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具有较高基因沉默效应的sirna设计

厦门大学学报（自然科学版） 2005年第B6期44卷 150-153页

作者：王玉倩李勤喜厦门大学生命科学学院福建厦门361005

详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的sirna方法,并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞白血病基因pml3设计相应的sirna.通过RTPCR和WesternBlot的方法,验证了其对pml3基因表达的抑制效果,实验证明通过我... 详细信息

详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的sirna方法,并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞白血病基因pml3设计相应的sirna.通过RTPCR和WesternBlot的方法,验证了其对pml3基因表达的抑制效果,实验证明通过我们提出的方法所设计的sirna具有较高的基因沉默效应.

关键词：基因沉默 sirna设计效应 Western mRNA序列分析设计抑制效果基因表达 Blot 实验证明 PCR 粒细胞小鼠

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冠状病毒的sirna设计

应用与环境生物学报 2003年第5期9卷 534-541页

作者：郭骁才郭红霞中国科学院成都生物研究所成都610041

用自己编写的sirna查找设计的程序sRNAFinder,对来自GenBank的 7个冠状病毒全基因组序列进行了sirna的查找 ,并分析了各自的分布情况 .结果表明 ,ORF1ab、S、E、M和N这 5个主要基因中 ,候选sirna占全基因组中所有候选sirna的比例达到 9... 详细信息

用自己编写的sirna查找设计的程序sRNAFinder,对来自GenBank的 7个冠状病毒全基因组序列进行了sirna的查找 ,并分析了各自的分布情况 .结果表明 ,ORF1ab、S、E、M和N这 5个主要基因中 ,候选sirna占全基因组中所有候选sirna的比例达到 90 %以上 .根据基因组结构特征 ,对SARS -CoV进行的sirna分布分析表明 ,在全部 4 4 9个候选sirna中 ,有 4 4 3个分布于orf1ab中 ,与基于RNAi原理的抗病毒药物设计思想相吻合 .表 8参

关键词：冠状病毒 sirna设计生物信息学 SARS

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高效sirna的设计分析

黑龙江畜牧兽医 2017年第1期 109-113,294页

作者：秦炳燕张永生纪俊明李超程席继峰王香祖贾斌石河子大学动物科技学院新疆石河子832000

RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默已成为基因功能分析的高效工具,设计出高效的sirna是RNA干扰(RNAi)成功的关键,但现有的sirna设计规则存在许多不一致性,使得高效sirna设计困难重重。为了对这些设计规则进行进一步的验证并探讨不同设计规则... 详细信息

RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默已成为基因功能分析的高效工具,设计出高效的sirna是RNA干扰(RNAi)成功的关键,但现有的sirna设计规则存在许多不一致性,使得高效sirna设计困难重重。为了对这些设计规则进行进一步的验证并探讨不同设计规则在高效sirna设计中的价值,研究设计了9条靶向zfy基因(zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfy-4、zfy-5、zfy-6、zfy-7、zfy-8、zfy-9)和4条靶向zfx基因(zfx-1、zfx-2、zfx-3、zfx-4)的sirna并构建了重组载体,转染28~32日龄仔猪睾丸组织分离的猪生精细胞,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测zfy和zfx基因mRNA的表达。结果表明:每个sirna对靶基因的下调水平不同,zfy-9的沉默效率最高,为89%,zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfx-1对靶基因的表达没有沉默作用。通过对13个sirna序列特征进行分析表明,在sirna设计中符合越多的碱基偏好性准则,沉默效率越好;但是不同的准则重要性不同,sirna反义链中第10位的U和第13位的A/U对高效sirna设计更有作用,应优先考虑;靶位点的选择对高效sirna的设计也有重要作用。

关键词： RNA干扰(RNAi) sirna设计 zfy zfx 实时荧光定量PCR

sirna的设计、合成与转染及其在RNA干扰中的应用

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国外医学（临床生物化学与检验学分册） 2003年第4期24卷 199-200页

