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RelB对HIV-1 vpr转录激活及诱导细胞G2/M期停滞功能影响的初步研究

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病毒学报 2013年第1期29卷 44-50页

作者：刘瑞康高杨林永权谈娟耿运琪乔文涛南开大学分子微生物与技术教育部重点实验室南开大学生命科学学院天津300071

vpr是人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus type 1,HIV-1)的辅助蛋白之一,在病毒复制及AIDS进程中起重要作用。为了研究vpr完成其生物学功能的分子机制,本研究利用酵母双杂交技术,从人的cDNA文库中筛选,并经免疫共沉淀技术证... 详细信息

vpr是人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus type 1,HIV-1)的辅助蛋白之一,在病毒复制及AIDS进程中起重要作用。为了研究vpr完成其生物学功能的分子机制,本研究利用酵母双杂交技术,从人的cDNA文库中筛选,并经免疫共沉淀技术证实NF-κB通路中的重要蛋白RelB与vpr存在相互作用;发现RelB蛋白能促进vpr介导的对NF-κB报告基因的激活,也能促进vpr对HIV-1LTR的反式激活作用。利用流式细胞技术发现RelB促进vpr诱导细胞周期G2/M期停滞。上述结果表明,RelB辅助vpr完成其转录激活以及调控细胞周期的功能。

关键词： vpr RelB 转录激活细胞G2 M停滞

HIV-1 vpr蛋白对C8166细胞毒性研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2008年第10期28卷 899-903页

作者：贺芳曾耀英王通肇静娴臧宁林长乐暨南大学组织移植与免疫实验室广州510632

目的利用腺病毒系统研究HIV-1vpr蛋白在T细胞来源的C8166细胞内的高表达以及细胞内该蛋白对T细胞毒性。方法将表达目的蛋白vpr的重组腺病毒rAd—vpr和空白载体病毒rAd—vector分别感染对数生长期的C8166细胞，流式细胞术（FCM）检测细... 详细信息

目的利用腺病毒系统研究HIV-1vpr蛋白在T细胞来源的C8166细胞内的高表达以及细胞内该蛋白对T细胞毒性。方法将表达目的蛋白vpr的重组腺病毒rAd—vpr和空白载体病毒rAd—vector分别感染对数生长期的C8166细胞，流式细胞术（FCM）检测细胞周期分布、凋亡和坏死。用Hoechst—PI荧光染色观察细胞的凋亡和坏死，JC-1荧光染色测定线粒体膜电势。结果An—nexinV—PI染色及Hoechst—PI染色一致显示HIV-1vpr能显著诱导C8166细胞凋亡和坏死；PI细胞周期结果表明HIV-1vpr能阻滞C8166细胞于G2期；JC—1荧光染色法测定HIV-1vpr致C8166线粒体膜电势下降。结论细胞内HIV-1vpr介导的T细胞毒性包括线粒体功能障碍、细胞周期的G2期阻滞和细胞的死亡。

关键词：重组腺病毒 HIV-1 vpr C8166细胞细胞死亡

Two Highly Variable vpr<sub>84</sub>and vpr<sub>85</sub>Residues within the HIV-1-vpr C-Terminal Protein Transduction Domain Control Transductionnal Activity and Define a Clade Specific Polymorphism

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World Journal of AIDS 2014年第2期4卷 148-155页

作者： Jean-Herve Colle Thiery Rose Christine Rouzioux Alphonse Garcia EA 3620 Universite Paris Descartes AP-HP Laboratoire de Virologie Hopital Necker Paris France Laboratoire E3 Phosphatases Unite Signalisation Moleculaire et Activation Cellulaire Institut Pasteur Paris France Unite d’Immunogenetique Cellulaire Institut Pasteur Paris France Unite de Biologie des Populations Lymphocytaires Institut Pasteur Paris France

The virally encoded HIV-1 viral protein R (vpr) is a multifunctional factor that is required for induced HIV-1 pathogenesis. vpr is also a cell-penetrating protein found in biological fluids from HIV-1 infected individuals. In this regard, we previously published that the C-terminal vpr77-92 sequence from HIV-1 89.6, but not from pNL4.3 strain, is a new pro-apoptotic and protein transduction domain (PTD). Here we report on a sequence analysis of vpr77-92 domain using the Los Alamos HIV-1 sequence database. The analysis showed that the two residues of the domain vpr84 and vpr85 are highly variable and differently biased in HIV-1 clade B and HIV-1 clade C. Furthermore, when Jurkat lymphoblastoid cells or PBMC were incubated with chemically synthesized peptides containing distinct vpr77-92 C-terminal sequences from clades B or C, we found that a clade-dependent polymorphism in vpr84 and vpr85 residues controlled the transducing activity of the C-terminal HIV-1 vpr77-92 domain. Together our data indicate that clade-dependent polymorphism in the vpr84 and vpr85?residues defines the transducing properties mediated by the C-terminal domain of HIV-1 vpr. Identification of this vpr polymorphism suggests new approaches to understand the HIV-1 biology and/or pathogenesis.

