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两株单核体金针菇全基因组trna分析

基因组学与应用生物学 2021年第9期40卷 3140-3145页

作者：吕晓萌王祥锋张梦飞张庆勇王庆佶王威山东农业大学植物保护学院山东省农业微生物重点实验室泰安271018 淄博市桓台县自然资源局淄博256400

金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,具有较高的营养和药用价值。本研究基于全基因组测序技术,预测了两个金针菇单核菌株W23和L11基因组中的trna种类与数量。金针菇W23菌株基因组包含1866个Scaffolds,共鉴定到20... 详细信息

金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,具有较高的营养和药用价值。本研究基于全基因组测序技术,预测了两个金针菇单核菌株W23和L11基因组中的trna种类与数量。金针菇W23菌株基因组包含1866个Scaffolds,共鉴定到204个trna基因,其中有25个可能的假基因和3个未知的异型结构。金针菇L11菌株基因组包含1858个Scaffolds,共鉴定到194个trna基因,其中有27个可能的假基因,5个未知的异性结构。金针菇trna最大长度达到244 bp,最小长度仅为58 bp,总长度占基因组比例约为0.05%。两个金针菇单核菌株均没有鉴定到被称为人体第21种氨基酸的硒代半胱氨酸和可能的抑制性基因。本研究对金针菇的基因组trna编码基因的种类进行了分析,将有助于进一步研究其分子功能以及金针菇的系统进化。

关键词：金针菇基因组 trna 修正的摆动假设

Research on the Repeated Sequences among trna Sequences

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Advances in Bioscience and Biotechnology 2015年第11期6卷 669-675页

作者： Fangping Wei Yuanze Mao Zhenxiong Lan College of Physical Science and Technology Guangxi University Nanning China College of Computer and Information Engineering Guangxi Teacher Education University Nanning China

Many theories thought that present-day trna sequences evolved from some short RNA hairpins which contain a simple stem-loop structure. To find out these significant fragment sequences, the repeated sequences of different length within 3420 trna sequences are counted and analyzed. The results show that: 1) the probability of occurrence P(i) with the given repeated sequences i follows a power-law distribution when the length K of repeated sequences is longer than four bases, and in this case, the total number N(n) of occurrence with the repeated times n follows a power-law distribution too;2) the sequence of the length K which repeats the largest times is just only sequence of the length K-b wobbling b bases on its left or right side (b varies between 1 and K-1);3) the same repeated sequences are found nearly at the identical site in different trna sequences as the length K of repeated sequences is longer than five bases. Then a hypothesis of the origin and evolution mechanisms of trna sequences is proposed and discussed.

关键词： trna Sequences Repeated Sequences Anticodons

精子非编码小RNA介导获得性状跨代遗传的研究进展

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中华男科学杂志 2016年第11期22卷 1021-1024页

作者：周璇史潇全松南方医科大学南方医院生殖中心广东广州510515

人类精子RNA的存在已被证实,其在改变早期胚胎事件中发挥着重要作用。近年来的研究表明,父代饮食结构、应激状态等环境暴露因素可以改变非编码小RNA表达水平,从而作为父代遗传信息传递的携带者及表观遗传的标记物,改变早期胚胎发育和子... 详细信息

人类精子RNA的存在已被证实,其在改变早期胚胎事件中发挥着重要作用。近年来的研究表明,父代饮食结构、应激状态等环境暴露因素可以改变非编码小RNA表达水平,从而作为父代遗传信息传递的携带者及表观遗传的标记物,改变早期胚胎发育和子代生长状况,介导获得性状的跨代遗传,这从非编码小RNA的角度,为精子表观遗传学研究提供了新的靶点。在众多研究中,精子piRNA、microRNA、trna的研究成果尤为显著,其广泛存在于雄性生殖细胞中,可通过相应的调控机制,介导获得性状的跨代遗传。本文将着重阐述上述3种非编码小RNA在精子表观遗传学研究中所取得的进展,为男性生殖医学研究提供新的视野。

关键词：精子非编码小RNA piRNA microRNA trna 跨代遗传表观遗传学

家蚕线粒体ND2、COⅠ和若干trna基因的克隆及序列分析

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动物学报 2002年第3期48卷 375-383页

作者：廖顺尧刘运强鲁成周泽扬向仲怀西南农业大学蚕桑丝绸学院

克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 34 6 8bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,该DNA片段包括 3个蛋白质编码基因 :ND2基因、COⅠ基因和COⅡ基因 5′端 399bp的序列 ,以及 6个trna基因和一个尚待确定的tRN... 详细信息

克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 34 6 8bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,该DNA片段包括 3个蛋白质编码基因 :ND2基因、COⅠ基因和COⅡ基因 5′端 399bp的序列 ,以及 6个trna基因和一个尚待确定的trnaMet基因。家蚕与果蝇的ND2基因序列同源性约 6 9 7% ,COⅠ基因的同源性约 83 8% ,COⅡ基因 5′端的同源性约 80 % ,这表明细胞色素氧化酶基因在物种间比烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶基因保守。 6个推定的trna基因序列与果蝇相应trna基因序列差异较大。另外 ,除trnaGln基因的二级结构相似外 ,其它trna基因的二级结构与果蝇相应trna基因的二级结构也有较大差异。

关键词：家蚕线粒体ND2 COⅠ trna 克隆序列分析 3.5kb片段基因组成基因结构

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转移核糖核酸(trna)与癌症

生命科学 2020年第4期32卷 309-314页

作者：李浩刘如娟王恩多中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/中国科学院生物化学与细胞生物学研究所上海200031 中国科学院大学北京100864 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

