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影响转录因子JunD结合的功能性遗传变异系统发掘及其与肝癌易感性的关联研究

影响转录因子JunD结合的功能性遗传变异系统发掘及其与肝癌易感性...

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作者：石蒙北京化工大学

学位级别：硕士

转录因子JunD在肝癌发生以及发展中的作用已被报道。本研究的侧重点在于影响JunD结合的功能性遗传变异的系统挖掘,提供了完整而可靠的研究方法。首先从全基因组范围内的ChIP-chip数据出发,在84032个候选SNP中严格筛选到39个位于JunD结... 详细信息

转录因子JunD在肝癌发生以及发展中的作用已被报道。本研究的侧重点在于影响JunD结合的功能性遗传变异的系统挖掘,提供了完整而可靠的研究方法。首先从全基因组范围内的ChIP-chip数据出发,在84032个候选SNP中严格筛选到39个位于JunD结合的保守序列中并且在中国人群中突变频率大于百分之5的SNP,即最有潜力影响JunD结合的SNP,理论上不会遗漏任何有意义的SNP,使假阴性率最小化。而后通过大样本量的病例-对照研究,考察上述SNP与肝癌易感性的关联,统计结果显示rs4951541、rs2232965、rs281230、rs7820850这四个SNPp值小于0.05,即表示这些SNP与肝癌的发生有显著关联,另外计算优势比(OR)及其95%置信区间,显示rs4951541 A>C多态性为肝癌的风险型突变,rs4951541 CC基因型的个体发生肝癌的概率是rs4951541 AA基因型的个体的1.453倍;rs2232965 C>T多态性为肝癌的风险型突变,rs2232965 TT基因型的个体发生肝癌的概率是rs2232965 CC基因型的个体的2.371倍;rs281230 G>A多态性为肝癌的保护型突变,rs281230 AA基因型的个体发生肝癌的概率是rs281230 GG基因型的个体的0.577倍;rs7820850 C>T多态性为肝癌的保护型突变,rs7820850 TT和TC基因型的个体发生肝癌的概率是rs7820850 CC基因型的个体的0.683倍。这四个与肝癌易感性有显著关联的功能性SNP,极有可能是通过影响JunD结合而发挥作用的。接下来在组织样本中探索这四个SNP经由JunD介导调控的下游靶基因,发现在正常组织中rs7820850基因型与PVT1表达量最有可能有关联,所以将rs7820850作为下一步深入研究机制的对象。然后通过电泳迁移率变动分析实验在三种细胞系中证实JunD与rs7820850 C基因型结合比与T基因型结合强得多。由于rs7820850位于c-Myc与PVT1之间基因沙漠区域,所以通过染色体捕获构象技术考察rs7820850的远距离相互作用,发现与rs7820850与mir-1205转录起始位点之间存在临近的相互作用。综上,本研究发现了数个与肝癌易感性有显著关联的功能性遗传变异,并详细研究了 rs7820850的作用机制,它们或可成为新型生物标志物,为肝癌的诊断和个性化治疗提供新策略。

关键词：肝癌易感性 JunD 单核苷酸多态性 rs7820850 转录因子 miR-1205

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