作者：张鹏辉涂植光杨明清重庆医科大学医学检验系重庆400016 四川省人民医院检验科成都610072

基因阻断技术近年来发展迅速,已成为分子生物学研究的主要技术手段之一。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。RNAi最初发现于某些植物中,随后在线虫、果蝇、斑马鱼中相续发现存... 详细信息

基因阻断技术近年来发展迅速,已成为分子生物学研究的主要技术手段之一。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。RNAi最初发现于某些植物中,随后在线虫、果蝇、斑马鱼中相续发现存在RNAi现象。最近,在哺乳动物细胞中的研究也取得满意结果。RNAi作为新兴的基因阻断技术,在人类基因功能研究、基因治疗方面已显示出巨大的前景。

关键词： RNA干扰 sirna设计合成转染基因阻断技术分子生物学

sirna对SGC7901/VCR细胞mdr1基因沉默效果的影响因素分析

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肿瘤防治研究 2006年第3期33卷 151-155页

作者：高福莲朱晓燕王峰吴景兰张钦宪郑州大学基础医学院组胚教研室

目的分析sirna沉默人胃癌SGC7901/VCR细胞mdr1基因效果的相关因素。方法设计并体外转录合成4条靶向mdr1的sirna(mdr1si326、mdr1si1513、mdr1si2631和mdr1si3071),转染SGC7901/VCR细胞,用RTPCR和免疫印迹检测mdr1mRNA和Pgp的表达、流式细胞仪检测细胞内阿霉素的蓄积和MTT法检测细胞对阿霉素的敏感性,综合这4方面结果评价4条sirna的沉默效果情况;用分子生物学软分析sirna沉默效果的影响因素。结果沉默效果最好的mdr1si326和较好的mdr1si2631靶序列编码Pgp的跨膜区而且自身无茎和袢;沉默效果较差的mdr1si3071和最差的mdr1si1513靶序列编码Pgp的胞内区,前者自身成茎和成袢。沉默效果最好的mdr1si326和较好的mdr1si2631靶序列在靶位点和靶位点外间有较少的碱基配对和氢键。sirna的沉默效果与sirna3’5’端3个碱基中的A/U数量、N1和N19、GC含量间无规律可循。结论sirna沉默SGC7901/VCR细胞mdr1的效果与靶序列的结构关系密切。

关键词：小分子干扰RNA mdr1基因 SGC7901/VCR细胞基因沉默效果 sirna设计

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统计学习方法在RNAi中的研究和应用

统计学习方法在RNAi中的研究和应用

作者：刘淦天津工业大学

学位级别：硕士

RNA干扰（RNA interference,RNAi）技术为致病基因的序列特异性沉默提供了一种可行的策略,具有广阔应用前景。研究发现小干扰RNA（small interfering RNA,sirna）是触发RNAi的效应分子,若将sirna作为一种潜在的治疗药物需要解决两个问... 详细信息

RNA干扰（RNA interference,RNAi）技术为致病基因的序列特异性沉默提供了一种可行的策略,具有广阔应用前景。研究发现小干扰RNA（small interfering RNA,sirna）是触发RNAi的效应分子,若将sirna作为一种潜在的治疗药物需要解决两个问题。一个问题是估计sirna的逃逸量,为设计能够有效地将sirna以临床剂量导入到对应靶细胞的细胞质中的试剂提供指导。另一个问题是如何设计一种高效的sirna使得靶基因的沉默效果最佳。针对这两个问题,本文进行了以下研究。对于sirna逃逸量估计的问题,本文首先使用经典的近似贝叶斯算法（Approximate Bayesian Computation Rejection,ABC-REJ）估计出了sirna的逃逸量。随后在ABC-REJ的基础上提出了基于伪先验的近似贝叶斯方法,并利用该算法估计了sirna的逃逸量。最后通过和ABC-REJ、基于马尔可夫链蒙特卡罗的近似贝叶斯方法、基于序列蒙特卡罗的近似贝叶斯方法等比较,发现基于伪先验的近似贝叶斯方法在保证了估计结果精度的前提下,大大提高了抽样的效率。对于设计高效sirna的问题,本文以sirna序列的特征为输入,采用随机梯度提升回归树模型去预测sirna的干扰效率。应用该模型得到预测值和真实值的Pearson相关系数为0.743,比Biopredsi、DSIR、CNN、SVR等预测模型要高。随后根据模型计算每个特征的相对重要性,并从中选出对sirna干扰效率有较大影响的特征,然后利用数据集去分析这些特征是如何影响sirna的沉默效率,从而得出高效sirna的设计规则。

