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T7 RNA polymerase transcription of Escherichia coli isoacceptors tRNA^(Leu)

Science China(Life Sciences) 1999年第2期42卷 185-190页

作者：李勇陈剑峰王恩多王应睐

The T7 promoter and the gene encoding trnaleu were synthesized chemically and cloned into plasmid pUC19, where the gene was transcribed in vitro with T7 RNA polymerase purified. It was found that spermidine had a negative effect on T7 transcription. The amount of transcribed tRNA was about 250 times that of the template DNA under optimal reaction conditions. The unmodified trnaleu1 and trnaleu2 had similar leucine accepting ability, which however was only one fourth that of the native modified ones. This result indicated that the modified nucleotides of trnaleu played some though not key roles in its aminoacylation.

关键词： isoacceptor trnaleu T7 RNA polymerase transcription in vitro.

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Antarctic Cyanobacteria Biodiversity Based on ITS and <i>Trn</i>L Sequencing and Its Ecological Implication

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Open Journal of Ecology 2014年第8期4卷 456-467页

作者： Carla Micheli Rossella Cianchi Raffaella Paperi Alessandro Belmonte Benjamin Pushparaj Department of Genetics and Molecular Biology University of Rome La Sapienza Rome Italy ENEA Italian National Agency for New Technologies Energy and Sustainable Economic Development Research Center Casaccia Rome Italy Institute of Ecosystem Studies CNR-ISE Florence Italy

Antarctic cyanobacteria biodiversity was investigated by simultaneous sequencing of the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS flanked by partial 16S and 23S), and Chloroplast trnaleu UAA intron (TrnL), exploring whether such morphotypes constitute distinct species and explaining their current distribution. We identified Nostocales, Chrococcales and Oscillatoriales species, collected in different habitats (soil, algal mats, lake sediments, ice-water) after their growth in cultures. By comparative sequence analyses available in Genbank, our results proved to be mostly in agreement with both TrnL and ITS, in the identification of the strains, particularly for Nostocales. Although ITS demonstrated more usefully than TrnL did in identifying Oscillatoriales and Chroococcales, due to the frequent lack of the intron in these groups, our results lead us to support an independent phylogenetic dataset of ITS and TrnL (the latter based on conserved regions) producing not only concordant clusters but also a secondary structure. Specific assignments of the secondary structure evidenced by different cyanobacteria groups, especially the D1-D1’ region of ITS and the P6b region of TrnL. For the latter region, the sequences analyzed for Nostoc species could be divided into the two classes previously identified, on the basis of different heptanucleotide repeats in P6b which were not

关键词： Antarctic Cyanobacteria Biodiversity ITS trnaleu UAA Secondary Structure

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MELAS分子生物学研究进展

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基础医学与临床 2009年第3期29卷 330-334页

作者：曹延延戚豫北京大学第一医院中心实验室北京100034

线粒体脑肌病伴乳酸中毒及卒中样发作(MELAS)是一种最为常见的线粒体脑肌病。因其临床表现具有高度异质性,故该病的分子机制日益受到人们的重视。本文以最为常见的线粒体DNA(mtDNA)A3243G点突变为例,就MELAS综合征的分子生物学基础、检... 详细信息

线粒体脑肌病伴乳酸中毒及卒中样发作(MELAS)是一种最为常见的线粒体脑肌病。因其临床表现具有高度异质性,故该病的分子机制日益受到人们的重视。本文以最为常见的线粒体DNA(mtDNA)A3243G点突变为例,就MELAS综合征的分子生物学基础、检测手段以及新近的研究进展做一概述。

关键词： MELAS综合征 trnaleu 突变负荷

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tRNA/pre-miRNA来源的片段抑制结直肠癌肿瘤发生

tRNA/pre-miRNA来源的片段抑制结直肠癌肿瘤发生

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作者：杨慧鹏天津医科大学

学位级别：硕士

背景与目的tRNA来源的RNA片段(tRF)属于小非编码RNAs(ncRNAs)家族[1],于1970s在人类的尿液中被首次发现,研究表明其普遍存在于大部分的生物体中。我们在研究中发现了一个特殊的17bp的小RNA片段,此小RNA片段曾经被称为miR-1280,但是最近... 详细信息

