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油用牡丹ISSR-PCR反应体系的建立和优化

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分子植物育种 2017年第8期15卷 3129-3135页

作者：李健胡永红中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海辰山植物园上海201602 上海市资源植物功能基因组学重点实验室上海201602

本研究采用L16(45)正交试验设计,对油用牡丹ISSR反应体系中的5个主要因素进行了优化,确立了ISSR-PCR的最佳反应体系:反应体系总体积20μL,含0.50 U Taq聚合酶,20 ng模板DNA,3.00 mmol/L Mg^(2+),0.40 mmol/L d NTPs,1.00μmol/L引物及10... 详细信息

本研究采用L16(45)正交试验设计,对油用牡丹ISSR反应体系中的5个主要因素进行了优化,确立了ISSR-PCR的最佳反应体系:反应体系总体积20μL,含0.50 U Taq聚合酶,20 ng模板DNA,3.00 mmol/L Mg^(2+),0.40 mmol/L d NTPs,1.00μmol/L引物及10×PCR Buffer。基于ISSR-PCR最佳反应体系,我们共筛选出了12条多态性丰富、条带清晰稳定的引物,为油用牡丹遗传连锁图谱的构建及分子育种奠定基础。

关键词：油用牡丹 ISSR-PCR 正交实验设计反应体系优化

疟疾防控新策略:利用按蚊肠道共生菌阻断疟原虫传播

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2022年第2期40卷 140-145页

作者：蒋永茂高涵王四宝中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室中国科学院分子植物科学卓越创新中心中国科学院上海植物生理生态研究所上海200032

疟疾是一种由疟原虫感染引发的蚊媒传染病。由于缺乏高效的疫苗,目前疟疾防控主要依靠控制蚊虫的杀虫剂以及抗疟药物。然而,杀虫剂的滥用导致蚊虫产生抗药性、以及耐抗疟药物疟原虫株的出现和扩散,使疟疾防控面临严峻挑战。近年来疟疾... 详细信息

疟疾是一种由疟原虫感染引发的蚊媒传染病。由于缺乏高效的疫苗,目前疟疾防控主要依靠控制蚊虫的杀虫剂以及抗疟药物。然而,杀虫剂的滥用导致蚊虫产生抗药性、以及耐抗疟药物疟原虫株的出现和扩散,使疟疾防控面临严峻挑战。近年来疟疾防控进展缓慢,亟需发展新的防控策略和工具。利用肠道共生菌阻断疟原虫传播的技术是一种新型的源头防控策略,该策略近年来取得显著的进展。本文对该技术的发展及研究现状进行综述,并对应用该技术面临的挑战进行探讨。

关键词：疟疾按蚊疟原虫共生菌共生菌阻断技术

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茶树基因组SSR位点挖掘及荧光标记开发

分子植物育种 2024年第17期22卷 5670-5691页

作者：李栋梁周颖怡王景飞张雯婷汤适曾繁敬郝心愿海南省农业科学院热带园艺研究所热带特种经济植物种质资源创新利用重点实验室海口571100 中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心农业农村部特种经济动植物生物学与遗传育种重点实验室杭州310008 三亚中国农业科学院国家南繁研究院三亚572024 海南天然茶叶有限公司白沙茶树省级林木种质资源库白沙572812 海南天然茶叶研究院有限公司白沙572812

基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var.'Shuchazao')全基因组序列,通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点,并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物,随机挑选引物检测有效性,采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较... 详细信息

基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var.'Shuchazao')全基因组序列,通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点,并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物,随机挑选引物检测有效性,采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较高的引物。结果表明,茶树全基因组中共挖掘659053个SSR位点,相对丰度212个/Mbp。二核苷酸重复类型数量最多(469096个,占比71.18%)、长度最长(8725988 bp,占比61.34%)、出现频率最高(151.06个/Mbp)、密度最大(2809.97 bp/Mbp),三核苷酸重复类型数量(99716个,占比15.13%)、长度(2801472 bp,占比19.69%)、出现频率(32.11个/Mbp)、密度(902.14 bp/Mbp)均次之。6个串联重复的SSR基序类型最多(146844个,占比22.28%),7个串联重复的SSR基序类型数量次之(87136个,占比13.22%)。从200对随机引物中筛选出137对引物可以扩增成功,其中82对可能存在多态性,使用8个茶树栽培品种进行筛选验证,其中22对引物具有多态性,其等位基因数(Na)、有效等位基因数量(Ne)、香农遗传多样性信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、多态性信息含量(PIC)平均值分别为5.091、3.387、1.347、0.591、0.675、0.122、0.634,筛选出的引物中有20对高度多态性信息引物(PIC>0.5)、2对中度多态性信息引物(0.4分子鉴定、品种权保护及辅助育种提供技术参考。

