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珍稀名贵药材龙血竭基原及同属植物的DNA条形码鉴定研究

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中国中药杂志 2021年第9期46卷 2173-2181页

作者：张越宋美芳李海涛孙惠芳张忠廉中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所云南分所云南省南药可持续利用重点实验室云南景洪666100

龙血竭Resina Draconis是我国珍稀名贵中药,素有"活血圣药"之称。国家药品标准规定其来源为百合科植物剑叶龙血树Dracaena cochinchinensis的含脂木材经提取得到的树脂,而在世界范围内多种龙血树属植物均可形成红色树脂,混淆使用现象严... 详细信息

龙血竭Resina Draconis是我国珍稀名贵中药,素有"活血圣药"之称。国家药品标准规定其来源为百合科植物剑叶龙血树Dracaena cochinchinensis的含脂木材经提取得到的树脂,而在世界范围内多种龙血树属植物均可形成红色树脂,混淆使用现象严重,而目前并无一种可高效鉴定龙血竭药材基原的分子鉴定方法。该研究以我国分布的7种龙血树属植物为研究对象,采用目前常用的4条DNA条形码片段(ITS2,matK,rbcL及psbA-trnH),及4个叶绿体基因组中的高变异区域(trnP-psaJ,psbk-psbi,trnT-trnL,clpP),共8条候选DNA条形码片段,对龙血树属植物进行鉴定效率评估。结果显示clpP序列片段能对7种龙血树属植物进行准确鉴定,但因clpP片段序列较长,实际应用过程当中存在潜在问题。研究发现,采用联合片段"psbk-psbi+trnP-psaJ"也可对龙血竭基原及其同属植物进行准确的分子鉴定,且联合片段中的2条DNA片段序列短,扩增成功率及测序成功率高。因此,"psbk-psbi+trnP-psaJ"联合片段可作为龙血竭基原及龙血树属植物分子鉴定的DNA条形码片段。该研究结果可对龙血竭提取原料的基原进行准确鉴定,为龙血竭的合理开发应用及资源保护提供有效手段。

关键词：龙血竭龙血树属 DNA条形码 psbk-psbi trnP-psaJ

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半夏及近缘种叶绿体非编码区序列分析

中草药 2013年第7期44卷 881-886页

作者：郑丹书张君毅郭巧生华侨大学化工学院福建厦门361021 南京农业大学中药材研究所江苏南京210095

目的通过测定半夏及近缘种的DNA叶绿体的非编码区序列,为半夏的分子鉴别和遗传多样性研究提供依据。方法在我国半夏主要分布区收集到43份半夏及滴水珠和虎掌半夏2个近缘种,采用PCR法克隆叶片基因组DNA中psbk-psbi和atpF-atpH两段序列,... 详细信息

目的通过测定半夏及近缘种的DNA叶绿体的非编码区序列,为半夏的分子鉴别和遗传多样性研究提供依据。方法在我国半夏主要分布区收集到43份半夏及滴水珠和虎掌半夏2个近缘种,采用PCR法克隆叶片基因组DNA中psbk-psbi和atpF-atpH两段序列,借助生物信息学软件进行比对分析。结果半夏atpF-atpH序列长为337～342bp,较为保守,仅含变异位点7个,其中信息位点1个,遗传距离为0～0.024。半夏psbk-psbi序列长为432～435bp,变异位点37个,其中信息位点17个,遗传距离为0～0.069。聚类分析结果均显示出与表型以及地理居群的不一致。结论 psbk-psbi序列较atpF-atpH有更好的鉴别能力,在半夏种内具有较丰富的变异位点。

关键词：半夏 psbk-psbi atpF-atpH 分子鉴定非编码区序列遗传多样性

Emergence of Plastidial Intergenic Spacers as Suitable DNA Barcodes for Arid Medicinal Plant <i>Rhazya stricta</i>

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American Journal of Plant Sciences 2017年第8期8卷 1774-1789页

