检索结果-南通市图书馆

作者：李丽苏州大学

学位级别：硕士

目的:研究stn1基因3’UTR的插入/缺失多态rs147944736与中国汉族人群肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)易感性的关联,并利用基因型-表型关联研究及生物信息学方法探讨该多态在HCC发生发展中发挥的作用及意义。方法:(1)运用生物... 详细信息

目的:研究stn1基因3’UTR的插入/缺失多态rs147944736与中国汉族人群肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)易感性的关联,并利用基因型-表型关联研究及生物信息学方法探讨该多态在HCC发生发展中发挥的作用及意义。方法:(1)运用生物信息学工具筛选出位于stn1基因3’UTR的多态位点,并从中选取一个具有潜在功能的、最小等位基因频率大于0.05的插入/缺失(insertion/deletion,Indel)多态位点作为候选位点。(2)基于第一步预测及筛选结果,采用病例对照研究方法(745例HCC病例和945例正常对照),使用聚合酶链式反应-聚丙烯酰胺凝胶电泳(PCR-PAGE)技术对候选多态位点进行基因分型,Logistic回归统计分析多态位点rs147944736与HCC易感性的关联。(3)运用实时荧光定量PCR的方法检测HCC组织及对应癌旁组织中stn1基因的表达量,并分析关联阳性的位点不同基因型对应组织中stn1的表达量与基因型的关系。(4)运用生物信息学方法预测rs147944736多态对stn1空间构象的影响。结果:(1)基因分型结果显示,位于stn1基因3’UTR的Indel位点具有较好的多态性。rs147944736多态位点各基因型在HCC病例组中的频率分别为0.463(Del/Del),0.416(Ins/Del),0.121(Ins/Ins);在正常对照组中为0.392(Del/Del),0.460(Ins/Del),0.148(Ins/Ins)。该多态在对照组中的基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。(2)调整性别、年龄、吸烟、饮酒、HBV感染等主要风险因素后,运用Logistic回归分析的方法对实验数据进行统计分析,统计结果显示:与Del/Del基因型相比,Ins/Del基因型和Ins/Ins基因型个体患HCC的风险明显降低(OR=0.76,95%CI:0.62-0.94;OR=0.55,95%CI:0.41-0.74)。(3)实时荧光定量PCR结果显示,HCC组织中stn1基因的表达量是癌旁组织中表达量的2.5倍,同时发现rs147944736位点不同基因型对应HCC及癌旁组织中stn1基因的表达分布与基因型有关,在HCC组织中具有Ins/Del基因型和Del/Del基因型的组织中stn1基因的表达量分别是Ins/Ins基因型组织中表达量的2.49倍和4.20倍。(4)生物信息学预测结果提示,rs147944736多态不同等位基因可以影响stn1基因的空间构象。结论:(1)病例对照研究数据分析结果显示,中国汉族人群中stn1基因3’UTR多态位点rs147944736与HCC易感性存在显著关联。(2)HCC组织和癌旁组织中stn1基因的表达量与rs147944736多态不同基因型间存在显著的基因型-表型关联。(3)rs147944736多态位点不同等位基因可能通过影响stn1基因的空间构象进而影响stn1基因的表达导致端粒的合成异常的机制参与HCC的发生发展过程。

关键词： stn1 3’UTR 基因多态肝细胞肝癌端粒 CST

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采用CELⅠ酶粗提物高效鉴定CRISPR/Cas9介导的基因突变

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生物工程学报 2017年第5期33卷 775-784页

作者：罗婉冰林秋鹏李晓霞周泽娇阳辉勇杜荣裕李洪清华南师范大学生命科学学院广东省植物发育与生物工程重点实验室广东广州510631

CRISPR/Cas9是新兴的基因组编辑技术,该技术操作简单、效率高,已成为目前最主流的基因组编辑技术。利用该技术进行突变体创制,对基因功能研究和育种应用具有重要的意义,而快速、高效、低成本的基因编辑个体鉴定是其中的重要环节。本研... 详细信息

CRISPR/Cas9是新兴的基因组编辑技术,该技术操作简单、效率高,已成为目前最主流的基因组编辑技术。利用该技术进行突变体创制,对基因功能研究和育种应用具有重要的意义,而快速、高效、低成本的基因编辑个体鉴定是其中的重要环节。本研究对影响CELⅠ粗提物鉴定CRISPR/Cas9介导的水稻基因编辑个体的条件,包括蛋白用量及作用时间、PCR反应缓冲液等条件进行了探索,并将整个检测体系集成于一管操作。同时,采用CELⅠ粗提物检测了CRISPR/Cas9介导水稻stn1突变的T_0代植株及后代,对杂合突变、纯合突变及双等位突变的鉴定策略进行了探讨;该方法检测正确率经测序验证达100%。上述结果表明,采用CELⅠ粗提物检测突变体与已有方法比较具有廉价、快速和高效的特点。

关键词： CELⅠ粗提物 CRISPR/Cas9 突变体鉴定 stn1

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