关键词：茶树(Camellia sinensis) 全基因组 SSR标记引物多态性

'新郁'葡萄microRNA的鉴定及其高温胁迫响应分析

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农业生物技术学报 2024年第9期32卷 2009-2020页

作者：牛丽丽武云龙刘丽媛宋洋波曹红燕杜婷婷王胜杰郗琳杨清孟冬周慧何坤祖中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所吐鲁番市葡萄产业发展促进中心青海大学农牧学院北京林业大学林学院霍恩海姆大学吐鲁番丝路明珠农业生物科技有限公司

高温胁迫是制约果树生产的主要逆境胁迫之一。葡萄(Vitis vinifera)是世界范围内具有较高经济价值的栽培水果作物，其生长发育经常受到高温胁迫的影响。研究葡萄高温胁迫响应机制对了解葡萄对高温胁迫的驯化具有重要意义。本研究采集'新... 详细信息

高温胁迫是制约果树生产的主要逆境胁迫之一。葡萄(Vitis vinifera)是世界范围内具有较高经济价值的栽培水果作物，其生长发育经常受到高温胁迫的影响。研究葡萄高温胁迫响应机制对了解葡萄对高温胁迫的驯化具有重要意义。本研究采集'新郁'葡萄叶片进行高通量测序，分别构建了对照组和高温胁迫处理组的小RNA (small RNA, sRNA)文库，鉴定了一系列高温应激反应miRNA，并分析了其在高温耐受反应中的功能。共鉴定得到171个已知miRNA和251个新miRNA，其中6个已知miRNA和21个新鉴定miRNA在高温胁迫下差异表达，预测获得这些差异表达的miRNA靶基因共计297个。通过qRTPCR对筛选出的10个miRNA及其靶基因表达进行了验证，结果表明这些靶基因对高温胁迫有明显响应。基因功能和通路分析表明，这些基因可能在耐高温胁迫中起重要作用。本研究结果为进一步了解果树驯化过程中的高温胁迫反应以及选育耐高温胁迫葡萄品种提供了理论基础。

关键词：葡萄 miRNA 高温胁迫高通量测序

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长江流域油菜渍害现状与防控对策综述

江苏农业科学 2024年第10期52卷 1-20页

作者：李林林揭雨成赵龙刘小春张浪湖南农业大学农学院湖南长沙410128 湖南省草类作物种质创新与利用工程技术研究中心湖南长沙410128 华东师范大学河口海岸科学研究院上海200241

近年来,长江流域油菜渍涝问题日益凸显,油菜种植区域受到严重影响。油菜渍涝不仅会影响油菜的生长发育及产量,而且还会对土壤质量、农业生态环境和农民的经济收入造成不可估量的损失。本文综述了长江流域油菜渍涝的成因,阐明了渍涝后油... 详细信息

近年来,长江流域油菜渍涝问题日益凸显,油菜种植区域受到严重影响。油菜渍涝不仅会影响油菜的生长发育及产量,而且还会对土壤质量、农业生态环境和农民的经济收入造成不可估量的损失。本文综述了长江流域油菜渍涝的成因,阐明了渍涝后油菜的形态特征、生理及分子机制,并对油菜渍害防治技术进行了综合分析。本文认为,在油菜种植中选用抗病品种、合理施肥、轮作休闲等方法可以有效地降低油菜渍害的发生率和病害程度。同时,药剂防治也是常用的方法之一,但需要注意药剂使用的正确性和剂量。此外,本文还介绍了基于遥感技术和气象数据的油菜渍害监测和预测方法,以便农民及时采取防治措施,保障油菜的生长和产量。为了更好地解决长江流域油菜渍涝的问题,未来需要加强科学研究,研发更加适应当地条件的抗渍涝品种,加强渍害与植物-微生物互作的研究,以期为长江流域农业的可持续发展提供更好的支持。

关键词：油菜渍害长江流域现状及问题防治技术监测与预测

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海南辣椒抗南方根结线虫种质资源的筛选

分子植物育种 2024年第18期22卷 6046-6052页

作者：李雪峤于海龙高芳华伍壮生王小娟吴月燕王立浩海南省农业科学院蔬菜研究所海南省瓜菜育种工程技术研究中心海南省蔬菜生物学重点实验室海口571100 中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京100081

鉴于根结线虫的专化特性及其引发的植物病症防治的困难性与易复发性,选育并种植抗性品种仍然是目前最经济和最有效的防治策略之一,为加快辣椒抗南方根结线虫新品种的选育进程,有效应对近年来海南辣椒种植中大面积发生的南方根结线虫问题... 详细信息