作者： Samia A. Khan Mohammed N. Baeshen Hassan A. Ramadan Nabih A. Baeshen Department of Biological Sciences Faculty of Science King Abdulaziz University Jeddah KSA Department of Biological Sciences Faculty of Science University of Jeddah Jeddah KSA Department of Marine Biology Faculty of Marine Science King Abdulaziz University Jeddah KSA Department of Cell Biology National Research Center Cairo Egypt

The desert plant Rhazya stricta has anticancer and antimicrobial properties, and is widely used in indigenous medicines of Saudi Arabia. However, the therapeutic benefits rely on an accurate identification of this species. The authenticity of R. stricta and other medicinal plants and herbs procured from local markets can be questionable due to a lack of clear phenotypic traits. DNA barcoding is an emerging technology for rapid and accurate species identification. In this study, six candidate chloroplastid barcodes were investigated for the authentication of R. stricta. We compared the DNA sequences from fifty locally collected and five market samples of R. stricta with database sequences of R. stricta and seven closely related species. We found that the coding regions matK, rbcL, rpoB, and rpoC1 were highly similar among the taxa. By contrast, the intergenic spacers psbk-psbi and atpF-atpH were variable loci distinct for the medicinal plant R. stricta. psbk-psbi clearly discriminated R. stricta samples as an efficient single locus marker, whereas a two-locus marker combination comprising psbk-psbi + atpF-atpH was also promising according to results from the Basic Local Alignment Search Tool and a maximum likelihood gene tree generated using PHyML. Two-dimensional DNA barcodes (i.e., QR codes) for the psbk-psbi and psbk-psbi + atpF-atpH regions were created for the validation of fresh or dried R. stricta samples.

关键词： Rhazya Stricta Medicinal Plant DNA Barcoding matK rbcl rpoB rpoC1 atpF-atpH psbk-psbi Two-Dimensional DNA Barcode QR Code

DNA条形码在黄精属药用植物鉴定与遗传多样性分析中的应用

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植物科学学报 2022年第4期40卷 533-543页

作者：龙炳宏蒋向辉宋荣李胜华肖龙骞易自力佘朝文湖南农业大学生物科学技术学院长沙410128 怀化学院民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室湖南怀化418000 湖南工业大学生命科学与化学学院湖南株洲412007 湖南省农业科学院农业环境生态研究所长沙410125

黄精属(Polygonatum)的许多物种具有重要的药用价值,但目前缺乏能够准确、高效地鉴定黄精属药用植物的DNA条形码。本研究通过对ITS、trnK-matK、rbcL、psbA-trnH和psbk-psbi序列进行扩增和测序,并从ITS序列中提取ITS2序列,共获得黄精属... 详细信息

黄精属(Polygonatum)的许多物种具有重要的药用价值,但目前缺乏能够准确、高效地鉴定黄精属药用植物的DNA条形码。本研究通过对ITS、trnK-matK、rbcL、psbA-trnH和psbk-psbi序列进行扩增和测序,并从ITS序列中提取ITS2序列,共获得黄精属7个药用物种23份样品的138条序列。进一步比较6个DNA条形码对黄精属药用植物的鉴定效率,并验证所筛选条形码的可靠性。结果显示:trnK-matK的种内和种间变异重合少且有较明显的条形码间隙,其他5个序列的种内和种间变异重合多且无条形码间隙;BLAST结果表明trnK-matK的鉴定效率最高(85.7%),系统发育树显示trnK-matK的鉴定能力最强,能将全部12个多花黄精样品聚在一支,并能区分黄精、滇黄精、玉竹、点花黄精和湖北黄精;AMOVA分析结果揭示trnK-matK的群体遗传分化指数(F_(st))最高,适用于区分黄精属物种间差异。因此,trnK-matK最适用于黄精属药用植物的分子鉴定。

