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基于综合抗性基因数据库研究介导幽门螺杆菌对克拉霉素和左氧氟沙星耐药的易感基因

中华消化杂志 2022年第2期42卷 103-110页

作者：吕涛倪丽陈川孙洋洋赵培微吴娟张嘉盛司徒伟基香港大学深圳医院消化及肝脏科深圳518053

目的以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌(***)临床菌株为研究对象,基于全基因组测序探索***对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。方法纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊... 详细信息

目的以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌(***)临床菌株为研究对象,基于全基因组测序探索***对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。方法纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且13C尿素呼气试验阳性的1749例患者,在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织***分离培养,成功保存***菌株90株。依据体外药敏试验结果,分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株,LVX单耐药(LVX组)10株,克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株,克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株,总计40株***菌株。通过全基因组测序,与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对,分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况,筛选***对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。结果克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74952.00±8755.21)、(77128.10±3191.35)、(78639.90±601.23)、(77474.60±2421.05)个]和插入缺失突变数[(2582.20±265.45)、(2653.60±108.37)、(2667.10±43.82)、(2641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。与CARD进行比对,共检出223个耐药相关基因,其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个,LVX组LVX单耐药相关基因24个,双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个,LVX单耐药相关基因14个,双重耐药相关基因12个;全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个,LVX单耐药相关基因17个,双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中,红霉素酯酶基因(ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义(χ^(2)=5.79,P=0.049);红霉素核糖体甲基化酶基因(erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)],差异有统计学意义(χ^(2)=6.14,P=0.013),游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因(msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义(χ^(2)=8.97,P=0.030)。LVX单耐药相关基因中,喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因(qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)],差异有统计学意义(χ^(2)=5.01,P=0.025);qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义(χ^(2)=10.17,P=0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个,11个比23个),差异有统计学意义(χ^(2)=11.87、5.80,P=0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义(χ^(2)=10.26,P=0.016)。结论erm家族和msrC可能是介导***对克拉霉素耐药的重要基因,qnr家族与介导***对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用,其更倾向介导***对LVX耐药。

关键词：螺杆菌幽门克拉霉素左氧氟沙星 msrC qnr家族外排转运系统

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