关键词： RNA干扰 sirna逃逸量近似贝叶斯 sirna设计随机梯度提升树

基因组序列拼接算法及ncRNA新基因的发现

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基因组序列拼接算法及ncRNA新基因的发现

作者：徐静怡中国科学院研究生院（计算技术研究所）

学位级别：硕士

随着基因组研究的不断深入，生物信息学这一领域得到了迅速的发展。本论文就是在生物信息学中的大规模基因组测序中的信息分析和基因组中非编码区信息结构分析两个重要方面开展的一些研究工作。具体来说是： 1．新的DNA... 详细信息

随着基因组研究的不断深入，生物信息学这一领域得到了迅速的发展。本论文就是在生物信息学中的大规模基因组测序中的信息分析和基因组中非编码区信息结构分析两个重要方面开展的一些研究工作。具体来说是： 1．新的DNA序列拼接算法的研究;*** Separation相关理论问题的研究;3．基于EST序列寻找ncRNA新基因的方法的研究;4．基于SARS蛋白的sirna设计。主要成果有：针对基因组序列拼接问题提出了新的算法。其实质是将拼接问题抽象成为求解最短公共超串问题，并将局部搜索(Local Search)方法用于求解最短公共超串中。这一新的策略为克服传统的基于贪心算法的拼接软件所导致的拼接错误开辟了途径。本文还进一步提出了“邻域剪枝”(Neighborhood Pruning)和“互补校验”(Complementary-validation)两种优化策略，从提速和提高拼接质量两方面显著地改进了算法性能。本文将基因组序列拼接中重复序列的处理问题形式化为K-最近子串问题(K-Closest Substring Problem)和K-最小海明距离和子串问题(K-Consensus Pattern Problem)。我们借鉴并发展了“随机维选取策略”(Random sampling strategy)，取得以下研究成果： 1．给出O(1)-最近子串问题的一个PTAS。 2．给出O(1)-最小海明距离和子串问题的一个PTAS。 3．给出了K-最近串问题(Hamming radius K-clustering problem，K-最近子串问题当L=m时的一个特例)的(2—ε)不可近似性的一个新颖直接的证明。以上研究结果可望为设计解决repeat相关问题的实用算法有所启发。关于基因组中非编码区信息结构分析的研究当中本文主要包括以下两方面的工作：建立了基于EST数据库发现新的ncRNA基因的系统方法，并完成了相应的软件。在利用这些软件寻找ncRNA基因的工作中我们发现了9条序列与已知的ncRNA基因高度同源，他们有scRNA、snRNA、snoRNA和SRP RNA;另有一条可能是人的新ncRNA候选序列。由此，表明EST数据库中确实包含ncRNA基因的信息。这一结果也证实了我们的方法是正确的、有效的。针对SARS冠状病毒(SARS Coronavirus，SARS-CoV)中编码5个主要蛋白质的基因，用生物信息学的方法设计了348条候选sirna靶位。理论上，相应的sirna双链体可能会特异性地抑制SARS-CoV靶基因的表达，同时不会影响细胞正常基因。这也为下一步进行实验研究提供了理论基础。

关键词： DNA序列拼接算法优化 ncRNA基因发现 K-Closest Substring sirna设计

在哺乳动物细胞内诱导持续性的RNAi研究策略

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在哺乳动物细胞内诱导持续性的RNAi研究策略