关键词： vpr HIV-1 Subtypes Polymorphism Transduction

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创新创业教育评价的vpr结构模型

教育研究 2019年第7期40卷 83-90页

作者：徐小洲浙江传媒学院浙江大学教育学院

评价要素及其结构的确定是创新创业教育评价的重要基础。研究采用扎根理论方法,通过对访谈资料的内容分析,提出vpr三维三级创新创业教育评价的理论结构模型。vpr评价体系由3个一级维度、8个二级维度和29个三级评价维度构成。3个一级维... 详细信息

评价要素及其结构的确定是创新创业教育评价的重要基础。研究采用扎根理论方法,通过对访谈资料的内容分析,提出vpr三维三级创新创业教育评价的理论结构模型。vpr评价体系由3个一级维度、8个二级维度和29个三级评价维度构成。3个一级维度是价值评价(Value)、过程评价(Process)和结果评价(Result);8个二级维度是精神价值、现实价值、政策投入、教育投入、学生发展、企业发展、创业者绩效、产品与成果。该评价模型强调精神价值评价与现实价值评价相结合、发展性评价与绩效性评价相结合、短期评价与长期评价相结合,具有多维、多层、多元的特征,丰富了创新创业教育评价的内容,对创新创业教育实践具有理论参考价值。

关键词：创新创业教育 vpr 评价结构多层次模型

中国人类免疫缺陷病毒-1 vpr基因多态性及其临床意义

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中华传染病杂志 2009年第1期27卷 39-43页

作者：李慧冯铁建郑煜煌王晓辉刘猛陈琳刘纯李瑛中南大学湘雅二医院传染科艾滋病研究室长沙410011 深圳市疾病预防控制中心

目的分析来自中国不同地区HIV-1感染者的vpr基因序列变异位点及与国外以往研究的异同，为进一步研究HIV-1 vpr基因变异的意义及其与感染者临床病情的关系奠定基础。方法RT-PCR及套式PCR法对398例HIV-1感染者行HIV-1vpr基因扩增，并进行... 详细信息

目的分析来自中国不同地区HIV-1感染者的vpr基因序列变异位点及与国外以往研究的异同，为进一步研究HIV-1 vpr基因变异的意义及其与感染者临床病情的关系奠定基础。方法RT-PCR及套式PCR法对398例HIV-1感染者行HIV-1vpr基因扩增，并进行氨基酸序列分析，了解HIV vpr基因的多态性、离散率和常见变异位点。同时将发现常见变异位点感染者的相应病毒水平、淋巴细胞亚群及临床病程的进展进行对比分析。结果对398份血标本行HIV1 vpr基因扩增，分析后可用氨基酸序列为153份。HIV-1 vpr氨基酸序列分型主要是CRF01_AE 51．63％，C亚型24．84％，B亚型17．65％，CRF03-AB 3．92％，CRF08_BC 1．31％。HIV vpr序列中第77位氨基酸84．3％为谷氨酸，与以往国外报道的R77Q变异与AIDS长期病情无进展（LTNP）密切相关的观点有明显差异。HIV vpr第、63、70、85、86、89、94位氨基酸的变异，有可能使感染者的临床进展趋缓。结论我国HIV vpr分型仍以M组为主，其中CRF01_AE占优势。HIV-1 vpr中氨基酸序列某些位点的变异可能与感染者临床表现相关。

关键词：人类免疫缺陷病毒基因 vpr 多态现象遗传变异(遗传学) 基因扩增

基于vpr的层次式FPGA结构描述方法研究

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微电子学 2009年第1期39卷 105-110页

作者：刘攀周强朱珂钱旭张峥清华大学计算机科学与技术系北京100084 中国矿业大学机电学院北京100083

针对层次式FPGA结构设计的需要,提出一种基于vpr的FPGA结构文件描述方法。该方法可以描述多种层次式FPGA的系统结构,实现同vpr布线功能的集成,方便进行FPGA结构设计的验证。实验证明,该结构描述方法具有较好的灵活性和一定的通用性,并... 详细信息