背景与目的tRNA来源的RNA片段(tRF)属于小非编码RNAs(ncRNAs)家族[1],于1970s在人类的尿液中被首次发现,研究表明其普遍存在于大部分的生物体中。我们在研究中发现了一个特殊的17bp的小RNA片段,此小RNA片段曾经被称为miR-1280,但是最近有研究表明一直以来被称为miR-1280的RNA序列是tRNA剪切产生的非编码片段即tRFs片段,因此有研究者主张将miR-1280从小RNA库中移除,但是并没有相关的文献证据支持miR-1280不是来自miR-1280的前体结构,对其来源的争论缺少有力的实验数据。有趣的是我们对其进行了一系列的研究后发现其同时来自于亮氨酸tRNA(tRNA)和miR-1280前体(Pre-miR-1280),因此我们将此片段称为tRF/miR-1280。在我们的早期研究中发现tRF/miR-1280在我们收集的64对人的结直肠癌(CRC)中的表达量明显低于正常组织,而且高表达tRF/miR-1280的人结肠癌细胞系HCT116和HCT15中细胞的增殖,迁移能力明显降低。这可能预示着tRF/miR-1280对结肠癌的发生发展具有调节作用。本文首次研究了tRNA/pre-miRNA来源的片段tRF/miR-1280在结肠癌中对肿瘤发生发展的影响,并对其下游的直接靶基因进行了探讨。方法我们通过分析一直以来被称为miR-1280的小RNA的碱基序列发现此序列为Pre-miR-1280与tRNA共有的一段序列,为了探究此序列的来源我们设计相应的检测此片段,Pre-miR-1280以及tRNA的生物素标记的DNA探针。利用Northern blot检测发现此片段来自pre-miRNA和tRNA所以我们将此片段称为tRF/miR-1280。同时通过实时定量PCR结果了解到tRF/miR-1280在人的结肠癌组织样本中的表达变化,我们通过慢病毒构建稳定高/低表达tRF/miR-1280的人结肠癌细胞系(HCT116和HCT15)及其对照细胞系,并应用实时定量PCR确认处理细胞中tRF/miR-1280的表达变化从而确认细胞系构建是否成功。通过体外实验如通过细胞计数了解细胞增殖,通过集落形成实验确定tRF/miR-1280对于细胞生存能力的影响,同时也通过Transwell和划痕实验确定了细胞的侵袭和迁移能力的改变。在体内实验中,通过皮下荷瘤对小鼠形成肿块的体积,重量进行了检测,也对小鼠组织进行HE染色以此来确认tRF/miR-1280的功能。在通过一系列实验验证了tRF/miR-1280在体内外中的作用后,我们利用mRNA靶向预测软件(miRanda,TargetScan,和TargetRank)来预测tRF/miR-1280的靶向基因,通过分析筛选我们选定了四个基因JAG2,SMO,PMM2和AGK,随后我们设计了每个基因的3’UTR到双荧光素酶UTR质粒中,通过双荧光素酶报告实验探究tRF/miR-1280与JAG2之见存在相互关系,最后也利用Western blot验证了tRF/miR-1280与JAG2之间的相关性。结果成功构建稳定的高表达tRNA和miR-1280的细胞系,同时通过敲低Dicer酶在细胞中的表达,利用Northern blot发现本研究中的小RNA片段随着tRNA和miR-1280在细胞中表达的变化而改变,同时结果显示Dicer酶的表达影响此小RNA片段的表达,表明了片段同时来源于Pre-miR-1280和tRNA,因此我们将其命名为tRF/miR-1280。RT-PCR结果显示tRF/miR-1280在人的结直肠癌组织中的表达低于正常组织。在体外实验中发现高表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞增殖能力,细胞集落形成能力,细胞迁移和相应的侵袭能力都相对于对照组降低;相反敲低tRF/miR-1280时结肠癌细胞增殖能力,细胞集落形成能力,细胞迁移以及侵袭能力都相对于对照组增强。随后我们利用高表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞及其对照组,低表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞及其对照组在裸鼠体内进行皮下荷瘤实验。结果表明:接种高表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞的实验组相对于对照组肿瘤体积和重量都明显降低;相反在接种低表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞的实验组相对于对照组肿瘤体积和重量都明显增高。另一方面在小鼠肝转移和肺转移实验中结果也表明:在裸鼠脾脏中接种高表达tRF/miR-1280的结肠癌细胞时相对于其对照组,小鼠的肝转移和肺转移情况明显降低。在进行了一系列体内外的表型实验后我们探究tRF/miR-1280下游可能的靶基因,通过mRNA靶向预测软件(miRanda,TargetScan,Target Rank)预测tRF/miR-1280的

关键词：结直肠癌 tRNA来源的片段探针 trnaleu Pre-miR-1280 非编码小RNA

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