鉴于根结线虫的专化特性及其引发的植物病症防治的困难性与易复发性,选育并种植抗性品种仍然是目前最经济和最有效的防治策略之一,为加快辣椒抗南方根结线虫新品种的选育进程,有效应对近年来海南辣椒种植中大面积发生的南方根结线虫问题,通过PM6a和PM542个分子标记筛选,结合苗期接种抗性鉴定的方法,对本单位已有的53份商品性较好的辣椒种质资源进行了抗南方根结线虫筛选,4份通过分子标记筛选,并在接种鉴定试验中抗性达到抗(R),其中包括泡椒1份,尖椒2份,线椒1份,且各辣椒资源的商品性较好,加深了对本单位抗性辣椒资源的分布情况,并为进一步抗南方根结线虫辣椒新品种选育工作提供了切实基础。

关键词：辣椒南方根结线虫(Meloidogyne incognita) 分子标记

东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

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生物多样性 2016年第12期24卷 1325-1334页

作者：刘莉舒江平韦宏金张锐沈慧严岳鸿上海辰山植物园中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海201602 华东野生濒危资源植物保育中心上海201602 上海师范大学生命与环境科学学院上海200234

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属,是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识,本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hise... 详细信息

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属,是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识,本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台,共计获得4.95 Gb原始数据(raw data),经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads),并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中,54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据,对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释,并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时,转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。

关键词：蕨类植物转录组学高通量测序生物多样性适应性

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海南辣椒抗轻斑驳病毒病种质资源的筛选

分子植物育种 2024年第1期22卷 199-206页

作者：李雪峤于海龙伍壮生高芳华吴月燕王小娟王立浩海南省农业科学院蔬菜研究所海南省瓜菜育种工程技术研究中心海南省蔬菜生物学重点实验室海口571100 中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京100081

为加速辣椒抗轻斑驳病毒病新品种的选育进程,有效应对近年来在海南辣椒生产中大面积发生的辣椒轻斑驳病毒病病情,通过IH1-04和L4-087H3T7R 2个分子标记筛选,结合病毒病苗期接种的方法,对已有的53份商品性较好的辣椒种质资源进行了抗轻... 详细信息

为加速辣椒抗轻斑驳病毒病新品种的选育进程,有效应对近年来在海南辣椒生产中大面积发生的辣椒轻斑驳病毒病病情,通过IH1-04和L4-087H3T7R 2个分子标记筛选,结合病毒病苗期接种的方法,对已有的53份商品性较好的辣椒种质资源进行了抗轻斑驳病毒病筛选,其中6份通过抗病筛选达到抗(R)级,包括泡椒1份、尖椒3份、线椒2份,且各辣椒资源的商品性普遍较好,加深了对抗病辣椒资源的分布情况,并为进一步辣椒抗轻斑驳病毒病辣椒新品种选育工作提供了切实基础。

关键词：辣椒轻斑驳病毒病(PMMoV) 分子标记苗期接种

秋海棠(Begonia grandis)的种内表型多样性

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植物研究 2021年第5期41卷 775-788页

作者：李雁瓷付乃峰孙加芝肖艳曹建国田代科上海师范大学生命科学学院上海200234 上海辰山植物园/中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海201602 上海市资源植物功能基因组学重点实验室上海201602

《中国植物志》和Flora of China关于秋海棠(Begonia grandis)的种内分类存在争议,根据两者的分类依据在实践中无法操作,显然该种的种内单元分类还存在问题。为了全面理解秋海棠的种内多样性,在此基础上对其种内单元进行合理分类,以39... 详细信息

《中国植物志》和Flora of China关于秋海棠(Begonia grandis)的种内分类存在争议,根据两者的分类依据在实践中无法操作,显然该种的种内单元分类还存在问题。为了全面理解秋海棠的种内多样性,在此基础上对其种内单元进行合理分类,以39个秋海棠居群为研究材料,对33个表型性状进行多样性及数量分类分析。通过数量性状变异分析、质量性状遗传多样性分析、主成分分析和R形聚类分析从33个性状中筛选出主要性状进行Q型聚类分析。结果显示:秋海棠的表型多样性丰富,数量性状变异系数为0.077~0.441,质量性状多样性指数为0.287~1.483。主成分分析结果表明:33个性状可综合为6个主成分,其累计贡献率达72.28%。R型聚类分析结果表明:除叶形和花形大小指标相关外,各性状相对独立。Q型聚类结果显示:39个秋海棠居群按雄花大小、叶片大小、植株大小和叶色分为四组,同Flora of China将该种分成3个亚种处理不一致。因此,对秋海棠的种内单元的划分今后有必要综合分子生物学方面的证据来讨论才更合理。有趣的是发现日本秋海棠的自然化居群的祖先极可能为浙江天目山居群。

关键词：秋海棠主成分分析聚类分析分类中国