关键词：黄精属 DNA条形码遗传多样性 ITS matK rbcL psbA-trnH psbk-psbi

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天南星及其易混品DNA条形码鉴别

中药材 2018年第10期41卷 2323-2328页

作者：刘利平廖华锋严福林魏升华贵阳中医学院药学院贵州贵阳550002

目的:通过DNA条形码序列鉴别天南星及其易混品,为天南星的鉴别和遗传多样性研究提供依据。方法:通过对序列的扩增成功率、测序成功率、blast鉴定成功率、种间及种内K2P遗传距离和NJ聚类分析等5个方面的信息进行对比,考察了4个DNA条形码(... 详细信息

目的:通过DNA条形码序列鉴别天南星及其易混品,为天南星的鉴别和遗传多样性研究提供依据。方法:通过对序列的扩增成功率、测序成功率、blast鉴定成功率、种间及种内K2P遗传距离和NJ聚类分析等5个方面的信息进行对比,考察了4个DNA条形码(matK、rabL、psbk-psbi、atpF-atpH)对天南星及其易混品的鉴定能力,确定适用于天南星鉴别的DNA条形码。结果:在4个条形码序列中,rabL的鉴定成功率41.67%,matK的鉴定成功率100%,但是扩增成功率仅65.57%,psbk-psbi序列和atpF-atpH序列的扩增成功率分别为94.91%和93.22%,其鉴定成功率均为100%。结论:atpF-atpH序列和psbk-psbi序列均能把天南星与其他易混品进行区分,适合用于天南星及其易混品的鉴别,初步建立了天南星及其易混品的DNA条形码鉴别方法,可为天南星资源的合理利用提供参考依据。

关键词： matK rabL psbk-psbi atpF-atpH 天南星

基于清风藤属植物DNA条形码的叶绿体序列筛选

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种子 2020年第5期39卷 25-29页

作者：严福林温迪王波徐文芬孙庆文魏升华贵州中医药大学药学院贵阳550025

基于叶绿体基因matK、psbk-psbi、psbA-trnH序列分析9种清风藤属植物DNA条形码可行性。结果表明,清风藤属3条叶绿体基因中,matK序列最长(805 bp);psbA-trnH序列的GC含量最低(29.7%),变异位点数(46)与简约信息位点数(32)最多。种间变异... 详细信息

基于叶绿体基因matK、psbk-psbi、psbA-trnH序列分析9种清风藤属植物DNA条形码可行性。结果表明,清风藤属3条叶绿体基因中,matK序列最长(805 bp);psbA-trnH序列的GC含量最低(29.7%),变异位点数(46)与简约信息位点数(32)最多。种间变异顺序为:psbA-trnH>matK>psbk-psbi;种内变异顺序为:psbA-trnH>psbk-psbi>matK。遗传距离分析、barcoding gap分析与Wilcoxon秩和检验分析结果显示,在9种清风藤属植物中,只有psbA-trnH序列种内最大变异小于种间最小变异,matK序列种间差异较大。从系统进化树分析结果看,3条序列均可以区分部分物种,matK序列鉴定效率较高。因此,3条序列均不适合单独作为该属植物的DNA条形码。在后续的研究中,建议以matK作为DNA条形码辅助序列与其它候选序列进行联合分析,以提高清风藤属DNA条形码鉴定效率。

关键词：清风藤属 DNA条形码 matK psbk-psbi psbA-trnH

国产无花果组（Ficus ***,Moraceae）的分子系统学研究

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作者：王双华东师范大学

学位级别：硕士

榕属（Ficus）是亚洲、大洋洲、非洲、美洲的热带及亚热带植物区系的重要组成成分,是被子植物中种类最多、最多样化的木本属之一,也是桑科中最大的属。榕属植物具隐头花序、托叶环和乳汁,易区别于其它植物种类,但属内物种的进一步划分... 详细信息

