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snornas作为肾透明细胞癌新型标志物及调控其生物学行为的研究

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snoRNAs作为肾透明细胞癌新型标志物及调控其生物学行为的研究

作者：尚晓玲山东大学

学位级别：硕士

背景:近年来肾癌的全球发病率以每年2%-3%的速度持续增长,已经成为全球男性第六大常见癌症,也是中国城市地区第十大常见癌症。由于肾脏的位置隐匿,且临床上目前缺乏筛查肾癌早期患者的有效生物标志物,大约30%的患者在肿瘤进展期才被明... 详细信息

背景:近年来肾癌的全球发病率以每年2%-3%的速度持续增长,已经成为全球男性第六大常见癌症,也是中国城市地区第十大常见癌症。由于肾脏的位置隐匿,且临床上目前缺乏筛查肾癌早期患者的有效生物标志物,大约30%的患者在肿瘤进展期才被明确诊断,失去手术治愈的机会。因此,需要深入了解肾癌发生发展过程中分子调控机制,为临床应用提供敏感性和特异性理想的生物标志物用于肾癌早期诊断及协助临床决策。核仁小RNA(small nucleolar RNA)分布于真核细胞的核仁中,是一类中等大小的小分子非编码RNA,主要参与rRNA的成熟和转录后化学修饰调控。研究表明,snornas与肿瘤的发生发展密切相关,并且在体液中不受RNase的降解,可以稳定表达并被检测,有作为肿瘤标志物的潜力。然而目前关于snornas在肾癌发生发展中的作用及机制尚不明晰。因此本研究将验证血浆和尿沉渣snornas作为肾癌新型标志物能力;并以SNORD4A为研究对象探索其在肾癌发生发展中的作用及分子调控机制。方法:通过肾透明细胞癌组织TCGA数据,筛选出肾透明细胞癌组织与癌旁组织差异表达的snornas,RT-PCR验证肾透明细胞癌患者石蜡组织、血浆、尿沉渣和健康志愿者之间snornas分子表达差异情况。应用受试者操作特征(Receiver Operator Characteristic,ROC)曲线分析特异性和敏感性,并计算曲线下面积(Area Under Curve,AUC)用来评价诊断效能。进一步以SNORD4A作为研究对象,探索其对肾癌生物学行为的调控。通过RNAFISH实验及RT-PCR方法确定SNORD4A的亚细胞定位;细胞增殖实验,克隆形成实验,细胞凋亡实验等方法研究SNORD4A在体外对肾癌生物学行为的影响;裸鼠移植瘤实验研究SNORD4A在体内对肾癌生物学行为的影响。蛋白质谱筛用于筛选差异蛋白,western blot验证所筛选的差异蛋白以及相关分子通路蛋白的表达。结果:首先,根据TCGA数据库筛选出在肾透明细胞癌与健康志愿者之间差异表达的 4 种 snornas 分子,包括:SNORD4A、SNORD63、SNORD96A、SNORD93。这四种snornas在肾癌石蜡组织和尿沉渣中表达升高(P0.05)。尿沉渣 SNORD4A、SNORD63、SNORD96A以及SNORD93可作为肾癌患者的标志物,此外,血浆SNORD96A对肾癌甚至是早期肾癌患者具有良好的诊断效能。接下来,以SNORD4A为研究对象,探索其对肾癌生物学行为的调控能力。体外实验结果表明干扰SNORD4A表达后,肾癌细胞的增殖和克隆形成能力增强,凋亡能力减弱;过表达SNORD4A后,肾癌细胞的增殖和克隆形成能力减弱。动物实验结果显示,干扰SNORD4A的表达后裸鼠皮下移植瘤生长变慢。蛋白功能质谱分析显示,Wnt信号通路在SNORD4A对肾癌生物学行为的调控中起着重要作用。Western blot结果显示,SNORD4A通过下游Dvl2蛋白发挥作用,且沉默或过表达SNORD4A引起Dv12在mRNA表达水平的改变(Psnornas可作为肾癌新型诊断标志物且血浆SNORD96A对肾癌具有较好的诊断价值。此外,SNORD4A对肾癌恶性表型的具有调控作用,且SNORD4A通过Wnt信号通过调控肾癌恶性生物学行为。

关键词：肾透明细胞癌 snornas 标志物 SNORD4A 生物学行为

Comprehensive biological function analysis of lncRNAs in hepatocellular carcinoma

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Genes & Diseases 2021年第2期8卷 157-167页