针对层次式FPGA结构设计的需要,提出一种基于vpr的FPGA结构文件描述方法。该方法可以描述多种层次式FPGA的系统结构,实现同vpr布线功能的集成,方便进行FPGA结构设计的验证。实验证明,该结构描述方法具有较好的灵活性和一定的通用性,并能够应用在FP-GA物理设计和新结构的设计过程中。

关键词：现场可编程逻辑阵列 vpr 布线结构描述

艾滋病痴呆综合征患者HIV-1 vpr基因多态性及氨基酸序列分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2018年第1期32卷 48-52页

作者：李昕张维嘉郑文慧曹馨月单晓宇郑雯黄涛温红玲王志玉赵丽山东大学公共卫生学院卫生微生物学检验系济南250012 山东省疾病预防控制中心艾滋病防治所济南250014

目的研究艾滋病痴呆综合征（AIDS dementia complex,ADC）患者体内不同部位来源的HIV-1 vpr基因突变及其氨基酸序列的改变,为HIV-1神经致病机制的研究提供依据.方法取1例ADC患者外周（淋巴结、脾脏、肝脏）和中枢神经系统（脑膜、额... 详细信息

目的研究艾滋病痴呆综合征（AIDS dementia complex,ADC）患者体内不同部位来源的HIV-1 vpr基因突变及其氨基酸序列的改变,为HIV-1神经致病机制的研究提供依据.方法取1例ADC患者外周（淋巴结、脾脏、肝脏）和中枢神经系统（脑膜、额叶灰质、额叶白质、颞叶皮质、基底核）共8个部位的尸检标本基因组DNA,巢式PCR扩增并克隆HIV-1 vpr基因,与克隆载体pMD19-T连接,转化大肠杆菌DH5α后,分别挑取5个阳性菌落进行Vpv基因测序,测序结果通过MEGA6生成系统进化树并计算基因距离,SNAP进行同义/非同义替换值（ds/dn）的计算并分析氨基酸位点的改变.结果该病例感染的病毒是HIV-1 B亚型,分离自ADC患者不同组织的HIV-1 vpr基因序列存在差异,其中枢神经系统和外周HIV-1 vpr基因序列在系统进化树中相互交织在一起,中枢和外周与HXB2 vpr基因距离差异无统计学意义,所有HIV-1 vpr基因序列的ds/dn=3.3749.与标准序列相比,该病例的HIV-1 vpr基因编码的氨基酸序列有22个位点发生了变异,并且中枢各部位部分氨基酸位点的变异与外周不同.结论 ADC患者体内HIV-1 vpr序列存在变异,且在外周和中枢不同部位中的变异不同,这些变异导致vpr氨基酸位点的改变对vpr蛋白生物学活性的影响及在ADC发病机制中的作用,还有待进一步研究.

关键词：人类免疫缺陷病毒1型 vpr 艾滋病痴呆综合征基因多态性

HIV-1 Tat vpr蛋白肿瘤细胞周期调控机制研究

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HIV-1 Tat Vpr蛋白肿瘤细胞周期调控机制研究

作者：肖蒙蒙华东理工大学

学位级别：硕士

当今社会,肿瘤,艾滋,心血管疾病位列人类死亡前三大死因,癌症治疗缺乏有效手段,严重威胁人类健康,艾滋病HIV-1人类免疫缺陷病毒感染人体后,调控宿主细胞基因表达,造成免疫缺失,引发心血管受损,神经损伤等各种疾病。本文成功克隆292bp vp... 详细信息