榕属（Ficus）是亚洲、大洋洲、非洲、美洲的热带及亚热带植物区系的重要组成成分,是被子植物中种类最多、最多样化的木本属之一,也是桑科中最大的属。榕属植物具隐头花序、托叶环和乳汁,易区别于其它植物种类,但属内物种的进一步划分一直存在争议。无花果组（section Ficus）属于榕属中的subg. Ficus,世界分布35种,中国境内分布27中。本研究以Antiaris toxicaria Lesch.和Artocarpus altilis （Park.） Fosb.为外类群,选取了sect. Ficus内22个物种73个样本,同时选取了属内其它组的37个物种41个样本一并作为内类群,根据ITS、trnH-psbA、 psbk-psbl和atpF-atpH等片段的单片段矩阵和联合数据集（共包括380条序列,其中25条来自GenBank）,利用MP、ML和BI三种方法构建系统发育树。结果表明： 1. Sect. Ficus不是单系,下属的两个亚组亲缘关系较远。Subsect. Ficus与榕亚属中的sect. Conosycea有较近的亲缘关系;subsect. Frutescentiae（F. pedunculosa和F. neriifolia除外）表现为单系,而其亚组下类群关系表现出了与形态分类不一致的局面,即F. deltoidea-group表现为F. pedunculosa-group的并系类群。 2. F. tuphapensis被分类学家一直置于sect. Eriosycea内,本研究表明Ftuphapensis显然属于sect. Ficus subsect. Frutescentiae,而且得到了形态学特征的支持。 3. F. tikoua表现出了与subg. Sycomorus的近缘关系,而且其果实的着生位置亦符合subg. Sycomorus的特征。所以建议将F. tikoua归入subg. Sycomorus o 4. F. henryi和F. subincisa原属于subg. Ficus（Corner,1965）。之后,Berg（2003e）根据二者退化雄蕊的缺失、叶片二列、托叶非全抱茎等特征将他们归入subg. Sycidium。本研究支持Berg对这两个种的分类学处理。 5. F. langkokensis原属于sect. Ficus（Corner,1965）。之后,Berg根据其叶片上钟乳体的分布位置将它归入sect. Eriosycea（Berg＆Corner,2005）。本研究支持Berg对F. langkokensis的分类学处理。

关键词： atpF-atpH psbk-psbi trnH-psbA ITS 无花果组榕属系统发育

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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中国榕属植物六个候选DNA条形码的评价

中国榕属植物六个候选DNA条形码的评价

作者：陈纪云华东师范大学

学位级别：硕士

榕属植物Ficus Linn.(Moraceae),大约有750种,因生境的多样化和榕-榕小蜂复杂的协同进化历史,使其成为分类学中非常棘手的类群。DNA条形码有望对榕属植物的鉴定带来新的曙光,但尚需筛选评估候选DNA片段。本研究针对榕属植物63种,228个样... 详细信息

榕属植物Ficus Linn.(Moraceae),大约有750种,因生境的多样化和榕-榕小蜂复杂的协同进化历史,使其成为分类学中非常棘手的类群。DNA条形码有望对榕属植物的鉴定带来新的曙光,但尚需筛选评估候选DNA片段。本研究针对榕属植物63种,228个样本,基于5个叶绿体基因片段(rbcL,matK,trnH-psbA,psbk-psbⅠ,atpF-atpH)和1个核基因片段(ITS),计算了遗传距离,单个片段和组合片段的"Barcoding Gap",并构建了系统发育树来检验所选取基因片段物种鉴定的能力。结果表明,各基因片段中ITS具有最多的变异位点,较大的种间变异和种内变异,最高的物种分辨率(72%)和较高的引物通用性;ps6K-psbⅠ和trnH-psbA具有适中的变异率和相对较低的物种分别率(约19%),而matK, rbcL和atpF-atpH不能有效地区分榕属物种。在可能的组合片段中,ITS+trnH-psbA表现最好但物种鉴别率与单独的ITS片段相差不大(75%vs72%)。所以,我们建议以ITS作为榕属植物的DNA条形码。

关键词： DNA条形码榕属 ITS trnH-psbA psbk-psbi 物种分辨率