栖类物种新纪录——德氏棘蛙

野生动物学报 2023年第3期44卷 708-714页

作者：贺艳红艾仁达黄镇杨张洋刘小龙袁智勇西南林业大学云南省高校极小种群野生动物保育重点实验室昆明650224 西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室重庆400715

2022年7月,在中国云南省文山麻栗坡老山省级自然保护区采集到4号两栖纲(Am-phibia)无尾目(Anura)叉舌蛙科(Dicroglossidae)棘胸蛙属(Quasipaa)标本。标本整体体型较大,成体雄性头体长76.2~77.3 mm。背部皮肤光滑,呈黑褐色,无明显褶皱。... 详细信息

2022年7月,在中国云南省文山麻栗坡老山省级自然保护区采集到4号两栖纲(Am-phibia)无尾目(Anura)叉舌蛙科(Dicroglossidae)棘胸蛙属(Quasipaa)标本。标本整体体型较大,成体雄性头体长76.2~77.3 mm。背部皮肤光滑,呈黑褐色,无明显褶皱。背上部有圆条状黑色斑纹;背下部、体侧至胯部及两股散布有小疣粒;肛部及周围分布有黑色角质刺;体侧部有5或6个较大的白色圆疣;咽喉部有浅棕色斑。指端略膨大,指关节下瘤大,第一指长于第二指;趾端膨大呈圆形吸盘,趾间全蹼,趾关节下瘤明显,四肢背面有黑褐色横纹,与采自越南北干省(Bac Kan Province,Vietnam,模式产地)的Quasipaa delacouri标本形态基本一致。基于线粒体细胞色素b(Cyt b)基因片段的系统发育分析结果显示,研究样本与***样本聚为一支,遗传距离为6.5%。结合形态和系统发育分析结果,确定该标本为***,是中国两栖纲分布新纪录物种,新拟中文名为“德氏棘蛙”。标本保存于西南大学淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室。

关键词：棘胸蛙属德氏棘蛙新纪录中国云南省麻栗坡老山省级自然保护区

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云南省大理市啮齿动物携带冠状病毒和戊型肝炎病毒的调查

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中国人兽共患病学报 2022年第8期38卷 685-692页

作者：杨字殷红敏黄皓孔逸尘陈利张云智大理大学公共卫生学院大理大学预防医学研究所云南省滇西抗病原植物资源筛选研究重点实验室(培育)云南省高校人兽共患病跨境防控与检疫重点实验室大理671000 昆明医科大学公共卫生学院昆明650500

目的调查云南省大理市啮齿动物冠状病毒(Coronavirus,CoV)和戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染率。方法2020年8月~2021年8月在大理市4个乡镇采集啮齿动物样本,采用巢式PCR扩增CoV和HEV的保守序列基因,用生物信息学软件进行同源... 详细信息

目的调查云南省大理市啮齿动物冠状病毒(Coronavirus,CoV)和戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染率。方法2020年8月~2021年8月在大理市4个乡镇采集啮齿动物样本,采用巢式PCR扩增CoV和HEV的保守序列基因,用生物信息学软件进行同源性与遗传进化分析。结果共捕获76只啮齿动物属于5属6种,CoV感染动物为褐家鼠(Rattus norvegicus)和黄胸鼠(Rattus tanezumi),感染率分别为40.74%(11/27)、2.38%(1/42);HEV感染动物为褐家鼠和黄胸鼠,感染率分别为14.81%(4/27)、2.38%(1/42)。在银桥镇捕获的2只褐家鼠中同时检测到CoV和HEV,感染率为7.41%(2/27)。基于CoV的部分RNA依赖的RNA酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的434 bp核苷酸片段分析,11株CoV阳性样本均来自褐家鼠,为α-CoV,与来自中国福建黄毛鼠(Rattus losea)RtRl/FJ2015同源性最高,为99.73%~99.74%;1株CoV阳性样本来自黄胸鼠,为β-CoV,与来自中国云南板齿鼠(Bandicota indica)Ruili66同源性最高,为98.21%。基于HEV的部分RdRp的340 bp核苷酸片段分析,5株HEV阳性样本均来自褐家鼠,均为HEV-C,与来自中国香港免疫移植病人pt 5株同源性最高,为95.87%~96.21%。结论云南省大理市啮齿动物中存在CoV和HEV感染,2种病毒的宿主动物与人关系密切,应加强相关病毒的监测与研究。

关键词：冠状病毒戊型肝炎病毒共同感染啮齿动物