作者： Dan Wang Fengjiao Chen Tao Zeng Qingxia Tang Bing Chen Ling Chen Yan Dong Xiaosong Li Department of Clinical Laboratory People’s Hospital of Rongchang DistrictChongqingRongchang 402460PR China Key Laboratory of Molecular Biology of Infectious Diseases Ministry of EducationChongqing Medical UniversityChongqing400016PR China Chengdu Women’s and Children’s Central Hospital School of MedicineUniversity of Electronic Science and Technology of ChinaSichuan ProvinceChengdu611731PR China Clinical Molecular Medicine Testing Center The First Affiliated Hospital of Chongqing Medical UniversityChongqing 400016PR China

Thousands of long non-coding RNAs(lncRNAs)have been discovered in human genomes by gene chip,next-generation sequencing,and/or other methods in recent years,which represent a significant subset of the universal genes involved in a wide range of biological functions.An abnormal expression of lncRNAs is associated with the growth,invasion,and metastasis of various types of human cancers,including hepatocellular carcinoma(HCC),which is an aggressive,highly malignant,and invasive tumor,and a poor prognosis in China.With a more in-depth understanding of lncRNA research for HCC and the emergence of new moleculartargeted therapies,the diagnosis,treatment,and prognosis of HCC will be considerably improved.Therefore,this review is expected to provide recommendations and directions for future lncRNA research for HCC.

关键词： ceRNAs HCC lncRNAs miRNAs ncRNAs snornas

SNORA73B通过非典型复合体调节卵巢癌细胞DNA损伤和铁死亡

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SNORA73B通过非典型复合体调节卵巢癌细胞DNA损伤和铁死亡

作者：刘晓宇华中科技大学

学位级别：硕士

目的:卵巢癌起病隐匿,易转移、易复发、易耐药,是最致命的妇科恶性肿瘤,新型有效的治疗策略亟待开发。小核仁RNA(sno RNA)是一类位于核仁的非编码RNA,最近的研究表明sno RNAs参与多种癌症的进展,是潜在的诊断及预后标志物和治疗靶点。... 详细信息

目的:卵巢癌起病隐匿,易转移、易复发、易耐药,是最致命的妇科恶性肿瘤,新型有效的治疗策略亟待开发。小核仁RNA(sno RNA)是一类位于核仁的非编码RNA,最近的研究表明sno RNAs参与多种癌症的进展,是潜在的诊断及预后标志物和治疗靶点。本研究探讨了sno RNA SNORA73B在卵巢癌中的生物学作用及潜在的分子机制,为卵巢癌治疗寻找新的靶点。方法:本研究首先联合TCGA和GTEx数据库筛选得到与卵巢癌患者预后相关的差异表达sno RNAs。利用q RT-PCR验证SNORA73B在组织及卵巢癌细胞系内的表达水平。通过体外实验及动物体内实验探究SNORA73B对卵巢癌细胞增殖、克隆形成、迁移、凋亡及成瘤能力的影响。通过检测细胞内总ROS、脂质ROS及MDA水平评估SNORA73B对卵巢癌细胞铁死亡的调控作用。利用RNA pulldown和RIP实验检测并验证能够与SNORA73B结合的蛋白质。通过q RT-PCR和WB实验检测DNA双链断裂标志物γ-H2AX和铁死亡相关分子的RNA和蛋白质表达水平。结果:SNORA73B在卵巢癌中表达上调,且其高表达与卵巢癌患者不良预后显著相关。敲低SNORA73B能够抑制卵巢癌细胞的增殖、克隆形成和迁移能力,促进卵巢癌细胞凋亡,并在体内抑制裸鼠皮下成瘤。此外,靶向敲低SNORA73B能够提高卵巢癌细胞总ROS、脂质ROS及MDA水平。机制上,SNORA73B能够结合PARP1,敲低SNORA73B能够抑制PARP1的催化活性,诱导DNA损伤,并降低铁死亡相关蛋白SLC7A11的RNA和蛋白质水平。结论:SNORA73B在卵巢癌中发挥促癌作用,靶向SNORA73B能够通过抑制PARP1催化活性促进卵巢癌细胞DNA损伤和铁死亡。本研究提示靶向SNORA73B有望成为卵巢癌治疗的潜在策略。

关键词：妇科肿瘤卵巢癌 snornas 铁死亡

机器学习算法中变量选择方法及其在模式识别中的应用

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机器学习算法中变量选择方法及其在模式识别中的应用

作者：郑广强天津大学

学位级别：硕士

随着人类获取信息能力的飞速发展,机器学习算法在科研和工程的各个领域得到了广泛的应用,涉及到化工生产统计过程控制、考古学的文本识别、社会和刑侦领域的指纹和图像识别以及生物医学领域的基因组信息研究等。面对日益增加的大数据,... 详细信息