当今社会,肿瘤,艾滋,心血管疾病位列人类死亡前三大死因,癌症治疗缺乏有效手段,严重威胁人类健康,艾滋病HIV-1人类免疫缺陷病毒感染人体后,调控宿主细胞基因表达,造成免疫缺失,引发心血管受损,神经损伤等各种疾病。本文成功克隆292bp vpr编码蛋白,插入pcDNA3.1(+)质粒,构建真核表达载体,转染肿瘤细胞,检测周期及凋亡相关指标变化。本文成功构建cyclinD1启动子片段,cyclinE启动子片段,cyclinB1启动子片段插入PGL3-BASIC片段构建双荧光素酶报告基因载体,为检测病毒蛋白的周期作用机制提供实验依据。双荧光素酶报告基因实验证实tat转染宫颈癌细胞Hela,黑色素瘤细胞A375后上调P21启动子转录活性,而在结肠癌细胞HCT-116以及慢性髓性白血病细胞K562中不上调P21启动子活性,细胞种属间差异可能与细胞中P53状态有关。Tat转染hela细胞后,流式PI单染检测周期,证实G1/S阻滞,双荧光素酶报告基因检测证实cyclinD,cyclinE启动子活性下调,证实Tat从转录水平调控p21及周期蛋白表达。而vpr则严格依赖P53调控P21转录活性,但其G2/M周期阻滞作用期阻滞及凋亡诱导作用与P53是否突变并非完全相关。pcDNA-vpr转染hela细胞后,流式PI单染检测周期,证实G2/M周期阻滞,双荧光素酶报告基因检测证实cyclinD1,cyclinE启动子活性无显著性改变,cyclinB1启动子活性下调,realtime和western bloting检测证实mRNA和蛋白水平与启动子水平调控相符。热休克蛋白70家族与细胞内氧化损伤,应激作用有关,,双荧光素酶报告基因实验证实tat,vpr上调其家族成员hsp72.,hsp70b'启动子活性,,western blot发现vpr下调bcl-2蛋白表达,上调bax,活化caspase-3试剂盒分析表明上调caspase-3酶活,可能与其凋亡诱导机制相关。本文证实了病毒蛋白tat,vpr作为抗肿瘤活性分子的可行性,并构建hTERT端粒酶逆转录酶启动子近端转录起始位点至181bp-核心片段,插入PGL3-BASIC片段构建双荧光素酶报告基因载体,增加其靶向性作用。

关键词： HIV-1 Tat vpr P21 周期调控

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基于vpr的FPGA布局算法研究与改进

基于VPR的FPGA布局算法研究与改进

作者：祁火林武汉理工大学

学位级别：硕士

FPGA是八十年代中期出现的新型可编程逻辑器件,在FPGA芯片设计研究上,现有的布局算法日渐成熟,但仍然存在很多问题。布局布线是FPGA芯片设计中最耗时的阶段,能够设计出更加快速、更小面积、时延少、低功耗的算法是学术界研究的热点和趋... 详细信息

FPGA是八十年代中期出现的新型可编程逻辑器件,在FPGA芯片设计研究上,现有的布局算法日渐成熟,但仍然存在很多问题。布局布线是FPGA芯片设计中最耗时的阶段,能够设计出更加快速、更小面积、时延少、低功耗的算法是学术界研究的热点和趋势。广泛应用于学术界研究的vpr软件是一款FPGA布局布线的通用软件,它提出了相对较完整的布局布线方法的解决方案。vpr布局算法使用的是模拟退火法,模拟退火法的优点是能跳出迭代过程中的局部最优解而得到接近于全局的最优解,但缺点是需花费较长的时间。为解决FPGA的布局问题,本文以vpr为基础,提出和实践了快速模拟退火算法布局法,推广型模拟退火算法布局法,力矢量退火算法布局法,渐升温回火退火算法布局法。与经典模拟退火算法相比,快速模拟退火算法模型的接收概率是按广义Gibbs分布给出的,其扰动模型类似Cauchy分布,降温方式为T(K)=TaK),采用新的模型收敛速度更快。推广型模拟退火算法也是以广义Gibbs分布为基础,扰动模型为Tsallis-Stariolo跃迁分布形式,它在目标函数多,局域极小值也较多时比经典模拟退火算法更为有效。经典模拟退火算法和快速模拟退火算法都是推广型模拟退火算法的特例。力矢量混合退火算法布局是把力矢量松弛法和模拟退火法结合起来的布局方法,力矢量松弛法的核心是每次交换时与当前单元受力最小的理想位置交换,结合模拟退火法就是用模拟退火法的接受策略来判断是否接受交换后的解。渐升温回火退火算法改变退火的降温策略,先用较低的温度退火,把优化后的解作为下一次退火的初始解,初始温度逐渐上升,反复执行退火策略得到最后结果。实验结果表明,与vpr相比,在大规模电路布局中:快速模拟退火算法可以提高速度为原来的1.9倍,但是布局质量下降4%;推广型模拟退火算法可以提高速度为原来的6.3倍,但是布局质量下降15%左右;力矢量混合退火算法基本没有改变效果;渐升温回火退火算法可以提高速度为原来的3倍,而且布局质量不下降。上述算法在FPGA的布局速度方面做出了一定的改进。

关键词：布局现场可编程门阵列电子设计自动化 vpr