转移核糖核酸(transfer RNA, trna)在蛋白质生物合成过程中起关键作用,是将遗传信息翻译成蛋白质一级结构的接头分子。trna长久以来一直被认为是基因表达调控过程中的执行者而不具备调控功能,更不曾与癌症的发生联系起来。最新研究表明... 详细信息

转移核糖核酸(transfer RNA, trna)在蛋白质生物合成过程中起关键作用,是将遗传信息翻译成蛋白质一级结构的接头分子。trna长久以来一直被认为是基因表达调控过程中的执行者而不具备调控功能,更不曾与癌症的发生联系起来。最新研究表明,某些trna在癌细胞中异常表达,与癌症的发生和发展有密切联系。trna来源的小分子非编码RNA (tRFs和tiRNAs)是一类新的基因表达调控分子,tRFs可以调控癌基因的表达或者与RNA结合蛋白相互作用来调控癌细胞增殖和细胞周期进程。trna的转录后修饰能够调控mRNA翻译过程,进而影响癌细胞的生长。随着测序技术的发展,trna在癌症发生和发展中的调控作用成为近年来的研究热点,现将从"trna分子调控癌症的发生和发展"、"trna来源的小分子非编码RNA与癌症"以及"trna修饰与癌症"三个方面综述trna分子在癌症发生和发展中的调控功能。

关键词： trna trna来源的小分子非编码RNA trna修饰癌症基因表达调控

上海交通大学医学院上海市免疫学研究所李华兵课题组及合作团队报道trna-m1A修饰是CD4^(+)T细胞增殖调控的新型“翻译检查点”

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上海交通大学学报（医学版） 2022年第11期42卷 1575-1575页

2022年9月22日,上海交通大学医学院上海市免疫学研究所李华兵研究员及合作团队在Nature Immunology发表了题为trna-m1A modification promotes T cell expansion via efficient MYC protein synthesis的研究论文。该研究揭示了m^(1)A修饰催化酶trna methyltransferase 61A(TRMT61A)通过催化新合成trna第58位腺嘌呤的甲基化(m^(1)A),提高CD4^(+)T细胞激活后多种关键蛋白的翻译效率,进而促进CD4^(+)T细胞的快速增殖。同期Nature Immunology杂志还专门配发了Research Briefing,高度评价了该论文的新颖性和重要意义。

关键词：检查点免疫学催化酶上海交通大学医学院合作团队 trna

Mechanism and evolution of multidomain aminoacyl-trna synthetases revealed by their inhibition by analogues of a reaction intermediate, and by properties of truncated forms

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Journal of Biomedical Science and Engineering 2013年第10期6卷 943-946页

作者： Jacques Lapointe Département de Biochimie de Microbiologie et de Bioinformatique Regroupement Québécois de Recherche sur la Fonction la Structure et L’ingénierie des Protéines (PROTEO) & Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS) Université Laval Québec Canada

Many enzymes which catalyze the conversion of large substrates are made of several structural domains belonging to the same polypeptide chain. Transfer RNA (trna), one of the substrates of the multidomain aminoacyl-trna synthetases (aaRS), is an L-shaped molecule whose size in one dimension is similar to that of its cognate aaRS. Crystallographic structures of aaRS/trna complexes show that these enzymes use several of their structural domains to interact with their cognate trna. This mini review discusses first some aspects of the evolution and of the flexibility of the pentadomain bacterial glutamyl-trna synthetase (GluRS) revealed by kinetic and interaction studies of complementary truncated forms, and then illustrates how stable analogues of aminoacyl-AMP intermediates have been used to probe conformational changes in the active sites of Escherichia coli GluRS and of the nondiscriminating aspartyl-trna synthetase (ND-AspRS) of Pseudomonas aeruginosa.

关键词： Multidomain Enzymes trna Aminoacyl-trna Synthetases Truncated Enzymes Steady-State Kinetics Inhibitors Mechanism Evolution

A RAPID AND SIMPLE METHOD FOR PURIFYING trna

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Chinese Science Bulletin 1986年第21期31卷 1488-1492页

作者：王启松商金宝 Shanghai Institute of Biochemistry Academia Sinica Shanghai Institute of Biochemistry Academia Sinicahe study on the relationship of structure and function of tRNA is one of the most attractive fields in molecular biology while the purification of tRNA is the first step to develop this study. Various methods published all have their respective advantages and drawbacks.. Dimension electrophoresis on polyacryhmide gel can separate almost all tRNAs but it is very difficult to check to which specific tRNA a UV band corresponds. In the

The study on the relationship of structure and function of trna is one of the most attractive fields in molecular biology, while the purification of trna is the first step to develop this study. Various methods published all have their respective advantages and drawbacks.. Dimension electrophoresis on polyacryhmide gel can separate almost all trnas, but it is very difficult to check to which specific trna a UV band corresponds. In

关键词： purification trna respective attractive SIMPLE Dimension removed ammonium filtration RAPID

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某些植物病毒基因组内trna-样结构

生物化学与生物物理进展 1989年第3期16卷 172-175页

作者：蒋秉坤沈蓉夏俊赵学海蚌埠医学院生化教研室

某些植物病毒基因组的3′末端含有能接受缬氨酸的trna-样结构。已经测定了它们相应区域核苷酸残基顺序,根据碱基配对原则可以折叠成不同于trna的二级结构,与标准trna^(val)比较时发现了某些共同的结构特点。trna-样结构的可能功能尚属... 详细信息

某些植物病毒基因组的3′末端含有能接受缬氨酸的trna-样结构。已经测定了它们相应区域核苷酸残基顺序,根据碱基配对原则可以折叠成不同于trna的二级结构,与标准trna^(val)比较时发现了某些共同的结构特点。trna-样结构的可能功能尚属推测。

关键词：植物病毒基因组内 trna 结构