随着人类获取信息能力的飞速发展,机器学习算法在科研和工程的各个领域得到了广泛的应用,涉及到化工生产统计过程控制、考古学的文本识别、社会和刑侦领域的指纹和图像识别以及生物医学领域的基因组信息研究等。面对日益增加的大数据,迫切需要高效和高准确率等综合性能较好的变量选择方法,以删除信噪比低和冗余变量的干扰,提高机器学习算法在模式识别领域的精度和效率。我们以非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)亚型的组织学和人类细胞中的snornas的识别为背景,探讨不同的变量选择方法来提高分类精度。随着生物信息技术高速发展,已经运用高通量技术得到大量的生物医学实验数据,如何利用机器学习算法来研究生物数据,解决生物模式识别问题是目前的当务之急。非小细胞肺癌子类主要是肺腺癌(lung adenocarcinoma,ADC,58.8%)和鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma,SCC,31.2%),识别非小细胞肺癌子类组织学分类的特征基因对非小细胞肺癌的机理分析和治疗方案选择极其重要;为了研究ADC与SCC各种不同特性的关键机理,我们联合弹性网络、最小二乘和贝叶斯分类器等算法基于TCGA数据库中三种数据(基因表达数据、甲基化数据和拷贝变异数据)建立分类器识别特征基因集。对于snornas(small nucleolar RNA)来说,识别snornas对了解snornas和其他RNA等生物生命活动有着重要的意义。首先利用多种特征提取算法从有限的基因序列中提取尽可能多的信息,之后利用弹性网络等变量选择算法选取高信息含量特征进行模式识别。与已有的研究结果比较表明,本文中的方法无论在速度和精度上都具有很大的优势。

关键词：变量选择模式识别机器学习非小细胞肺癌 snornas

机器学习算法在癌症相关特征因素识别方面的应用研究

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机器学习算法在癌症相关特征因素识别方面的应用研究

作者：董艳梅天津大学

学位级别：硕士

随着精密医学时代的到来,癌症机理的深入研究受到越来越多的关注。测序技术的突破,极大地提高了探索肿瘤相关基因、RNA、snornas和其他因素的能力。癌症精密医学需要识别驱动基因、生物标志物和其他重要特征,以进一步开展研究和治疗。... 详细信息

随着精密医学时代的到来,癌症机理的深入研究受到越来越多的关注。测序技术的突破,极大地提高了探索肿瘤相关基因、RNA、snornas和其他因素的能力。癌症精密医学需要识别驱动基因、生物标志物和其他重要特征,以进一步开展研究和治疗。表观遗传机制和人类snornas在癌症发生和发展中的重要性已经被证实,为提高临床疗效提供了巨大的潜力。DNA甲基化是表观遗传修饰中研究最深入的一种形式。因此,它们受到了越来越多的关注。同时,全世界的肺癌死亡率很高,尤其是肺腺癌与吸烟状况之间的关系尚不清楚。因此,本文对分类、模式识别、特征提取以及其他机器学习算法在癌症相关特征选择方面的应用研究进行了探索。为此,我们的研究包括两个案例:（1）与烟草暴露相关的特征甲基化探针的鉴定:对于肺癌患者,烟草暴露是重要的危险因素之一。烟草相关的特征甲基化探针的鉴定及其在不同分子水平上的调控网络的分析可能对理解烟草相关的肿瘤发生有很大的帮助。使用三个独立的肺腺癌数据集来训练和验证烟草暴露模式分类模型。提出了一种深度选择方法,该方法用于从数十万个表观基因组探针中识别甲基化特征探针。然后,探索了BIMC（双权中值相关算法）、SRC（斯皮尔曼等级相关）分析和最短路径追踪方法分别在基因调控水平和蛋白质-蛋白质相互作用水平上识别相关基因。105个探针被鉴定为与烟草相关的DNA甲基化特征。在基因调控水平上,BIMC和SRC方法均发现33个与特征探针高度相关的基因。（2）snornas（核仁小RNA）是小RNA分子,序列长度约为60-300个核苷酸。已经证明它们在癌症的发生和发展中起着重要作用,尽快准确地鉴定新的snornas具有非常重要的临床意义。为了提高识别人类基因组中snornas的速度和性能,提出了一种新颖的算法ESDA（弹性稀疏偏最小二乘判别分析）。在ESDA算法中,为了优化提取信息,从主序列和二级结构提取的变量中选择内核特征。然后将它们用作稀疏偏最小二乘判别分析算法的输入变量来训练最终分类模型,以区分snoRNA序列与其他人类RNAs。此外,我们将ESDA与其他广泛使用的算法和分类器进行了比较:Sno Report、随机森林、距离加权判别和支持向量机。ESDA获得的精度最高提高了25.1%。这些有力地证明了ESDA的优越性能,使其有希望用于鉴定snornas,从而进一步开发用于癌症的精密药物。

关键词：精准治疗机器学习特征因素肺腺癌 snornas

鹌鹑不同组织中小分子RNA分布规律的初步研究

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中国畜牧杂志 2008年第21期44卷 7-9页

作者：常国斌刘向萍常洪秦玉蓉陈蓉陈国宏扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 中国农业科学院家禽研究所江苏扬州225003

小分子非编码RNA可分为miRNAs、piRNAs和snornas3种类型。选用雄性鹌鹑20只,分别采集心脏、肝脏、肾脏和睾丸组织,提取小分子RNA,分析不同组织中各种小分子RNA的表达形式和分布规律。结果表明:miRNAs的表达存在组织差异性,在肝脏、肾脏... 详细信息

小分子非编码RNA可分为miRNAs、piRNAs和snornas3种类型。选用雄性鹌鹑20只,分别采集心脏、肝脏、肾脏和睾丸组织,提取小分子RNA,分析不同组织中各种小分子RNA的表达形式和分布规律。结果表明:miRNAs的表达存在组织差异性,在肝脏、肾脏、睾丸中分布极少,在心脏中不表达;piRNAs和snornas在4种组织中均有分布,且在不同组织中的分布差异不显著(P>0.05);snornas的频度最高,piRNAs分布较少;同一组织中,miRNAs、piRNAs和snornas的分布差异均显著(P<0.05)。这一结果为研究鹌鹑及禽类的小分子RNA的表达规律及生物学功能奠定了基础。

关键词：小分子RNA miRNAs piRNAs snornas 鹌鹑

snoRD4A作为肾透明细胞癌新型标志物及调控其生物学行为的研究

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snoRD4A作为肾透明细胞癌新型标志物及调控其生物学行为的研究

Plasma SNORD83A as a potential biomarker for early diagnosis of non-small cell lung cancer

2021年中国肿瘤标志物学术大会暨第十五届肿瘤标志物青...

作者：张倩茹宋兴国尚晓玲宋现让山东省肿瘤医院

背景:肾细胞癌（Renal Cell Carcinoma,RCC,简称肾癌）是起源于肾小管上皮的恶性肿瘤,占肾脏恶性肿瘤的80%-90%,其最常见的病理类型为透明细胞癌,近年来肾癌的全球发病率以每年2%-3%的速度持续增长,已经成为全球男性第六大常见癌症。多... 详细信息

背景:肾细胞癌（Renal Cell Carcinoma,RCC,简称肾癌）是起源于肾小管上皮的恶性肿瘤,占肾脏恶性肿瘤的80%-90%,其最常见的病理类型为透明细胞癌,近年来肾癌的全球发病率以每年2%-3%的速度持续增长,已经成为全球男性第六大常见癌症。多项研究表明snornas的异常表达直接影响着肿瘤的发生,发展及预后。在多种肿瘤中普遍存在有snornas异常表达,但在特定肿瘤中只有特定snornas表达异常,这表明snornas表达却具有肿瘤类型特异性。目的:验证尿沉渣中snoRD4A作为肾透明细胞癌（Clear cell renal cancer cell, ccRCC）新型标志物能力,并探索snoRD4A对ccRCC发生发展的驱动作用。研究方法:（1）通过肾癌组织TCGA数据,筛选出与肾癌发生发展效密切相关的snornas,RT-PCR验证肾癌患者和健康志愿者之间血浆,尿沉渣snornas分子表达差异情况,计算诊断效能;（2）进行肾癌恶性生物学行为体外功能实验,包括CCK8实验,克隆形成实验,细胞凋亡实验等;（3）慢病毒构建过表达或沉默表达snoRD4稳筛细胞株,进行裸鼠皮下成瘤实验;（4）蛋白质谱分析差异蛋白,WB验证差异蛋白表达。结果:（1）snoRD4A在肾癌石蜡组织,血浆以及尿沉渣中表达升高。（2）在肾癌细胞中沉默snoRD4A表达,细胞的增殖,克隆形成能力减弱,凋亡能力增强;在肾癌细胞中过表达snoRD4A,细胞的增殖和克隆形成能力增强,凋亡能力减弱;（3）在动物体内沉默snoRD4A的表达,肿瘤体积明显减小;（4）蛋白质谱实验,western blot实验以及拯救实验表明snoRD4A可能通过Wnt信号通路调控肾癌恶性生物学行为。结论:尿沉渣snoRD4A可作为ccRCC的一种无创性诊断标志物。且snoRD4A通过Wnt信号通路调控ccRCC恶性生物学行为。

关键词：肾透明细胞癌 snornas 标志物 snoRD4A

来源： cnki会议评论

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Plasma SNORD83A as a potential biomarker for early diagnosis...